RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000338045.7

LIMS1-202, Transcript of LIM zinc finger domain containing 1, humanhuman

TSL 1 (best) BASIC

Gene LIMS1, Length 1,876 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Cytosol .

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RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMS1-202ENST00000338045 MAGI1Q96QZ7 1491 aaPredicted RBP24.26■■□□□ 1.47
LIMS1-202ENST00000338045 TRIM26Q12899 539 aaPredicted RBP24.21■■□□□ 1.47
LIMS1-202ENST00000338045 EFCAB5A4FU69 1503 aa24.19■■□□□ 1.46
LIMS1-202ENST00000338045 SYNJ2O15056 1496 aa24.16■■□□□ 1.46
LIMS1-202ENST00000338045 GRIN2AQ12879 1464 aa24.16■■□□□ 1.46
LIMS1-202ENST00000338045 PCGF6Q9BYE7 350 aa24.15■■□□□ 1.46
LIMS1-202ENST00000338045 SAMD9Q5K651 1589 aa24.1■■□□□ 1.45
LIMS1-202ENST00000338045 PPARGC1BQ86YN6 1023 aaKnown RBP24.1■■□□□ 1.45
LIMS1-202ENST00000338045 IQGAP2Q13576 1575 aa24.09■■□□□ 1.45
LIMS1-202ENST00000338045 KIAA0586Q9BVV6 1533 aa24.07■■□□□ 1.44
LIMS1-202ENST00000338045 CHMP7Q8WUX9 453 aaPredicted RBP24.06■■□□□ 1.44
LIMS1-202ENST00000338045 FHOD3Q2V2M9 1422 aa24.04■■□□□ 1.44
LIMS1-202ENST00000338045 APLP2Q06481 763 aa24.02■■□□□ 1.44
LIMS1-202ENST00000338045 UGGT2Q9NYU1 1516 aa24.01■■□□□ 1.43
LIMS1-202ENST00000338045 NUP160Q12769 1436 aa24.01■■□□□ 1.43
LIMS1-202ENST00000338045 P3H3Q8IVL6 736 aa24■■□□□ 1.43
LIMS1-202ENST00000338045 CEP170Q5SW79 1584 aa24■■□□□ 1.43
LIMS1-202ENST00000338045 FMN1Q68DA7 1419 aa23.97■■□□□ 1.43
LIMS1-202ENST00000338045 MAP3K1Q13233 1512 aa23.95■■□□□ 1.42
LIMS1-202ENST00000338045 FBLN2P98095 1184 aa23.95■■□□□ 1.42
LIMS1-202ENST00000338045 PCF11O94913 1555 aaKnown RBP23.94■■□□□ 1.42
LIMS1-202ENST00000338045 FYCO1Q9BQS8 1478 aa23.92■■□□□ 1.42
LIMS1-202ENST00000338045 CASKIN1Q8WXD9 1431 aa23.92■■□□□ 1.42
LIMS1-202ENST00000338045 TTBK1Q5TCY1 1321 aaPredicted RBP23.88■■□□□ 1.41
LIMS1-202ENST00000338045 DISP1Q96F81 1524 aa23.88■■□□□ 1.41
LIMS1-202ENST00000338045 TIAM1Q13009 1591 aa23.87■■□□□ 1.41
LIMS1-202ENST00000338045 KIAA0556O60303 1618 aa23.85■■□□□ 1.41
LIMS1-202ENST00000338045 KANK4Q5T7N3 995 aaPredicted RBP23.85■■□□□ 1.41
LIMS1-202ENST00000338045 CHD1O14646 1710 aa23.85■■□□□ 1.41
LIMS1-202ENST00000338045 CFAP43Q8NDM7 1665 aa23.82■■□□□ 1.4
