Protein–RNA interactions for Protein: P28370

SMARCA1, Probable global transcription activator SNF2L1, humanhuman

Predictions only

Length 1,054 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SMARCA1P28370 CENPV-201ENST00000299736 1165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.21■■■□□ 2.27
SMARCA1P28370 MFSD12-202ENST00000389395 2039 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.21■■■□□ 2.27
SMARCA1P28370 RPS20-211ENST00000524349 752 ntTSL 1 (best) BASIC29.2■■■□□ 2.26
SMARCA1P28370 AC009041.3-201ENST00000564390 879 ntTSL 5 BASIC29.2■■■□□ 2.26
SMARCA1P28370 LACTB-201ENST00000261893 1972 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.2■■■□□ 2.26
SMARCA1P28370 AC016595.1-201ENST00000559410 383 ntTSL 3 BASIC29.19■■■□□ 2.26
SMARCA1P28370 GSR-205ENST00000541648 1410 ntTSL 1 (best) BASIC29.19■■■□□ 2.26
SMARCA1P28370 CCDC61-204ENST00000595358 1817 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC29.18■■■□□ 2.26
SMARCA1P28370 VEGFA-202ENST00000324450 954 ntTSL 1 (best) BASIC29.18■■■□□ 2.26
SMARCA1P28370 VEGFA-203ENST00000372055 1286 ntTSL 1 (best) BASIC29.18■■■□□ 2.26
SMARCA1P28370 VEGFA-213ENST00000482630 1146 ntTSL 1 (best) BASIC29.18■■■□□ 2.26
SMARCA1P28370 VEGFA-227ENST00000615393 984 ntTSL 1 (best) BASIC29.18■■■□□ 2.26
SMARCA1P28370 VEGFA-228ENST00000617771 1116 ntTSL 1 (best) BASIC29.18■■■□□ 2.26
SMARCA1P28370 VEGFA-229ENST00000621747 1116 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.18■■■□□ 2.26
SMARCA1P28370 VEGFA-230ENST00000640482 1065 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.18■■■□□ 2.26
SMARCA1P28370 VEGFA-232ENST00000640653 1170 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.18■■■□□ 2.26
SMARCA1P28370 MIR219A2-201ENST00000608502 1504 ntBASIC29.18■■■□□ 2.26
SMARCA1P28370 PLPPR3-204ENST00000520876 2328 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.17■■■□□ 2.26
SMARCA1P28370 EXOC3L4-201ENST00000380069 2293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.17■■■□□ 2.26
SMARCA1P28370 PLSCR3-209ENST00000574401 2032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.17■■■□□ 2.26
SMARCA1P28370 KANSL1L-207ENST00000452086 2334 ntTSL 1 (best) BASIC29.17■■■□□ 2.26
SMARCA1P28370 ZDHHC23-206ENST00000498275 2055 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC29.16■■■□□ 2.26
SMARCA1P28370 CRELD2-203ENST00000404488 1577 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.16■■■□□ 2.26
SMARCA1P28370 MAF-201ENST00000326043 2646 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.16■■■□□ 2.26
SMARCA1P28370 SV2B-203ENST00000545111 2099 ntTSL 2 BASIC29.16■■■□□ 2.26
SMARCA1P28370 HOMER2-202ENST00000450735 1950 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.15■■■□□ 2.26
SMARCA1P28370 U2AF1-201ENST00000291552 962 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.15■■■□□ 2.26
SMARCA1P28370 U2AF1L5-202ENST00000619610 813 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.15■■■□□ 2.26
SMARCA1P28370 COPZ2-210ENST00000621465 895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.15■■■□□ 2.26
SMARCA1P28370 RRAGC-201ENST00000373001 2732 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.15■■■□□ 2.26
SMARCA1P28370 FAM120AOS-202ENST00000423591 1800 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.15■■■□□ 2.26
