Protein–RNA interactions for Protein: Q8N1M1

BEST3, Bestrophin-3, humanhuman

Predictions only

Length 668 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
BEST3Q8N1M1 DTNBP1-202ENST00000344537 1403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
BEST3Q8N1M1 NOG-201ENST00000332822 1892 ntAPPRIS P1 BASIC24.4■■□□□ 1.5
BEST3Q8N1M1 HINT2-201ENST00000259667 628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.49
BEST3Q8N1M1 HES7-202ENST00000541682 1674 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.49
BEST3Q8N1M1 AVEN-201ENST00000306730 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.49
BEST3Q8N1M1 CHPT1-201ENST00000229266 1585 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
BEST3Q8N1M1 LMNTD2-201ENST00000329451 2084 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
BEST3Q8N1M1 LAPTM4B-203ENST00000521545 915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
BEST3Q8N1M1 GUSB-202ENST00000421103 1742 ntTSL 2 BASIC24.38■■□□□ 1.49
BEST3Q8N1M1 RP9P-201ENST00000381639 1303 ntTSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
BEST3Q8N1M1 XKR6-201ENST00000297303 1550 ntTSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
BEST3Q8N1M1 MYLIP-202ENST00000356840 1666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
BEST3Q8N1M1 LFNG-201ENST00000222725 2377 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC24.36■■□□□ 1.49
BEST3Q8N1M1 EMX1-201ENST00000258106 2188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
BEST3Q8N1M1 HLA-V-202ENST00000446817 847 ntBASIC24.35■■□□□ 1.49
BEST3Q8N1M1 ABL1-201ENST00000318560 5766 ntTSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
BEST3Q8N1M1 E2F4-201ENST00000379378 2096 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
BEST3Q8N1M1 PLEKHG6-206ENST00000536531 1683 ntTSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
BEST3Q8N1M1 PI4KAP1-202ENST00000611748 1906 ntTSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
BEST3Q8N1M1 HOXB3-210ENST00000489475 1845 ntTSL 2 BASIC24.34■■□□□ 1.49
BEST3Q8N1M1 AC092647.5-201ENST00000426595 1732 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.33■■□□□ 1.49
BEST3Q8N1M1 FTCD-203ENST00000397746 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.49
BEST3Q8N1M1 BATF3-201ENST00000243440 980 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.49
BEST3Q8N1M1 MRPL9-201ENST00000368829 882 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.33■■□□□ 1.49
BEST3Q8N1M1 PRSS41-201ENST00000399677 1127 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.33■■□□□ 1.49
BEST3Q8N1M1 AL589765.4-201ENST00000512280 382 ntTSL 3 BASIC24.33■■□□□ 1.49
BEST3Q8N1M1 MBP-237ENST00000579129 1052 ntTSL 5 BASIC24.33■■□□□ 1.49
BEST3Q8N1M1 CERS1-201ENST00000429504 2094 ntTSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.48
BEST3Q8N1M1 NOP53-201ENST00000246802 1528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
BEST3Q8N1M1 AC187653.1-201ENST00000506382 702 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.32■■□□□ 1.48
BEST3Q8N1M1 CERS2-201ENST00000271688 2544 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.3■■□□□ 1.48
BEST3Q8N1M1 ELK4-201ENST00000289703 2118 ntTSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
BEST3Q8N1M1 VEGFA-226ENST00000611736 1239 ntTSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
BEST3Q8N1M1 AC013394.1-201ENST00000629685 808 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.3■■□□□ 1.48
BEST3Q8N1M1 AGAP1-202ENST00000336665 5427 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
BEST3Q8N1M1 TPRA1-201ENST00000296210 1725 ntTSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
BEST3Q8N1M1 WNT5A-AS1-201ENST00000469484 500 ntTSL 3 BASIC24.28■■□□□ 1.48
BEST3Q8N1M1 DDN-AS1-203ENST00000552284 934 ntTSL 3 BASIC24.28■■□□□ 1.48
BEST3Q8N1M1 U2AF1L5-201ENST00000610664 897 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
BEST3Q8N1M1 SH3BP2-221ENST00000511747 2351 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
BEST3Q8N1M1 PLEKHJ1-201ENST00000326631 1206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
BEST3Q8N1M1 TUSC1-201ENST00000358022 2052 ntAPPRIS P1 BASIC24.26■■□□□ 1.47
BEST3Q8N1M1 PANK2-207ENST00000610179 1807 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
BEST3Q8N1M1 LRRC61-202ENST00000359623 1877 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.26■■□□□ 1.47
BEST3Q8N1M1 MBOAT7-203ENST00000391754 1797 ntTSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
BEST3Q8N1M1 ZBTB7A-202ENST00000601588 2083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
