Protein–RNA interactions for Protein: P31269

HOXA9, Homeobox protein Hox-A9, humanhuman

Predictions only

Length 272 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXA9P31269 COL13A1-212ENST00000520133 1833 ntTSL 5 BASIC27.12■■□□□ 1.93
HOXA9P31269 ST7-208ENST00000393451 2110 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.12■■□□□ 1.93
HOXA9P31269 NPC2-207ENST00000555619 1035 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.12■■□□□ 1.93
HOXA9P31269 MARCKSL1-201ENST00000329421 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.11■■□□□ 1.93
HOXA9P31269 HNRNPAB-205ENST00000506259 1674 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.11■■□□□ 1.93
HOXA9P31269 SSTR4-201ENST00000255008 1427 ntAPPRIS P1 BASIC27.11■■□□□ 1.93
HOXA9P31269 MAPK3-205ENST00000395202 1008 ntTSL 1 (best) BASIC27.11■■□□□ 1.93
HOXA9P31269 AGO3-204ENST00000397828 1035 ntTSL 2 BASIC27.11■■□□□ 1.93
HOXA9P31269 TSPAN3-203ENST00000424443 1530 ntTSL 2 BASIC27.11■■□□□ 1.93
HOXA9P31269 UBP1-201ENST00000283628 2074 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC27.1■■□□□ 1.93
HOXA9P31269 IGFBP2-201ENST00000233809 1439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.1■■□□□ 1.93
HOXA9P31269 TSR3-201ENST00000007390 1243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.1■■□□□ 1.93
HOXA9P31269 FADS3-201ENST00000278829 1779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.09■■□□□ 1.93
HOXA9P31269 TAF10-201ENST00000299424 1215 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.09■■□□□ 1.93
HOXA9P31269 C1QTNF8-201ENST00000328449 1627 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.08■■□□□ 1.93
HOXA9P31269 FSD1L-208ENST00000495708 1906 ntTSL 1 (best) BASIC27.08■■□□□ 1.93
HOXA9P31269 LSM7-201ENST00000252622 529 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.08■■□□□ 1.93
HOXA9P31269 RPARP-AS1-205ENST00000596045 431 ntTSL 3 BASIC27.08■■□□□ 1.93
HOXA9P31269 EIF5A-202ENST00000336458 1511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.07■■□□□ 1.92
HOXA9P31269 IGFBPL1-201ENST00000377694 1093 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.07■■□□□ 1.92
HOXA9P31269 HES4-202ENST00000428771 1040 ntTSL 2 BASIC27.07■■□□□ 1.92
HOXA9P31269 AC022413.1-201ENST00000624602 984 ntBASIC27.07■■□□□ 1.92
HOXA9P31269 CHPT1-205ENST00000549872 2001 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.06■■□□□ 1.92
HOXA9P31269 PDF-201ENST00000288022 1158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.06■■□□□ 1.92
HOXA9P31269 MDFIC-203ENST00000423503 474 ntTSL 1 (best) BASIC27.06■■□□□ 1.92
HOXA9P31269 GADD45A-205ENST00000617962 1142 ntTSL 1 (best) BASIC27.06■■□□□ 1.92
HOXA9P31269 KIF13A-207ENST00000502704 1330 ntTSL 1 (best) BASIC27.06■■□□□ 1.92
HOXA9P31269 TRIOBP-205ENST00000407319 2125 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.05■■□□□ 1.92
HOXA9P31269 RPRML-201ENST00000322329 1093 ntAPPRIS P1 BASIC27.05■■□□□ 1.92
HOXA9P31269 HSD11B1L-202ENST00000339423 1660 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.05■■□□□ 1.92
HOXA9P31269 CAPNS1-201ENST00000246533 1918 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.04■■□□□ 1.92
HOXA9P31269 CHST11-203ENST00000547956 936 ntTSL 2 BASIC27.04■■□□□ 1.92
