Protein–RNA interactions for Protein: O14646

CHD1, Chromodomain-helicase-DNA-binding protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,710 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHD1O14646 PKIG-207ENST00000372894 1191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC44.47■■■■■ 4.71
CHD1O14646 FAM78B-202ENST00000354422 1475 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC44.46■■■■■ 4.71
CHD1O14646 HNRNPUL1-221ENST00000617305 1018 ntTSL 1 (best) BASIC44.45■■■■■ 4.71
CHD1O14646 ACOT1-202ENST00000557556 1271 ntTSL 1 (best) BASIC44.44■■■■■ 4.7
CHD1O14646 MAPK3-202ENST00000322266 1743 ntTSL 5 BASIC44.43■■■■■ 4.7
CHD1O14646 CTDNEP1-208ENST00000573600 1724 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC44.42■■■■■ 4.7
CHD1O14646 NTF6A-201ENST00000591175 560 ntBASIC44.41■■■■■ 4.7
CHD1O14646 SERINC2-201ENST00000373709 1997 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC44.4■■■■■ 4.7
CHD1O14646 ENHO-201ENST00000399775 1082 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC44.4■■■■■ 4.7
CHD1O14646 AC004837.3-201ENST00000420748 565 ntTSL 4 BASIC44.38■■■■■ 4.7
CHD1O14646 PTCH1-210ENST00000468211 1254 ntTSL 1 (best) BASIC44.38■■■■■ 4.7
CHD1O14646 BLOC1S3-202ENST00000587722 732 ntAPPRIS P1 BASIC44.38■■■■■ 4.7
CHD1O14646 MXD3-208ENST00000513063 861 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC44.38■■■■■ 4.69
CHD1O14646 CTDNEP1-210ENST00000574322 1708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC44.38■■■■■ 4.69
CHD1O14646 C11orf96-203ENST00000617612 1294 ntAPPRIS P1 BASIC44.37■■■■■ 4.69
CHD1O14646 QDPR-201ENST00000281243 1648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC44.36■■■■■ 4.69
CHD1O14646 RNF126P1-201ENST00000567452 1320 ntBASIC44.35■■■■■ 4.69
CHD1O14646 CHML-204ENST00000638121 920 ntTSL 2 BASIC44.34■■■■■ 4.69
CHD1O14646 CGREF1-202ENST00000312734 1610 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC44.34■■■■■ 4.69
CHD1O14646 CTXN1-201ENST00000318978 1274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC44.33■■■■■ 4.69
CHD1O14646 RUNX2-211ENST00000625924 1458 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC44.31■■■■■ 4.68
CHD1O14646 RPS20-211ENST00000524349 752 ntTSL 1 (best) BASIC44.31■■■■■ 4.68
CHD1O14646 CAPNS1-216ENST00000628306 1389 ntTSL 5 BASIC44.27■■■■■ 4.68
CHD1O14646 AGO3-204ENST00000397828 1035 ntTSL 2 BASIC44.25■■■■■ 4.67
CHD1O14646 AP000251.1-201ENST00000433071 822 ntTSL 1 (best) BASIC44.25■■■■■ 4.67
CHD1O14646 C1orf232-201ENST00000634842 643 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC44.25■■■■■ 4.67
CHD1O14646 ACTR3B-202ENST00000377776 1566 ntTSL 1 (best) BASIC44.25■■■■■ 4.67
CHD1O14646 TPT1-202ENST00000379055 948 ntTSL 2 BASIC44.23■■■■■ 4.67
CHD1O14646 JUND-201ENST00000252818 1863 ntAPPRIS P1 BASIC44.22■■■■■ 4.67
CHD1O14646 KMT2E-AS1-201ENST00000453677 736 ntTSL 3 BASIC44.21■■■■■ 4.67
CHD1O14646 ADRA2C-201ENST00000330055 2129 ntAPPRIS P1 BASIC44.2■■■■■ 4.67
CHD1O14646 BANF1-208ENST00000533166 1135 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC44.2■■■■■ 4.67
