Protein–RNA interactions for Protein: O60663

LMX1B, LIM homeobox transcription factor 1-beta, humanhuman

Predictions only

Length 402 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LMX1BO60663 ROM1-201ENST00000278833 1878 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
LMX1BO60663 PEA15-201ENST00000360472 2471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
LMX1BO60663 AC100797.4-201ENST00000631653 1827 ntBASIC22.25■■□□□ 1.15
LMX1BO60663 AC021231.2-201ENST00000594613 730 ntBASIC22.25■■□□□ 1.15
LMX1BO60663 TMEM187-201ENST00000369982 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
LMX1BO60663 ZNF276-202ENST00000443381 2267 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
LMX1BO60663 FAH-213ENST00000561421 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
LMX1BO60663 GTF3C4-202ENST00000483873 1417 ntTSL 3 BASIC22.24■■□□□ 1.15
LMX1BO60663 SNTB1-202ENST00000517992 2273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
LMX1BO60663 FKBP1A-205ENST00000439640 1583 ntTSL 3 BASIC22.24■■□□□ 1.15
LMX1BO60663 ZNF768-201ENST00000380412 2315 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
LMX1BO60663 REXO4-201ENST00000371935 1899 ntTSL 3 BASIC22.24■■□□□ 1.15
LMX1BO60663 ANKRD65-205ENST00000537107 2190 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.23■■□□□ 1.15
LMX1BO60663 CCDC149-203ENST00000502801 1079 ntTSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
LMX1BO60663 MIR4449-201ENST00000578365 66 ntBASIC22.23■■□□□ 1.15
LMX1BO60663 AP000547.3-202ENST00000592107 1019 ntTSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
LMX1BO60663 PROC-203ENST00000409048 1586 ntTSL 5 BASIC22.23■■□□□ 1.15
LMX1BO60663 CAPNS1-204ENST00000587718 1558 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
LMX1BO60663 BX255925.1-201ENST00000566954 1854 ntBASIC22.23■■□□□ 1.15
LMX1BO60663 OTUD5-208ENST00000610466 2487 ntTSL 5 BASIC22.23■■□□□ 1.15
LMX1BO60663 SLC25A6-201ENST00000381401 2062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
LMX1BO60663 HMCES-202ENST00000389735 1763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
LMX1BO60663 CCKBR-201ENST00000334619 2121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
LMX1BO60663 NPC2-207ENST00000555619 1035 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
LMX1BO60663 C11orf80-218ENST00000540737 1786 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.22■■□□□ 1.15
LMX1BO60663 MRAP2-201ENST00000257776 2153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
LMX1BO60663 LDLRAD4-218ENST00000592991 1640 ntTSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
LMX1BO60663 MIR639-201ENST00000384974 98 ntBASIC22.21■■□□□ 1.15
LMX1BO60663 MACF1-219ENST00000484793 834 ntTSL 2 BASIC22.21■■□□□ 1.15
LMX1BO60663 DNAJC21-201ENST00000342382 2309 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
LMX1BO60663 RP9P-201ENST00000381639 1303 ntTSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
LMX1BO60663 KCNJ4-201ENST00000303592 2065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
LMX1BO60663 SCX-201ENST00000567180 999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
LMX1BO60663 HDGFL1-201ENST00000510882 2174 ntAPPRIS P1 BASIC22.2■■□□□ 1.14
LMX1BO60663 KLC2-205ENST00000394078 1557 ntTSL 5 BASIC22.2■■□□□ 1.14
LMX1BO60663 AC116407.1-201ENST00000398832 1599 ntTSL 2 BASIC22.2■■□□□ 1.14
LMX1BO60663 MTMR1-202ENST00000370390 2755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
LMX1BO60663 TXNL4A-210ENST00000591711 669 ntTSL 2 BASIC22.19■■□□□ 1.14
LMX1BO60663 ITPKA-201ENST00000260386 1824 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
LMX1BO60663 SHOX2-201ENST00000389589 2072 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
LMX1BO60663 NDEL1-202ENST00000380025 2181 ntTSL 5 BASIC22.19■■□□□ 1.14
LMX1BO60663 HDHD5-202ENST00000336737 1799 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
LMX1BO60663 INPP4A-203ENST00000409463 1565 ntTSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
LMX1BO60663 BARX1-201ENST00000253968 1533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
LMX1BO60663 AC108673.1-201ENST00000510422 1159 ntBASIC22.18■■□□□ 1.14
LMX1BO60663 ABHD17C-202ENST00000558464 1976 ntTSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
LMX1BO60663 HINT2-201ENST00000259667 628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
LMX1BO60663 UBE2A-207ENST00000628549 934 ntTSL 2 BASIC22.17■■□□□ 1.14
LMX1BO60663 VIPR2-203ENST00000402066 1926 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.17■■□□□ 1.14