SMARCA1P28370 HIST2H3C-201ENST00000369158 1656 ntAPPRIS P1 BASIC29.15■■■□□ 2.26
SMARCA1P28370 HIST2H3A-201ENST00000403683 1656 ntAPPRIS P1 BASIC29.15■■■□□ 2.26
SMARCA1P28370 NFYB-205ENST00000551727 1727 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC29.14■■■□□ 2.26
SMARCA1P28370 COL13A1-213ENST00000520267 2276 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.14■■■□□ 2.26
SMARCA1P28370 LSM7-201ENST00000252622 529 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.14■■■□□ 2.26
SMARCA1P28370 BAX-202ENST00000345358 793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.14■■■□□ 2.26
SMARCA1P28370 R3HDM4-208ENST00000626716 138 ntTSL 5 BASIC29.14■■■□□ 2.26
SMARCA1P28370 SRP68-213ENST00000629930 165 ntTSL 5 BASIC29.14■■■□□ 2.26
SMARCA1P28370 CDC34-201ENST00000215574 1471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.14■■■□□ 2.26
SMARCA1P28370 ACTR3B-201ENST00000256001 2216 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.14■■■□□ 2.26
SMARCA1P28370 PCSK6-201ENST00000331826 2309 ntTSL 5 BASIC29.14■■■□□ 2.25
SMARCA1P28370 EPB41L4A-AS2-201ENST00000623705 1396 ntBASIC29.13■■■□□ 2.25
SMARCA1P28370 AL121987.2-201ENST00000418602 1578 ntTSL 2 BASIC29.13■■■□□ 2.25
SMARCA1P28370 RUNX2-211ENST00000625924 1458 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.13■■■□□ 2.25
SMARCA1P28370 PDF-201ENST00000288022 1158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.13■■■□□ 2.25
SMARCA1P28370 CRNDE-206ENST00000559432 587 ntTSL 3 BASIC29.13■■■□□ 2.25
SMARCA1P28370 AC078883.1-202ENST00000450443 1397 ntTSL 3 BASIC29.13■■■□□ 2.25
SMARCA1P28370 AQP1-203ENST00000409899 1009 ntTSL 1 (best) BASIC29.12■■■□□ 2.25
SMARCA1P28370 GRPEL2-204ENST00000513661 546 ntTSL 2 BASIC29.11■■■□□ 2.25
SMARCA1P28370 NTN3-201ENST00000293973 1986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.11■■■□□ 2.25
SMARCA1P28370 ABHD17C-202ENST00000558464 1976 ntTSL 1 (best) BASIC29.1■■■□□ 2.25
SMARCA1P28370 AC010907.1-201ENST00000441632 807 ntTSL 3 BASIC29.1■■■□□ 2.25
SMARCA1P28370 GAL3ST3-203ENST00000527878 1599 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.09■■■□□ 2.25
SMARCA1P28370 GPR75-ASB3-201ENST00000406625 2113 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.09■■■□□ 2.25
SMARCA1P28370 TRADD-201ENST00000345057 1877 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.09■■■□□ 2.25
SMARCA1P28370 FAM168B-201ENST00000389915 944 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC29.09■■■□□ 2.25
SMARCA1P28370 AC142086.6-201ENST00000621154 1765 ntBASIC29.08■■■□□ 2.25
SMARCA1P28370 MTCH1-201ENST00000373616 2006 ntTSL 1 (best) BASIC29.08■■■□□ 2.25
SMARCA1P28370 WSB2-201ENST00000315436 2646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.08■■■□□ 2.25
SMARCA1P28370 FAM117A-201ENST00000240364 2365 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.06■■■□□ 2.24
SMARCA1P28370 SMARCD3-203ENST00000392811 2018 ntTSL 1 (best) BASIC29.06■■■□□ 2.24
SMARCA1P28370 C17orf97-201ENST00000360127 1839 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.06■■■□□ 2.24
SMARCA1P28370 SETBP1-202ENST00000426838 1785 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.06■■■□□ 2.24
SMARCA1P28370 SLC25A23-203ENST00000334510 1424 ntTSL 1 (best) BASIC29.06■■■□□ 2.24