CHD1O14646 LINC01918-201ENST00000436841 797 ntTSL 2 BASIC44.18■■■■■ 4.66
CHD1O14646 CSNK1E-205ENST00000405675 2127 ntTSL 5 BASIC44.17■■■■■ 4.66
CHD1O14646 AC231981.1-201ENST00000450917 974 ntTSL 3 BASIC44.17■■■■■ 4.66
CHD1O14646 MANF-204ENST00000528157 1153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC44.17■■■■■ 4.66
CHD1O14646 BRF1-221ENST00000619151 1530 ntTSL 5 BASIC44.17■■■■■ 4.66
CHD1O14646 GALK1-205ENST00000588479 1866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC44.15■■■■■ 4.66
CHD1O14646 C2orf88-204ENST00000409870 1441 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC44.15■■■■■ 4.66
CHD1O14646 MDFIC-208ENST00000614186 1068 ntTSL 1 (best) BASIC44.15■■■■■ 4.66
CHD1O14646 METTL24-201ENST00000338882 1119 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC44.14■■■■■ 4.66
CHD1O14646 RAD51-210ENST00000557850 1397 ntTSL 2 BASIC44.12■■■■■ 4.65
CHD1O14646 RUNX2-203ENST00000371436 1588 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC44.12■■■■■ 4.65
CHD1O14646 AC008813.1-201ENST00000536597 885 ntBASIC44.1■■■■■ 4.65
CHD1O14646 MXD3-203ENST00000439742 1483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC44.09■■■■■ 4.65
CHD1O14646 ZSCAN1-202ENST00000391700 952 ntTSL 1 (best) BASIC44.09■■■■■ 4.65
CHD1O14646 ATP8B2-201ENST00000368487 1523 ntTSL 1 (best) BASIC44.09■■■■■ 4.65
CHD1O14646 TMEM251-202ENST00000415050 1303 ntTSL 2 BASIC44.08■■■■■ 4.65
CHD1O14646 ATP6V1E2-204ENST00000522587 1559 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC44.06■■■■■ 4.64
CHD1O14646 RPRML-201ENST00000322329 1093 ntAPPRIS P1 BASIC44.06■■■■■ 4.64
CHD1O14646 NPW-202ENST00000566435 991 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC44.06■■■■■ 4.64
CHD1O14646 NOXA1-201ENST00000341349 1678 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC44.06■■■■■ 4.64
CHD1O14646 AC018358.1-201ENST00000631079 1402 ntBASIC44.06■■■■■ 4.64
CHD1O14646 CEP120-209ENST00000515110 606 ntTSL 3 BASIC44.05■■■■■ 4.64
CHD1O14646 AC073111.5-206ENST00000642087 859 ntAPPRIS P1 BASIC44.05■■■■■ 4.64
CHD1O14646 CLTA-207ENST00000470744 1102 ntTSL 2 BASIC44.04■■■■■ 4.64
CHD1O14646 CHST11-202ENST00000546689 756 ntTSL 2 BASIC44.04■■■■■ 4.64
CHD1O14646 AL033527.3-201ENST00000566366 1196 ntBASIC44.04■■■■■ 4.64
CHD1O14646 RNF130-201ENST00000261947 1766 ntTSL 1 (best) BASIC44.03■■■■■ 4.64
CHD1O14646 AC092902.2-221ENST00000628476 965 ntTSL 5 BASIC44.02■■■■■ 4.64
CHD1O14646 LIME1-206ENST00000487026 805 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC44.02■■■■■ 4.64
CHD1O14646 TRIM52-AS1-202ENST00000507434 672 ntTSL 1 (best) BASIC44.01■■■■■ 4.64
CHD1O14646 EI24-212ENST00000615917 1407 ntTSL 2 BASIC44■■■■■ 4.63
CHD1O14646 GFER-205ENST00000569451 517 ntTSL 5 BASIC44■■■■■ 4.63
CHD1O14646 SLC9A3R2-202ENST00000432365 1564 ntTSL 1 (best) BASIC44■■■■■ 4.63
CHD1O14646 CTDNEP1-201ENST00000318988 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC43.98■■■■■ 4.63
CHD1O14646 ABHD17A-201ENST00000250974 1630 ntTSL 1 (best) BASIC43.96■■■■■ 4.63
