Protein–RNA interactions for Protein: O75112

LDB3, LIM domain-binding protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 727 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LDB3O75112 AP000547.3-202ENST00000592107 1019 ntTSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
LDB3O75112 ARL8A-201ENST00000272217 1793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
LDB3O75112 AC087741.3-201ENST00000624270 1347 ntBASIC24.79■■□□□ 1.56
LDB3O75112 PPP1R14B-201ENST00000309318 982 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
LDB3O75112 CHPT1-201ENST00000229266 1585 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
LDB3O75112 TCEA2-202ENST00000343484 1235 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
LDB3O75112 COX4I1-203ENST00000562336 873 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.77■■□□□ 1.56
LDB3O75112 SCX-201ENST00000567180 999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
LDB3O75112 HAUS7-201ENST00000370210 1593 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.76■■□□□ 1.55
LDB3O75112 BATF3-201ENST00000243440 980 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
LDB3O75112 MAD2L2-205ENST00000376669 864 ntTSL 3 BASIC24.76■■□□□ 1.55
LDB3O75112 AGAP3-216ENST00000479901 1881 ntTSL 5 BASIC24.75■■□□□ 1.55
LDB3O75112 TSPAN33-201ENST00000486685 1863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
LDB3O75112 TXNL4A-210ENST00000591711 669 ntTSL 2 BASIC24.75■■□□□ 1.55
LDB3O75112 SLC52A2-201ENST00000329994 1896 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
LDB3O75112 STUB1-205ENST00000565677 1560 ntTSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
LDB3O75112 HNRNPAB-202ENST00000358344 1796 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
LDB3O75112 FOXA2-202ENST00000419308 2422 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
LDB3O75112 ATPAF1-202ENST00000371937 1827 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
LDB3O75112 PPP1R35-201ENST00000292330 1031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
LDB3O75112 MFAP2-202ENST00000375535 1260 ntTSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
LDB3O75112 AP000911.1-206ENST00000531938 711 ntTSL 3 BASIC24.71■■□□□ 1.55
LDB3O75112 RCE1-201ENST00000309657 1485 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.55
LDB3O75112 DCBLD1-201ENST00000296955 1979 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.54
LDB3O75112 AMN-201ENST00000299155 1907 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.54
LDB3O75112 ECI1-207ENST00000570258 1512 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.7■■□□□ 1.54
LDB3O75112 YAP1-204ENST00000526343 2393 ntTSL 5 BASIC24.69■■□□□ 1.54
LDB3O75112 SMIM12-205ENST00000456842 918 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.69■■□□□ 1.54
LDB3O75112 PARD6A-202ENST00000458121 1260 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
LDB3O75112 CGREF1-203ENST00000402394 1906 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC24.67■■□□□ 1.54
LDB3O75112 AC104109.3-201ENST00000519718 483 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.67■■□□□ 1.54
LDB3O75112 AC044849.2-201ENST00000606596 710 ntBASIC24.67■■□□□ 1.54
LDB3O75112 RCC1L-202ENST00000614461 2419 ntTSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.54
LDB3O75112 SIRT3-201ENST00000382743 2543 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.66■■□□□ 1.54
LDB3O75112 ABHD17A-202ENST00000292577 1757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.66■■□□□ 1.54
LDB3O75112 KLC2-205ENST00000394078 1557 ntTSL 5 BASIC24.66■■□□□ 1.54
LDB3O75112 PLPPR3-204ENST00000520876 2328 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.66■■□□□ 1.54
LDB3O75112 CCDC88C-205ENST00000553403 1651 ntTSL 1 (best) BASIC24.66■■□□□ 1.54
LDB3O75112 ANKRD13D-211ENST00000511455 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.65■■□□□ 1.54
LDB3O75112 FSD1L-208ENST00000495708 1906 ntTSL 1 (best) BASIC24.65■■□□□ 1.54
LDB3O75112 CDKN2A-201ENST00000304494 1218 ntTSL 1 (best) BASIC24.65■■□□□ 1.54
LDB3O75112 UBE2S-203ENST00000589978 496 ntTSL 5 BASIC24.65■■□□□ 1.54
LDB3O75112 SRSF9-201ENST00000229390 1201 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.64■■□□□ 1.54
LDB3O75112 MIR6090-201ENST00000622481 60 ntBASIC24.64■■□□□ 1.54
LDB3O75112 NEUROG2-201ENST00000313341 2287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
LDB3O75112 AC108673.1-201ENST00000510422 1159 ntBASIC24.63■■□□□ 1.53
LDB3O75112 AC009097.4-201ENST00000566738 777 ntTSL 2 BASIC24.63■■□□□ 1.53
LDB3O75112 AP002884.3-203ENST00000419895 1711 ntTSL 2 BASIC24.63■■□□□ 1.53
LDB3O75112 HNRNPAB-204ENST00000504898 1785 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