SMARCA1P28370 TAF10-201ENST00000299424 1215 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.06■■■□□ 2.24
SMARCA1P28370 LINC01918-201ENST00000436841 797 ntTSL 2 BASIC29.06■■■□□ 2.24
SMARCA1P28370 ACTG1-210ENST00000575842 2256 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.06■■■□□ 2.24
SMARCA1P28370 TBX1-201ENST00000329705 1465 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.05■■■□□ 2.24
SMARCA1P28370 KIF13A-207ENST00000502704 1330 ntTSL 1 (best) BASIC29.05■■■□□ 2.24
SMARCA1P28370 NELFB-202ENST00000634710 1887 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.05■■■□□ 2.24
SMARCA1P28370 ITGA9-203ENST00000422441 2282 ntTSL 1 (best) BASIC29.05■■■□□ 2.24
SMARCA1P28370 SHF-206ENST00000560471 2499 ntTSL 5 BASIC29.04■■■□□ 2.24
SMARCA1P28370 NREP-216ENST00000508870 540 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC29.04■■■□□ 2.24
SMARCA1P28370 DHRS13-203ENST00000426464 1569 ntTSL 2 BASIC29.04■■■□□ 2.24
SMARCA1P28370 TMEM200C-201ENST00000383490 1920 ntAPPRIS P1 BASIC29.04■■■□□ 2.24
SMARCA1P28370 MNX1-201ENST00000252971 2174 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.03■■■□□ 2.24
SMARCA1P28370 F8A1-201ENST00000610495 1713 ntAPPRIS P1 BASIC29.03■■■□□ 2.24
SMARCA1P28370 CMPK2-203ENST00000458098 1224 ntTSL 1 (best) BASIC29.03■■■□□ 2.24
SMARCA1P28370 KCTD15-206ENST00000588881 1211 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.03■■■□□ 2.24
SMARCA1P28370 RPARP-AS1-205ENST00000596045 431 ntTSL 3 BASIC29.03■■■□□ 2.24
SMARCA1P28370 SOWAHD-201ENST00000343905 1552 ntAPPRIS P1 BASIC29.03■■■□□ 2.24
SMARCA1P28370 PRR5-ARHGAP8-202ENST00000361473 2013 ntTSL 5 BASIC29.03■■■□□ 2.24
SMARCA1P28370 BANF1-208ENST00000533166 1135 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.02■■■□□ 2.24
SMARCA1P28370 MRPL4-201ENST00000253099 1455 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.02■■■□□ 2.24
SMARCA1P28370 LYPD6B-203ENST00000409642 1577 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.01■■■□□ 2.24
SMARCA1P28370 LINC01003-201ENST00000564834 1764 ntBASIC29.01■■■□□ 2.23
SMARCA1P28370 MRPL51-201ENST00000229238 1234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.01■■■□□ 2.23
SMARCA1P28370 ATOH7-201ENST00000373673 1480 ntAPPRIS P1 BASIC29.01■■■□□ 2.23
SMARCA1P28370 BCL7B-202ENST00000411832 1458 ntTSL 2 BASIC29■■■□□ 2.23
SMARCA1P28370 FBXL8-206ENST00000519917 1460 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29■■■□□ 2.23
SMARCA1P28370 TSPOAP1-AS1-203ENST00000579527 2042 ntTSL 2 BASIC29■■■□□ 2.23
SMARCA1P28370 TPT1-202ENST00000379055 948 ntTSL 2 BASIC29■■■□□ 2.23
SMARCA1P28370 HSD17B12-202ENST00000395700 994 ntTSL 1 (best) BASIC29■■■□□ 2.23
SMARCA1P28370 ANKRD9-205ENST00000560748 1413 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29■■■□□ 2.23
SMARCA1P28370 GGA1-204ENST00000381756 2107 ntTSL 1 (best) BASIC29■■■□□ 2.23
SMARCA1P28370 MDFIC-203ENST00000423503 474 ntTSL 1 (best) BASIC28.99■■■□□ 2.23
SMARCA1P28370 HOXD-AS2-201ENST00000426965 927 ntTSL 1 (best) BASIC28.99■■■□□ 2.23
SMARCA1P28370 KLHL21-203ENST00000463043 667 ntTSL 5 BASIC28.99■■■□□ 2.23
SMARCA1P28370 TMEM9-201ENST00000367330 1959 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.98■■■□□ 2.23
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 35 ms