Protein–RNA interactions for Protein: Q9ULD4

BRPF3, Bromodomain and PHD finger-containing protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 1,205 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
BRPF3Q9ULD4 NOG-201ENST00000332822 1892 ntAPPRIS P1 BASIC31.14■■■□□ 2.58
BRPF3Q9ULD4 AMN-201ENST00000299155 1907 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC31.14■■■□□ 2.57
BRPF3Q9ULD4 TM6SF1-202ENST00000322019 2074 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.13■■■□□ 2.57
BRPF3Q9ULD4 WHRN-203ENST00000374057 1718 ntTSL 2 BASIC31.13■■■□□ 2.57
BRPF3Q9ULD4 ARL8A-201ENST00000272217 1793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.13■■■□□ 2.57
BRPF3Q9ULD4 MIR762-201ENST00000390236 83 ntBASIC31.13■■■□□ 2.57
BRPF3Q9ULD4 HSD11B1L-209ENST00000577917 1553 ntTSL 1 (best) BASIC31.13■■■□□ 2.57
BRPF3Q9ULD4 AP003068.2-202ENST00000526623 1662 ntTSL 2 BASIC31.13■■■□□ 2.57
BRPF3Q9ULD4 ECI1-203ENST00000562238 948 ntTSL 1 (best) BASIC31.12■■■□□ 2.57
BRPF3Q9ULD4 VEGFA-231ENST00000640499 1188 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC31.12■■■□□ 2.57
BRPF3Q9ULD4 PLSCR3-209ENST00000574401 2032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.12■■■□□ 2.57
BRPF3Q9ULD4 CARM1-202ENST00000344150 2722 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC31.1■■■□□ 2.57
BRPF3Q9ULD4 CACNG6-202ENST00000346968 645 ntTSL 5 BASIC31.1■■■□□ 2.57
BRPF3Q9ULD4 ANKRD53-201ENST00000272421 2185 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC31.1■■■□□ 2.57
BRPF3Q9ULD4 SCCPDH-201ENST00000366510 2503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.09■■■□□ 2.57
BRPF3Q9ULD4 TSPAN33-201ENST00000486685 1863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.08■■■□□ 2.57
BRPF3Q9ULD4 MRAP2-201ENST00000257776 2153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.08■■■□□ 2.57
BRPF3Q9ULD4 AC012629.2-201ENST00000606513 377 ntTSL 5 BASIC31.08■■■□□ 2.57
BRPF3Q9ULD4 DPF1-202ENST00000412732 2303 ntTSL 1 (best) BASIC31.08■■■□□ 2.57
BRPF3Q9ULD4 MAPKAPK2-201ENST00000294981 2171 ntTSL 1 (best) BASIC31.07■■■□□ 2.57
BRPF3Q9ULD4 MTCH1-201ENST00000373616 2006 ntTSL 1 (best) BASIC31.07■■■□□ 2.56
BRPF3Q9ULD4 CDH24-206ENST00000610348 2037 ntTSL 1 (best) BASIC31.07■■■□□ 2.56
BRPF3Q9ULD4 H2AFV-205ENST00000381124 628 ntTSL 3 BASIC31.06■■■□□ 2.56
BRPF3Q9ULD4 SEC61G-204ENST00000450622 512 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC31.06■■■□□ 2.56
BRPF3Q9ULD4 GAL3ST1-204ENST00000402369 1712 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC31.06■■■□□ 2.56
BRPF3Q9ULD4 MISP3-201ENST00000269720 1424 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC31.06■■■□□ 2.56
BRPF3Q9ULD4 FAM57A-202ENST00000308278 2412 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.05■■■□□ 2.56
BRPF3Q9ULD4 NMB-202ENST00000394588 1017 ntTSL 1 (best) BASIC31.05■■■□□ 2.56
BRPF3Q9ULD4 ACTR3B-201ENST00000256001 2216 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.04■■■□□ 2.56
BRPF3Q9ULD4 CHML-205ENST00000638160 705 ntTSL 3 BASIC31.04■■■□□ 2.56
BRPF3Q9ULD4 BTBD19-203ENST00000450269 1572 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC31.04■■■□□ 2.56
BRPF3Q9ULD4 PELI3-203ENST00000524466 1671 ntTSL 1 (best) BASIC31.03■■■□□ 2.56
