Protein–RNA interactions for Protein: Q9NWM3

CUEDC1, CUE domain-containing protein 1, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 386 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CUEDC1Q9NWM3 PLEKHG6-206ENST00000536531 1683 ntTSL 1 (best) BASIC25.43■■□□□ 1.66
CUEDC1Q9NWM3 TERF2-207ENST00000567296 1129 ntTSL 1 (best) BASIC25.43■■□□□ 1.66
CUEDC1Q9NWM3 GTF3C4-202ENST00000483873 1417 ntTSL 3 BASIC25.43■■□□□ 1.66
CUEDC1Q9NWM3 GAL3ST1-205ENST00000406361 1819 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.42■■□□□ 1.66
CUEDC1Q9NWM3 NKIRAS2-202ENST00000316082 833 ntTSL 5 BASIC25.42■■□□□ 1.66
CUEDC1Q9NWM3 ABHD17AP4-201ENST00000411545 909 ntBASIC25.42■■□□□ 1.66
CUEDC1Q9NWM3 LRRC10B-201ENST00000378075 2219 ntAPPRIS P1 BASIC25.42■■□□□ 1.66
CUEDC1Q9NWM3 CARS2-201ENST00000257347 1879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
CUEDC1Q9NWM3 AC010864.1-201ENST00000609407 1511 ntBASIC25.42■■□□□ 1.66
CUEDC1Q9NWM3 ACTG1-210ENST00000575842 2256 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
CUEDC1Q9NWM3 ARL8A-201ENST00000272217 1793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
CUEDC1Q9NWM3 ATP6V1E2-204ENST00000522587 1559 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.41■■□□□ 1.66
CUEDC1Q9NWM3 PSMG4-202ENST00000380305 489 ntTSL 5 BASIC25.4■■□□□ 1.66
CUEDC1Q9NWM3 NAA50-207ENST00000493900 962 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC25.38■■□□□ 1.65
CUEDC1Q9NWM3 AC009097.4-201ENST00000566738 777 ntTSL 2 BASIC25.38■■□□□ 1.65
CUEDC1Q9NWM3 AP000547.3-202ENST00000592107 1019 ntTSL 1 (best) BASIC25.38■■□□□ 1.65
CUEDC1Q9NWM3 CHPT1-201ENST00000229266 1585 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.38■■□□□ 1.65
CUEDC1Q9NWM3 HAUS7-201ENST00000370210 1593 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.38■■□□□ 1.65
CUEDC1Q9NWM3 AGAP3-216ENST00000479901 1881 ntTSL 5 BASIC25.38■■□□□ 1.65
CUEDC1Q9NWM3 AC087741.3-201ENST00000624270 1347 ntBASIC25.37■■□□□ 1.65
CUEDC1Q9NWM3 TSPAN33-201ENST00000486685 1863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
CUEDC1Q9NWM3 BATF3-201ENST00000243440 980 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
CUEDC1Q9NWM3 PPP1R14B-201ENST00000309318 982 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
CUEDC1Q9NWM3 MLEC-202ENST00000412616 841 ntTSL 3 BASIC25.36■■□□□ 1.65
CUEDC1Q9NWM3 COX4I1-203ENST00000562336 873 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.36■■□□□ 1.65
CUEDC1Q9NWM3 SLC52A2-201ENST00000329994 1896 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
CUEDC1Q9NWM3 STUB1-205ENST00000565677 1560 ntTSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
CUEDC1Q9NWM3 MAD2L2-205ENST00000376669 864 ntTSL 3 BASIC25.35■■□□□ 1.65
CUEDC1Q9NWM3 TXNL4A-210ENST00000591711 669 ntTSL 2 BASIC25.35■■□□□ 1.65
CUEDC1Q9NWM3 TCEA2-202ENST00000343484 1235 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
CUEDC1Q9NWM3 SCX-201ENST00000567180 999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
CUEDC1Q9NWM3 HSPB11-201ENST00000194214 915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.65
CUEDC1Q9NWM3 HNRNPAB-202ENST00000358344 1796 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.65
CUEDC1Q9NWM3 AMN-201ENST00000299155 1907 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
CUEDC1Q9NWM3 ECI1-207ENST00000570258 1512 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.32■■□□□ 1.64
CUEDC1Q9NWM3 DCBLD1-201ENST00000296955 1979 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
CUEDC1Q9NWM3 FOXA2-202ENST00000419308 2422 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
CUEDC1Q9NWM3 RCE1-201ENST00000309657 1485 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
CUEDC1Q9NWM3 ATPAF1-202ENST00000371937 1827 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
CUEDC1Q9NWM3 CGREF1-203ENST00000402394 1906 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC25.29■■□□□ 1.64
CUEDC1Q9NWM3 MFAP2-202ENST00000375535 1260 ntTSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
CUEDC1Q9NWM3 SMIM12-205ENST00000456842 918 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.28■■□□□ 1.64
CUEDC1Q9NWM3 PVT1-219ENST00000523427 938 ntTSL 3 BASIC25.28■■□□□ 1.64
CUEDC1Q9NWM3 YAP1-204ENST00000526343 2393 ntTSL 5 BASIC25.28■■□□□ 1.64
CUEDC1Q9NWM3 CCDC88C-205ENST00000553403 1651 ntTSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
CUEDC1Q9NWM3 AP000911.1-206ENST00000531938 711 ntTSL 3 BASIC25.27■■□□□ 1.64
CUEDC1Q9NWM3 ANKRD13D-211ENST00000511455 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
CUEDC1Q9NWM3 FSD1L-208ENST00000495708 1906 ntTSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
CUEDC1Q9NWM3 RCC1L-202ENST00000614461 2419 ntTSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
