Protein–RNA interactions for Protein: P55347

PKNOX1, Homeobox protein PKNOX1, humanhuman

Predictions only

Length 436 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
PKNOX1P55347 SHD-201ENST00000543264 2577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
PKNOX1P55347 DCUN1D5-201ENST00000260247 1337 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
PKNOX1P55347 MAD2L2-207ENST00000376692 1118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.49
PKNOX1P55347 SSBP3-202ENST00000357475 1533 ntTSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.49
PKNOX1P55347 ZNF653-201ENST00000293771 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.48
PKNOX1P55347 ZDHHC16-207ENST00000393760 2014 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
PKNOX1P55347 SMIM12-205ENST00000456842 918 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.32■■□□□ 1.48
PKNOX1P55347 U2AF1L5-201ENST00000610664 897 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
PKNOX1P55347 ZNF692-201ENST00000306601 1931 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
PKNOX1P55347 FSD1-201ENST00000221856 1831 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
PKNOX1P55347 SLC15A3-201ENST00000227880 2115 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
PKNOX1P55347 SRSF9-201ENST00000229390 1201 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
PKNOX1P55347 VEGFA-207ENST00000413642 1197 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
PKNOX1P55347 DNMT3A-206ENST00000406659 1775 ntTSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
PKNOX1P55347 BOD1-201ENST00000285908 1286 ntTSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
PKNOX1P55347 PRSS41-201ENST00000399677 1127 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.3■■□□□ 1.48
PKNOX1P55347 BOD1-206ENST00000480951 814 ntTSL 2 BASIC24.3■■□□□ 1.48
PKNOX1P55347 COX4I1-203ENST00000562336 873 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.3■■□□□ 1.48
PKNOX1P55347 CAPNS1-217ENST00000629983 799 ntTSL 5 BASIC24.29■■□□□ 1.48
PKNOX1P55347 KLF3-AS1-202ENST00000440181 2368 ntTSL 2 BASIC24.28■■□□□ 1.48
PKNOX1P55347 TXNL4A-208ENST00000588162 752 ntTSL 2 BASIC24.28■■□□□ 1.48
PKNOX1P55347 C14orf80-203ENST00000354560 1553 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
PKNOX1P55347 RUNX2-203ENST00000371436 1588 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.28■■□□□ 1.48
PKNOX1P55347 FANCE-201ENST00000229769 2554 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
PKNOX1P55347 PRKAR1B-203ENST00000403562 1917 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
PKNOX1P55347 VRK2-202ENST00000412104 1916 ntTSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
PKNOX1P55347 NXPH4-201ENST00000349394 1804 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
PKNOX1P55347 LCNL1-201ENST00000408973 1839 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.27■■□□□ 1.48
PKNOX1P55347 HTRA1-201ENST00000368984 2120 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
PKNOX1P55347 IRAK1-205ENST00000429936 2127 ntTSL 5 BASIC24.27■■□□□ 1.48
PKNOX1P55347 PKM-204ENST00000449901 2526 ntTSL 2 BASIC24.26■■□□□ 1.47
PKNOX1P55347 AC110285.7-201ENST00000624417 1536 ntBASIC24.26■■□□□ 1.47
PKNOX1P55347 RHBDD2-202ENST00000318622 1878 ntTSL 2 BASIC24.26■■□□□ 1.47
PKNOX1P55347 OSBP-201ENST00000263847 5083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
PKNOX1P55347 TIGD3-201ENST00000309880 2012 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.25■■□□□ 1.47
PKNOX1P55347 TOP1MT-208ENST00000519148 1868 ntTSL 2 BASIC24.25■■□□□ 1.47
PKNOX1P55347 ANKRD16-201ENST00000191063 1567 ntTSL 3 BASIC24.25■■□□□ 1.47
PKNOX1P55347 AC091060.1-201ENST00000623524 1766 ntBASIC24.24■■□□□ 1.47
PKNOX1P55347 MEN1-204ENST00000377313 1871 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC24.24■■□□□ 1.47
PKNOX1P55347 OTUD5-203ENST00000396743 2682 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
PKNOX1P55347 NTN3-201ENST00000293973 1986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
PKNOX1P55347 TTBK2-207ENST00000567840 1961 ntTSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
PKNOX1P55347 GPR25-201ENST00000304244 1224 ntAPPRIS P1 BASIC24.24■■□□□ 1.47
PKNOX1P55347 PLEKHJ1-201ENST00000326631 1206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
PKNOX1P55347 PEX7-203ENST00000541292 945 ntTSL 5 BASIC24.24■■□□□ 1.47
PKNOX1P55347 ZDHHC16-201ENST00000345745 1519 ntTSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
PKNOX1P55347 CAPNS1-215ENST00000628018 1509 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.24■■□□□ 1.47
PKNOX1P55347 VSIG8-201ENST00000368100 1818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
PKNOX1P55347 HINT2-201ENST00000259667 628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
