Protein–RNA interactions for Protein: Q13263

TRIM28, Transcription intermediary factor 1-beta, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 835 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TRIM28Q13263 RNH1-222ENST00000533410 1829 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.83■■□□□ 1.73
TRIM28Q13263 KCNK13-201ENST00000282146 2522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.83■■□□□ 1.73
TRIM28Q13263 CAPN12-212ENST00000601953 2381 ntTSL 5 BASIC25.83■■□□□ 1.73
TRIM28Q13263 HOXA11-AS-204ENST00000522674 1549 ntTSL 1 (best) BASIC25.83■■□□□ 1.72
TRIM28Q13263 EIF2B4-201ENST00000347454 1792 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.82■■□□□ 1.72
TRIM28Q13263 TMPRSS5-202ENST00000536856 1811 ntTSL 1 (best) BASIC25.82■■□□□ 1.72
TRIM28Q13263 GDF15-201ENST00000252809 1200 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.82■■□□□ 1.72
TRIM28Q13263 OLFM1-202ENST00000277415 1014 ntTSL 1 (best) BASIC25.82■■□□□ 1.72
TRIM28Q13263 ZPBP-203ENST00000419417 1095 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.82■■□□□ 1.72
TRIM28Q13263 RTBDN-203ENST00000458671 1066 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.82■■□□□ 1.72
TRIM28Q13263 CKLF-CMTM1-204ENST00000532838 587 ntAPPRIS ALT2 TSL 4 BASIC25.82■■□□□ 1.72
TRIM28Q13263 SPI1-204ENST00000533968 1290 ntTSL 1 (best) BASIC25.82■■□□□ 1.72
TRIM28Q13263 AC100835.1-201ENST00000565737 498 ntTSL 5 BASIC25.82■■□□□ 1.72
TRIM28Q13263 DDAH1-205ENST00000539042 1519 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.82■■□□□ 1.72
TRIM28Q13263 ERLEC1-203ENST00000405123 1756 ntTSL 5 BASIC25.82■■□□□ 1.72
TRIM28Q13263 EGFR-204ENST00000420316 1570 ntTSL 1 (best) BASIC25.82■■□□□ 1.72
TRIM28Q13263 DUSP9-201ENST00000342782 2433 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.82■■□□□ 1.72
TRIM28Q13263 CRK-204ENST00000574295 1391 ntTSL 5 BASIC25.82■■□□□ 1.72
TRIM28Q13263 LMF1-212ENST00000568897 1603 ntTSL 5 BASIC25.81■■□□□ 1.72
TRIM28Q13263 TPPP3-204ENST00000562206 1410 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.81■■□□□ 1.72
TRIM28Q13263 BORCS8-MEF2B-202ENST00000444486 1492 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC25.81■■□□□ 1.72
TRIM28Q13263 SPDYE2-201ENST00000341656 1219 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.81■■□□□ 1.72
TRIM28Q13263 PPP1R14A-202ENST00000347262 637 ntTSL 1 (best) BASIC25.81■■□□□ 1.72
TRIM28Q13263 ZDHHC20-204ENST00000415724 1296 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.81■■□□□ 1.72
TRIM28Q13263 SPDYE2B-202ENST00000455020 1219 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.81■■□□□ 1.72
TRIM28Q13263 AC007114.1-201ENST00000576871 713 ntTSL 2 BASIC25.81■■□□□ 1.72
TRIM28Q13263 BX649632.1-201ENST00000610187 819 ntTSL 3 BASIC25.81■■□□□ 1.72
TRIM28Q13263 AC092368.3-202ENST00000574180 1591 ntBASIC25.81■■□□□ 1.72
TRIM28Q13263 ARRB2-201ENST00000269260 1895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.81■■□□□ 1.72
TRIM28Q13263 AUNIP-203ENST00000538789 1392 ntTSL 1 (best) BASIC25.81■■□□□ 1.72
TRIM28Q13263 PTGER3-204ENST00000356595 1943 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.8■■□□□ 1.72
