Protein–RNA interactions for Protein: Q9HD42

CHMP1A, Charged multivesicular body protein 1a, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 196 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHMP1AQ9HD42 FAAP20-204ENST00000400919 1413 ntTSL 3 BASIC22.29■■□□□ 1.16
CHMP1AQ9HD42 AP003068.2-202ENST00000526623 1662 ntTSL 2 BASIC22.29■■□□□ 1.16
CHMP1AQ9HD42 KCNMA1-283ENST00000640523 5425 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.28■■□□□ 1.16
CHMP1AQ9HD42 TMEM266-201ENST00000388942 2520 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.28■■□□□ 1.16
CHMP1AQ9HD42 CRIM1-201ENST00000280527 5912 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
CHMP1AQ9HD42 FOXQ1-201ENST00000296839 2309 ntAPPRIS P1 BASIC22.28■■□□□ 1.16
CHMP1AQ9HD42 GLRX5-201ENST00000331334 1564 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
CHMP1AQ9HD42 KLF16-203ENST00000592313 508 ntTSL 3 BASIC22.27■■□□□ 1.16
CHMP1AQ9HD42 YAP1-204ENST00000526343 2393 ntTSL 5 BASIC22.27■■□□□ 1.16
CHMP1AQ9HD42 RRNAD1-201ENST00000368216 2254 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
CHMP1AQ9HD42 C11orf80-204ENST00000525908 2135 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.27■■□□□ 1.15
CHMP1AQ9HD42 RASSF8-202ENST00000381352 2320 ntTSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
CHMP1AQ9HD42 COL13A1-213ENST00000520267 2276 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.26■■□□□ 1.15
CHMP1AQ9HD42 DSG2-201ENST00000261590 5831 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
CHMP1AQ9HD42 RUNDC3A-206ENST00000590941 1675 ntTSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
CHMP1AQ9HD42 BMP7-204ENST00000450594 1857 ntTSL 2 BASIC22.26■■□□□ 1.15
CHMP1AQ9HD42 GUSB-202ENST00000421103 1742 ntTSL 2 BASIC22.26■■□□□ 1.15
CHMP1AQ9HD42 ZNF775-201ENST00000329630 2257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
CHMP1AQ9HD42 WASH5P-204ENST00000632292 975 ntBASIC22.24■■□□□ 1.15
CHMP1AQ9HD42 HNRNPAB-202ENST00000358344 1796 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
CHMP1AQ9HD42 CGREF1-204ENST00000402550 1575 ntTSL 2 BASIC22.24■■□□□ 1.15
CHMP1AQ9HD42 NPB-202ENST00000573081 2154 ntAPPRIS ALT2 BASIC22.23■■□□□ 1.15
CHMP1AQ9HD42 PLSCR3-209ENST00000574401 2032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
CHMP1AQ9HD42 PLSCR3-214ENST00000619711 2066 ntTSL 5 BASIC22.23■■□□□ 1.15
CHMP1AQ9HD42 LINC01089-207ENST00000538335 630 ntTSL 3 BASIC22.23■■□□□ 1.15
CHMP1AQ9HD42 PPP1R26-201ENST00000356818 4932 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
CHMP1AQ9HD42 TBL1X-201ENST00000217964 5871 ntTSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
CHMP1AQ9HD42 NRGN-202ENST00000412681 1106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
CHMP1AQ9HD42 DHRS13-202ENST00000394901 2037 ntTSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
CHMP1AQ9HD42 MAGI2-217ENST00000629359 6704 ntTSL 5 BASIC22.22■■□□□ 1.15
CHMP1AQ9HD42 EFNA3-201ENST00000368408 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
CHMP1AQ9HD42 GLRB-203ENST00000509282 1757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
CHMP1AQ9HD42 ATPAF1-202ENST00000371937 1827 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
CHMP1AQ9HD42 PGM5P2-201ENST00000613141 1980 ntTSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
CHMP1AQ9HD42 HAUS7-201ENST00000370210 1593 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.2■■□□□ 1.14
CHMP1AQ9HD42 PCYT2-206ENST00000571105 1628 ntTSL 5 BASIC22.2■■□□□ 1.14
CHMP1AQ9HD42 AC142086.6-201ENST00000621154 1765 ntBASIC22.2■■□□□ 1.14
CHMP1AQ9HD42 ZNF276-202ENST00000443381 2267 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
CHMP1AQ9HD42 TESK1-201ENST00000336395 2421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
CHMP1AQ9HD42 FAM89B-201ENST00000316409 1409 ntTSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
CHMP1AQ9HD42 SHOX2-204ENST00000483851 1866 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.19■■□□□ 1.14
CHMP1AQ9HD42 MNX1-201ENST00000252971 2174 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
CHMP1AQ9HD42 DPF1-202ENST00000412732 2303 ntTSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
CHMP1AQ9HD42 WHRN-203ENST00000374057 1718 ntTSL 2 BASIC22.18■■□□□ 1.14
CHMP1AQ9HD42 CDK2AP1-203ENST00000535979 1281 ntTSL 3 BASIC22.18■■□□□ 1.14
CHMP1AQ9HD42 EMID1-203ENST00000404820 2118 ntTSL 5 BASIC22.18■■□□□ 1.14
CHMP1AQ9HD42 GKAP1-203ENST00000376371 1778 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
CHMP1AQ9HD42 SLC30A10-202ENST00000366926 1915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
CHMP1AQ9HD42 AC079305.1-201ENST00000428541 499 ntTSL 3 BASIC22.16■■□□□ 1.14
CHMP1AQ9HD42 HAND2-201ENST00000359562 2780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
CHMP1AQ9HD42 FAM220A-201ENST00000313324 2214 ntTSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