BRPF3Q9ULD4 FANCE-201ENST00000229769 2554 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.03■■■□□ 2.56
BRPF3Q9ULD4 LANCL3-203ENST00000614025 1469 ntTSL 2 BASIC31.02■■■□□ 2.56
BRPF3Q9ULD4 HNRNPLP2-201ENST00000568980 1570 ntBASIC31.02■■■□□ 2.56
BRPF3Q9ULD4 PIK3R2-208ENST00000617642 1446 ntTSL 5 BASIC31.02■■■□□ 2.56
BRPF3Q9ULD4 AC142086.6-201ENST00000621154 1765 ntBASIC31.02■■■□□ 2.56
BRPF3Q9ULD4 EFEMP2-201ENST00000307998 2034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.02■■■□□ 2.56
BRPF3Q9ULD4 ARMC10-208ENST00000441711 2524 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.01■■■□□ 2.56
BRPF3Q9ULD4 RCC1L-205ENST00000618035 1409 ntTSL 1 (best) BASIC31.01■■■□□ 2.55
BRPF3Q9ULD4 CGGBP1-206ENST00000482016 1147 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC31.01■■■□□ 2.55
BRPF3Q9ULD4 ROM1-201ENST00000278833 1878 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC31.01■■■□□ 2.55
BRPF3Q9ULD4 SLC52A2-201ENST00000329994 1896 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.01■■■□□ 2.55
BRPF3Q9ULD4 PPP3CC-204ENST00000518852 1598 ntTSL 2 BASIC31■■■□□ 2.55
BRPF3Q9ULD4 PURG-202ENST00000475541 2875 ntAPPRIS P1 BASIC31■■■□□ 2.55
BRPF3Q9ULD4 MORF4L1-202ENST00000379535 2274 ntTSL 2 BASIC31■■■□□ 2.55
BRPF3Q9ULD4 CCKBR-201ENST00000334619 2121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31■■■□□ 2.55
BRPF3Q9ULD4 MNX1-207ENST00000543409 1620 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC31■■■□□ 2.55
BRPF3Q9ULD4 GFRA4-202ENST00000319242 900 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC31■■■□□ 2.55
BRPF3Q9ULD4 AL139393.1-201ENST00000417479 573 ntTSL 5 BASIC31■■■□□ 2.55
BRPF3Q9ULD4 LYNX1-208ENST00000615007 1293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.99■■■□□ 2.55
BRPF3Q9ULD4 HNRNPAB-202ENST00000358344 1796 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC30.98■■■□□ 2.55
BRPF3Q9ULD4 CREM-210ENST00000374721 2020 ntTSL 5 BASIC30.98■■■□□ 2.55
BRPF3Q9ULD4 SMARCD3-203ENST00000392811 2018 ntTSL 1 (best) BASIC30.98■■■□□ 2.55
BRPF3Q9ULD4 CARS2-201ENST00000257347 1879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.97■■■□□ 2.55
BRPF3Q9ULD4 HAUS7-201ENST00000370210 1593 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC30.97■■■□□ 2.55
BRPF3Q9ULD4 CIB1-201ENST00000328649 1247 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.97■■■□□ 2.55
BRPF3Q9ULD4 CIB1-202ENST00000612800 1096 ntTSL 1 (best) BASIC30.97■■■□□ 2.55
BRPF3Q9ULD4 CAPNS1-217ENST00000629983 799 ntTSL 5 BASIC30.97■■■□□ 2.55
BRPF3Q9ULD4 AC010864.1-201ENST00000609407 1511 ntBASIC30.97■■■□□ 2.55
BRPF3Q9ULD4 THAP11-201ENST00000303596 2114 ntAPPRIS P1 BASIC30.97■■■□□ 2.55
BRPF3Q9ULD4 PLEKHG6-206ENST00000536531 1683 ntTSL 1 (best) BASIC30.97■■■□□ 2.55
BRPF3Q9ULD4 CCDC88C-205ENST00000553403 1651 ntTSL 1 (best) BASIC30.96■■■□□ 2.55
BRPF3Q9ULD4 AL121749.1-202ENST00000609313 2153 ntBASIC30.96■■■□□ 2.55
BRPF3Q9ULD4 LZTS2-201ENST00000370220 5741 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.95■■■□□ 2.55
BRPF3Q9ULD4 OTUD5-201ENST00000156084 2740 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC30.93■■■□□ 2.54
BRPF3Q9ULD4 MYLIP-202ENST00000356840 1666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.93■■■□□ 2.54
