RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000338045.7

LIMS1-202, Transcript of LIM zinc finger domain containing 1, humanhuman

TSL 1 (best) BASIC

Gene LIMS1, Length 1,876 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Cytosol .

Download Table  
RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMS1-202ENST00000338045 NISCHQ9Y2I1 1504 aa35.18■■■■□ 3.22
LIMS1-202ENST00000338045 CCDC180Q9P1Z9 1646 aa30.68■■■□□ 2.5
LIMS1-202ENST00000338045 ZCCHC6Q5VYS8 1495 aaKnown RBP29.57■■■□□ 2.32
LIMS1-202ENST00000338045 DCAF1Q9Y4B6 1507 aa29.14■■■□□ 2.26
LIMS1-202ENST00000338045 ABCC9O60706 1549 aa28.96■■■□□ 2.23
LIMS1-202ENST00000338045 DCAF8L2P0C7V8 631 aa28.93■■■□□ 2.22
LIMS1-202ENST00000338045 MYO15BQ96JP2 1530 aa28.81■■■□□ 2.2
LIMS1-202ENST00000338045 SHROOM4Q9ULL8 1493 aa28.59■■■□□ 2.17
LIMS1-202ENST00000338045 NACADO15069 1562 aa28.58■■■□□ 2.17
LIMS1-202ENST00000338045 RB1CC1Q8TDY2 1594 aa28.31■■■□□ 2.12
LIMS1-202ENST00000338045 SCRIBQ14160 1630 aa28.15■■■□□ 2.1
LIMS1-202ENST00000338045 UNC13AQ9UPW8 1703 aa27.72■■■□□ 2.03
LIMS1-202ENST00000338045 SUPT5HO00267 1087 aaKnown RBP27.51■■□□□ 1.99
LIMS1-202ENST00000338045 BICRAQ9NZM4 1560 aa27.48■■□□□ 1.99
LIMS1-202ENST00000338045 CECR2Q9BXF3 1484 aa27.31■■□□□ 1.96
LIMS1-202ENST00000338045 RSF1Q96T23 1441 aaPredicted RBP27.29■■□□□ 1.96
LIMS1-202ENST00000338045 PABPN1Q86U42 306 aaKnown RBP eCLIP27.29■■□□□ 1.96
LIMS1-202ENST00000338045 MROH2BQ7Z745 1585 aa27.17■■□□□ 1.94
LIMS1-202ENST00000338045 BAZ1AQ9NRL2 1556 aaPredicted RBP27.16■■□□□ 1.94
LIMS1-202ENST00000338045 SMARCA4P51532 1647 aa27.03■■□□□ 1.92
LIMS1-202ENST00000338045 WIZO95785 1651 aa26.92■■□□□ 1.9
LIMS1-202ENST00000338045 PEG3Q9GZU2 1588 aa26.75■■□□□ 1.87
LIMS1-202ENST00000338045 TOP2AP11388 1531 aaKnown RBP26.67■■□□□ 1.86
LIMS1-202ENST00000338045 EIF4G1Q04637 1599 aaKnown RBP26.64■■□□□ 1.85
LIMS1-202ENST00000338045 ATAD2BQ9ULI0 1458 aa26.6■■□□□ 1.85
LIMS1-202ENST00000338045 SMARCA2P51531 1590 aa26.58■■□□□ 1.85
LIMS1-202ENST00000338045 BAZ1BQ9UIG0 1483 aaKnown RBP26.43■■□□□ 1.82
LIMS1-202ENST00000338045 NCAPD3P42695 1498 aa26.4■■□□□ 1.82
LIMS1-202ENST00000338045 CHIC1Q5VXU3 224 aa26.4■■□□□ 1.82
LIMS1-202ENST00000338045 CCDC88BA6NC98 1476 aa26.39■■□□□ 1.82
