Protein–RNA interactions for Protein: Q8IX90

SKA3, Spindle and kinetochore-associated protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 412 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SKA3Q8IX90 MIR3665-201ENST00000578708 105 ntBASIC23.13■■□□□ 1.29
SKA3Q8IX90 TM6SF1-202ENST00000322019 2074 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
SKA3Q8IX90 TSPAN33-201ENST00000486685 1863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
SKA3Q8IX90 AC010864.1-201ENST00000609407 1511 ntBASIC23.13■■□□□ 1.29
SKA3Q8IX90 RASSF8-202ENST00000381352 2320 ntTSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
SKA3Q8IX90 PLEKHG6-206ENST00000536531 1683 ntTSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
SKA3Q8IX90 TSEN34-203ENST00000396388 1349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
SKA3Q8IX90 HAUS7-201ENST00000370210 1593 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.12■■□□□ 1.29
SKA3Q8IX90 NRG1-221ENST00000614767 762 ntTSL 5 BASIC23.12■■□□□ 1.29
SKA3Q8IX90 MYLIP-202ENST00000356840 1666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
SKA3Q8IX90 AC004080.1-201ENST00000523608 757 ntTSL 2 BASIC23.1■■□□□ 1.29
SKA3Q8IX90 SLC52A2-201ENST00000329994 1896 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
SKA3Q8IX90 NKIRAS2-202ENST00000316082 833 ntTSL 5 BASIC23.09■■□□□ 1.29
SKA3Q8IX90 AL162393.1-201ENST00000437852 946 ntBASIC23.09■■□□□ 1.29
SKA3Q8IX90 ATP6V1E2-204ENST00000522587 1559 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.09■■□□□ 1.29
SKA3Q8IX90 NOXA1-201ENST00000341349 1678 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
SKA3Q8IX90 BATF3-201ENST00000243440 980 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
SKA3Q8IX90 NAA50-207ENST00000493900 962 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC23.08■■□□□ 1.29
SKA3Q8IX90 HNRNPAB-202ENST00000358344 1796 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
SKA3Q8IX90 AMN-201ENST00000299155 1907 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
SKA3Q8IX90 ATPAF1-202ENST00000371937 1827 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
SKA3Q8IX90 DCBLD1-201ENST00000296955 1979 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
SKA3Q8IX90 BCL3-201ENST00000164227 2038 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
SKA3Q8IX90 FOXA2-202ENST00000419308 2422 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
SKA3Q8IX90 MTNR1A-201ENST00000307161 1289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
SKA3Q8IX90 PSMG4-202ENST00000380305 489 ntTSL 5 BASIC23.06■■□□□ 1.28
SKA3Q8IX90 TERF2-207ENST00000567296 1129 ntTSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
SKA3Q8IX90 AP000547.3-202ENST00000592107 1019 ntTSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
SKA3Q8IX90 GTF3C4-202ENST00000483873 1417 ntTSL 3 BASIC23.06■■□□□ 1.28
SKA3Q8IX90 CHPT1-201ENST00000229266 1585 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
SKA3Q8IX90 STUB1-205ENST00000565677 1560 ntTSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
SKA3Q8IX90 SCX-201ENST00000567180 999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
SKA3Q8IX90 CGREF1-203ENST00000402394 1906 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC23.05■■□□□ 1.28
SKA3Q8IX90 CCDC88C-205ENST00000553403 1651 ntTSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
SKA3Q8IX90 ANKRD13D-211ENST00000511455 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
SKA3Q8IX90 TXNL4A-210ENST00000591711 669 ntTSL 2 BASIC23.03■■□□□ 1.28
SKA3Q8IX90 PPP1R14B-201ENST00000309318 982 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
SKA3Q8IX90 TCEA2-202ENST00000343484 1235 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
SKA3Q8IX90 PHOX2A-201ENST00000298231 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
SKA3Q8IX90 MAD2L2-205ENST00000376669 864 ntTSL 3 BASIC23.01■■□□□ 1.27
SKA3Q8IX90 AC087741.3-201ENST00000624270 1347 ntBASIC23.01■■□□□ 1.27
SKA3Q8IX90 ECI1-207ENST00000570258 1512 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23■■□□□ 1.27
SKA3Q8IX90 MACROD1-201ENST00000255681 1205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
SKA3Q8IX90 JAG2-201ENST00000331782 5835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
SKA3Q8IX90 SIRT3-201ENST00000382743 2543 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
SKA3Q8IX90 ABHD17A-202ENST00000292577 1757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
SKA3Q8IX90 NEUROG2-201ENST00000313341 2287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
SKA3Q8IX90 SHOX2-204ENST00000483851 1866 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.98■■□□□ 1.27
SKA3Q8IX90 YAP1-204ENST00000526343 2393 ntTSL 5 BASIC22.98■■□□□ 1.27
