Protein–RNA interactions for Protein: P84243

H3F3A, Histone H3.3, humanhuman

Predictions only

Length 136 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
H3F3AP84243 TERF2-207ENST00000567296 1129 ntTSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
H3F3AP84243 TXNL4A-210ENST00000591711 669 ntTSL 2 BASIC23.56■■□□□ 1.36
H3F3AP84243 AP000547.3-202ENST00000592107 1019 ntTSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
H3F3AP84243 AC087741.3-201ENST00000624270 1347 ntBASIC23.56■■□□□ 1.36
H3F3AP84243 ATPAF1-202ENST00000371937 1827 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
H3F3AP84243 ZNF513-201ENST00000323703 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
H3F3AP84243 CHPT1-201ENST00000229266 1585 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
H3F3AP84243 ECI1-207ENST00000570258 1512 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.54■■□□□ 1.36
H3F3AP84243 MACROD1-201ENST00000255681 1205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
H3F3AP84243 AMN-201ENST00000299155 1907 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
H3F3AP84243 STUB1-205ENST00000565677 1560 ntTSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
H3F3AP84243 KIAA2013-202ENST00000376576 2539 ntTSL 2 BASIC23.53■■□□□ 1.36
H3F3AP84243 PPP1R14B-201ENST00000309318 982 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
H3F3AP84243 TM6SF1-202ENST00000322019 2074 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
H3F3AP84243 PI4KAP2-202ENST00000450651 2294 ntTSL 5 BASIC23.52■■□□□ 1.36
H3F3AP84243 MAD2L2-205ENST00000376669 864 ntTSL 3 BASIC23.52■■□□□ 1.36
H3F3AP84243 TCEA2-202ENST00000343484 1235 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
H3F3AP84243 FAM149A-201ENST00000227065 2708 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
H3F3AP84243 RASSF8-202ENST00000381352 2320 ntTSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
H3F3AP84243 DCBLD1-201ENST00000296955 1979 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
H3F3AP84243 CCDC88C-205ENST00000553403 1651 ntTSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
H3F3AP84243 PHOX2A-201ENST00000298231 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
H3F3AP84243 UBE2S-203ENST00000589978 496 ntTSL 5 BASIC23.49■■□□□ 1.35
H3F3AP84243 SHOX2-204ENST00000483851 1866 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.49■■□□□ 1.35
H3F3AP84243 ABHD17A-202ENST00000292577 1757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
H3F3AP84243 PARD6A-202ENST00000458121 1260 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
H3F3AP84243 CGREF1-203ENST00000402394 1906 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC23.48■■□□□ 1.35
H3F3AP84243 HNRNPAB-204ENST00000504898 1785 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
H3F3AP84243 COX4I1-203ENST00000562336 873 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.47■■□□□ 1.35
H3F3AP84243 RPS2P35-201ENST00000443417 897 ntBASIC23.46■■□□□ 1.35
H3F3AP84243 KCTD17-202ENST00000403888 1763 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
H3F3AP84243 AP002884.3-203ENST00000419895 1711 ntTSL 2 BASIC23.45■■□□□ 1.34
H3F3AP84243 KLC2-205ENST00000394078 1557 ntTSL 5 BASIC23.44■■□□□ 1.34
H3F3AP84243 FSD1L-208ENST00000495708 1906 ntTSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
H3F3AP84243 AC108673.1-201ENST00000510422 1159 ntBASIC23.44■■□□□ 1.34
H3F3AP84243 FOXA2-202ENST00000419308 2422 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
H3F3AP84243 ANKRD13D-211ENST00000511455 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
H3F3AP84243 RCE1-201ENST00000309657 1485 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
H3F3AP84243 CDKN2A-201ENST00000304494 1218 ntTSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
H3F3AP84243 POLR1D-201ENST00000302979 1166 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
H3F3AP84243 AC044849.2-201ENST00000606596 710 ntBASIC23.42■■□□□ 1.34
H3F3AP84243 MISP3-202ENST00000587086 1535 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
H3F3AP84243 MKNK2-202ENST00000309340 1744 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
H3F3AP84243 ENKD1-201ENST00000243878 1579 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
H3F3AP84243 NEUROG2-201ENST00000313341 2287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
H3F3AP84243 GIPC1-203ENST00000393033 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
H3F3AP84243 HNRNPAB-205ENST00000506259 1674 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
H3F3AP84243 RDX-210ENST00000530301 1549 ntTSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
H3F3AP84243 BCL7C-201ENST00000215115 1740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
