Protein–RNA interactions for Protein: Q7Z494

NPHP3, Nephrocystin-3, humanhuman

Predictions only

Length 1,330 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
NPHP3Q7Z494 GFER-205ENST00000569451 517 ntTSL 5 BASIC35.75■■■■□ 3.31
NPHP3Q7Z494 CAPNS1-201ENST00000246533 1918 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC35.74■■■■□ 3.31
NPHP3Q7Z494 LAGE3-201ENST00000357360 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.74■■■■□ 3.31
NPHP3Q7Z494 LINC01770-201ENST00000417917 634 ntTSL 2 BASIC35.74■■■■□ 3.31
NPHP3Q7Z494 IGFBPL1-201ENST00000377694 1093 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC35.73■■■■□ 3.31
NPHP3Q7Z494 GAL3ST1-204ENST00000402369 1712 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC35.7■■■■□ 3.31
NPHP3Q7Z494 STUB1-205ENST00000565677 1560 ntTSL 1 (best) BASIC35.7■■■■□ 3.31
NPHP3Q7Z494 ATOH7-201ENST00000373673 1480 ntAPPRIS P1 BASIC35.7■■■■□ 3.31
NPHP3Q7Z494 TSPY13P-201ENST00000338964 914 ntBASIC35.7■■■■□ 3.31
NPHP3Q7Z494 FGF13-AS1-202ENST00000446383 584 ntTSL 3 BASIC35.7■■■■□ 3.31
NPHP3Q7Z494 BTBD19-201ENST00000409335 1214 ntTSL 5 BASIC35.69■■■■□ 3.3
NPHP3Q7Z494 AL161658.1-201ENST00000623641 1967 ntBASIC35.69■■■■□ 3.3
NPHP3Q7Z494 MSX1-201ENST00000382723 1939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.68■■■■□ 3.3
NPHP3Q7Z494 YBX2-201ENST00000007699 1590 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.68■■■■□ 3.3
NPHP3Q7Z494 NIT1-201ENST00000368007 1749 ntTSL 2 BASIC35.68■■■■□ 3.3
NPHP3Q7Z494 C7orf50-202ENST00000397098 2131 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC35.68■■■■□ 3.3
NPHP3Q7Z494 GSX2-202ENST00000503800 1181 ntTSL 5 BASIC35.68■■■■□ 3.3
NPHP3Q7Z494 TSPAN3-203ENST00000424443 1530 ntTSL 2 BASIC35.68■■■■□ 3.3
NPHP3Q7Z494 C1orf232-201ENST00000634842 643 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC35.67■■■■□ 3.3
NPHP3Q7Z494 CHST12-204ENST00000618655 2131 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.67■■■■□ 3.3
NPHP3Q7Z494 ENDOG-201ENST00000372642 1172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.66■■■■□ 3.3
NPHP3Q7Z494 PLEKHF2-202ENST00000519516 1144 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC35.66■■■■□ 3.3
NPHP3Q7Z494 GKAP1-203ENST00000376371 1778 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.66■■■■□ 3.3
NPHP3Q7Z494 FSD1L-204ENST00000469022 1836 ntTSL 1 (best) BASIC35.66■■■■□ 3.3
NPHP3Q7Z494 UCK1-201ENST00000372208 2063 ntTSL 1 (best) BASIC35.65■■■■□ 3.3
NPHP3Q7Z494 MZT2B-201ENST00000281871 933 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC35.65■■■■□ 3.3
NPHP3Q7Z494 MZT2A-201ENST00000309451 624 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.65■■■■□ 3.3
NPHP3Q7Z494 AC148477.6-201ENST00000623746 465 ntBASIC35.65■■■■□ 3.3
NPHP3Q7Z494 COQ2-202ENST00000311469 1641 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC35.64■■■■□ 3.3
NPHP3Q7Z494 KRT18P60-201ENST00000312876 1297 ntBASIC35.64■■■■□ 3.3
NPHP3Q7Z494 UPF3A-209ENST00000492270 494 ntTSL 2 BASIC35.64■■■■□ 3.3
NPHP3Q7Z494 CCDC37-AS1-202ENST00000506660 986 ntTSL 1 (best) BASIC35.64■■■■□ 3.3
NPHP3Q7Z494 AC004987.1-201ENST00000428627 508 ntBASIC35.63■■■■□ 3.29