TRIM28Q13263 PTGER3-207ENST00000370931 1914 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.8■■□□□ 1.72
TRIM28Q13263 PLK5-202ENST00000454744 1930 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC25.8■■□□□ 1.72
TRIM28Q13263 PAXIP1-AS1-201ENST00000608317 2256 ntBASIC25.8■■□□□ 1.72
TRIM28Q13263 TMEM53-205ENST00000372244 1472 ntTSL 2 BASIC25.8■■□□□ 1.72
TRIM28Q13263 ZNF534-201ENST00000301085 1525 ntTSL 2 BASIC25.8■■□□□ 1.72
TRIM28Q13263 RFT1-202ENST00000394738 1800 ntTSL 5 BASIC25.8■■□□□ 1.72
TRIM28Q13263 N4BP2L1-203ENST00000380133 903 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.8■■□□□ 1.72
TRIM28Q13263 AL807752.2-201ENST00000435463 301 ntTSL 3 BASIC25.8■■□□□ 1.72
TRIM28Q13263 RPL29-204ENST00000479017 670 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.8■■□□□ 1.72
TRIM28Q13263 C14orf144-202ENST00000555282 854 ntTSL 3 BASIC25.8■■□□□ 1.72
TRIM28Q13263 DET1-205ENST00000558413 583 ntTSL 4 BASIC25.8■■□□□ 1.72
TRIM28Q13263 PALM-207ENST00000590161 2137 ntTSL 4 BASIC25.8■■□□□ 1.72
TRIM28Q13263 DR1-201ENST00000370267 1647 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.8■■□□□ 1.72
TRIM28Q13263 IL17RE-201ENST00000383814 2704 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.79■■□□□ 1.72
TRIM28Q13263 ANAPC1P1-202ENST00000616781 1771 ntTSL 1 (best) BASIC25.79■■□□□ 1.72
TRIM28Q13263 SHMT1-202ENST00000352886 2437 ntTSL 2 BASIC25.79■■□□□ 1.72
TRIM28Q13263 SYNC-201ENST00000373484 1824 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.79■■□□□ 1.72
TRIM28Q13263 PPP1R12B-212ENST00000480184 1808 ntTSL 1 (best) BASIC25.79■■□□□ 1.72
TRIM28Q13263 MEF2A-207ENST00000558812 2186 ntTSL 2 BASIC25.79■■□□□ 1.72
TRIM28Q13263 KLHL35-201ENST00000376292 1500 ntTSL 1 (best) BASIC25.79■■□□□ 1.72
TRIM28Q13263 TRIM54-202ENST00000380075 1967 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.79■■□□□ 1.72
TRIM28Q13263 PADI2-201ENST00000375481 1607 ntTSL 1 (best) BASIC25.79■■□□□ 1.72
TRIM28Q13263 FGF13-208ENST00000626909 1039 ntTSL 2 BASIC25.79■■□□□ 1.72
TRIM28Q13263 ST6GAL2-203ENST00000409087 1657 ntTSL 1 (best) BASIC25.79■■□□□ 1.72
TRIM28Q13263 GPR108-201ENST00000264080 2057 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.79■■□□□ 1.72
TRIM28Q13263 DHRS4-204ENST00000543741 1340 ntTSL 2 BASIC25.79■■□□□ 1.72
TRIM28Q13263 SEPT8-207ENST00000378719 2889 ntTSL 1 (best) BASIC25.79■■□□□ 1.72
TRIM28Q13263 NKX2-4-201ENST00000351817 2238 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.79■■□□□ 1.72
TRIM28Q13263 C10orf91-202ENST00000392630 1846 ntTSL 2 BASIC25.79■■□□□ 1.72
TRIM28Q13263 MYB-221ENST00000527615 2381 ntTSL 5 BASIC25.78■■□□□ 1.72
TRIM28Q13263 WT1-211ENST00000639907 1545 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.78■■□□□ 1.72
TRIM28Q13263 AC012146.1-202ENST00000413077 474 ntTSL 2 BASIC25.78■■□□□ 1.72
TRIM28Q13263 PGM5P4-201ENST00000421970 445 ntBASIC25.78■■□□□ 1.72
TRIM28Q13263 AC092849.2-201ENST00000492523 333 ntTSL 3 BASIC25.78■■□□□ 1.72
TRIM28Q13263 GTPBP6-201ENST00000326153 1907 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.78■■□□□ 1.72