SKA3Q8IX90 FSD1L-208ENST00000495708 1906 ntTSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
SKA3Q8IX90 RCC1L-202ENST00000614461 2419 ntTSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
SKA3Q8IX90 FGFRL1-205ENST00000510644 2304 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
SKA3Q8IX90 KCTD17-202ENST00000403888 1763 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
SKA3Q8IX90 GIPC1-203ENST00000393033 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
SKA3Q8IX90 RPS2P35-201ENST00000443417 897 ntBASIC22.96■■□□□ 1.27
SKA3Q8IX90 COX4I1-203ENST00000562336 873 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.96■■□□□ 1.27
SKA3Q8IX90 RCE1-201ENST00000309657 1485 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
SKA3Q8IX90 CUL4A-202ENST00000375440 2364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
SKA3Q8IX90 EMC10-202ENST00000376918 2014 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
SKA3Q8IX90 HNRNPAB-204ENST00000504898 1785 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
SKA3Q8IX90 UBE2S-203ENST00000589978 496 ntTSL 5 BASIC22.95■■□□□ 1.26
SKA3Q8IX90 RNF130-205ENST00000521389 2263 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
SKA3Q8IX90 MFAP2-202ENST00000375535 1260 ntTSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
SKA3Q8IX90 KLC2-205ENST00000394078 1557 ntTSL 5 BASIC22.93■■□□□ 1.26
SKA3Q8IX90 ESRRA-201ENST00000000442 2215 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
SKA3Q8IX90 FOXE3-201ENST00000335071 1981 ntAPPRIS P1 BASIC22.92■■□□□ 1.26
SKA3Q8IX90 MBD2-201ENST00000256429 5188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
SKA3Q8IX90 MKNK2-202ENST00000309340 1744 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
SKA3Q8IX90 AP002884.3-203ENST00000419895 1711 ntTSL 2 BASIC22.92■■□□□ 1.26
SKA3Q8IX90 AC108673.1-201ENST00000510422 1159 ntBASIC22.92■■□□□ 1.26
SKA3Q8IX90 AP000911.1-206ENST00000531938 711 ntTSL 3 BASIC22.92■■□□□ 1.26
SKA3Q8IX90 HNRNPAB-205ENST00000506259 1674 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
SKA3Q8IX90 MIR6090-201ENST00000622481 60 ntBASIC22.91■■□□□ 1.26
SKA3Q8IX90 CAPNS1-201ENST00000246533 1918 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
SKA3Q8IX90 ZNF787-203ENST00000610935 1925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
SKA3Q8IX90 CUEDC1-201ENST00000360238 2193 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.9■■□□□ 1.26
SKA3Q8IX90 NGB-201ENST00000298352 1884 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
SKA3Q8IX90 ENKD1-201ENST00000243878 1579 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
SKA3Q8IX90 PPP1R35-201ENST00000292330 1031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
SKA3Q8IX90 SMIM12-205ENST00000456842 918 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.9■■□□□ 1.26
SKA3Q8IX90 MISP3-202ENST00000587086 1535 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
SKA3Q8IX90 MATK-201ENST00000310132 2133 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
SKA3Q8IX90 POLR1D-201ENST00000302979 1166 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.25
SKA3Q8IX90 CDKN2A-201ENST00000304494 1218 ntTSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.25
SKA3Q8IX90 AC044849.2-201ENST00000606596 710 ntBASIC22.89■■□□□ 1.25
SKA3Q8IX90 IRX1-201ENST00000302006 1858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.25
SKA3Q8IX90 FOXQ1-201ENST00000296839 2309 ntAPPRIS P1 BASIC22.88■■□□□ 1.25
SKA3Q8IX90 BCL7C-201ENST00000215115 1740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
SKA3Q8IX90 TOMM40-201ENST00000252487 1707 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
SKA3Q8IX90 TOMM40-202ENST00000405636 1709 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
SKA3Q8IX90 RDX-210ENST00000530301 1549 ntTSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
SKA3Q8IX90 PQLC1-202ENST00000357575 2475 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.88■■□□□ 1.25
SKA3Q8IX90 CCZ1B-215ENST00000626257 2211 ntTSL 2 BASIC22.88■■□□□ 1.25
SKA3Q8IX90 TMEM268-201ENST00000288502 2314 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
SKA3Q8IX90 VAX2-201ENST00000234392 1147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
SKA3Q8IX90 PARD6A-202ENST00000458121 1260 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
SKA3Q8IX90 AC104109.3-201ENST00000519718 483 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.87■■□□□ 1.25
SKA3Q8IX90 DTNBP1-202ENST00000344537 1403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
SKA3Q8IX90 GRK6-206ENST00000507633 1660 ntTSL 5 BASIC22.87■■□□□ 1.25
SKA3Q8IX90 MXI1-201ENST00000239007 2424 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 17.8 ms