Protein–RNA interactions for Protein: P48380

RFX3, Transcription factor RFX3, humanhuman

Predictions only

Length 749 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
RFX3P48380 SHARPIN-202ENST00000398712 1765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.87■■□□□ 1.41
RFX3P48380 COL13A1-213ENST00000520267 2276 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.87■■□□□ 1.41
RFX3P48380 CLK2-201ENST00000355560 2120 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.87■■□□□ 1.41
RFX3P48380 ARPC5L-202ENST00000353214 2507 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.86■■□□□ 1.41
RFX3P48380 ACTR3B-201ENST00000256001 2216 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.86■■□□□ 1.41
RFX3P48380 SMDT1-201ENST00000331479 1567 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.86■■□□□ 1.41
RFX3P48380 FAM189B-210ENST00000621094 1335 ntTSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
RFX3P48380 CMC4-202ENST00000369484 1107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
RFX3P48380 COPRS-202ENST00000378634 1041 ntTSL 2 BASIC23.85■■□□□ 1.41
RFX3P48380 TESK1-201ENST00000336395 2421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
RFX3P48380 ZIC2-201ENST00000376335 2983 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
RFX3P48380 ITGA9-203ENST00000422441 2282 ntTSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
RFX3P48380 F8A3-201ENST00000622749 1759 ntAPPRIS P1 BASIC23.84■■□□□ 1.41
RFX3P48380 NPHP3-202ENST00000383282 782 ntTSL 1 (best) BASIC23.83■■□□□ 1.41
RFX3P48380 PHF20L1-207ENST00000395379 1998 ntTSL 5 BASIC23.82■■□□□ 1.4
RFX3P48380 PRSS41-201ENST00000399677 1127 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.82■■□□□ 1.4
RFX3P48380 FAM117A-201ENST00000240364 2365 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.82■■□□□ 1.4
RFX3P48380 RAB40C-201ENST00000248139 2699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.82■■□□□ 1.4
RFX3P48380 DUX4L29-201ENST00000425409 679 ntBASIC23.81■■□□□ 1.4
RFX3P48380 VEGFA-226ENST00000611736 1239 ntTSL 1 (best) BASIC23.81■■□□□ 1.4
RFX3P48380 GKAP1-202ENST00000376365 1511 ntTSL 1 (best) BASIC23.8■■□□□ 1.4
RFX3P48380 INPP4A-203ENST00000409463 1565 ntTSL 1 (best) BASIC23.8■■□□□ 1.4
RFX3P48380 U2AF1L5-201ENST00000610664 897 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC23.8■■□□□ 1.4
RFX3P48380 DNLZ-201ENST00000371738 724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.79■■□□□ 1.4
RFX3P48380 AC021231.2-201ENST00000594613 730 ntBASIC23.79■■□□□ 1.4
RFX3P48380 QDPR-201ENST00000281243 1648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.79■■□□□ 1.4
RFX3P48380 TGFBRAP1-202ENST00000393359 5979 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.79■■□□□ 1.4
RFX3P48380 GNAS-207ENST00000354359 1975 ntTSL 1 (best) BASIC23.78■■□□□ 1.4
RFX3P48380 GNAS-210ENST00000371085 1972 ntTSL 1 (best) BASIC23.78■■□□□ 1.4
RFX3P48380 CHST14-202ENST00000559991 1968 ntTSL 5 BASIC23.78■■□□□ 1.4
RFX3P48380 TMEM64-201ENST00000418210 4663 ntTSL 2 BASIC23.78■■□□□ 1.4
RFX3P48380 FEV-201ENST00000295727 1879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.78■■□□□ 1.4
RFX3P48380 CADPS-215ENST00000490353 2669 ntTSL 5 BASIC23.78■■□□□ 1.4
RFX3P48380 AP004833.2-201ENST00000532228 1454 ntBASIC23.77■■□□□ 1.4
RFX3P48380 C16orf59-202ENST00000483320 1709 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.77■■□□□ 1.4
RFX3P48380 BHLHE23-201ENST00000370346 1057 ntAPPRIS P1 BASIC23.77■■□□□ 1.4
RFX3P48380 RP9P-201ENST00000381639 1303 ntTSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.4
RFX3P48380 PPP1CC-208ENST00000551676 1581 ntTSL 2 BASIC23.77■■□□□ 1.4
RFX3P48380 NME2-202ENST00000393190 866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
RFX3P48380 CCDC149-203ENST00000502801 1079 ntTSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
RFX3P48380 JMJD8-202ENST00000562111 823 ntTSL 2 BASIC23.76■■□□□ 1.39
RFX3P48380 PURG-201ENST00000339382 2693 ntTSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
RFX3P48380 AC100797.4-201ENST00000631653 1827 ntBASIC23.75■■□□□ 1.39
RFX3P48380 COMMD7-201ENST00000278980 1900 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
RFX3P48380 SLC35D2-201ENST00000253270 1613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
RFX3P48380 IL17D-201ENST00000304920 1861 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
RFX3P48380 LINC00273-201ENST00000539813 1452 ntBASIC23.75■■□□□ 1.39
RFX3P48380 SMARCD3-203ENST00000392811 2018 ntTSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
RFX3P48380 DRD5P2-201ENST00000421395 2012 ntBASIC23.74■■□□□ 1.39
