Protein–RNA interactions for Protein: Q00056

HOXA4, Homeobox protein Hox-A4, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 320 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXA4Q00056 GADD45G-201ENST00000252506 1065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
HOXA4Q00056 TMEM147-202ENST00000392204 935 ntTSL 2 BASIC21.34■■□□□ 1.01
HOXA4Q00056 U2AF1-203ENST00000398137 1019 ntTSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
HOXA4Q00056 WNT5A-AS1-201ENST00000469484 500 ntTSL 3 BASIC21.34■■□□□ 1.01
HOXA4Q00056 CAPNS1-211ENST00000590874 926 ntTSL 5 BASIC21.34■■□□□ 1.01
HOXA4Q00056 U2AF1L5-212ENST00000639996 1019 ntTSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
HOXA4Q00056 MAPKAPK2-201ENST00000294981 2171 ntTSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
HOXA4Q00056 BMP8A-201ENST00000331593 1692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
HOXA4Q00056 NRBF2-202ENST00000435510 1816 ntTSL 2 BASIC21.34■■□□□ 1.01
HOXA4Q00056 PLEKHF1-201ENST00000436066 2084 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
HOXA4Q00056 SV2B-203ENST00000545111 2099 ntTSL 2 BASIC21.33■■□□□ 1.01
HOXA4Q00056 AP002414.2-202ENST00000590929 1450 ntBASIC21.33■■□□□ 1.01
HOXA4Q00056 TCFL5-201ENST00000217162 2453 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
HOXA4Q00056 TCFL5-202ENST00000335351 2456 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
HOXA4Q00056 ATP8B2-201ENST00000368487 1523 ntTSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1
HOXA4Q00056 TBCC-201ENST00000372876 1616 ntAPPRIS P1 BASIC21.33■■□□□ 1
HOXA4Q00056 GSR-206ENST00000546342 1482 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
HOXA4Q00056 MAGI2-211ENST00000535697 6146 ntTSL 5 BASIC21.32■■□□□ 1
HOXA4Q00056 FOXG1-201ENST00000313071 4890 ntAPPRIS P1 BASIC21.32■■□□□ 1
HOXA4Q00056 SENP3-201ENST00000321337 2611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
HOXA4Q00056 CTXN1-201ENST00000318978 1274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
HOXA4Q00056 MBP-237ENST00000579129 1052 ntTSL 5 BASIC21.32■■□□□ 1
HOXA4Q00056 C17orf97-201ENST00000360127 1839 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
HOXA4Q00056 GSX1-201ENST00000302945 1663 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
HOXA4Q00056 MACF1-219ENST00000484793 834 ntTSL 2 BASIC21.31■■□□□ 1
HOXA4Q00056 TRIM52-AS1-203ENST00000509252 529 ntTSL 3 BASIC21.31■■□□□ 1
HOXA4Q00056 CCDC61-204ENST00000595358 1817 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.31■■□□□ 1
HOXA4Q00056 C16orf95-205ENST00000567970 1031 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.3■■□□□ 1
HOXA4Q00056 METRNL-202ENST00000570778 967 ntTSL 5 BASIC21.3■■□□□ 1
HOXA4Q00056 SYT12-205ENST00000527043 1661 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
HOXA4Q00056 PROC-203ENST00000409048 1586 ntTSL 5 BASIC21.29■■□□□ 1
HOXA4Q00056 HLA-V-202ENST00000446817 847 ntBASIC21.29■■□□□ 1
HOXA4Q00056 ACOT12-204ENST00000513751 612 ntTSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
HOXA4Q00056 EXOC3-209ENST00000512944 2825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
HOXA4Q00056 TMEM200C-201ENST00000383490 1920 ntAPPRIS P1 BASIC21.29■■□□□ 1
HOXA4Q00056 TSPAN3-203ENST00000424443 1530 ntTSL 2 BASIC21.29■■□□□ 1
HOXA4Q00056 VEGFC-202ENST00000618562 2064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
HOXA4Q00056 DTNBP1-212ENST00000622898 1305 ntTSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
HOXA4Q00056 TAZ-201ENST00000369776 1596 ntTSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
HOXA4Q00056 AGPS-202ENST00000409888 815 ntTSL 4 BASIC21.27■■□□□ 1
HOXA4Q00056 HIST2H3C-201ENST00000369158 1656 ntAPPRIS P1 BASIC21.27■■□□□ 1
HOXA4Q00056 HIST2H3A-201ENST00000403683 1656 ntAPPRIS P1 BASIC21.27■■□□□ 1
HOXA4Q00056 ABHD17C-202ENST00000558464 1976 ntTSL 1 (best) BASIC21.27■□□□□ 0.99
HOXA4Q00056 REXO4-201ENST00000371935 1899 ntTSL 3 BASIC21.26■□□□□ 0.99
HOXA4Q00056 APLP1-201ENST00000221891 2495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
HOXA4Q00056 RP9-201ENST00000297157 1121 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
HOXA4Q00056 FAAP20-202ENST00000378546 729 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
HOXA4Q00056 RPS20-211ENST00000524349 752 ntTSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
HOXA4Q00056 C14orf80-203ENST00000354560 1553 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
HOXA4Q00056 AL121987.2-201ENST00000418602 1578 ntTSL 2 BASIC21.26■□□□□ 0.99
HOXA4Q00056 IGFBPL1-201ENST00000377694 1093 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.25■□□□□ 0.99
