RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000541410.1

CLIP1-216, Transcript of CAP-Gly domain containing linker protein 1, humanhuman

TSL 1 (best)

Gene CLIP1, Length 2,379 nt, Biotype retained intron, Subcellular localisation Cytosol, Nucleus, Ribosome .

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RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CLIP1-216ENST00000541410 CCER1Q8TC90 406 aaPredicted RBP22.14■■□□□ 1.14
CLIP1-216ENST00000541410 ZNF608Q9ULD9 1512 aaPredicted RBP22.14■■□□□ 1.13
CLIP1-216ENST00000541410 ATP1B4Q9UN42 357 aaPredicted RBP22.13■■□□□ 1.13
CLIP1-216ENST00000541410 WDR62O43379 1518 aa22.13■■□□□ 1.13
CLIP1-216ENST00000541410 PBRM1Q86U86 1689 aa22.13■■□□□ 1.13
CLIP1-216ENST00000541410 FHOD3Q2V2M9 1422 aa22.12■■□□□ 1.13
CLIP1-216ENST00000541410 ZEB1P37275 1124 aaPredicted RBP22.1■■□□□ 1.13
CLIP1-216ENST00000541410 IFT140Q96RY7 1462 aa22.05■■□□□ 1.12
CLIP1-216ENST00000541410 THOC2Q8NI27 1593 aaKnown RBP22.03■■□□□ 1.12
CLIP1-216ENST00000541410 PCF11O94913 1555 aaKnown RBP22.02■■□□□ 1.12
CLIP1-216ENST00000541410 GRIN2BQ13224 1484 aa22.01■■□□□ 1.11
CLIP1-216ENST00000541410 FHAD1B1AJZ9 1412 aa21.99■■□□□ 1.11
CLIP1-216ENST00000541410 ADAMTS12P58397 1594 aa21.99■■□□□ 1.11
CLIP1-216ENST00000541410 EFCAB5A4FU69 1503 aa21.98■■□□□ 1.11
CLIP1-216ENST00000541410 TIAM1Q13009 1591 aa21.97■■□□□ 1.11
CLIP1-216ENST00000541410 EIF4G3O43432 1585 aaKnown RBP21.96■■□□□ 1.11
CLIP1-216ENST00000541410 SNAPC4Q5SXM2 1469 aa21.93■■□□□ 1.1
CLIP1-216ENST00000541410 ITGAEP38570 1179 aa21.9■■□□□ 1.1
CLIP1-216ENST00000541410 SAMD9Q5K651 1589 aa21.89■■□□□ 1.1
CLIP1-216ENST00000541410 LRRC9Q6ZRR7 1453 aa21.89■■□□□ 1.09
CLIP1-216ENST00000541410 FBLN2P98095 1184 aa21.88■■□□□ 1.09
CLIP1-216ENST00000541410 CASKIN1Q8WXD9 1431 aa21.86■■□□□ 1.09
CLIP1-216ENST00000541410 FMN1Q68DA7 1419 aa21.86■■□□□ 1.09
CLIP1-216ENST00000541410 FYCO1Q9BQS8 1478 aa21.86■■□□□ 1.09
CLIP1-216ENST00000541410 CFAP43Q8NDM7 1665 aa21.85■■□□□ 1.09
CLIP1-216ENST00000541410 IQGAP2Q13576 1575 aa21.85■■□□□ 1.09
CLIP1-216ENST00000541410 MAP3K1Q13233 1512 aa21.85■■□□□ 1.09
CLIP1-216ENST00000541410 RRBP1Q9P2E9 1410 aaKnown RBP21.84■■□□□ 1.09
CLIP1-216ENST00000541410 CCNB3Q8WWL7 1395 aa21.83■■□□□ 1.08
CLIP1-216ENST00000541410 PHLDB1Q86UU1 1377 aa21.81■■□□□ 1.08
