Protein–RNA interactions for Protein: P40938

RFC3, Replication factor C subunit 3, humanhuman

Predictions only

Length 356 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
RFC3P40938 GAL3ST1-205ENST00000406361 1819 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.49■■□□□ 1.35
RFC3P40938 ATP8B2-201ENST00000368487 1523 ntTSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
RFC3P40938 ANKRD16-201ENST00000191063 1567 ntTSL 3 BASIC23.49■■□□□ 1.35
RFC3P40938 VEGFA-208ENST00000417285 1081 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
RFC3P40938 MKNK2-202ENST00000309340 1744 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
RFC3P40938 AC135983.2-203ENST00000454486 1613 ntBASIC23.48■■□□□ 1.35
RFC3P40938 EXOC3-209ENST00000512944 2825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
RFC3P40938 C2orf88-204ENST00000409870 1441 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.47■■□□□ 1.35
RFC3P40938 MORF4L1-203ENST00000426013 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
RFC3P40938 ST7-AS1-201ENST00000456775 1889 ntBASIC23.45■■□□□ 1.35
RFC3P40938 AC092902.2-221ENST00000628476 965 ntTSL 5 BASIC23.45■■□□□ 1.34
RFC3P40938 TPM2-203ENST00000378292 2147 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
RFC3P40938 SLC52A2-201ENST00000329994 1896 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
RFC3P40938 UBAC1-201ENST00000371756 1867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
RFC3P40938 HNRNPAB-202ENST00000358344 1796 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
RFC3P40938 RUNX2-205ENST00000465038 1770 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC23.45■■□□□ 1.34
RFC3P40938 BCL7B-202ENST00000411832 1458 ntTSL 2 BASIC23.44■■□□□ 1.34
RFC3P40938 ABHD17AP3-201ENST00000503096 1137 ntBASIC23.44■■□□□ 1.34
RFC3P40938 HSD17B1P1-201ENST00000590052 955 ntBASIC23.44■■□□□ 1.34
RFC3P40938 COL13A1-210ENST00000517713 2007 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.43■■□□□ 1.34
RFC3P40938 ZNF787-203ENST00000610935 1925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
RFC3P40938 ARL6IP4-211ENST00000454885 1318 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
RFC3P40938 PPP4R4-202ENST00000328839 876 ntTSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
RFC3P40938 CLDND1-226ENST00000513287 999 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.41■■□□□ 1.34
RFC3P40938 EIF5A-208ENST00000573542 1089 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.41■■□□□ 1.34
RFC3P40938 AGAP1-202ENST00000336665 5427 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
RFC3P40938 AC139426.1-201ENST00000568218 2529 ntBASIC23.4■■□□□ 1.34
RFC3P40938 SLC16A11-201ENST00000308009 1803 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
RFC3P40938 ARL8A-201ENST00000272217 1793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
RFC3P40938 MARCH11-201ENST00000332432 1741 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.4■■□□□ 1.34
RFC3P40938 CLTA-207ENST00000470744 1102 ntTSL 2 BASIC23.4■■□□□ 1.34
RFC3P40938 MARCKSL1-201ENST00000329421 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
RFC3P40938 ACOT7-201ENST00000361521 2429 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
RFC3P40938 CAPNS1-201ENST00000246533 1918 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.34
RFC3P40938 LRRC10B-201ENST00000378075 2219 ntAPPRIS P1 BASIC23.39■■□□□ 1.34
RFC3P40938 TMEM147-202ENST00000392204 935 ntTSL 2 BASIC23.39■■□□□ 1.33
RFC3P40938 CRNDE-206ENST00000559432 587 ntTSL 3 BASIC23.39■■□□□ 1.33
RFC3P40938 IRX1-201ENST00000302006 1858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
RFC3P40938 POLR3H-201ENST00000337566 1330 ntTSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
RFC3P40938 VEGFA-202ENST00000324450 954 ntTSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
RFC3P40938 VEGFA-203ENST00000372055 1286 ntTSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
RFC3P40938 VEGFA-213ENST00000482630 1146 ntTSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
RFC3P40938 VEGFA-227ENST00000615393 984 ntTSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
RFC3P40938 VEGFA-228ENST00000617771 1116 ntTSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
RFC3P40938 VEGFA-229ENST00000621747 1116 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
RFC3P40938 VEGFA-230ENST00000640482 1065 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
RFC3P40938 VEGFA-232ENST00000640653 1170 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
RFC3P40938 FTCD-204ENST00000397748 1955 ntTSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
RFC3P40938 MAPK8IP1P1-201ENST00000574657 1439 ntBASIC23.36■■□□□ 1.33