HOXA4Q00056 HDGF-201ENST00000357325 2380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
HOXA4Q00056 TSPAN4-207ENST00000397411 1025 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.24■□□□□ 0.99
HOXA4Q00056 G6PC3-201ENST00000269097 1533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
HOXA4Q00056 AURKAIP1-203ENST00000338370 1072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
HOXA4Q00056 TXNL4A-208ENST00000588162 752 ntTSL 2 BASIC21.23■□□□□ 0.99
HOXA4Q00056 POU3F3-201ENST00000361360 3064 ntAPPRIS P1 BASIC21.23■□□□□ 0.99
HOXA4Q00056 POLR3H-201ENST00000337566 1330 ntTSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
HOXA4Q00056 MTMR1-202ENST00000370390 2755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
HOXA4Q00056 LINC01003-201ENST00000564834 1764 ntBASIC21.23■□□□□ 0.99
HOXA4Q00056 C9orf50-201ENST00000372478 1620 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC21.22■□□□□ 0.99
HOXA4Q00056 C9orf40-201ENST00000376854 2327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
HOXA4Q00056 AC092902.2-221ENST00000628476 965 ntTSL 5 BASIC21.22■□□□□ 0.99
HOXA4Q00056 TMEM55B-201ENST00000250489 1961 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
HOXA4Q00056 PLSCR3-202ENST00000535512 2067 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
HOXA4Q00056 FAM120AOS-202ENST00000423591 1800 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
HOXA4Q00056 AC009041.3-201ENST00000564390 879 ntTSL 5 BASIC21.21■□□□□ 0.99
HOXA4Q00056 ZNF639-209ENST00000496856 2033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
HOXA4Q00056 LACTBL1-202ENST00000618559 1500 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.2■□□□□ 0.98
HOXA4Q00056 LAGE3-201ENST00000357360 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
HOXA4Q00056 CLTA-207ENST00000470744 1102 ntTSL 2 BASIC21.2■□□□□ 0.98
HOXA4Q00056 MFSD12-201ENST00000355415 2124 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
HOXA4Q00056 SPATA33-209ENST00000579310 1490 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.2■□□□□ 0.98
HOXA4Q00056 MIR639-201ENST00000384974 98 ntBASIC21.19■□□□□ 0.98
HOXA4Q00056 RFFL-206ENST00000447669 2030 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.19■□□□□ 0.98
HOXA4Q00056 C11orf80-218ENST00000540737 1786 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.18■□□□□ 0.98
HOXA4Q00056 SURF1-201ENST00000371974 1093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
HOXA4Q00056 RPS2-210ENST00000530225 765 ntTSL 2 BASIC21.18■□□□□ 0.98
HOXA4Q00056 SURF1-205ENST00000615505 991 ntTSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
HOXA4Q00056 PSMG1-201ENST00000331573 2154 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
HOXA4Q00056 F8A1-201ENST00000610495 1713 ntAPPRIS P1 BASIC21.18■□□□□ 0.98
HOXA4Q00056 HDHD5-202ENST00000336737 1799 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.17■□□□□ 0.98
HOXA4Q00056 BX255925.1-201ENST00000566954 1854 ntBASIC21.17■□□□□ 0.98
HOXA4Q00056 AC018358.1-201ENST00000631079 1402 ntBASIC21.16■□□□□ 0.98
HOXA4Q00056 RHEB-201ENST00000262187 2075 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.16■□□□□ 0.98
HOXA4Q00056 RUNX2-211ENST00000625924 1458 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
HOXA4Q00056 SHOX2-201ENST00000389589 2072 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
HOXA4Q00056 PRR5-ARHGAP8-202ENST00000361473 2013 ntTSL 5 BASIC21.15■□□□□ 0.98
HOXA4Q00056 RAD21-AS1-201ENST00000521487 2010 ntTSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
HOXA4Q00056 CDH24-206ENST00000610348 2037 ntTSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
HOXA4Q00056 NTN3-201ENST00000293973 1986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
HOXA4Q00056 NELFB-202ENST00000634710 1887 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
HOXA4Q00056 UCK1-204ENST00000372215 2167 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.98
HOXA4Q00056 PARD6A-201ENST00000219255 1248 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.97
HOXA4Q00056 AC073111.5-206ENST00000642087 859 ntAPPRIS P1 BASIC21.14■□□□□ 0.97
HOXA4Q00056 SLC25A6-201ENST00000381401 2062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.97
HOXA4Q00056 CAMKK1-201ENST00000158166 2459 ntTSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.97
HOXA4Q00056 MIR219A2-201ENST00000608502 1504 ntBASIC21.14■□□□□ 0.97
HOXA4Q00056 TRADD-201ENST00000345057 1877 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
HOXA4Q00056 RCOR3-202ENST00000367006 2525 ntTSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 63.4 ms