HOXA9P31269 DCUN1D5-201ENST00000260247 1337 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.04■■□□□ 1.92
HOXA9P31269 AC078883.1-202ENST00000450443 1397 ntTSL 3 BASIC27.04■■□□□ 1.92
HOXA9P31269 MKNK2-202ENST00000309340 1744 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.04■■□□□ 1.92
HOXA9P31269 AC148477.6-201ENST00000623746 465 ntBASIC27.03■■□□□ 1.92
HOXA9P31269 AC110285.7-201ENST00000624417 1536 ntBASIC27.02■■□□□ 1.92
HOXA9P31269 NKX2-1-204ENST00000522719 1417 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.02■■□□□ 1.92
HOXA9P31269 MAPK8IP1P1-201ENST00000574657 1439 ntBASIC27.02■■□□□ 1.92
HOXA9P31269 LAGE3-201ENST00000357360 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.02■■□□□ 1.92
HOXA9P31269 ELOC-207ENST00000522337 816 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.02■■□□□ 1.92
HOXA9P31269 COPZ2-210ENST00000621465 895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.02■■□□□ 1.92
HOXA9P31269 MDFIC-208ENST00000614186 1068 ntTSL 1 (best) BASIC27.01■■□□□ 1.91
HOXA9P31269 UBAC1-201ENST00000371756 1867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27■■□□□ 1.91
HOXA9P31269 TMEM55B-202ENST00000398020 1696 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27■■□□□ 1.91
HOXA9P31269 EMX1-201ENST00000258106 2188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.98■■□□□ 1.91
HOXA9P31269 KLHL21-203ENST00000463043 667 ntTSL 5 BASIC26.98■■□□□ 1.91
HOXA9P31269 TMEM114-202ENST00000568335 899 ntTSL 3 BASIC26.98■■□□□ 1.91
HOXA9P31269 KLHL35-204ENST00000539798 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.98■■□□□ 1.91
HOXA9P31269 PLEKHF2-202ENST00000519516 1144 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC26.97■■□□□ 1.91
HOXA9P31269 RPS2-210ENST00000530225 765 ntTSL 2 BASIC26.97■■□□□ 1.91
HOXA9P31269 KCTD5-202ENST00000564195 774 ntTSL 5 BASIC26.96■■□□□ 1.91
HOXA9P31269 KCNK3-202ENST00000620977 1956 ntTSL 1 (best) BASIC26.96■■□□□ 1.91
HOXA9P31269 RUNX2-205ENST00000465038 1770 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC26.95■■□□□ 1.9
HOXA9P31269 C16orf95-206ENST00000618367 974 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.95■■□□□ 1.9
HOXA9P31269 ATPAF1-202ENST00000371937 1827 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.95■■□□□ 1.9
HOXA9P31269 RAD51-210ENST00000557850 1397 ntTSL 2 BASIC26.94■■□□□ 1.9
HOXA9P31269 HOMER3-202ENST00000392351 1557 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.93■■□□□ 1.9
HOXA9P31269 MORF4L1-203ENST00000426013 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.93■■□□□ 1.9
HOXA9P31269 ZNF470-206ENST00000601902 1640 ntTSL 1 (best) BASIC26.93■■□□□ 1.9
HOXA9P31269 C9orf50-201ENST00000372478 1620 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC26.92■■□□□ 1.9
HOXA9P31269 HOXD-AS2-201ENST00000426965 927 ntTSL 1 (best) BASIC26.92■■□□□ 1.9
HOXA9P31269 NTF6A-201ENST00000591175 560 ntBASIC26.92■■□□□ 1.9
HOXA9P31269 FOXD3-201ENST00000371116 2086 ntAPPRIS P1 BASIC26.92■■□□□ 1.9
HOXA9P31269 LACTBL1-202ENST00000618559 1500 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.91■■□□□ 1.9
HOXA9P31269 MKRN1-202ENST00000443720 1601 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.91■■□□□ 1.9