LIMS1-202ENST00000338045 JPH4Q96JJ6 628 aa23.79■■□□□ 1.4
LIMS1-202ENST00000338045 LRRC9Q6ZRR7 1453 aa23.77■■□□□ 1.4
LIMS1-202ENST00000338045 CARMIL2Q6F5E8 1435 aa23.73■■□□□ 1.39
LIMS1-202ENST00000338045 ATP1B4Q9UN42 357 aaPredicted RBP23.72■■□□□ 1.39
LIMS1-202ENST00000338045 LRRIQ1Q96JM4 1722 aa23.7■■□□□ 1.39
LIMS1-202ENST00000338045 HECW1Q76N89 1606 aa23.69■■□□□ 1.38
LIMS1-202ENST00000338045 CCDC18Q5T9S5 1454 aa23.67■■□□□ 1.38
LIMS1-202ENST00000338045 SHROOM2Q13796 1616 aa23.67■■□□□ 1.38
LIMS1-202ENST00000338045 CLASP1Q7Z460 1538 aa23.63■■□□□ 1.37
LIMS1-202ENST00000338045 PRG4Q92954 1404 aaPredicted RBP23.63■■□□□ 1.37
LIMS1-202ENST00000338045 RRBP1Q9P2E9 1410 aaKnown RBP23.63■■□□□ 1.37
LIMS1-202ENST00000338045 EPRSP07814 1512 aaKnown RBP23.62■■□□□ 1.37
LIMS1-202ENST00000338045 RAPGEF6Q8TEU7 1601 aa23.61■■□□□ 1.37
LIMS1-202ENST00000338045 NUP153P49790 1475 aaKnown RBP23.58■■□□□ 1.37
LIMS1-202ENST00000338045 MTUS2Q5JR59 1369 aa23.56■■□□□ 1.36
LIMS1-202ENST00000338045 EHBP1L1Q8N3D4 1523 aa23.55■■□□□ 1.36
LIMS1-202ENST00000338045 PLB1Q6P1J6 1458 aa23.55■■□□□ 1.36
LIMS1-202ENST00000338045 PHLDB1Q86UU1 1377 aa23.54■■□□□ 1.36
LIMS1-202ENST00000338045 CDK13Q14004 1512 aaKnown RBP23.54■■□□□ 1.36
LIMS1-202ENST00000338045 MAGI3Q5TCQ9 1506 aa23.53■■□□□ 1.36
LIMS1-202ENST00000338045 ABCA8O94911 1581 aa23.53■■□□□ 1.36
LIMS1-202ENST00000338045 CCNB3Q8WWL7 1395 aa23.53■■□□□ 1.36
LIMS1-202ENST00000338045 HRCP23327 699 aa23.5■■□□□ 1.35
LIMS1-202ENST00000338045 PTPRGP23470 1445 aa23.49■■□□□ 1.35
LIMS1-202ENST00000338045 SUPT6HQ7KZ85 1726 aaKnown RBP23.47■■□□□ 1.35
LIMS1-202ENST00000338045 ARHGEF11O15085 1522 aa23.47■■□□□ 1.35
LIMS1-202ENST00000338045 ERCC6L2Q5T890 1561 aa23.46■■□□□ 1.35
LIMS1-202ENST00000338045 NCOA2Q15596 1464 aa23.46■■□□□ 1.35
LIMS1-202ENST00000338045 HNRNPUL2Q1KMD3 747 aaKnown RBP23.42■■□□□ 1.34
LIMS1-202ENST00000338045 ARID3CA6NKF2 412 aa23.41■■□□□ 1.34
LIMS1-202ENST00000338045 DROSHAQ9NRR4 1374 aaKnown RBP eCLIP23.4■■□□□ 1.34
LIMS1-202ENST00000338045 CDK11AQ9UQ88 783 aaPredicted RBP23.39■■□□□ 1.34
LIMS1-202ENST00000338045 MYOM3Q5VTT5 1437 aa23.38■■□□□ 1.33
LIMS1-202ENST00000338045 FGD6Q6ZV73 1430 aa23.38■■□□□ 1.33
LIMS1-202ENST00000338045 UACAQ9BZF9 1416 aa23.38■■□□□ 1.33
LIMS1-202ENST00000338045 ATP10BO94823 1461 aa23.36■■□□□ 1.33