BRPF3Q9ULD4 SIGMAR1-203ENST00000378892 1743 ntTSL 2 BASIC30.93■■■□□ 2.54
BRPF3Q9ULD4 ATP6V1E2-204ENST00000522587 1559 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC30.92■■■□□ 2.54
BRPF3Q9ULD4 DEDD-212ENST00000545495 2329 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC30.92■■■□□ 2.54
BRPF3Q9ULD4 AC012615.2-201ENST00000586259 447 ntTSL 4 BASIC30.92■■■□□ 2.54
BRPF3Q9ULD4 NOXA1-201ENST00000341349 1678 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.91■■■□□ 2.54
BRPF3Q9ULD4 GPR75-ASB3-201ENST00000406625 2113 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC30.91■■■□□ 2.54
BRPF3Q9ULD4 ZFP90-204ENST00000564323 560 ntTSL 4 BASIC30.91■■■□□ 2.54
BRPF3Q9ULD4 AC005559.1-201ENST00000589661 871 ntBASIC30.91■■■□□ 2.54
BRPF3Q9ULD4 ZFP90-219ENST00000611381 695 ntTSL 1 (best) BASIC30.91■■■□□ 2.54
BRPF3Q9ULD4 NAPA-201ENST00000263354 1839 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.91■■■□□ 2.54
BRPF3Q9ULD4 BIN1-210ENST00000393041 2272 ntTSL 1 (best) BASIC30.9■■■□□ 2.54
BRPF3Q9ULD4 NRG1-221ENST00000614767 762 ntTSL 5 BASIC30.9■■■□□ 2.54
BRPF3Q9ULD4 DUX4L28-201ENST00000623687 678 ntBASIC30.9■■■□□ 2.54
BRPF3Q9ULD4 TSEN34-203ENST00000396388 1349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.9■■■□□ 2.54
BRPF3Q9ULD4 RUNDC3A-201ENST00000225441 1821 ntTSL 1 (best) BASIC30.89■■■□□ 2.54
BRPF3Q9ULD4 ATPAF1-202ENST00000371937 1827 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.89■■■□□ 2.54
BRPF3Q9ULD4 STUB1-205ENST00000565677 1560 ntTSL 1 (best) BASIC30.89■■■□□ 2.54
BRPF3Q9ULD4 VEGFC-202ENST00000618562 2064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.88■■■□□ 2.53
BRPF3Q9ULD4 KIAA2013-201ENST00000376572 2815 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.88■■■□□ 2.53
BRPF3Q9ULD4 FAM107B-205ENST00000378467 2374 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.88■■■□□ 2.53
BRPF3Q9ULD4 AC004080.1-201ENST00000523608 757 ntTSL 2 BASIC30.87■■■□□ 2.53
BRPF3Q9ULD4 MSANTD2-203ENST00000524950 1109 ntTSL 2 BASIC30.87■■■□□ 2.53
BRPF3Q9ULD4 ZNF768-201ENST00000380412 2315 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC30.87■■■□□ 2.53
BRPF3Q9ULD4 CHPT1-201ENST00000229266 1585 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC30.87■■■□□ 2.53
BRPF3Q9ULD4 FRAT2-201ENST00000371019 2213 ntAPPRIS P1 BASIC30.86■■■□□ 2.53
BRPF3Q9ULD4 NPAS3-203ENST00000357798 2763 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.86■■■□□ 2.53
BRPF3Q9ULD4 BATF3-201ENST00000243440 980 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.85■■■□□ 2.53
BRPF3Q9ULD4 PGAM5-201ENST00000317555 1182 ntTSL 1 (best) BASIC30.85■■■□□ 2.53
BRPF3Q9ULD4 IRX1-201ENST00000302006 1858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.84■■■□□ 2.53
BRPF3Q9ULD4 RAB40C-204ENST00000538492 2569 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC30.84■■■□□ 2.53
BRPF3Q9ULD4 ADAP1-201ENST00000265846 2363 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.84■■■□□ 2.53
BRPF3Q9ULD4 NELFB-201ENST00000343053 2698 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.83■■■□□ 2.53
BRPF3Q9ULD4 SHOX2-204ENST00000483851 1866 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC30.82■■■□□ 2.53
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 12.7 ms