RFC3P40938 MRPL51-201ENST00000229238 1234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
RFC3P40938 TSPAN4-207ENST00000397411 1025 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.36■■□□□ 1.33
RFC3P40938 AC073111.5-206ENST00000642087 859 ntAPPRIS P1 BASIC23.36■■□□□ 1.33
RFC3P40938 RUNX2-211ENST00000625924 1458 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
RFC3P40938 GSX2-202ENST00000503800 1181 ntTSL 5 BASIC23.35■■□□□ 1.33
RFC3P40938 UBA52-204ENST00000595158 743 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.35■■□□□ 1.33
RFC3P40938 BRD4-212ENST00000630599 726 ntTSL 2 BASIC23.35■■□□□ 1.33
RFC3P40938 ARMC10-211ENST00000541300 2266 ntTSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
RFC3P40938 SURF1-201ENST00000371974 1093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
RFC3P40938 SURF1-205ENST00000615505 991 ntTSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
RFC3P40938 INPP4A-203ENST00000409463 1565 ntTSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
RFC3P40938 RCC1L-201ENST00000610322 2300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
RFC3P40938 AC110285.7-201ENST00000624417 1536 ntBASIC23.33■■□□□ 1.32
RFC3P40938 EFNA1-202ENST00000368407 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
RFC3P40938 TMEM55B-202ENST00000398020 1696 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
RFC3P40938 PKIG-207ENST00000372894 1191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
RFC3P40938 SRP68-213ENST00000629930 165 ntTSL 5 BASIC23.31■■□□□ 1.32
RFC3P40938 BCL7C-201ENST00000215115 1740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
RFC3P40938 TSPAN33-201ENST00000486685 1863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
RFC3P40938 ZNF470-206ENST00000601902 1640 ntTSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
RFC3P40938 TSPAN3-203ENST00000424443 1530 ntTSL 2 BASIC23.3■■□□□ 1.32
RFC3P40938 ZBTB25-202ENST00000555220 1440 ntTSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
RFC3P40938 RASL10A-202ENST00000401450 1720 ntTSL 2 BASIC23.3■■□□□ 1.32
RFC3P40938 CBWD5-202ENST00000377384 1347 ntTSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
RFC3P40938 SLC35D2-201ENST00000253270 1613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
RFC3P40938 MKRN1-202ENST00000443720 1601 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
RFC3P40938 LAGE3-201ENST00000357360 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
RFC3P40938 TPT1-202ENST00000379055 948 ntTSL 2 BASIC23.29■■□□□ 1.32
RFC3P40938 BANF1-208ENST00000533166 1135 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.29■■□□□ 1.32
RFC3P40938 SHOX2-204ENST00000483851 1866 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.28■■□□□ 1.32
RFC3P40938 PRELID2-207ENST00000511435 1894 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC23.28■■□□□ 1.32
RFC3P40938 NKX2-1-204ENST00000522719 1417 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
RFC3P40938 FAM168B-201ENST00000389915 944 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.28■■□□□ 1.32
RFC3P40938 EID2-201ENST00000390658 1629 ntAPPRIS P1 BASIC23.28■■□□□ 1.32
RFC3P40938 SLC16A8-201ENST00000320521 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
RFC3P40938 PTPMT1-203ENST00000426530 1014 ntTSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
RFC3P40938 NEUROG2-201ENST00000313341 2287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
RFC3P40938 IGFBPL1-201ENST00000377694 1093 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.26■■□□□ 1.31
RFC3P40938 AP000911.3-201ENST00000526377 1130 ntTSL 3 BASIC23.26■■□□□ 1.31
RFC3P40938 AC016595.1-201ENST00000559410 383 ntTSL 3 BASIC23.26■■□□□ 1.31
RFC3P40938 EIF5A-202ENST00000336458 1511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
RFC3P40938 S1PR4-201ENST00000246115 1565 ntAPPRIS P1 BASIC23.26■■□□□ 1.31
RFC3P40938 AMZ2-201ENST00000359783 1722 ntTSL 5 BASIC23.25■■□□□ 1.31
RFC3P40938 PIGX-201ENST00000296333 953 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.25■■□□□ 1.31
RFC3P40938 NME2-205ENST00000512737 826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
RFC3P40938 PTPRF-216ENST00000617451 1129 ntTSL 5 BASIC23.25■■□□□ 1.31
RFC3P40938 DNPEP-201ENST00000273075 2425 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
RFC3P40938 OVOL2-201ENST00000278780 1555 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
RFC3P40938 ABCB10P1-201ENST00000614297 2181 ntBASIC23.24■■□□□ 1.31
RFC3P40938 MAZ-205ENST00000562337 1574 ntTSL 3 BASIC23.24■■□□□ 1.31
RFC3P40938 BOK-AS1-201ENST00000434306 643 ntTSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 31.7 ms