LIMS1-202ENST00000338045 OSCARQ8IYS5 282 aa23.36■■□□□ 1.33
LIMS1-202ENST00000338045 TROQ12816 1431 aaPredicted RBP23.35■■□□□ 1.33
LIMS1-202ENST00000338045 HNRNPUL2-BSCL2H3BQZ7 746 aaPredicted RBP23.32■■□□□ 1.32
LIMS1-202ENST00000338045 ABCC2Q92887 1545 aa23.31■■□□□ 1.32
LIMS1-202ENST00000338045 ADCY10Q96PN6 1610 aa23.29■■□□□ 1.32
LIMS1-202ENST00000338045 FAM50AQ14320 339 aaKnown RBP23.28■■□□□ 1.32
LIMS1-202ENST00000338045 MIA2Q96PC5 1412 aa23.27■■□□□ 1.32
LIMS1-202ENST00000338045 UHRF1BP1LA0JNW5 1464 aa23.27■■□□□ 1.32
LIMS1-202ENST00000338045 TCOF1Q13428 1488 aaKnown RBP23.25■■□□□ 1.31
LIMS1-202ENST00000338045 PLEKHD1A6NEE1 506 aa23.24■■□□□ 1.31
LIMS1-202ENST00000338045 PTPN23Q9H3S7 1636 aa23.24■■□□□ 1.31
LIMS1-202ENST00000338045 ZEB1P37275 1124 aaPredicted RBP23.23■■□□□ 1.31
LIMS1-202ENST00000338045 KIF14Q15058 1648 aa23.21■■□□□ 1.31
LIMS1-202ENST00000338045 ITGAEP38570 1179 aa23.2■■□□□ 1.3
LIMS1-202ENST00000338045 CCER1Q8TC90 406 aaPredicted RBP23.2■■□□□ 1.3
LIMS1-202ENST00000338045 KDM5BQ9UGL1 1544 aa23.18■■□□□ 1.3
LIMS1-202ENST00000338045 ABCC10Q5T3U5 1492 aa23.16■■□□□ 1.3
LIMS1-202ENST00000338045 GPATCH8Q9UKJ3 1502 aaKnown RBP23.15■■□□□ 1.3
LIMS1-202ENST00000338045 ITSN2Q9NZM3 1697 aa23.14■■□□□ 1.29
LIMS1-202ENST00000338045 ZCCHC11Q5TAX3 1644 aaKnown RBP23.12■■□□□ 1.29
LIMS1-202ENST00000338045 PTPRKQ15262 1439 aa23.12■■□□□ 1.29
LIMS1-202ENST00000338045 SETD5Q9C0A6 1442 aa23.1■■□□□ 1.29
LIMS1-202ENST00000338045 RAB3GAP2Q9H2M9 1393 aa23.07■■□□□ 1.28
LIMS1-202ENST00000338045 CDC42BPAQ5VT25 1732 aa23.06■■□□□ 1.28
LIMS1-202ENST00000338045 CFDP1Q9UEE9 299 aaPredicted RBP23.06■■□□□ 1.28
LIMS1-202ENST00000338045 HFM1A2PYH4 1435 aa23.03■■□□□ 1.28
LIMS1-202ENST00000338045 CAMSAP2Q08AD1 1489 aa23.02■■□□□ 1.28
LIMS1-202ENST00000338045 DHX57Q6P158 1386 aaKnown RBP23.02■■□□□ 1.28
LIMS1-202ENST00000338045 ZNF644Q9H582 1327 aaPredicted RBP23.02■■□□□ 1.28
LIMS1-202ENST00000338045 DNMT1P26358 1616 aaKnown RBP23.02■■□□□ 1.28
LIMS1-202ENST00000338045 AKNAQ7Z591 1439 aa23■■□□□ 1.27
LIMS1-202ENST00000338045 GEMIN5Q8TEQ6 1508 aaKnown RBP eCLIP23■■□□□ 1.27
LIMS1-202ENST00000338045 DAPK1P53355 1430 aa23■■□□□ 1.27
LIMS1-202ENST00000338045 ABCC5O15440 1437 aa22.99■■□□□ 1.27
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