TRIM28Q13263 BRWD1-202ENST00000341322 2495 ntTSL 1 (best) BASIC25.78■■□□□ 1.72
TRIM28Q13263 AC011484.1-201ENST00000377652 1995 ntBASIC25.78■■□□□ 1.72
TRIM28Q13263 FAM66E-201ENST00000529252 1433 ntTSL 2 BASIC25.78■■□□□ 1.72
TRIM28Q13263 BMP6-201ENST00000283147 2780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.78■■□□□ 1.72
TRIM28Q13263 LMAN1L-202ENST00000379709 1699 ntTSL 1 (best) BASIC25.77■■□□□ 1.72
TRIM28Q13263 UBE2S-201ENST00000264552 2548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.77■■□□□ 1.72
TRIM28Q13263 DYRK1B-204ENST00000593685 2724 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC25.77■■□□□ 1.72
TRIM28Q13263 ST3GAL3-207ENST00000353126 1969 ntTSL 5 BASIC25.77■■□□□ 1.72
TRIM28Q13263 ARL2-201ENST00000246747 979 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.77■■□□□ 1.72
TRIM28Q13263 PMAIP1-201ENST00000269518 1262 ntTSL 1 (best) BASIC25.77■■□□□ 1.72
TRIM28Q13263 C6orf48-205ENST00000375640 1053 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.77■■□□□ 1.72
TRIM28Q13263 AC073316.3-201ENST00000437354 982 ntTSL 3 BASIC25.77■■□□□ 1.72
TRIM28Q13263 AC093827.2-201ENST00000512654 315 ntBASIC25.77■■□□□ 1.72
TRIM28Q13263 AC073912.1-201ENST00000546264 587 ntTSL 3 BASIC25.77■■□□□ 1.72
TRIM28Q13263 AC005225.2-202ENST00000617980 408 ntTSL 4 BASIC25.77■■□□□ 1.72
TRIM28Q13263 SLC38A8-201ENST00000299709 1308 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.77■■□□□ 1.72
TRIM28Q13263 RBM42-204ENST00000589559 1328 ntTSL 5 BASIC25.77■■□□□ 1.72
TRIM28Q13263 OR10C1-203ENST00000444197 1672 ntAPPRIS P1 BASIC25.77■■□□□ 1.72
TRIM28Q13263 FAM3A-202ENST00000359889 1712 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.77■■□□□ 1.72
TRIM28Q13263 CERS1-202ENST00000542296 1947 ntTSL 1 (best) BASIC25.76■■□□□ 1.72
TRIM28Q13263 MESP1-201ENST00000300057 2369 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.76■■□□□ 1.71
TRIM28Q13263 RAC1-202ENST00000356142 907 ntTSL 1 (best) BASIC25.76■■□□□ 1.71
TRIM28Q13263 IFI6-202ENST00000361157 841 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.76■■□□□ 1.71
TRIM28Q13263 AC007040.1-201ENST00000416229 477 ntTSL 3 BASIC25.76■■□□□ 1.71
TRIM28Q13263 AC007405.3-201ENST00000429172 561 ntTSL 3 BASIC25.76■■□□□ 1.71
TRIM28Q13263 AL356652.1-201ENST00000615962 565 ntBASIC25.76■■□□□ 1.71
TRIM28Q13263 ASB18-201ENST00000409749 1401 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.76■■□□□ 1.71
TRIM28Q13263 COPS7A-208ENST00000538410 1610 ntTSL 3 BASIC25.76■■□□□ 1.71
TRIM28Q13263 CCDC63-201ENST00000308208 1993 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC25.76■■□□□ 1.71
TRIM28Q13263 PPT2-244ENST00000324816 2053 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.76■■□□□ 1.71
TRIM28Q13263 ITM2C-202ENST00000326427 2078 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.76■■□□□ 1.71
TRIM28Q13263 RNF149-201ENST00000295317 2458 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.75■■□□□ 1.71
TRIM28Q13263 TRIM15-210ENST00000619857 2217 ntTSL 5 BASIC25.75■■□□□ 1.71
TRIM28Q13263 CDC42SE2-206ENST00000503291 2025 ntTSL 1 (best) BASIC25.75■■□□□ 1.71
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