LDB3O75112 FGFRL1-205ENST00000510644 2304 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
LDB3O75112 MISP3-202ENST00000587086 1535 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
LDB3O75112 POLR1D-201ENST00000302979 1166 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
LDB3O75112 MAF-201ENST00000326043 2646 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
LDB3O75112 DTNBP1-202ENST00000344537 1403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
LDB3O75112 PHOX2A-201ENST00000298231 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
LDB3O75112 VAX2-201ENST00000234392 1147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
LDB3O75112 CMC4-202ENST00000369484 1107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
LDB3O75112 SHOX2-204ENST00000483851 1866 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.59■■□□□ 1.53
LDB3O75112 CUL4A-202ENST00000375440 2364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
LDB3O75112 HNRNPAB-205ENST00000506259 1674 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
LDB3O75112 RNF130-205ENST00000521389 2263 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.53
LDB3O75112 BCL3-201ENST00000164227 2038 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.53
LDB3O75112 PQLC1-202ENST00000357575 2475 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.58■■□□□ 1.53
LDB3O75112 TOMM40-201ENST00000252487 1707 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.52
LDB3O75112 TOMM40-202ENST00000405636 1709 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.52
LDB3O75112 EMC10-202ENST00000376918 2014 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
LDB3O75112 GIPC1-203ENST00000393033 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
LDB3O75112 VEGFA-207ENST00000413642 1197 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
LDB3O75112 ENKD1-201ENST00000243878 1579 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
LDB3O75112 MKNK2-202ENST00000309340 1744 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
LDB3O75112 ESRRA-201ENST00000000442 2215 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
LDB3O75112 ZNF787-203ENST00000610935 1925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
LDB3O75112 KCTD17-202ENST00000403888 1763 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
LDB3O75112 BOD1-201ENST00000285908 1286 ntTSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
LDB3O75112 HDAC11-206ENST00000405025 576 ntTSL 4 BASIC24.55■■□□□ 1.52
LDB3O75112 BOD1-206ENST00000480951 814 ntTSL 2 BASIC24.55■■□□□ 1.52
LDB3O75112 ACOT7-201ENST00000361521 2429 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
LDB3O75112 FOXE3-201ENST00000335071 1981 ntAPPRIS P1 BASIC24.54■■□□□ 1.52
LDB3O75112 EBAG9-202ENST00000395785 1467 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
LDB3O75112 GRK6-206ENST00000507633 1660 ntTSL 5 BASIC24.53■■□□□ 1.52
LDB3O75112 CIB2-204ENST00000557846 934 ntTSL 3 BASIC24.53■■□□□ 1.52
LDB3O75112 IRX1-201ENST00000302006 1858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
LDB3O75112 CCZ1B-215ENST00000626257 2211 ntTSL 2 BASIC24.52■■□□□ 1.52
LDB3O75112 DOCK5-202ENST00000410074 786 ntTSL 2 BASIC24.52■■□□□ 1.52
LDB3O75112 FOXQ1-201ENST00000296839 2309 ntAPPRIS P1 BASIC24.52■■□□□ 1.52
LDB3O75112 CUEDC1-201ENST00000360238 2193 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.52■■□□□ 1.52
LDB3O75112 MATK-201ENST00000310132 2133 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
LDB3O75112 RUNX2-205ENST00000465038 1770 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC24.51■■□□□ 1.51
LDB3O75112 RRAGC-201ENST00000373001 2732 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
LDB3O75112 BCL7C-201ENST00000215115 1740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
LDB3O75112 COPRS-202ENST00000378634 1041 ntTSL 2 BASIC24.5■■□□□ 1.51
LDB3O75112 AC127502.1-201ENST00000399971 1502 ntBASIC24.5■■□□□ 1.51
LDB3O75112 TMEM268-201ENST00000288502 2314 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
LDB3O75112 MEX3D-201ENST00000402693 2850 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
LDB3O75112 NPHP3-202ENST00000383282 782 ntTSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
LDB3O75112 UBE2A-207ENST00000628549 934 ntTSL 2 BASIC24.49■■□□□ 1.51
LDB3O75112 PCSK6-201ENST00000331826 2309 ntTSL 5 BASIC24.49■■□□□ 1.51
LDB3O75112 AC139426.1-201ENST00000568218 2529 ntBASIC24.49■■□□□ 1.51
LDB3O75112 FGF18-201ENST00000274625 1986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
LDB3O75112 NGB-201ENST00000298352 1884 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 96.4 ms