Protein–RNA interactions for Protein: Q00056

HOXA4, Homeobox protein Hox-A4, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 320 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXA4Q00056 AC104109.3-201ENST00000519718 483 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.26■■□□□ 1.15
HOXA4Q00056 TERF2-207ENST00000567296 1129 ntTSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
HOXA4Q00056 FGFRL1-205ENST00000510644 2304 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
HOXA4Q00056 PLEKHG6-206ENST00000536531 1683 ntTSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
HOXA4Q00056 PPP3CC-204ENST00000518852 1598 ntTSL 2 BASIC22.25■■□□□ 1.15
HOXA4Q00056 ARL8A-201ENST00000272217 1793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
HOXA4Q00056 FAM185A-202ENST00000413034 1179 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC22.25■■□□□ 1.15
HOXA4Q00056 AP006261.1-201ENST00000584783 668 ntBASIC22.25■■□□□ 1.15
HOXA4Q00056 RCE1-201ENST00000309657 1485 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
HOXA4Q00056 CHPT1-201ENST00000229266 1585 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
HOXA4Q00056 BTBD19-203ENST00000450269 1572 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.25■■□□□ 1.15
HOXA4Q00056 LZTS2-201ENST00000370220 5741 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
HOXA4Q00056 AC010864.1-201ENST00000609407 1511 ntBASIC22.24■■□□□ 1.15
HOXA4Q00056 NEUROG2-201ENST00000313341 2287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
HOXA4Q00056 CARS2-201ENST00000257347 1879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
HOXA4Q00056 RNF130-205ENST00000521389 2263 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
HOXA4Q00056 NKIRAS2-202ENST00000316082 833 ntTSL 5 BASIC22.23■■□□□ 1.15
HOXA4Q00056 AL139393.1-201ENST00000417479 573 ntTSL 5 BASIC22.23■■□□□ 1.15
HOXA4Q00056 MIR3665-201ENST00000578708 105 ntBASIC22.23■■□□□ 1.15
HOXA4Q00056 AGAP3-216ENST00000479901 1881 ntTSL 5 BASIC22.23■■□□□ 1.15
HOXA4Q00056 AC087741.3-201ENST00000624270 1347 ntBASIC22.23■■□□□ 1.15
HOXA4Q00056 DCBLD1-201ENST00000296955 1979 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
HOXA4Q00056 ECI1-207ENST00000570258 1512 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.22■■□□□ 1.15
HOXA4Q00056 PSMG4-202ENST00000380305 489 ntTSL 5 BASIC22.22■■□□□ 1.15
HOXA4Q00056 RPS2-209ENST00000529806 993 ntTSL 3 BASIC22.22■■□□□ 1.15
HOXA4Q00056 CGREF1-203ENST00000402394 1906 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC22.21■■□□□ 1.15
HOXA4Q00056 STUB1-205ENST00000565677 1560 ntTSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
HOXA4Q00056 SMIM12-205ENST00000456842 918 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.21■■□□□ 1.15
HOXA4Q00056 TMEM268-201ENST00000288502 2314 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
HOXA4Q00056 ANKRD13D-211ENST00000511455 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
HOXA4Q00056 PDPK1-203ENST00000389224 2416 ntTSL 2 BASIC22.2■■□□□ 1.14
HOXA4Q00056 MAD2L2-205ENST00000376669 864 ntTSL 3 BASIC22.2■■□□□ 1.14
HOXA4Q00056 CUL4A-202ENST00000375440 2364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
HOXA4Q00056 SLC52A2-201ENST00000329994 1896 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
HOXA4Q00056 AMN-201ENST00000299155 1907 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
HOXA4Q00056 PPP1R35-201ENST00000292330 1031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
HOXA4Q00056 TSPAN33-201ENST00000486685 1863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
HOXA4Q00056 ESRRA-201ENST00000000442 2215 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
HOXA4Q00056 TCEA2-202ENST00000343484 1235 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
HOXA4Q00056 MFAP2-202ENST00000375535 1260 ntTSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
HOXA4Q00056 ACOT7-201ENST00000361521 2429 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
HOXA4Q00056 CCZ1B-215ENST00000626257 2211 ntTSL 2 BASIC22.18■■□□□ 1.14
HOXA4Q00056 PPP1R14B-201ENST00000309318 982 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
HOXA4Q00056 NAA50-207ENST00000493900 962 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC22.16■■□□□ 1.14
HOXA4Q00056 TXNL4A-210ENST00000591711 669 ntTSL 2 BASIC22.16■■□□□ 1.14
HOXA4Q00056 AP000547.3-202ENST00000592107 1019 ntTSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
HOXA4Q00056 CERS2-205ENST00000368954 2505 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
HOXA4Q00056 HNRNPAB-202ENST00000358344 1796 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
HOXA4Q00056 MATK-201ENST00000310132 2133 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