H3F3AP84243 ZNF787-203ENST00000610935 1925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
H3F3AP84243 VAX2-201ENST00000234392 1147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
H3F3AP84243 MFAP2-202ENST00000375535 1260 ntTSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
H3F3AP84243 GGA1-204ENST00000381756 2107 ntTSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
H3F3AP84243 AP000911.1-206ENST00000531938 711 ntTSL 3 BASIC23.4■■□□□ 1.34
H3F3AP84243 AC009097.4-201ENST00000566738 777 ntTSL 2 BASIC23.4■■□□□ 1.34
H3F3AP84243 MIR6090-201ENST00000622481 60 ntBASIC23.4■■□□□ 1.34
H3F3AP84243 BCL3-201ENST00000164227 2038 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
H3F3AP84243 PPP1R35-201ENST00000292330 1031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.33
H3F3AP84243 SMIM12-205ENST00000456842 918 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.39■■□□□ 1.33
H3F3AP84243 IRX1-201ENST00000302006 1858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
H3F3AP84243 EBAG9-202ENST00000395785 1467 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
H3F3AP84243 CUL4A-202ENST00000375440 2364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
H3F3AP84243 EMC10-202ENST00000376918 2014 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
H3F3AP84243 FOXE3-201ENST00000335071 1981 ntAPPRIS P1 BASIC23.36■■□□□ 1.33
H3F3AP84243 DTNBP1-202ENST00000344537 1403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
H3F3AP84243 FGFRL1-205ENST00000510644 2304 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
H3F3AP84243 GRK6-206ENST00000507633 1660 ntTSL 5 BASIC23.36■■□□□ 1.33
H3F3AP84243 RUNX2-205ENST00000465038 1770 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC23.35■■□□□ 1.33
H3F3AP84243 AC104109.3-201ENST00000519718 483 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.35■■□□□ 1.33
H3F3AP84243 EFNA3-201ENST00000368408 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
H3F3AP84243 YAP1-204ENST00000526343 2393 ntTSL 5 BASIC23.34■■□□□ 1.33
H3F3AP84243 CMC4-202ENST00000369484 1107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
H3F3AP84243 SIRT3-201ENST00000382743 2543 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
H3F3AP84243 SRSF9-201ENST00000229390 1201 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
H3F3AP84243 TOMM40-201ENST00000252487 1707 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.32
H3F3AP84243 TOMM40-202ENST00000405636 1709 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.32
H3F3AP84243 RNF130-205ENST00000521389 2263 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.32
H3F3AP84243 ACTG1-210ENST00000575842 2256 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
H3F3AP84243 CUEDC1-201ENST00000360238 2193 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.32■■□□□ 1.32
H3F3AP84243 FGF18-201ENST00000274625 1986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
H3F3AP84243 FOXQ1-201ENST00000296839 2309 ntAPPRIS P1 BASIC23.32■■□□□ 1.32
H3F3AP84243 NGB-201ENST00000298352 1884 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
H3F3AP84243 BOD1-201ENST00000285908 1286 ntTSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
H3F3AP84243 DOCK5-202ENST00000410074 786 ntTSL 2 BASIC23.3■■□□□ 1.32
H3F3AP84243 BOD1-206ENST00000480951 814 ntTSL 2 BASIC23.3■■□□□ 1.32
H3F3AP84243 ESRRA-201ENST00000000442 2215 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
H3F3AP84243 RCC1L-202ENST00000614461 2419 ntTSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
H3F3AP84243 COQ2-202ENST00000311469 1641 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
H3F3AP84243 C14orf80-202ENST00000334656 1358 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.29■■□□□ 1.32
H3F3AP84243 AC127502.1-201ENST00000399971 1502 ntBASIC23.29■■□□□ 1.32
H3F3AP84243 HDAC11-206ENST00000405025 576 ntTSL 4 BASIC23.29■■□□□ 1.32
H3F3AP84243 VEGFA-207ENST00000413642 1197 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
H3F3AP84243 HOXB3-212ENST00000498678 2196 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.29■■□□□ 1.32
H3F3AP84243 MATK-201ENST00000310132 2133 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
H3F3AP84243 PGM5P2-201ENST00000613141 1980 ntTSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
H3F3AP84243 COPRS-202ENST00000378634 1041 ntTSL 2 BASIC23.28■■□□□ 1.32
H3F3AP84243 RUNDC3A-206ENST00000590941 1675 ntTSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
H3F3AP84243 AGFG1-205ENST00000409979 2089 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.27■■□□□ 1.32
H3F3AP84243 ACOT7-201ENST00000361521 2429 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.31
H3F3AP84243 ATF4-201ENST00000337304 2019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 20.1 ms