LMX1BO60663 LZTS2-201ENST00000370220 5741 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
LMX1BO60663 NAPA-201ENST00000263354 1839 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
LMX1BO60663 FRAT2-201ENST00000371019 2213 ntAPPRIS P1 BASIC22.16■■□□□ 1.14
LMX1BO60663 FADD-201ENST00000301838 1841 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
LMX1BO60663 DDN-AS1-203ENST00000552284 934 ntTSL 3 BASIC22.16■■□□□ 1.14
LMX1BO60663 HSD11B1L-202ENST00000339423 1660 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
LMX1BO60663 FAM107B-205ENST00000378467 2374 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
LMX1BO60663 CYB5R3-201ENST00000352397 2124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
LMX1BO60663 QDPR-201ENST00000281243 1648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
LMX1BO60663 EID2-201ENST00000390658 1629 ntAPPRIS P1 BASIC22.15■■□□□ 1.14
LMX1BO60663 RCE1-201ENST00000309657 1485 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
LMX1BO60663 AL118558.1-203ENST00000553701 447 ntTSL 3 BASIC22.14■■□□□ 1.13
LMX1BO60663 RNF166-209ENST00000567844 633 ntTSL 5 BASIC22.14■■□□□ 1.13
LMX1BO60663 LINC01003-201ENST00000564834 1764 ntBASIC22.14■■□□□ 1.13
LMX1BO60663 RAB3IL1-202ENST00000394836 2284 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
LMX1BO60663 RCAN1-201ENST00000313806 2490 ntTSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
LMX1BO60663 C14orf80-202ENST00000334656 1358 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.12■■□□□ 1.13
LMX1BO60663 CALM3-209ENST00000597743 577 ntTSL 4 BASIC22.12■■□□□ 1.13
LMX1BO60663 CCDC61-204ENST00000595358 1817 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.12■■□□□ 1.13
LMX1BO60663 DNLZ-201ENST00000371738 724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
LMX1BO60663 MIR3648-2-201ENST00000581792 180 ntBASIC22.11■■□□□ 1.13
LMX1BO60663 MIR3648-1-201ENST00000615959 180 ntBASIC22.11■■□□□ 1.13
LMX1BO60663 GDI1-215ENST00000630693 786 ntTSL 4 BASIC22.11■■□□□ 1.13
LMX1BO60663 TRADD-201ENST00000345057 1877 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
LMX1BO60663 PIK3R2-207ENST00000617130 2187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
LMX1BO60663 TANGO2-214ENST00000447208 2086 ntTSL 3 BASIC22.1■■□□□ 1.13
LMX1BO60663 KIAA1456-206ENST00000528753 2392 ntTSL 2 BASIC22.1■■□□□ 1.13
LMX1BO60663 POLR1D-201ENST00000302979 1166 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
LMX1BO60663 CPTP-201ENST00000343938 2190 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.1■■□□□ 1.13
LMX1BO60663 DTNBP1-202ENST00000344537 1403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
LMX1BO60663 AC016575.1-201ENST00000607026 382 ntBASIC22.1■■□□□ 1.13
LMX1BO60663 MIR6090-201ENST00000622481 60 ntBASIC22.1■■□□□ 1.13
LMX1BO60663 CACNG7-203ENST00000391767 2688 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.09■■□□□ 1.13
LMX1BO60663 KRT18-201ENST00000388835 1562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
LMX1BO60663 AC027237.3-202ENST00000558617 1778 ntTSL 2 BASIC22.09■■□□□ 1.13
LMX1BO60663 ACAA1-220ENST00000627515 1862 ntTSL 5 BASIC22.09■■□□□ 1.13
LMX1BO60663 SV2B-203ENST00000545111 2099 ntTSL 2 BASIC22.08■■□□□ 1.13
LMX1BO60663 CLK2-203ENST00000368361 2166 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
LMX1BO60663 UCK1-204ENST00000372215 2167 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
LMX1BO60663 AJAP1-201ENST00000378190 2383 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.08■■□□□ 1.13
LMX1BO60663 CENPV-201ENST00000299736 1165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
LMX1BO60663 CLEC3B-202ENST00000428034 752 ntTSL 2 BASIC22.08■■□□□ 1.13
LMX1BO60663 SLC35D2-201ENST00000253270 1613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
LMX1BO60663 RTN2-202ENST00000344680 2063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.12
LMX1BO60663 NXPH3-201ENST00000328741 2179 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.12
LMX1BO60663 LMO2-201ENST00000257818 2294 ntTSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.12
LMX1BO60663 RRNAD1-201ENST00000368216 2254 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.12
LMX1BO60663 MFSD12-202ENST00000389395 2039 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
LMX1BO60663 GSX1-201ENST00000302945 1663 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
LMX1BO60663 PHF23-205ENST00000571362 1768 ntTSL 2 BASIC22.07■■□□□ 1.12
LMX1BO60663 RNF19B-201ENST00000235150 2334 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 10.6 ms