CLIP1-216ENST00000541410 CHMP7Q8WUX9 453 aaPredicted RBP21.81■■□□□ 1.08
CLIP1-216ENST00000541410 LRRIQ1Q96JM4 1722 aa21.8■■□□□ 1.08
CLIP1-216ENST00000541410 ARID3CA6NKF2 412 aa21.79■■□□□ 1.08
CLIP1-216ENST00000541410 GRIN2AQ12879 1464 aa21.79■■□□□ 1.08
CLIP1-216ENST00000541410 FAM50AQ14320 339 aaKnown RBP21.75■■□□□ 1.07
CLIP1-216ENST00000541410 MAGI1Q96QZ7 1491 aaPredicted RBP21.73■■□□□ 1.07
CLIP1-216ENST00000541410 MTUS2Q5JR59 1369 aa21.71■■□□□ 1.07
CLIP1-216ENST00000541410 KIAA0586Q9BVV6 1533 aa21.71■■□□□ 1.07
CLIP1-216ENST00000541410 SYNJ2O15056 1496 aa21.7■■□□□ 1.06
CLIP1-216ENST00000541410 CEP170Q5SW79 1584 aa21.68■■□□□ 1.06
CLIP1-216ENST00000541410 UGGT2Q9NYU1 1516 aa21.67■■□□□ 1.06
CLIP1-216ENST00000541410 DISP1Q96F81 1524 aa21.65■■□□□ 1.06
CLIP1-216ENST00000541410 KIAA0556O60303 1618 aa21.63■■□□□ 1.05
CLIP1-216ENST00000541410 CDK13Q14004 1512 aaKnown RBP21.61■■□□□ 1.05
CLIP1-216ENST00000541410 MAGI3Q5TCQ9 1506 aa21.61■■□□□ 1.05
CLIP1-216ENST00000541410 HECW1Q76N89 1606 aa21.59■■□□□ 1.05
CLIP1-216ENST00000541410 DHX57Q6P158 1386 aaKnown RBP21.58■■□□□ 1.05
CLIP1-216ENST00000541410 EPRSP07814 1512 aaKnown RBP21.58■■□□□ 1.04
CLIP1-216ENST00000541410 NCOA2Q15596 1464 aa21.57■■□□□ 1.04
CLIP1-216ENST00000541410 JPH4Q96JJ6 628 aa21.56■■□□□ 1.04
CLIP1-216ENST00000541410 NUP160Q12769 1436 aa21.54■■□□□ 1.04
CLIP1-216ENST00000541410 FGD6Q6ZV73 1430 aa21.54■■□□□ 1.04
CLIP1-216ENST00000541410 RAB3GAP2Q9H2M9 1393 aa21.54■■□□□ 1.04
CLIP1-216ENST00000541410 CCDC18Q5T9S5 1454 aa21.54■■□□□ 1.04
CLIP1-216ENST00000541410 SUPT6HQ7KZ85 1726 aaKnown RBP21.53■■□□□ 1.04
CLIP1-216ENST00000541410 EHBP1L1Q8N3D4 1523 aa21.53■■□□□ 1.04
CLIP1-216ENST00000541410 MYOM3Q5VTT5 1437 aa21.48■■□□□ 1.03
CLIP1-216ENST00000541410 PLB1Q6P1J6 1458 aa21.48■■□□□ 1.03
CLIP1-216ENST00000541410 RAPGEF6Q8TEU7 1601 aa21.47■■□□□ 1.03
CLIP1-216ENST00000541410 NUP153P49790 1475 aaKnown RBP21.47■■□□□ 1.03
CLIP1-216ENST00000541410 SETD5Q9C0A6 1442 aa21.47■■□□□ 1.03
CLIP1-216ENST00000541410 CHD1O14646 1710 aa21.46■■□□□ 1.03
CLIP1-216ENST00000541410 CARMIL2Q6F5E8 1435 aa21.44■■□□□ 1.02
CLIP1-216ENST00000541410 PTPRKQ15262 1439 aa21.42■■□□□ 1.02
CLIP1-216ENST00000541410 ARHGEF11O15085 1522 aa21.41■■□□□ 1.02
