Protein–RNA interactions for Protein: Q01955

COL4A3, Collagen alpha-3(IV) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,670 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL4A3Q01955 EIF5A-208ENST00000573542 1089 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.37■■□□□ 1.97
COL4A3Q01955 RHOC-202ENST00000339083 1418 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.37■■□□□ 1.97
COL4A3Q01955 GADD45G-201ENST00000252506 1065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.36■■□□□ 1.97
COL4A3Q01955 BCL7B-202ENST00000411832 1458 ntTSL 2 BASIC27.36■■□□□ 1.97
COL4A3Q01955 RANBP1-202ENST00000402752 1132 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.36■■□□□ 1.97
COL4A3Q01955 U2AF1L5-201ENST00000610664 897 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC27.35■■□□□ 1.97
COL4A3Q01955 ATP6V1E2-204ENST00000522587 1559 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC27.35■■□□□ 1.97
COL4A3Q01955 RRAD-202ENST00000420652 1476 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.35■■□□□ 1.97
COL4A3Q01955 PARD6A-201ENST00000219255 1248 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.33■■□□□ 1.97
COL4A3Q01955 METRNL-202ENST00000570778 967 ntTSL 5 BASIC27.33■■□□□ 1.97
COL4A3Q01955 TCAM1P-201ENST00000463377 452 ntTSL 3 BASIC27.32■■□□□ 1.96
COL4A3Q01955 HNRNPAB-206ENST00000506339 1747 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.32■■□□□ 1.96
COL4A3Q01955 AGPAT2-202ENST00000371696 1512 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.31■■□□□ 1.96
COL4A3Q01955 MRPL51-201ENST00000229238 1234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.3■■□□□ 1.96
COL4A3Q01955 RASSF7-202ENST00000397583 1928 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.3■■□□□ 1.96
COL4A3Q01955 EBPL-201ENST00000242827 914 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.3■■□□□ 1.96
COL4A3Q01955 NOG-201ENST00000332822 1892 ntAPPRIS P1 BASIC27.29■■□□□ 1.96
COL4A3Q01955 CAAP1-205ENST00000520187 773 ntTSL 5 BASIC27.28■■□□□ 1.96
COL4A3Q01955 PTPRF-216ENST00000617451 1129 ntTSL 5 BASIC27.28■■□□□ 1.96
COL4A3Q01955 OLFM2-201ENST00000264833 2019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.28■■□□□ 1.96
COL4A3Q01955 SIAH1-203ENST00000394725 2147 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.28■■□□□ 1.96
COL4A3Q01955 NME2-205ENST00000512737 826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.27■■□□□ 1.96
COL4A3Q01955 AC009041.3-201ENST00000564390 879 ntTSL 5 BASIC27.26■■□□□ 1.95
COL4A3Q01955 CHPT1-201ENST00000229266 1585 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.25■■□□□ 1.95
COL4A3Q01955 PIK3R2-208ENST00000617642 1446 ntTSL 5 BASIC27.24■■□□□ 1.95
COL4A3Q01955 ABHD12-201ENST00000339157 2117 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.24■■□□□ 1.95
COL4A3Q01955 AURKAIP1-203ENST00000338370 1072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.24■■□□□ 1.95
COL4A3Q01955 BCL7B-201ENST00000223368 1975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.23■■□□□ 1.95
COL4A3Q01955 MYLIP-202ENST00000356840 1666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.23■■□□□ 1.95