HOXA4Q00056 MIR6090-201ENST00000622481 60 ntBASIC22.15■■□□□ 1.14
HOXA4Q00056 HAUS7-201ENST00000370210 1593 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.14■■□□□ 1.13
HOXA4Q00056 KLC2-205ENST00000394078 1557 ntTSL 5 BASIC22.14■■□□□ 1.13
HOXA4Q00056 BATF3-201ENST00000243440 980 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
HOXA4Q00056 JAG2-201ENST00000331782 5835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
HOXA4Q00056 FSD1L-208ENST00000495708 1906 ntTSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
HOXA4Q00056 SRSF9-201ENST00000229390 1201 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
HOXA4Q00056 PARD6A-202ENST00000458121 1260 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
HOXA4Q00056 AP002884.3-203ENST00000419895 1711 ntTSL 2 BASIC22.13■■□□□ 1.13
HOXA4Q00056 BCL3-201ENST00000164227 2038 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
HOXA4Q00056 ABHD17A-202ENST00000292577 1757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
HOXA4Q00056 AP000911.1-206ENST00000531938 711 ntTSL 3 BASIC22.12■■□□□ 1.13
HOXA4Q00056 DTNBP1-202ENST00000344537 1403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
HOXA4Q00056 TOMM40-201ENST00000252487 1707 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
HOXA4Q00056 TOMM40-202ENST00000405636 1709 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
HOXA4Q00056 ST6GALNAC6-203ENST00000373142 2448 ntTSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
HOXA4Q00056 ATPAF1-202ENST00000371937 1827 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
HOXA4Q00056 EMC10-202ENST00000376918 2014 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
HOXA4Q00056 VEGFA-207ENST00000413642 1197 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
HOXA4Q00056 CCDC88C-205ENST00000553403 1651 ntTSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
HOXA4Q00056 GIPC1-203ENST00000393033 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
HOXA4Q00056 PIP4K2B-204ENST00000619039 5734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
HOXA4Q00056 POLR1D-201ENST00000302979 1166 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
HOXA4Q00056 ABCB10P3-201ENST00000561950 2166 ntBASIC22.08■■□□□ 1.13
HOXA4Q00056 CUEDC1-201ENST00000360238 2193 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.07■■□□□ 1.12
HOXA4Q00056 CMC4-202ENST00000369484 1107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
HOXA4Q00056 HDAC11-206ENST00000405025 576 ntTSL 4 BASIC22.07■■□□□ 1.12
HOXA4Q00056 SCX-201ENST00000567180 999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
HOXA4Q00056 HNRNPAB-204ENST00000504898 1785 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
HOXA4Q00056 RTN2-201ENST00000245923 2293 ntTSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
HOXA4Q00056 PQLC1-203ENST00000397778 2555 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
HOXA4Q00056 ZNF787-203ENST00000610935 1925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
HOXA4Q00056 HOXD13-201ENST00000392539 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
HOXA4Q00056 FOXQ1-201ENST00000296839 2309 ntAPPRIS P1 BASIC22.06■■□□□ 1.12
HOXA4Q00056 IRX1-201ENST00000302006 1858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
HOXA4Q00056 MISP3-202ENST00000587086 1535 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
HOXA4Q00056 RTN4R-201ENST00000043402 2157 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
HOXA4Q00056 UBE2S-203ENST00000589978 496 ntTSL 5 BASIC22.05■■□□□ 1.12
HOXA4Q00056 VAX2-201ENST00000234392 1147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
HOXA4Q00056 FGF18-201ENST00000274625 1986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
HOXA4Q00056 HNRNPAB-205ENST00000506259 1674 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
HOXA4Q00056 CDKN2A-201ENST00000304494 1218 ntTSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
HOXA4Q00056 AC044849.2-201ENST00000606596 710 ntBASIC22.03■■□□□ 1.12
HOXA4Q00056 ENKD1-201ENST00000243878 1579 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
HOXA4Q00056 FOXE3-201ENST00000335071 1981 ntAPPRIS P1 BASIC22.02■■□□□ 1.12
HOXA4Q00056 AC009097.4-201ENST00000566738 777 ntTSL 2 BASIC22.02■■□□□ 1.12
HOXA4Q00056 PLPPR3-204ENST00000520876 2328 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
HOXA4Q00056 EBAG9-202ENST00000395785 1467 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
HOXA4Q00056 ZFAND2B-208ENST00000409594 2021 ntTSL 2 BASIC22.01■■□□□ 1.11
HOXA4Q00056 PHOX2A-201ENST00000298231 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
HOXA4Q00056 AC127502.1-201ENST00000399971 1502 ntBASIC22■■□□□ 1.11
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 208.4 ms