CLIP1-216ENST00000541410 PTPN23Q9H3S7 1636 aa21.4■■□□□ 1.02
CLIP1-216ENST00000541410 DROSHAQ9NRR4 1374 aaKnown RBP eCLIP21.4■■□□□ 1.02
CLIP1-216ENST00000541410 CHIC2Q9UKJ5 165 aa21.37■■□□□ 1.01
CLIP1-216ENST00000541410 PRG4Q92954 1404 aaPredicted RBP21.37■■□□□ 1.01
CLIP1-216ENST00000541410 CLSPNQ9HAW4 1339 aa21.35■■□□□ 1.01
CLIP1-216ENST00000541410 CDK11AQ9UQ88 783 aaPredicted RBP21.32■■□□□ 1
CLIP1-216ENST00000541410 MAPKBP1O60336 1514 aa21.32■■□□□ 1
CLIP1-216ENST00000541410 RRP7BPQ9NSQ0 103 aa21.31■■□□□ 1
CLIP1-216ENST00000541410 ZNF316A6NFI3 1004 aaPredicted RBP21.3■■□□□ 1
CLIP1-216ENST00000541410 ZNF644Q9H582 1327 aaPredicted RBP21.3■■□□□ 1
CLIP1-216ENST00000541410 DIEXFQ68CQ4 756 aaKnown RBP21.28■■□□□ 1
CLIP1-216ENST00000541410 SIN3AQ96ST3 1273 aa21.27■■□□□ 1
CLIP1-216ENST00000541410 PTPRGP23470 1445 aa21.26■□□□□ 0.99
CLIP1-216ENST00000541410 NEUROD1Q13562 356 aa21.26■□□□□ 0.99
CLIP1-216ENST00000541410 TCOF1Q13428 1488 aaKnown RBP21.25■□□□□ 0.99
CLIP1-216ENST00000541410 ABCA8O94911 1581 aa21.25■□□□□ 0.99
CLIP1-216ENST00000541410 KIF14Q15058 1648 aa21.25■□□□□ 0.99
CLIP1-216ENST00000541410 TROQ12816 1431 aaPredicted RBP21.25■□□□□ 0.99
CLIP1-216ENST00000541410 ERCC6L2Q5T890 1561 aa21.24■□□□□ 0.99
CLIP1-216ENST00000541410 HFM1A2PYH4 1435 aa21.24■□□□□ 0.99
CLIP1-216ENST00000541410 NAIPQ13075 1403 aa21.24■□□□□ 0.99
CLIP1-216ENST00000541410 MIA2Q96PC5 1412 aa21.23■□□□□ 0.99
CLIP1-216ENST00000541410 ZNF777Q9ULD5 760 aaPredicted RBP21.22■□□□□ 0.99
CLIP1-216ENST00000541410 ATP10BO94823 1461 aa21.22■□□□□ 0.99
CLIP1-216ENST00000541410 PLEKHD1A6NEE1 506 aa21.2■□□□□ 0.98
CLIP1-216ENST00000541410 CFDP1Q9UEE9 299 aaPredicted RBP21.18■□□□□ 0.98
CLIP1-216ENST00000541410 SHROOM2Q13796 1616 aa21.17■□□□□ 0.98
CLIP1-216ENST00000541410 KDM6BO15054 1643 aa21.15■□□□□ 0.98
CLIP1-216ENST00000541410 GPATCH8Q9UKJ3 1502 aaKnown RBP21.14■□□□□ 0.97
CLIP1-216ENST00000541410 DAPK1P53355 1430 aa21.13■□□□□ 0.97
CLIP1-216ENST00000541410 TRIM52Q96A61 297 aa21.12■□□□□ 0.97
CLIP1-216ENST00000541410 ADCY10Q96PN6 1610 aa21.12■□□□□ 0.97
CLIP1-216ENST00000541410 ABCC5O15440 1437 aa21.12■□□□□ 0.97
CLIP1-216ENST00000541410 UACAQ9BZF9 1416 aa21.11■□□□□ 0.97
CLIP1-216ENST00000541410 CAMSAP2Q08AD1 1489 aa21.1■□□□□ 0.97
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