Protein–RNA interactions for Protein: O95025

SEMA3D, Semaphorin-3D, humanhuman

Predictions only

Length 777 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SEMA3DO95025 GNAS-211ENST00000371095 1931 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
SEMA3DO95025 SLC35D2-201ENST00000253270 1613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
SEMA3DO95025 DNPEP-201ENST00000273075 2425 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
SEMA3DO95025 BMP8A-201ENST00000331593 1692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
SEMA3DO95025 GKAP1-202ENST00000376365 1511 ntTSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
SEMA3DO95025 GPR75-ASB3-201ENST00000406625 2113 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.48■■□□□ 1.51
SEMA3DO95025 FKBP1A-205ENST00000439640 1583 ntTSL 3 BASIC24.48■■□□□ 1.51
SEMA3DO95025 AP003068.2-202ENST00000526623 1662 ntTSL 2 BASIC24.48■■□□□ 1.51
SEMA3DO95025 AC009097.4-201ENST00000566738 777 ntTSL 2 BASIC24.48■■□□□ 1.51
SEMA3DO95025 GNAS-207ENST00000354359 1975 ntTSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
SEMA3DO95025 GNAS-210ENST00000371085 1972 ntTSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
SEMA3DO95025 FTCD-201ENST00000291670 1905 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
SEMA3DO95025 SMARCD3-203ENST00000392811 2018 ntTSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
SEMA3DO95025 BMP7-204ENST00000450594 1857 ntTSL 2 BASIC24.47■■□□□ 1.51
SEMA3DO95025 ARPC5L-202ENST00000353214 2507 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.46■■□□□ 1.51
SEMA3DO95025 NKX2-1-204ENST00000522719 1417 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
SEMA3DO95025 HDAC11-206ENST00000405025 576 ntTSL 4 BASIC24.46■■□□□ 1.51
SEMA3DO95025 HMCES-202ENST00000389735 1763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
SEMA3DO95025 NFYB-205ENST00000551727 1727 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.46■■□□□ 1.51
SEMA3DO95025 MKRN1-202ENST00000443720 1601 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
SEMA3DO95025 CIB2-201ENST00000258930 1598 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
SEMA3DO95025 TSPOAP1-AS1-203ENST00000579527 2042 ntTSL 2 BASIC24.45■■□□□ 1.51
SEMA3DO95025 SRSF9-201ENST00000229390 1201 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
SEMA3DO95025 BOD1-201ENST00000285908 1286 ntTSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
SEMA3DO95025 BOD1-206ENST00000480951 814 ntTSL 2 BASIC24.45■■□□□ 1.5
SEMA3DO95025 PROC-203ENST00000409048 1586 ntTSL 5 BASIC24.45■■□□□ 1.5
SEMA3DO95025 SDCCAG3-201ENST00000298537 2314 ntTSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
SEMA3DO95025 CFAP73-201ENST00000335621 1514 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.45■■□□□ 1.5
SEMA3DO95025 WSB2-201ENST00000315436 2646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
SEMA3DO95025 MEST-211ENST00000437945 1455 ntTSL 5 BASIC24.45■■□□□ 1.5
SEMA3DO95025 C16orf59-202ENST00000483320 1709 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.44■■□□□ 1.5
SEMA3DO95025 RASL10A-202ENST00000401450 1720 ntTSL 2 BASIC24.44■■□□□ 1.5
SEMA3DO95025 RP9P-201ENST00000381639 1303 ntTSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
SEMA3DO95025 MAZ-205ENST00000562337 1574 ntTSL 3 BASIC24.43■■□□□ 1.5
SEMA3DO95025 VEGFA-207ENST00000413642 1197 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
SEMA3DO95025 SLC16A8-201ENST00000320521 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
SEMA3DO95025 DNLZ-201ENST00000371738 724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
SEMA3DO95025 HSD11B1L-202ENST00000339423 1660 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
SEMA3DO95025 AC100797.4-201ENST00000631653 1827 ntBASIC24.42■■□□□ 1.5
SEMA3DO95025 MNX1-201ENST00000252971 2174 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
SEMA3DO95025 RALY-201ENST00000246194 1789 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
SEMA3DO95025 EMID1-203ENST00000404820 2118 ntTSL 5 BASIC24.41■■□□□ 1.5
SEMA3DO95025 CALM3-209ENST00000597743 577 ntTSL 4 BASIC24.41■■□□□ 1.5
SEMA3DO95025 WHAMMP2-203ENST00000563942 1603 ntBASIC24.41■■□□□ 1.5
SEMA3DO95025 MACROD1-201ENST00000255681 1205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
SEMA3DO95025 PPP1R35-201ENST00000292330 1031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
SEMA3DO95025 MARCKSL1-201ENST00000329421 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
SEMA3DO95025 COPRS-202ENST00000378634 1041 ntTSL 2 BASIC24.39■■□□□ 1.49
SEMA3DO95025 RPUSD1-208ENST00000567114 1835 ntTSL 2 BASIC24.39■■□□□ 1.49