NPHP3Q7Z494 HOMER3-207ENST00000594794 903 ntTSL 5 BASIC35.63■■■■□ 3.29
NPHP3Q7Z494 SH3GLB2-201ENST00000372554 1985 ntTSL 1 (best) BASIC35.63■■■■□ 3.29
NPHP3Q7Z494 EIF5A-202ENST00000336458 1511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.63■■■■□ 3.29
NPHP3Q7Z494 ATP5G2P3-201ENST00000429083 425 ntBASIC35.61■■■■□ 3.29
NPHP3Q7Z494 ENKD1-201ENST00000243878 1579 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.61■■■■□ 3.29
NPHP3Q7Z494 TMEM55B-202ENST00000398020 1696 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC35.6■■■■□ 3.29
NPHP3Q7Z494 PELI3-203ENST00000524466 1671 ntTSL 1 (best) BASIC35.6■■■■□ 3.29
NPHP3Q7Z494 TTC39C-209ENST00000584250 1048 ntTSL 1 (best) BASIC35.59■■■■□ 3.29
NPHP3Q7Z494 RAB4B-203ENST00000594800 1173 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC35.59■■■■□ 3.29
NPHP3Q7Z494 AC135983.2-203ENST00000454486 1613 ntBASIC35.59■■■■□ 3.29
NPHP3Q7Z494 RARRES2P1-201ENST00000474487 481 ntBASIC35.58■■■■□ 3.29
NPHP3Q7Z494 SAP25-204ENST00000622764 1031 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC35.58■■■■□ 3.29
NPHP3Q7Z494 WHAMMP2-203ENST00000563942 1603 ntBASIC35.58■■■■□ 3.29
NPHP3Q7Z494 PRRX2-201ENST00000372469 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.58■■■■□ 3.29
NPHP3Q7Z494 PI4KAP1-202ENST00000611748 1906 ntTSL 1 (best) BASIC35.57■■■■□ 3.28
NPHP3Q7Z494 MLST8-203ENST00000397124 1691 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC35.57■■■■□ 3.28
NPHP3Q7Z494 AC092296.2-201ENST00000589470 999 ntBASIC35.57■■■■□ 3.28
NPHP3Q7Z494 MSRB2-201ENST00000376510 1803 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.56■■■■□ 3.28
NPHP3Q7Z494 GUK1-208ENST00000366728 842 ntTSL 2 BASIC35.56■■■■□ 3.28
NPHP3Q7Z494 MCCD1-201ENST00000376191 955 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.56■■■■□ 3.28
NPHP3Q7Z494 DSG2-202ENST00000585206 1081 ntTSL 2 BASIC35.56■■■■□ 3.28
NPHP3Q7Z494 C9orf50-201ENST00000372478 1620 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC35.55■■■■□ 3.28
NPHP3Q7Z494 LACTBL1-202ENST00000618559 1500 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC35.54■■■■□ 3.28
NPHP3Q7Z494 ZMYND19-201ENST00000298585 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.54■■■■□ 3.28
NPHP3Q7Z494 PLEKHJ1-204ENST00000586608 935 ntTSL 3 BASIC35.54■■■■□ 3.28
NPHP3Q7Z494 GNAS-AS1_1.1-201ENST00000621898 103 ntBASIC35.54■■■■□ 3.28
NPHP3Q7Z494 C11orf63-202ENST00000307257 1964 ntTSL 2 BASIC35.52■■■■□ 3.28
NPHP3Q7Z494 KCTD15-206ENST00000588881 1211 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC35.52■■■■□ 3.28
NPHP3Q7Z494 TBX2-AS1-202ENST00000589814 539 ntTSL 3 BASIC35.52■■■■□ 3.28
NPHP3Q7Z494 SLC9A3-AS1-207ENST00000607286 1357 ntTSL 5 BASIC35.51■■■■□ 3.28
NPHP3Q7Z494 RASSF7-202ENST00000397583 1928 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC35.5■■■■□ 3.27
NPHP3Q7Z494 AC110285.7-201ENST00000624417 1536 ntBASIC35.5■■■■□ 3.27
NPHP3Q7Z494 GPR137-202ENST00000377702 1478 ntTSL 1 (best) BASIC35.49■■■■□ 3.27
NPHP3Q7Z494 AC138207.2-201ENST00000583377 492 ntTSL 2 BASIC35.49■■■■□ 3.27
NPHP3Q7Z494 AC127502.1-201ENST00000399971 1502 ntBASIC35.48■■■■□ 3.27