BEST3Q8N1M1 HMX1-201ENST00000400677 1895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
BEST3Q8N1M1 CAPNS1-211ENST00000590874 926 ntTSL 5 BASIC24.24■■□□□ 1.47
BEST3Q8N1M1 GKAP1-203ENST00000376371 1778 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
BEST3Q8N1M1 AP002884.3-203ENST00000419895 1711 ntTSL 2 BASIC24.22■■□□□ 1.47
BEST3Q8N1M1 MAF-201ENST00000326043 2646 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
BEST3Q8N1M1 PPP3CC-204ENST00000518852 1598 ntTSL 2 BASIC24.21■■□□□ 1.47
BEST3Q8N1M1 RNF166-209ENST00000567844 633 ntTSL 5 BASIC24.21■■□□□ 1.47
BEST3Q8N1M1 LINC01971-201ENST00000617888 1048 ntBASIC24.21■■□□□ 1.47
BEST3Q8N1M1 QDPR-201ENST00000281243 1648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
BEST3Q8N1M1 EI24-212ENST00000615917 1407 ntTSL 2 BASIC24.2■■□□□ 1.46
BEST3Q8N1M1 MAD2L2-207ENST00000376692 1118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
BEST3Q8N1M1 ACOT12-204ENST00000513751 612 ntTSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
BEST3Q8N1M1 MACF1-219ENST00000484793 834 ntTSL 2 BASIC24.18■■□□□ 1.46
BEST3Q8N1M1 DUX4L11-201ENST00000611504 1267 ntBASIC24.18■■□□□ 1.46
BEST3Q8N1M1 DUX4L12-201ENST00000614593 1267 ntBASIC24.18■■□□□ 1.46
BEST3Q8N1M1 DUX4L14-201ENST00000621227 1267 ntBASIC24.18■■□□□ 1.46
BEST3Q8N1M1 GLT8D1-201ENST00000266014 1849 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
BEST3Q8N1M1 AC010864.1-201ENST00000609407 1511 ntBASIC24.18■■□□□ 1.46
BEST3Q8N1M1 GAL3ST1-204ENST00000402369 1712 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.18■■□□□ 1.46
BEST3Q8N1M1 MAPK12-201ENST00000215659 1918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
BEST3Q8N1M1 AC004837.3-201ENST00000420748 565 ntTSL 4 BASIC24.17■■□□□ 1.46
BEST3Q8N1M1 RPS2-202ENST00000526522 924 ntTSL 2 BASIC24.17■■□□□ 1.46
BEST3Q8N1M1 TCAM1P-201ENST00000463377 452 ntTSL 3 BASIC24.16■■□□□ 1.46
BEST3Q8N1M1 PCSK6-201ENST00000331826 2309 ntTSL 5 BASIC24.16■■□□□ 1.46
BEST3Q8N1M1 FOXD3-201ENST00000371116 2086 ntAPPRIS P1 BASIC24.15■■□□□ 1.46
BEST3Q8N1M1 MAFA-201ENST00000333480 2347 ntAPPRIS P1 BASIC24.15■■□□□ 1.46
BEST3Q8N1M1 PELI3-203ENST00000524466 1671 ntTSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
BEST3Q8N1M1 COL13A1-212ENST00000520133 1833 ntTSL 5 BASIC24.14■■□□□ 1.46
BEST3Q8N1M1 KCNK3-202ENST00000620977 1956 ntTSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.45
BEST3Q8N1M1 CLEC3B-202ENST00000428034 752 ntTSL 2 BASIC24.13■■□□□ 1.45
BEST3Q8N1M1 SNX24-201ENST00000261369 2158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
BEST3Q8N1M1 PGM5-201ENST00000396392 1782 ntTSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
BEST3Q8N1M1 ARMC10-211ENST00000541300 2266 ntTSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
BEST3Q8N1M1 STUB1-205ENST00000565677 1560 ntTSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
BEST3Q8N1M1 HNRNPAB-204ENST00000504898 1785 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
BEST3Q8N1M1 C5orf66-AS1-201ENST00000507035 843 ntTSL 2 BASIC24.12■■□□□ 1.45
BEST3Q8N1M1 MIR3648-2-201ENST00000581792 180 ntBASIC24.12■■□□□ 1.45
BEST3Q8N1M1 MIR3648-1-201ENST00000615959 180 ntBASIC24.12■■□□□ 1.45
BEST3Q8N1M1 GDI1-215ENST00000630693 786 ntTSL 4 BASIC24.12■■□□□ 1.45
BEST3Q8N1M1 TRIM52-AS1-203ENST00000509252 529 ntTSL 3 BASIC24.11■■□□□ 1.45
BEST3Q8N1M1 AC016575.1-201ENST00000607026 382 ntBASIC24.11■■□□□ 1.45
BEST3Q8N1M1 KLHL35-204ENST00000539798 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
BEST3Q8N1M1 FADS3-201ENST00000278829 1779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
BEST3Q8N1M1 PIP4K2B-204ENST00000619039 5734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
BEST3Q8N1M1 H2AFV-204ENST00000350771 687 ntTSL 2 BASIC24.1■■□□□ 1.45
BEST3Q8N1M1 AL118558.1-203ENST00000553701 447 ntTSL 3 BASIC24.1■■□□□ 1.45
BEST3Q8N1M1 ABHD17A-202ENST00000292577 1757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
BEST3Q8N1M1 RAB26-201ENST00000210187 1675 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
BEST3Q8N1M1 AGPS-202ENST00000409888 815 ntTSL 4 BASIC24.09■■□□□ 1.45
BEST3Q8N1M1 CR559946.2-201ENST00000623684 991 ntBASIC24.09■■□□□ 1.45
BEST3Q8N1M1 KRT18-201ENST00000388835 1562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.45
BEST3Q8N1M1 C14orf80-202ENST00000334656 1358 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.08■■□□□ 1.45
BEST3Q8N1M1 MIR639-201ENST00000384974 98 ntBASIC24.08■■□□□ 1.45
BEST3Q8N1M1 CARS2-201ENST00000257347 1879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.45
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 22.4 ms