SEMA3DO95025 WHRN-203ENST00000374057 1718 ntTSL 2 BASIC24.38■■□□□ 1.49
SEMA3DO95025 PLSCR3-202ENST00000535512 2067 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
SEMA3DO95025 FAH-213ENST00000561421 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
SEMA3DO95025 ADAT3-201ENST00000329478 1620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
SEMA3DO95025 LDLRAD4-218ENST00000592991 1640 ntTSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
SEMA3DO95025 TMEM251-202ENST00000415050 1303 ntTSL 2 BASIC24.37■■□□□ 1.49
SEMA3DO95025 RPS2P35-201ENST00000443417 897 ntBASIC24.37■■□□□ 1.49
SEMA3DO95025 AC104109.3-201ENST00000519718 483 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.37■■□□□ 1.49
SEMA3DO95025 ZDHHC23-206ENST00000498275 2055 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.37■■□□□ 1.49
SEMA3DO95025 MAZ-208ENST00000563402 1461 ntTSL 5 BASIC24.37■■□□□ 1.49
SEMA3DO95025 MAZ-210ENST00000566906 1455 ntTSL 5 BASIC24.37■■□□□ 1.49
SEMA3DO95025 C11orf80-218ENST00000540737 1786 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.37■■□□□ 1.49
SEMA3DO95025 PCK2-202ENST00000396973 1830 ntTSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
SEMA3DO95025 H2AFV-204ENST00000350771 687 ntTSL 2 BASIC24.36■■□□□ 1.49
SEMA3DO95025 VEGFA-226ENST00000611736 1239 ntTSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
SEMA3DO95025 MXRA7-203ENST00000449428 1881 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
SEMA3DO95025 MAPK8IP1P1-201ENST00000574657 1439 ntBASIC24.35■■□□□ 1.49
SEMA3DO95025 LINC02323-201ENST00000559946 1603 ntTSL 3 BASIC24.35■■□□□ 1.49
SEMA3DO95025 CDH23-208ENST00000461841 2000 ntTSL 5 BASIC24.35■■□□□ 1.49
SEMA3DO95025 KANSL1L-207ENST00000452086 2334 ntTSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
SEMA3DO95025 SENP3-201ENST00000321337 2611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
SEMA3DO95025 MXI1-201ENST00000239007 2424 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
SEMA3DO95025 HOMER2-202ENST00000450735 1950 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
SEMA3DO95025 PARD6A-202ENST00000458121 1260 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
SEMA3DO95025 FAAH-201ENST00000243167 2094 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
SEMA3DO95025 CCNYL1-203ENST00000392209 1952 ntTSL 2 BASIC24.33■■□□□ 1.49
SEMA3DO95025 MAD2L2-207ENST00000376692 1118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.49
SEMA3DO95025 PRSS41-201ENST00000399677 1127 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.33■■□□□ 1.49
SEMA3DO95025 U2AF1L5-201ENST00000610664 897 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.49
SEMA3DO95025 AC027237.3-202ENST00000558617 1778 ntTSL 2 BASIC24.33■■□□□ 1.49
SEMA3DO95025 AP002414.2-202ENST00000590929 1450 ntBASIC24.32■■□□□ 1.48
SEMA3DO95025 GSX1-201ENST00000302945 1663 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
SEMA3DO95025 HINT2-201ENST00000259667 628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
SEMA3DO95025 AC021231.2-201ENST00000594613 730 ntBASIC24.32■■□□□ 1.48
SEMA3DO95025 TBCC-201ENST00000372876 1616 ntAPPRIS P1 BASIC24.32■■□□□ 1.48
SEMA3DO95025 DUX4L29-201ENST00000425409 679 ntBASIC24.31■■□□□ 1.48
SEMA3DO95025 CCDC149-203ENST00000502801 1079 ntTSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
SEMA3DO95025 GSR-206ENST00000546342 1482 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
SEMA3DO95025 SERPING1-205ENST00000403558 2231 ntTSL 5 BASIC24.3■■□□□ 1.48
SEMA3DO95025 CMC4-202ENST00000369484 1107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
SEMA3DO95025 TMEM200C-201ENST00000383490 1920 ntAPPRIS P1 BASIC24.29■■□□□ 1.48
SEMA3DO95025 PLEKHJ1-201ENST00000326631 1206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
SEMA3DO95025 EFEMP2-201ENST00000307998 2034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
SEMA3DO95025 CDH24-206ENST00000610348 2037 ntTSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
SEMA3DO95025 EIF5A-202ENST00000336458 1511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
SEMA3DO95025 NME2-202ENST00000393190 866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
SEMA3DO95025 C17orf97-201ENST00000360127 1839 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
SEMA3DO95025 ADGRB2-204ENST00000398542 5176 ntTSL 5 BASIC24.26■■□□□ 1.47
SEMA3DO95025 TRADD-201ENST00000345057 1877 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
SEMA3DO95025 MRPL9-201ENST00000368829 882 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.26■■□□□ 1.47
SEMA3DO95025 AL589765.4-201ENST00000512280 382 ntTSL 3 BASIC24.26■■□□□ 1.47
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 31.8 ms