RFX3P48380 MPP6-203ENST00000409761 1703 ntTSL 5 BASIC23.74■■□□□ 1.39
RFX3P48380 MAD2L2-207ENST00000376692 1118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
RFX3P48380 AC004540.2-201ENST00000451368 611 ntTSL 2 BASIC23.74■■□□□ 1.39
RFX3P48380 EID2-201ENST00000390658 1629 ntAPPRIS P1 BASIC23.73■■□□□ 1.39
RFX3P48380 WHAMMP2-203ENST00000563942 1603 ntBASIC23.73■■□□□ 1.39
RFX3P48380 MRPL9-201ENST00000368829 882 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.73■■□□□ 1.39
RFX3P48380 PABPC1L2B-AS1-201ENST00000416989 1167 ntTSL 3 BASIC23.73■■□□□ 1.39
RFX3P48380 AL662864.1-201ENST00000454388 1167 ntTSL 3 BASIC23.73■■□□□ 1.39
RFX3P48380 AL589765.4-201ENST00000512280 382 ntTSL 3 BASIC23.73■■□□□ 1.39
RFX3P48380 AC135983.2-203ENST00000454486 1613 ntBASIC23.73■■□□□ 1.39
RFX3P48380 ITPKA-201ENST00000260386 1824 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
RFX3P48380 ZDHHC23-206ENST00000498275 2055 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.72■■□□□ 1.39
RFX3P48380 TCF24-201ENST00000563496 2450 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.72■■□□□ 1.39
RFX3P48380 PPP1R26-201ENST00000356818 4932 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
RFX3P48380 SLC35D2-202ENST00000375257 889 ntTSL 2 BASIC23.72■■□□□ 1.39
RFX3P48380 LDLRAD4-218ENST00000592991 1640 ntTSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
RFX3P48380 WHRN-203ENST00000374057 1718 ntTSL 2 BASIC23.72■■□□□ 1.39
RFX3P48380 FHL2-202ENST00000344213 1769 ntTSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
RFX3P48380 GNAS-211ENST00000371095 1931 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
RFX3P48380 SLC35A1-203ENST00000369557 1653 ntTSL 2 BASIC23.71■■□□□ 1.39
RFX3P48380 CIB2-201ENST00000258930 1598 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
RFX3P48380 TMEM251-202ENST00000415050 1303 ntTSL 2 BASIC23.71■■□□□ 1.39
RFX3P48380 CALM3-209ENST00000597743 577 ntTSL 4 BASIC23.71■■□□□ 1.39
RFX3P48380 AL451007.3-201ENST00000640271 588 ntAPPRIS P1 BASIC23.71■■□□□ 1.39
RFX3P48380 GABRA5-203ENST00000400081 2761 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.71■■□□□ 1.39
RFX3P48380 COL13A1-203ENST00000398969 2267 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.71■■□□□ 1.39
RFX3P48380 SLC16A8-201ENST00000320521 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.39
RFX3P48380 MKRN1-202ENST00000443720 1601 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.39
RFX3P48380 FKBP1A-205ENST00000439640 1583 ntTSL 3 BASIC23.7■■□□□ 1.38
RFX3P48380 HINT2-201ENST00000259667 628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.38
RFX3P48380 ZFAND2B-206ENST00000409336 944 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.7■■□□□ 1.38
RFX3P48380 ZNF706-207ENST00000519882 959 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.7■■□□□ 1.38
RFX3P48380 ZNF706-213ENST00000521272 732 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.7■■□□□ 1.38
RFX3P48380 ZFAND2B-221ENST00000621130 1070 ntTSL 5 BASIC23.7■■□□□ 1.38
RFX3P48380 RPUSD1-208ENST00000567114 1835 ntTSL 2 BASIC23.7■■□□□ 1.38
RFX3P48380 LINC02323-201ENST00000559946 1603 ntTSL 3 BASIC23.7■■□□□ 1.38
RFX3P48380 TNFSF12-201ENST00000293825 1553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
RFX3P48380 MNX1-201ENST00000252971 2174 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
RFX3P48380 HGH1-207ENST00000628266 258 ntTSL 5 BASIC23.69■■□□□ 1.38
RFX3P48380 EMID1-203ENST00000404820 2118 ntTSL 5 BASIC23.69■■□□□ 1.38
RFX3P48380 TNFRSF25-205ENST00000377782 1632 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
RFX3P48380 AC116407.1-201ENST00000398832 1599 ntTSL 2 BASIC23.69■■□□□ 1.38
RFX3P48380 RALY-201ENST00000246194 1789 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
RFX3P48380 GPR75-ASB3-201ENST00000406625 2113 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.68■■□□□ 1.38
RFX3P48380 GSC-201ENST00000238558 1264 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
RFX3P48380 CFAP73-201ENST00000335621 1514 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.67■■□□□ 1.38
RFX3P48380 RASL10A-202ENST00000401450 1720 ntTSL 2 BASIC23.67■■□□□ 1.38
RFX3P48380 TMEM9-201ENST00000367330 1959 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
RFX3P48380 TADA2B-201ENST00000310074 4350 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
RFX3P48380 ADAT3-201ENST00000329478 1620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
RFX3P48380 MAZ-205ENST00000562337 1574 ntTSL 3 BASIC23.66■■□□□ 1.38
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 40.4 ms