COL4A3Q01955 AC007383.2-202ENST00000435627 482 ntTSL 2 BASIC27.22■■□□□ 1.95
COL4A3Q01955 CSPG5-205ENST00000610462 2073 ntTSL 5 BASIC27.21■■□□□ 1.95
COL4A3Q01955 H2AFV-204ENST00000350771 687 ntTSL 2 BASIC27.21■■□□□ 1.95
COL4A3Q01955 DUX4L13-201ENST00000554103 1267 ntBASIC27.21■■□□□ 1.95
COL4A3Q01955 DUX4L15-201ENST00000611059 1267 ntBASIC27.21■■□□□ 1.95
COL4A3Q01955 DUX4L23-201ENST00000615195 1269 ntBASIC27.21■■□□□ 1.95
COL4A3Q01955 DUX4L24-201ENST00000617576 1269 ntBASIC27.21■■□□□ 1.95
COL4A3Q01955 DUX4L22-201ENST00000618238 1269 ntBASIC27.21■■□□□ 1.95
COL4A3Q01955 DUX4L20-201ENST00000619712 1269 ntBASIC27.21■■□□□ 1.95
COL4A3Q01955 DUX4L21-201ENST00000622058 1269 ntBASIC27.21■■□□□ 1.95
COL4A3Q01955 DUX4L10-201ENST00000622460 1267 ntBASIC27.21■■□□□ 1.95
COL4A3Q01955 DUX4L25-201ENST00000624915 1269 ntBASIC27.21■■□□□ 1.95
COL4A3Q01955 NIT1-201ENST00000368007 1749 ntTSL 2 BASIC27.2■■□□□ 1.95
COL4A3Q01955 GATA6-202ENST00000581694 2057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.2■■□□□ 1.94
COL4A3Q01955 STARD10-220ENST00000545082 1085 ntTSL 3 BASIC27.2■■□□□ 1.94
COL4A3Q01955 FKBP1A-210ENST00000614856 562 ntTSL 2 BASIC27.19■■□□□ 1.94
COL4A3Q01955 NPTXR-202ENST00000640136 1503 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.19■■□□□ 1.94
COL4A3Q01955 C11orf95-204ENST00000546282 390 ntTSL 3 BASIC27.18■■□□□ 1.94
COL4A3Q01955 BATF3-201ENST00000243440 980 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.17■■□□□ 1.94
COL4A3Q01955 QDPR-201ENST00000281243 1648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.17■■□□□ 1.94
COL4A3Q01955 HES7-202ENST00000541682 1674 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.17■■□□□ 1.94
COL4A3Q01955 TSPAN11-203ENST00000545802 1649 ntTSL 1 (best) BASIC27.17■■□□□ 1.94
COL4A3Q01955 TCEA2-204ENST00000395053 1733 ntTSL 1 (best) BASIC27.16■■□□□ 1.94
COL4A3Q01955 VEGFA-208ENST00000417285 1081 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.15■■□□□ 1.94
COL4A3Q01955 PTPMT1-203ENST00000426530 1014 ntTSL 1 (best) BASIC27.14■■□□□ 1.94
COL4A3Q01955 UBALD1-203ENST00000587649 707 ntTSL 3 BASIC27.14■■□□□ 1.94
COL4A3Q01955 TMEM251-202ENST00000415050 1303 ntTSL 2 BASIC27.14■■□□□ 1.93
COL4A3Q01955 XKR6-201ENST00000297303 1550 ntTSL 1 (best) BASIC27.14■■□□□ 1.93
COL4A3Q01955 U2AF1-203ENST00000398137 1019 ntTSL 1 (best) BASIC27.14■■□□□ 1.93
COL4A3Q01955 AC016595.1-201ENST00000559410 383 ntTSL 3 BASIC27.14■■□□□ 1.93
COL4A3Q01955 U2AF1L5-212ENST00000639996 1019 ntTSL 1 (best) BASIC27.14■■□□□ 1.93
COL4A3Q01955 GLRX5-201ENST00000331334 1564 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.13■■□□□ 1.93
COL4A3Q01955 POLR3H-201ENST00000337566 1330 ntTSL 1 (best) BASIC27.13■■□□□ 1.93
COL4A3Q01955 PIGX-201ENST00000296333 953 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.13■■□□□ 1.93
COL4A3Q01955 HES6-205ENST00000409356 528 ntTSL 2 BASIC27.13■■□□□ 1.93
COL4A3Q01955 MSRB2-201ENST00000376510 1803 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.13■■□□□ 1.93
COL4A3Q01955 AC018755.3-201ENST00000598755 664 ntTSL 2 BASIC27.12■■□□□ 1.93
COL4A3Q01955 SRP68-213ENST00000629930 165 ntTSL 5 BASIC27.12■■□□□ 1.93