NPHP3Q7Z494 PPP1R14A-201ENST00000301242 777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.48■■■■□ 3.27
NPHP3Q7Z494 FCGRT-217ENST00000599988 660 ntTSL 5 BASIC35.48■■■■□ 3.27
NPHP3Q7Z494 EPB41L4A-AS2-201ENST00000623705 1396 ntBASIC35.48■■■■□ 3.27
NPHP3Q7Z494 C16orf59-202ENST00000483320 1709 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC35.48■■■■□ 3.27
NPHP3Q7Z494 TOMM40-201ENST00000252487 1707 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC35.47■■■■□ 3.27
NPHP3Q7Z494 TOMM40-202ENST00000405636 1709 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC35.47■■■■□ 3.27
NPHP3Q7Z494 MARCKSL1-201ENST00000329421 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.46■■■■□ 3.27
NPHP3Q7Z494 BCL7B-201ENST00000223368 1975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.45■■■■□ 3.26
NPHP3Q7Z494 LSM6-202ENST00000502781 1352 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.44■■■■□ 3.26
NPHP3Q7Z494 RPS2-210ENST00000530225 765 ntTSL 2 BASIC35.44■■■■□ 3.26
NPHP3Q7Z494 OPRD1-202ENST00000621425 1217 ntTSL 1 (best) BASIC35.44■■■■□ 3.26
NPHP3Q7Z494 HOXB3-210ENST00000489475 1845 ntTSL 2 BASIC35.44■■■■□ 3.26
NPHP3Q7Z494 CDC34-201ENST00000215574 1471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.43■■■■□ 3.26
NPHP3Q7Z494 AC107214.1-201ENST00000457303 559 ntTSL 1 (best) BASIC35.43■■■■□ 3.26
NPHP3Q7Z494 ECEL1P2-201ENST00000461596 1295 ntBASIC35.43■■■■□ 3.26
NPHP3Q7Z494 KLF16-204ENST00000617223 1133 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.43■■■■□ 3.26
NPHP3Q7Z494 MIR219A2-201ENST00000608502 1504 ntBASIC35.42■■■■□ 3.26
NPHP3Q7Z494 PSMG4-207ENST00000451246 824 ntTSL 3 BASIC35.42■■■■□ 3.26
NPHP3Q7Z494 HSD11B1L-202ENST00000339423 1660 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC35.41■■■■□ 3.26
NPHP3Q7Z494 GAL3ST3-203ENST00000527878 1599 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.41■■■■□ 3.26
NPHP3Q7Z494 MMP28-203ENST00000612672 1092 ntTSL 1 (best) BASIC35.41■■■■□ 3.26
NPHP3Q7Z494 LRRC61-202ENST00000359623 1877 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC35.41■■■■□ 3.26
NPHP3Q7Z494 LYSMD2-202ENST00000454181 1228 ntTSL 1 (best) BASIC35.4■■■■□ 3.26
NPHP3Q7Z494 C19orf12-207ENST00000592153 1504 ntTSL 1 (best) BASIC35.38■■■■□ 3.25
NPHP3Q7Z494 AQP1-203ENST00000409899 1009 ntTSL 1 (best) BASIC35.38■■■■□ 3.25
NPHP3Q7Z494 GNG10-201ENST00000374293 1491 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.38■■■■□ 3.25
NPHP3Q7Z494 C20orf24-201ENST00000342422 896 ntTSL 2 BASIC35.37■■■■□ 3.25
NPHP3Q7Z494 C20orf24-202ENST00000344795 1114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.37■■■■□ 3.25
NPHP3Q7Z494 MTCP1-202ENST00000369476 2274 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC35.37■■■■□ 3.25
NPHP3Q7Z494 HOMER3-202ENST00000392351 1557 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC35.37■■■■□ 3.25
NPHP3Q7Z494 OLFM2-201ENST00000264833 2019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.36■■■■□ 3.25
NPHP3Q7Z494 MAP4K3-211ENST00000484274 407 ntTSL 2 BASIC35.36■■■■□ 3.25
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 10.4 ms