CHD1O14646 C1orf122-201ENST00000373042 973 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC43.96■■■■■ 4.63
CHD1O14646 KIF13A-207ENST00000502704 1330 ntTSL 1 (best) BASIC43.95■■■■■ 4.63
CHD1O14646 MMP28-203ENST00000612672 1092 ntTSL 1 (best) BASIC43.95■■■■■ 4.63
CHD1O14646 BTBD19-203ENST00000450269 1572 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC43.94■■■■■ 4.62
CHD1O14646 SNX5-219ENST00000606602 885 ntTSL 1 (best) BASIC43.93■■■■■ 4.62
CHD1O14646 PXMP2-201ENST00000317479 957 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC43.92■■■■■ 4.62
CHD1O14646 SSBP4-202ENST00000348495 1721 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC43.9■■■■■ 4.62
CHD1O14646 LINC01770-201ENST00000417917 634 ntTSL 2 BASIC43.9■■■■■ 4.62
CHD1O14646 WHRN-203ENST00000374057 1718 ntTSL 2 BASIC43.89■■■■■ 4.62
CHD1O14646 TSR3-201ENST00000007390 1243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC43.87■■■■■ 4.61
CHD1O14646 CHPT1-201ENST00000229266 1585 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC43.87■■■■■ 4.61
CHD1O14646 CPNE1-203ENST00000397442 1695 ntTSL 5 BASIC43.87■■■■■ 4.61
CHD1O14646 FAM168B-201ENST00000389915 944 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC43.85■■■■■ 4.61
CHD1O14646 HSD17B12-202ENST00000395700 994 ntTSL 1 (best) BASIC43.85■■■■■ 4.61
CHD1O14646 MRPL23-202ENST00000381519 643 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC43.82■■■■■ 4.6
CHD1O14646 MRPL23-205ENST00000397298 736 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC43.82■■■■■ 4.6
CHD1O14646 S1PR4-201ENST00000246115 1565 ntAPPRIS P1 BASIC43.81■■■■■ 4.6
CHD1O14646 PXMP2-205ENST00000543589 632 ntTSL 3 BASIC43.75■■■■■ 4.59
CHD1O14646 TMEM114-202ENST00000568335 899 ntTSL 3 BASIC43.75■■■■■ 4.59
CHD1O14646 AC022413.1-201ENST00000624602 984 ntBASIC43.75■■■■■ 4.59
CHD1O14646 MZT2B-201ENST00000281871 933 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC43.74■■■■■ 4.59
CHD1O14646 MZT2A-201ENST00000309451 624 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC43.74■■■■■ 4.59
CHD1O14646 TNFRSF4-201ENST00000379236 1068 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC43.73■■■■■ 4.59
CHD1O14646 QDPR-208ENST00000513615 1188 ntTSL 2 BASIC43.73■■■■■ 4.59
CHD1O14646 AGPAT2-202ENST00000371696 1512 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC43.71■■■■■ 4.59
CHD1O14646 KCNQ5-204ENST00000370392 1469 ntTSL 1 (best) BASIC43.71■■■■■ 4.59
CHD1O14646 RARRES2P1-201ENST00000474487 481 ntBASIC43.7■■■■■ 4.59
CHD1O14646 U85056.1-201ENST00000616429 682 ntBASIC43.7■■■■■ 4.59
CHD1O14646 BOK-AS1-201ENST00000434306 643 ntTSL 1 (best) BASIC43.7■■■■■ 4.59
CHD1O14646 ANKRD16-201ENST00000191063 1567 ntTSL 3 BASIC43.69■■■■■ 4.58
CHD1O14646 TGIF1-202ENST00000343820 2076 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC43.68■■■■■ 4.58
CHD1O14646 BMP7-202ENST00000395864 1746 ntTSL 5 BASIC43.67■■■■■ 4.58
CHD1O14646 PABPN1-201ENST00000216727 2001 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC43.67■■■■■ 4.58
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 27.8 ms