LIMS1-202ENST00000338045 HMGXB3Q12766 1538 aa26.35■■□□□ 1.81
LIMS1-202ENST00000338045 CC2D2AQ9P2K1 1620 aa26.23■■□□□ 1.79
LIMS1-202ENST00000338045 TRIM41Q8WV44 630 aa25.89■■□□□ 1.74
LIMS1-202ENST00000338045 CFTRP13569 1480 aa25.8■■□□□ 1.72
LIMS1-202ENST00000338045 ABCC8Q09428 1581 aa25.8■■□□□ 1.72
LIMS1-202ENST00000338045 CADPSQ9ULU8 1353 aa25.69■■□□□ 1.7
LIMS1-202ENST00000338045 WRNQ14191 1432 aaPredicted RBP eCLIP25.67■■□□□ 1.7
LIMS1-202ENST00000338045 PRDM2Q13029 1718 aa25.63■■□□□ 1.69
LIMS1-202ENST00000338045 DNAJC5BQ9UF47 199 aa25.56■■□□□ 1.68
LIMS1-202ENST00000338045 SYNJ1O43426 1573 aa25.56■■□□□ 1.68
LIMS1-202ENST00000338045 LAMC3Q9Y6N6 1575 aa25.48■■□□□ 1.67
LIMS1-202ENST00000338045 TOP2BQ02880 1626 aa25.47■■□□□ 1.67
LIMS1-202ENST00000338045 BIVM-ERCC5R4GMW8 1640 aa25.45■■□□□ 1.66
LIMS1-202ENST00000338045 NESP48681 1621 aa25.43■■□□□ 1.66
LIMS1-202ENST00000338045 CUX1P39880 1505 aa25.4■■□□□ 1.66
LIMS1-202ENST00000338045 FANCD2Q9BXW9 1451 aa25.4■■□□□ 1.66
LIMS1-202ENST00000338045 FAM9AQ8IZU1 332 aaPredicted RBP25.37■■□□□ 1.65
LIMS1-202ENST00000338045 LOC105371045A0A1W2PR82 267 aa25.34■■□□□ 1.65
LIMS1-202ENST00000338045 SOGA1O94964 1423 aa25.33■■□□□ 1.65
LIMS1-202ENST00000338045 EEA1Q15075 1411 aa25.33■■□□□ 1.65
LIMS1-202ENST00000338045 PDS5BQ9NTI5 1447 aa25.27■■□□□ 1.64
LIMS1-202ENST00000338045 RUSC2Q8N2Y8 1516 aa25.24■■□□□ 1.63
LIMS1-202ENST00000338045 CEP164Q9UPV0 1460 aa25.23■■□□□ 1.63
LIMS1-202ENST00000338045 DNMBPQ6XZF7 1577 aa25.17■■□□□ 1.62
LIMS1-202ENST00000338045 CSRNP3Q8WYN3 585 aa25.15■■□□□ 1.62
LIMS1-202ENST00000338045 TOPBP1Q92547 1522 aa25.13■■□□□ 1.61
LIMS1-202ENST00000338045 KIF21AQ7Z4S6 1674 aa25.11■■□□□ 1.61
LIMS1-202ENST00000338045 FGD5Q6ZNL6 1462 aa25.11■■□□□ 1.61
LIMS1-202ENST00000338045 URB2Q14146 1524 aaKnown RBP25.09■■□□□ 1.61
LIMS1-202ENST00000338045 KIF27Q86VH2 1401 aa25.02■■□□□ 1.6
LIMS1-202ENST00000338045 POLA1P09884 1462 aaPredicted RBP25.01■■□□□ 1.59
LIMS1-202ENST00000338045 KIF21BO75037 1637 aa24.99■■□□□ 1.59
LIMS1-202ENST00000338045 EHMT2Q96KQ7 1210 aa24.96■■□□□ 1.59
LIMS1-202ENST00000338045 GOLGA3Q08378 1498 aa24.95■■□□□ 1.58
LIMS1-202ENST00000338045 CUX2O14529 1486 aa24.94■■□□□ 1.58
LIMS1-202ENST00000338045 MRC2Q9UBG0 1479 aa24.94■■□□□ 1.58