HOXA9P31269 HOXD8-201ENST00000313173 1917 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC26.91■■□□□ 1.9
HOXA9P31269 MEST-211ENST00000437945 1455 ntTSL 5 BASIC26.91■■□□□ 1.9
HOXA9P31269 PMS1-220ENST00000618056 1468 ntTSL 5 BASIC26.91■■□□□ 1.9
HOXA9P31269 C14orf80-203ENST00000354560 1553 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.91■■□□□ 1.9
HOXA9P31269 TUSC1-201ENST00000358022 2052 ntAPPRIS P1 BASIC26.91■■□□□ 1.9
HOXA9P31269 RASL10A-202ENST00000401450 1720 ntTSL 2 BASIC26.9■■□□□ 1.9
HOXA9P31269 ATOH7-201ENST00000373673 1480 ntAPPRIS P1 BASIC26.9■■□□□ 1.9
HOXA9P31269 PEX7-203ENST00000541292 945 ntTSL 5 BASIC26.9■■□□□ 1.9
HOXA9P31269 TXNL4A-208ENST00000588162 752 ntTSL 2 BASIC26.9■■□□□ 1.9
HOXA9P31269 TFEB-204ENST00000373033 2331 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.9■■□□□ 1.9
HOXA9P31269 CERS1-201ENST00000429504 2094 ntTSL 1 (best) BASIC26.89■■□□□ 1.9
HOXA9P31269 PLPPR3-204ENST00000520876 2328 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.89■■□□□ 1.9
HOXA9P31269 ZBTB7A-202ENST00000601588 2083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.88■■□□□ 1.89
HOXA9P31269 AC060814.1-201ENST00000554326 538 ntBASIC26.88■■□□□ 1.89
HOXA9P31269 TAZ-201ENST00000369776 1596 ntTSL 1 (best) BASIC26.88■■□□□ 1.89
HOXA9P31269 CTSZ-201ENST00000217131 1495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.87■■□□□ 1.89
HOXA9P31269 SLC35D2-201ENST00000253270 1613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.87■■□□□ 1.89
HOXA9P31269 LSM6-202ENST00000502781 1352 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.87■■□□□ 1.89
HOXA9P31269 PXMP2-201ENST00000317479 957 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.87■■□□□ 1.89
HOXA9P31269 DCDC2C-201ENST00000399143 1476 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.87■■□□□ 1.89
HOXA9P31269 EPB41L4A-AS2-201ENST00000623705 1396 ntBASIC26.86■■□□□ 1.89
HOXA9P31269 OVOL2-201ENST00000278780 1555 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.86■■□□□ 1.89
HOXA9P31269 NEURL1B-203ENST00000522853 1263 ntTSL 1 (best) BASIC26.86■■□□□ 1.89
HOXA9P31269 KCTD15-206ENST00000588881 1211 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.86■■□□□ 1.89
HOXA9P31269 CCDC160-202ENST00000517294 1790 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.86■■□□□ 1.89
HOXA9P31269 MIR219A2-201ENST00000608502 1504 ntBASIC26.85■■□□□ 1.89
HOXA9P31269 MAZ-205ENST00000562337 1574 ntTSL 3 BASIC26.84■■□□□ 1.89
HOXA9P31269 SH3GL3-202ENST00000427482 1806 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.84■■□□□ 1.89
HOXA9P31269 TPRG1L-202ENST00000378344 2414 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.84■■□□□ 1.89
HOXA9P31269 WSB2-211ENST00000544233 2503 ntTSL 2 BASIC26.83■■□□□ 1.89
HOXA9P31269 CDC34-201ENST00000215574 1471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.83■■□□□ 1.89
HOXA9P31269 CDKN3-202ENST00000335183 893 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.83■■□□□ 1.89
HOXA9P31269 TNFRSF4-201ENST00000379236 1068 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.83■■□□□ 1.89
HOXA9P31269 NPW-202ENST00000566435 991 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.83■■□□□ 1.89
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 63.6 ms