CUEDC1Q9NWM3 SIRT3-201ENST00000382743 2543 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
CUEDC1Q9NWM3 KLC2-205ENST00000394078 1557 ntTSL 5 BASIC25.26■■□□□ 1.63
CUEDC1Q9NWM3 HLA-V-202ENST00000446817 847 ntBASIC25.25■■□□□ 1.63
CUEDC1Q9NWM3 AC104109.3-201ENST00000519718 483 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.25■■□□□ 1.63
CUEDC1Q9NWM3 ABHD17A-202ENST00000292577 1757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
CUEDC1Q9NWM3 NEUROG2-201ENST00000313341 2287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
CUEDC1Q9NWM3 UBE2S-203ENST00000589978 496 ntTSL 5 BASIC25.24■■□□□ 1.63
CUEDC1Q9NWM3 MIR6090-201ENST00000622481 60 ntBASIC25.24■■□□□ 1.63
CUEDC1Q9NWM3 POLR1D-201ENST00000302979 1166 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
CUEDC1Q9NWM3 AC044849.2-201ENST00000606596 710 ntBASIC25.23■■□□□ 1.63
CUEDC1Q9NWM3 HNRNPAB-204ENST00000504898 1785 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
CUEDC1Q9NWM3 AP002884.3-203ENST00000419895 1711 ntTSL 2 BASIC25.23■■□□□ 1.63
CUEDC1Q9NWM3 PHOX2A-201ENST00000298231 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
CUEDC1Q9NWM3 FGFRL1-205ENST00000510644 2304 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
CUEDC1Q9NWM3 MBP-237ENST00000579129 1052 ntTSL 5 BASIC25.22■■□□□ 1.63
CUEDC1Q9NWM3 SRSF9-201ENST00000229390 1201 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
CUEDC1Q9NWM3 CDKN2A-201ENST00000304494 1218 ntTSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
CUEDC1Q9NWM3 DTNBP1-202ENST00000344537 1403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.63
CUEDC1Q9NWM3 AC108673.1-201ENST00000510422 1159 ntBASIC25.2■■□□□ 1.62
CUEDC1Q9NWM3 CUL4A-202ENST00000375440 2364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.62
CUEDC1Q9NWM3 SHOX2-204ENST00000483851 1866 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.19■■□□□ 1.62
CUEDC1Q9NWM3 BCL3-201ENST00000164227 2038 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
CUEDC1Q9NWM3 MISP3-202ENST00000587086 1535 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
CUEDC1Q9NWM3 GIPC1-203ENST00000393033 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
CUEDC1Q9NWM3 HNRNPAB-205ENST00000506259 1674 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
CUEDC1Q9NWM3 RNF130-205ENST00000521389 2263 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
CUEDC1Q9NWM3 EMC10-202ENST00000376918 2014 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
CUEDC1Q9NWM3 TOMM40-201ENST00000252487 1707 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
CUEDC1Q9NWM3 TOMM40-202ENST00000405636 1709 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
CUEDC1Q9NWM3 ENKD1-201ENST00000243878 1579 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
CUEDC1Q9NWM3 MKNK2-202ENST00000309340 1744 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
CUEDC1Q9NWM3 MAF-201ENST00000326043 2646 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
CUEDC1Q9NWM3 PQLC1-202ENST00000357575 2475 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC25.17■■□□□ 1.62
CUEDC1Q9NWM3 VAX2-201ENST00000234392 1147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
CUEDC1Q9NWM3 KCTD17-202ENST00000403888 1763 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
CUEDC1Q9NWM3 ZNF787-203ENST00000610935 1925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
CUEDC1Q9NWM3 VEGFA-207ENST00000413642 1197 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
CUEDC1Q9NWM3 FOXE3-201ENST00000335071 1981 ntAPPRIS P1 BASIC25.15■■□□□ 1.62
CUEDC1Q9NWM3 ESRRA-201ENST00000000442 2215 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
CUEDC1Q9NWM3 COPRS-202ENST00000378634 1041 ntTSL 2 BASIC25.15■■□□□ 1.62
CUEDC1Q9NWM3 HDAC11-206ENST00000405025 576 ntTSL 4 BASIC25.15■■□□□ 1.62
CUEDC1Q9NWM3 EBAG9-202ENST00000395785 1467 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
CUEDC1Q9NWM3 MPST-206ENST00000429360 1331 ntTSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.62
CUEDC1Q9NWM3 ACOT7-201ENST00000361521 2429 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.62
CUEDC1Q9NWM3 GRK6-206ENST00000507633 1660 ntTSL 5 BASIC25.13■■□□□ 1.61
CUEDC1Q9NWM3 IRX1-201ENST00000302006 1858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
CUEDC1Q9NWM3 PDCD2-209ENST00000542896 1082 ntTSL 2 BASIC25.13■■□□□ 1.61
CUEDC1Q9NWM3 FOXQ1-201ENST00000296839 2309 ntAPPRIS P1 BASIC25.13■■□□□ 1.61
CUEDC1Q9NWM3 CUEDC1-201ENST00000360238 2193 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.12■■□□□ 1.61
CUEDC1Q9NWM3 MATK-201ENST00000310132 2133 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.12■■□□□ 1.61
CUEDC1Q9NWM3 UBALD1-202ENST00000587615 799 ntTSL 2 BASIC25.12■■□□□ 1.61
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 24.2 ms