Protein–RNA interactions for Protein: P84243

H3F3A, Histone H3.3, humanhuman

Predictions only

Length 136 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
H3F3AP84243 AQP1-203ENST00000409899 1009 ntTSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
H3F3AP84243 C14orf80-205ENST00000392523 1845 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
H3F3AP84243 RTN2-202ENST00000344680 2063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
H3F3AP84243 ST6GALNAC6-205ENST00000373146 2460 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
H3F3AP84243 EPB41L4A-AS2-201ENST00000623705 1396 ntBASIC22.35■■□□□ 1.17
H3F3AP84243 MRPL4-201ENST00000253099 1455 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
H3F3AP84243 DHRS13-203ENST00000426464 1569 ntTSL 2 BASIC22.34■■□□□ 1.17
H3F3AP84243 SLC25A23-203ENST00000334510 1424 ntTSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
H3F3AP84243 ANKRD9-205ENST00000560748 1413 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.34■■□□□ 1.17
H3F3AP84243 AC009041.3-201ENST00000564390 879 ntTSL 5 BASIC22.34■■□□□ 1.17
H3F3AP84243 ARHGEF7-206ENST00000375741 5525 ntTSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
H3F3AP84243 AC078883.1-202ENST00000450443 1397 ntTSL 3 BASIC22.33■■□□□ 1.17
H3F3AP84243 GAL3ST3-203ENST00000527878 1599 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.16
H3F3AP84243 ANKRD53-203ENST00000441349 1797 ntTSL 5 BASIC22.33■■□□□ 1.16
H3F3AP84243 EMID1-202ENST00000404755 2049 ntTSL 5 BASIC22.32■■□□□ 1.16
H3F3AP84243 PDF-201ENST00000288022 1158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
H3F3AP84243 ARPC2-202ENST00000315717 1505 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
H3F3AP84243 AC009690.3-201ENST00000569547 1902 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.31■■□□□ 1.16
H3F3AP84243 C8orf58-202ENST00000409586 2021 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.31■■□□□ 1.16
H3F3AP84243 MXRA7-202ENST00000375036 1950 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.31■■□□□ 1.16
H3F3AP84243 LSM7-201ENST00000252622 529 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
H3F3AP84243 BBC3-204ENST00000449228 1827 ntTSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
H3F3AP84243 SAE1-209ENST00000598840 1831 ntTSL 5 BASIC22.31■■□□□ 1.16
H3F3AP84243 CAPNS1-215ENST00000628018 1509 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.31■■□□□ 1.16
H3F3AP84243 KIF13A-207ENST00000502704 1330 ntTSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
H3F3AP84243 TNIP2-201ENST00000315423 1974 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
H3F3AP84243 ACAA1-220ENST00000627515 1862 ntTSL 5 BASIC22.3■■□□□ 1.16
H3F3AP84243 RUNX2-211ENST00000625924 1458 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
H3F3AP84243 VEGFA-202ENST00000324450 954 ntTSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
H3F3AP84243 VEGFA-203ENST00000372055 1286 ntTSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
H3F3AP84243 VEGFA-213ENST00000482630 1146 ntTSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
H3F3AP84243 VEGFA-227ENST00000615393 984 ntTSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
H3F3AP84243 VEGFA-228ENST00000617771 1116 ntTSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
H3F3AP84243 VEGFA-229ENST00000621747 1116 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
H3F3AP84243 VEGFA-230ENST00000640482 1065 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
H3F3AP84243 VEGFA-232ENST00000640653 1170 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
H3F3AP84243 PLSCR3-214ENST00000619711 2066 ntTSL 5 BASIC22.3■■□□□ 1.16
H3F3AP84243 CIB2-202ENST00000539011 1511 ntTSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
H3F3AP84243 PSMG1-201ENST00000331573 2154 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
H3F3AP84243 UCK1-204ENST00000372215 2167 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
H3F3AP84243 ARPC2-201ENST00000295685 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
H3F3AP84243 TXNRD2-205ENST00000400525 1874 ntTSL 5 BASIC22.29■■□□□ 1.16
H3F3AP84243 BAX-202ENST00000345358 793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
H3F3AP84243 CMPK2-203ENST00000458098 1224 ntTSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
H3F3AP84243 AC016595.1-201ENST00000559410 383 ntTSL 3 BASIC22.29■■□□□ 1.16
H3F3AP84243 HOOK2-201ENST00000264827 2603 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
H3F3AP84243 GABRA5-203ENST00000400081 2761 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.29■■□□□ 1.16
H3F3AP84243 CTSA-203ENST00000372459 1972 ntTSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
H3F3AP84243 EXOC3-209ENST00000512944 2825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