PKNOX1P55347 EMID1-202ENST00000404755 2049 ntTSL 5 BASIC24.23■■□□□ 1.47
PKNOX1P55347 FOXA3-201ENST00000302177 1989 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
PKNOX1P55347 FLT1-202ENST00000539099 1911 ntTSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
PKNOX1P55347 SPG21-201ENST00000204566 1822 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
PKNOX1P55347 AC009097.4-201ENST00000566738 777 ntTSL 2 BASIC24.22■■□□□ 1.47
PKNOX1P55347 AC021231.2-201ENST00000594613 730 ntBASIC24.22■■□□□ 1.47
PKNOX1P55347 DCDC2C-201ENST00000399143 1476 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.21■■□□□ 1.47
PKNOX1P55347 NPAS3-203ENST00000357798 2763 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
PKNOX1P55347 DHFR-203ENST00000505337 1719 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.21■■□□□ 1.47
PKNOX1P55347 P2RY2-202ENST00000393596 2174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.47
PKNOX1P55347 EBF4-210ENST00000609451 2012 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.2■■□□□ 1.47
PKNOX1P55347 CCDC149-203ENST00000502801 1079 ntTSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
PKNOX1P55347 TAZ-201ENST00000369776 1596 ntTSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
PKNOX1P55347 HOMER3-202ENST00000392351 1557 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
PKNOX1P55347 BIN1-210ENST00000393041 2272 ntTSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
PKNOX1P55347 MRPL9-201ENST00000368829 882 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.19■■□□□ 1.46
PKNOX1P55347 NSMCE4A-201ENST00000369017 1224 ntTSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
PKNOX1P55347 DUX4L29-201ENST00000425409 679 ntBASIC24.19■■□□□ 1.46
PKNOX1P55347 AP000251.1-201ENST00000433071 822 ntTSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
PKNOX1P55347 AL589765.4-201ENST00000512280 382 ntTSL 3 BASIC24.19■■□□□ 1.46
PKNOX1P55347 TCAM1P-201ENST00000463377 452 ntTSL 3 BASIC24.18■■□□□ 1.46
PKNOX1P55347 PPP1R14C-201ENST00000361131 2152 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
PKNOX1P55347 GATA4-209ENST00000622443 1982 ntTSL 5 BASIC24.17■■□□□ 1.46
PKNOX1P55347 AC104109.3-201ENST00000519718 483 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.17■■□□□ 1.46
PKNOX1P55347 TSKU-201ENST00000333090 2712 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
PKNOX1P55347 MAP3K3-210ENST00000584573 2480 ntTSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
PKNOX1P55347 FBXO45-201ENST00000311630 5899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
PKNOX1P55347 TSEN34-204ENST00000429671 1912 ntTSL 2 BASIC24.16■■□□□ 1.46
PKNOX1P55347 HSF1-204ENST00000528838 2142 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
PKNOX1P55347 PRR5-ARHGAP8-202ENST00000361473 2013 ntTSL 5 BASIC24.16■■□□□ 1.46
PKNOX1P55347 KLC1-203ENST00000347839 2271 ntTSL 5 BASIC24.15■■□□□ 1.46
PKNOX1P55347 COPRS-202ENST00000378634 1041 ntTSL 2 BASIC24.15■■□□□ 1.46
PKNOX1P55347 ACSS1-202ENST00000376726 2244 ntTSL 2 BASIC24.15■■□□□ 1.46
PKNOX1P55347 RNF175-201ENST00000347063 1604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.46
PKNOX1P55347 HNRNPL-201ENST00000221419 2471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.45
PKNOX1P55347 DVL1-201ENST00000378888 3239 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.14■■□□□ 1.45
PKNOX1P55347 AC231981.1-201ENST00000450917 974 ntTSL 3 BASIC24.13■■□□□ 1.45
PKNOX1P55347 PICALM-224ENST00000630913 2261 ntTSL 5 BASIC24.12■■□□□ 1.45
PKNOX1P55347 TMEM147-202ENST00000392204 935 ntTSL 2 BASIC24.12■■□□□ 1.45
PKNOX1P55347 U2AF1-203ENST00000398137 1019 ntTSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
PKNOX1P55347 U2AF1L5-212ENST00000639996 1019 ntTSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
PKNOX1P55347 C8orf58-206ENST00000614574 1955 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.12■■□□□ 1.45
PKNOX1P55347 POU2F2-208ENST00000529952 1716 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
PKNOX1P55347 CNNM2-201ENST00000369875 2059 ntTSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
PKNOX1P55347 SAE1-209ENST00000598840 1831 ntTSL 5 BASIC24.11■■□□□ 1.45
PKNOX1P55347 RFFL-206ENST00000447669 2030 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.11■■□□□ 1.45
PKNOX1P55347 C19orf47-202ENST00000392035 2126 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
PKNOX1P55347 AC020928.2-201ENST00000588717 2197 ntBASIC24.1■■□□□ 1.45
PKNOX1P55347 PPP1R35-201ENST00000292330 1031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
PKNOX1P55347 AP004609.3-201ENST00000610705 1884 ntBASIC24.1■■□□□ 1.45
PKNOX1P55347 DNAH9-209ENST00000579828 1986 ntTSL 2 BASIC24.1■■□□□ 1.45
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 65.6 ms