COL4A3Q01955 TMEM229A-201ENST00000455783 2108 ntAPPRIS P1 BASIC27.12■■□□□ 1.93
COL4A3Q01955 AP000251.1-201ENST00000433071 822 ntTSL 1 (best) BASIC27.11■■□□□ 1.93
COL4A3Q01955 PPP3CC-204ENST00000518852 1598 ntTSL 2 BASIC27.1■■□□□ 1.93
COL4A3Q01955 UCK1-201ENST00000372208 2063 ntTSL 1 (best) BASIC27.1■■□□□ 1.93
COL4A3Q01955 PLEKHG6-206ENST00000536531 1683 ntTSL 1 (best) BASIC27.1■■□□□ 1.93
COL4A3Q01955 CHML-204ENST00000638121 920 ntTSL 2 BASIC27.1■■□□□ 1.93
COL4A3Q01955 AL161658.1-201ENST00000623641 1967 ntBASIC27.1■■□□□ 1.93
COL4A3Q01955 CISD3-204ENST00000613478 2074 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.1■■□□□ 1.93
COL4A3Q01955 RUNX2-203ENST00000371436 1588 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.09■■□□□ 1.93
COL4A3Q01955 JMJD8-216ENST00000609261 1901 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.09■■□□□ 1.93
COL4A3Q01955 AP000911.3-201ENST00000526377 1130 ntTSL 3 BASIC27.08■■□□□ 1.93
COL4A3Q01955 PI4KAP1-202ENST00000611748 1906 ntTSL 1 (best) BASIC27.08■■□□□ 1.93
COL4A3Q01955 ELOC-207ENST00000522337 816 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.08■■□□□ 1.92
COL4A3Q01955 SULT4A1-201ENST00000330884 2468 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.07■■□□□ 1.92
COL4A3Q01955 RARRES2P2-201ENST00000394842 485 ntBASIC27.07■■□□□ 1.92
COL4A3Q01955 RPS20-211ENST00000524349 752 ntTSL 1 (best) BASIC27.07■■□□□ 1.92
COL4A3Q01955 PDXP-201ENST00000215904 2010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.06■■□□□ 1.92
COL4A3Q01955 AP002884.3-203ENST00000419895 1711 ntTSL 2 BASIC27.06■■□□□ 1.92
COL4A3Q01955 PKIG-207ENST00000372894 1191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.05■■□□□ 1.92
COL4A3Q01955 AC004837.3-201ENST00000420748 565 ntTSL 4 BASIC27.05■■□□□ 1.92
COL4A3Q01955 WHRN-203ENST00000374057 1718 ntTSL 2 BASIC27.05■■□□□ 1.92
COL4A3Q01955 CBWD5-202ENST00000377384 1347 ntTSL 1 (best) BASIC27.05■■□□□ 1.92
COL4A3Q01955 NOP53-201ENST00000246802 1528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.05■■□□□ 1.92
COL4A3Q01955 ZBTB25-202ENST00000555220 1440 ntTSL 1 (best) BASIC27.05■■□□□ 1.92
COL4A3Q01955 AVEN-201ENST00000306730 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.04■■□□□ 1.92
COL4A3Q01955 IGFBP2-201ENST00000233809 1439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.04■■□□□ 1.92
COL4A3Q01955 KCTD5-202ENST00000564195 774 ntTSL 5 BASIC27.04■■□□□ 1.92
COL4A3Q01955 UBA52-204ENST00000595158 743 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC27.04■■□□□ 1.92
COL4A3Q01955 GPI-201ENST00000356487 2210 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.04■■□□□ 1.92
COL4A3Q01955 CNIH2-203ENST00000528852 1524 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.03■■□□□ 1.92
COL4A3Q01955 GLRB-203ENST00000509282 1757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.03■■□□□ 1.92
COL4A3Q01955 EI24-212ENST00000615917 1407 ntTSL 2 BASIC27.03■■□□□ 1.92
COL4A3Q01955 CTXN1-201ENST00000318978 1274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.03■■□□□ 1.92
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 31.3 ms