CHMP1AQ9HD42 SLC9A3R2-202ENST00000432365 1564 ntTSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
CHMP1AQ9HD42 AL133380.1-201ENST00000506013 324 ntBASIC22.15■■□□□ 1.14
CHMP1AQ9HD42 MFSD12-201ENST00000355415 2124 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
CHMP1AQ9HD42 PKDCC-201ENST00000294964 2502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.14
CHMP1AQ9HD42 SLCO3A1-201ENST00000318445 5115 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.14
CHMP1AQ9HD42 MTCH1-201ENST00000373616 2006 ntTSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
CHMP1AQ9HD42 ACTR3B-201ENST00000256001 2216 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
CHMP1AQ9HD42 CDH24-206ENST00000610348 2037 ntTSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
CHMP1AQ9HD42 TADA2B-201ENST00000310074 4350 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
CHMP1AQ9HD42 CARS2-201ENST00000257347 1879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
CHMP1AQ9HD42 C1orf122-204ENST00000468084 1234 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.12■■□□□ 1.13
CHMP1AQ9HD42 SIGMAR1-205ENST00000477726 840 ntTSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
CHMP1AQ9HD42 FOXP4-203ENST00000373060 5948 ntTSL 5 BASIC22.12■■□□□ 1.13
CHMP1AQ9HD42 FOXP4-204ENST00000373063 5910 ntTSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
CHMP1AQ9HD42 ARMC10-205ENST00000428183 2445 ntTSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
CHMP1AQ9HD42 NPDC1-201ENST00000371600 2187 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
CHMP1AQ9HD42 THAP11-201ENST00000303596 2114 ntAPPRIS P1 BASIC22.11■■□□□ 1.13
CHMP1AQ9HD42 XKR6-201ENST00000297303 1550 ntTSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
CHMP1AQ9HD42 ADAP1-201ENST00000265846 2363 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
CHMP1AQ9HD42 MXD3-203ENST00000439742 1483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
CHMP1AQ9HD42 NPTXR-202ENST00000640136 1503 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
CHMP1AQ9HD42 SOX1-201ENST00000330949 2842 ntAPPRIS P1 BASIC22.09■■□□□ 1.13
CHMP1AQ9HD42 AC113189.4-201ENST00000575331 5553 ntTSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
CHMP1AQ9HD42 RDX-210ENST00000530301 1549 ntTSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
CHMP1AQ9HD42 KIAA1456-206ENST00000528753 2392 ntTSL 2 BASIC22.08■■□□□ 1.13
CHMP1AQ9HD42 PTPRM-201ENST00000332175 6095 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
CHMP1AQ9HD42 AGPAT2-202ENST00000371696 1512 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
CHMP1AQ9HD42 FGF18-201ENST00000274625 1986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
CHMP1AQ9HD42 COL13A1-214ENST00000522165 2061 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.07■■□□□ 1.12
CHMP1AQ9HD42 SMARCD3-203ENST00000392811 2018 ntTSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
CHMP1AQ9HD42 GPR75-ASB3-201ENST00000406625 2113 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.06■■□□□ 1.12
CHMP1AQ9HD42 SPATA5L1-208ENST00000638607 1863 ntTSL 2 BASIC22.06■■□□□ 1.12
CHMP1AQ9HD42 MAP3K5-201ENST00000359015 5197 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
CHMP1AQ9HD42 IRX1-201ENST00000302006 1858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
CHMP1AQ9HD42 HDGF-210ENST00000537739 2073 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
CHMP1AQ9HD42 PLPPR3-201ENST00000359894 2387 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
CHMP1AQ9HD42 ADNP-AS1-201ENST00000558899 927 ntTSL 3 BASIC22.04■■□□□ 1.12
CHMP1AQ9HD42 SHARPIN-202ENST00000398712 1765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
CHMP1AQ9HD42 MTCH1-202ENST00000373627 2057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
CHMP1AQ9HD42 FAM78B-202ENST00000354422 1475 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.03■■□□□ 1.12
CHMP1AQ9HD42 AFDN-201ENST00000344191 5249 ntTSL 5 BASIC22.02■■□□□ 1.12
CHMP1AQ9HD42 RCOR3-202ENST00000367006 2525 ntTSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.11
CHMP1AQ9HD42 NOP53-201ENST00000246802 1528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
CHMP1AQ9HD42 WSB2-201ENST00000315436 2646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
CHMP1AQ9HD42 HOXB3-212ENST00000498678 2196 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.01■■□□□ 1.11
CHMP1AQ9HD42 ATPAF1-201ENST00000329231 1241 ntTSL 2 BASIC22.01■■□□□ 1.11
CHMP1AQ9HD42 KCNC3-201ENST00000376959 5447 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.01■■□□□ 1.11
CHMP1AQ9HD42 C11orf95-202ENST00000433688 5716 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22■■□□□ 1.11
CHMP1AQ9HD42 RARRES2P7-201ENST00000567349 469 ntBASIC22■■□□□ 1.11
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 38.8 ms