H3F3AP84243 EMC10-206ENST00000598585 1610 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.28■■□□□ 1.16
H3F3AP84243 MEN1-204ENST00000377313 1871 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.27■■□□□ 1.16
H3F3AP84243 C11orf80-210ENST00000527634 1666 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.26■■□□□ 1.15
H3F3AP84243 RPS2-201ENST00000343262 985 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
H3F3AP84243 LINC01918-201ENST00000436841 797 ntTSL 2 BASIC22.26■■□□□ 1.15
H3F3AP84243 ATOH7-201ENST00000373673 1480 ntAPPRIS P1 BASIC22.26■■□□□ 1.15
H3F3AP84243 HDGFL1-201ENST00000510882 2174 ntAPPRIS P1 BASIC22.26■■□□□ 1.15
H3F3AP84243 ARPC5L-202ENST00000353214 2507 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.25■■□□□ 1.15
H3F3AP84243 WHAMMP3-201ENST00000611636 1609 ntBASIC22.25■■□□□ 1.15
H3F3AP84243 DHRS13-202ENST00000394901 2037 ntTSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
H3F3AP84243 CRNDE-206ENST00000559432 587 ntTSL 3 BASIC22.25■■□□□ 1.15
H3F3AP84243 KCTD15-206ENST00000588881 1211 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.25■■□□□ 1.15
H3F3AP84243 SLC25A6-201ENST00000381401 2062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
H3F3AP84243 APLP1-201ENST00000221891 2495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
H3F3AP84243 FOXG1-201ENST00000313071 4890 ntAPPRIS P1 BASIC22.24■■□□□ 1.15
H3F3AP84243 ARHGEF7-205ENST00000375739 5375 ntTSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
H3F3AP84243 U2AF1-201ENST00000291552 962 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
H3F3AP84243 TAF10-201ENST00000299424 1215 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
H3F3AP84243 CENPV-201ENST00000299736 1165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
H3F3AP84243 FAM168B-201ENST00000389915 944 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.24■■□□□ 1.15
H3F3AP84243 CLDND1-226ENST00000513287 999 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.24■■□□□ 1.15
H3F3AP84243 GNPTG-204ENST00000527137 386 ntTSL 2 BASIC22.24■■□□□ 1.15
H3F3AP84243 U2AF1L5-202ENST00000619610 813 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
H3F3AP84243 SRP68-213ENST00000629930 165 ntTSL 5 BASIC22.24■■□□□ 1.15
H3F3AP84243 IHH-201ENST00000295731 2023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
H3F3AP84243 RFFL-206ENST00000447669 2030 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.24■■□□□ 1.15
H3F3AP84243 KCNG2-201ENST00000316249 1401 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
H3F3AP84243 RPARP-AS1-205ENST00000596045 431 ntTSL 3 BASIC22.23■■□□□ 1.15
H3F3AP84243 MED25-210ENST00000612854 801 ntTSL 5 BASIC22.23■■□□□ 1.15
H3F3AP84243 MED25-213ENST00000620467 1293 ntTSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
H3F3AP84243 MED25-214ENST00000622402 642 ntTSL 5 BASIC22.23■■□□□ 1.15
H3F3AP84243 C12orf75-201ENST00000443585 1366 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.23■■□□□ 1.15
H3F3AP84243 CPTP-201ENST00000343938 2190 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.22■■□□□ 1.15
H3F3AP84243 NDEL1-202ENST00000380025 2181 ntTSL 5 BASIC22.22■■□□□ 1.15
H3F3AP84243 THRA-204ENST00000546243 1909 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.22■■□□□ 1.15
H3F3AP84243 YBX2-201ENST00000007699 1590 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
H3F3AP84243 HOXD-AS2-201ENST00000426965 927 ntTSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
H3F3AP84243 MAP4K3-211ENST00000484274 407 ntTSL 2 BASIC22.22■■□□□ 1.15
H3F3AP84243 KDM4C-203ENST00000401787 1406 ntTSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
H3F3AP84243 WDR86-204ENST00000477459 1428 ntTSL 2 BASIC22.22■■□□□ 1.15
H3F3AP84243 AL449106.1-201ENST00000608517 1980 ntBASIC22.21■■□□□ 1.15
H3F3AP84243 FKBP1A-204ENST00000400137 1622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
H3F3AP84243 RAB3IL1-202ENST00000394836 2284 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
H3F3AP84243 VSIG8-201ENST00000368100 1818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
H3F3AP84243 ZIC2-201ENST00000376335 2983 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
H3F3AP84243 PPAN-202ENST00000393793 1575 ntTSL 5 BASIC22.21■■□□□ 1.15
H3F3AP84243 NR6A1-203ENST00000416460 1898 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
H3F3AP84243 HSD17B12-202ENST00000395700 994 ntTSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
H3F3AP84243 KLHL21-203ENST00000463043 667 ntTSL 5 BASIC22.2■■□□□ 1.14
H3F3AP84243 GRPEL2-204ENST00000513661 546 ntTSL 2 BASIC22.2■■□□□ 1.14
H3F3AP84243 BANF1-208ENST00000533166 1135 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.2■■□□□ 1.14
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 189.5 ms