LIMS1-202ENST00000338045 ABCA10Q8WWZ4 1543 aa24.92■■□□□ 1.58
LIMS1-202ENST00000338045 RAD54L2Q9Y4B4 1467 aa24.9■■□□□ 1.58
LIMS1-202ENST00000338045 TNIKQ9UKE5 1360 aa24.89■■□□□ 1.57
LIMS1-202ENST00000338045 PRXQ9BXM0 1461 aa24.89■■□□□ 1.57
LIMS1-202ENST00000338045 RAPGEF2Q9Y4G8 1499 aa24.83■■□□□ 1.57
LIMS1-202ENST00000338045 WDR62O43379 1518 aa24.83■■□□□ 1.57
LIMS1-202ENST00000338045 ERICH3Q5RHP9 1530 aa24.83■■□□□ 1.57
LIMS1-202ENST00000338045 WDR97A6NE52 1622 aa24.83■■□□□ 1.56
LIMS1-202ENST00000338045 IGF1RP08069 1367 aa24.82■■□□□ 1.56
LIMS1-202ENST00000338045 ERCC6Q03468 1493 aa24.82■■□□□ 1.56
LIMS1-202ENST00000338045 UBTFP17480 764 aaKnown RBP24.78■■□□□ 1.56
LIMS1-202ENST00000338045 TARBP1Q13395 1621 aaKnown RBP24.76■■□□□ 1.55
LIMS1-202ENST00000338045 THOC2Q8NI27 1593 aaKnown RBP24.74■■□□□ 1.55
LIMS1-202ENST00000338045 CEP162Q5TB80 1403 aa24.73■■□□□ 1.55
LIMS1-202ENST00000338045 ABCA5Q8WWZ7 1642 aa24.71■■□□□ 1.55
LIMS1-202ENST00000338045 CARMIL1Q5VZK9 1371 aa24.67■■□□□ 1.54
LIMS1-202ENST00000338045 TDRD9Q8NDG6 1382 aaKnown RBP24.65■■□□□ 1.54
LIMS1-202ENST00000338045 GAPVD1Q14C86 1478 aa24.65■■□□□ 1.54
LIMS1-202ENST00000338045 IFT140Q96RY7 1462 aa24.65■■□□□ 1.54
LIMS1-202ENST00000338045 CUL7Q14999 1698 aa24.61■■□□□ 1.53
LIMS1-202ENST00000338045 CLIP1P30622 1438 aa24.54■■□□□ 1.52
LIMS1-202ENST00000338045 AQRO60306 1485 aaKnown RBP eCLIP24.5■■□□□ 1.51
LIMS1-202ENST00000338045 ZNF608Q9ULD9 1512 aaPredicted RBP24.49■■□□□ 1.51
LIMS1-202ENST00000338045 PBRM1Q86U86 1689 aa24.48■■□□□ 1.51
LIMS1-202ENST00000338045 GRIN2BQ13224 1484 aa24.46■■□□□ 1.51
LIMS1-202ENST00000338045 EIF4G3O43432 1585 aaKnown RBP24.41■■□□□ 1.5
LIMS1-202ENST00000338045 FHAD1B1AJZ9 1412 aa24.39■■□□□ 1.5
LIMS1-202ENST00000338045 ADAMTS12P58397 1594 aa24.38■■□□□ 1.49
LIMS1-202ENST00000338045 VPS8Q8N3P4 1428 aa24.34■■□□□ 1.49
LIMS1-202ENST00000338045 ARAP1Q96P48 1450 aa24.32■■□□□ 1.48
LIMS1-202ENST00000338045 ARHGAP35Q9NRY4 1499 aa24.32■■□□□ 1.48
LIMS1-202ENST00000338045 CTTNBP2Q8WZ74 1663 aa24.31■■□□□ 1.48
LIMS1-202ENST00000338045 RANGAP1P46060 587 aaPredicted RBP24.31■■□□□ 1.48
LIMS1-202ENST00000338045 SNAPC4Q5SXM2 1469 aa24.28■■□□□ 1.48
Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 10.3 ms