Protein–RNA interactions for Protein: Q709C8

VPS13C, Vacuolar protein sorting-associated protein 13C, humanhuman

Predictions only

Length 3,753 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS13CQ709C8 RP9P-201ENST00000381639 1303 ntTSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
VPS13CQ709C8 STK25-202ENST00000401869 2251 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
VPS13CQ709C8 CHMP4B-201ENST00000217402 1646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
VPS13CQ709C8 MISP3-202ENST00000587086 1535 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
VPS13CQ709C8 HINT2-201ENST00000259667 628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
VPS13CQ709C8 GADD45G-201ENST00000252506 1065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
VPS13CQ709C8 ING2-201ENST00000302327 1189 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
VPS13CQ709C8 RPS2-209ENST00000529806 993 ntTSL 3 BASIC22.74■■□□□ 1.23
VPS13CQ709C8 VEGFA-226ENST00000611736 1239 ntTSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
VPS13CQ709C8 DUSP14-206ENST00000617516 1537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
VPS13CQ709C8 MPST-201ENST00000341116 1504 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.73■■□□□ 1.23
VPS13CQ709C8 PPP4R4-202ENST00000328839 876 ntTSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
VPS13CQ709C8 TERF2-207ENST00000567296 1129 ntTSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
VPS13CQ709C8 MIR6090-201ENST00000622481 60 ntBASIC22.73■■□□□ 1.23
VPS13CQ709C8 DEXI-201ENST00000331808 1561 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
VPS13CQ709C8 MRPL9-201ENST00000368829 882 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.73■■□□□ 1.23
VPS13CQ709C8 AL589765.4-201ENST00000512280 382 ntTSL 3 BASIC22.73■■□□□ 1.23
VPS13CQ709C8 NME2-205ENST00000512737 826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
VPS13CQ709C8 GALK1-205ENST00000588479 1866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
VPS13CQ709C8 AC018755.3-201ENST00000598755 664 ntTSL 2 BASIC22.72■■□□□ 1.23
VPS13CQ709C8 ABHD17AP3-201ENST00000503096 1137 ntBASIC22.71■■□□□ 1.23
VPS13CQ709C8 TXNL4A-210ENST00000591711 669 ntTSL 2 BASIC22.7■■□□□ 1.22
VPS13CQ709C8 FOXD1-202ENST00000615637 2272 ntAPPRIS P1 BASIC22.7■■□□□ 1.22
VPS13CQ709C8 STUB1-201ENST00000219548 1472 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
VPS13CQ709C8 EIF5A-208ENST00000573542 1089 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.7■■□□□ 1.22
VPS13CQ709C8 FEZF2-201ENST00000283268 2074 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
VPS13CQ709C8 CGREF1-204ENST00000402550 1575 ntTSL 2 BASIC22.69■■□□□ 1.22
VPS13CQ709C8 P2RX2-203ENST00000350048 1344 ntTSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
VPS13CQ709C8 CRIP1-201ENST00000330233 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
VPS13CQ709C8 GSTP1-202ENST00000398606 965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
VPS13CQ709C8 DBP-205ENST00000601104 1489 ntTSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
VPS13CQ709C8 PARD6A-201ENST00000219255 1248 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
VPS13CQ709C8 RARRES2P2-201ENST00000394842 485 ntBASIC22.66■■□□□ 1.22
VPS13CQ709C8 KCTD5-202ENST00000564195 774 ntTSL 5 BASIC22.66■■□□□ 1.22
VPS13CQ709C8 LINC01971-201ENST00000617888 1048 ntBASIC22.65■■□□□ 1.22
VPS13CQ709C8 CGREF1-202ENST00000312734 1610 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.65■■□□□ 1.22
VPS13CQ709C8 MRPL51-201ENST00000229238 1234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.22
VPS13CQ709C8 ECI1-207ENST00000570258 1512 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.64■■□□□ 1.21
VPS13CQ709C8 ATRAID-201ENST00000380171 1240 ntTSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
VPS13CQ709C8 RNF150-204ENST00000507500 1530 ntTSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
VPS13CQ709C8 PLEKHJ1-201ENST00000326631 1206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
VPS13CQ709C8 UBALD1-203ENST00000587649 707 ntTSL 3 BASIC22.61■■□□□ 1.21
VPS13CQ709C8 ACTR3B-202ENST00000377776 1566 ntTSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
VPS13CQ709C8 MAPK3-201ENST00000263025 1861 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
VPS13CQ709C8 DUX4L11-201ENST00000611504 1267 ntBASIC22.59■■□□□ 1.21
VPS13CQ709C8 DUX4L12-201ENST00000614593 1267 ntBASIC22.59■■□□□ 1.21
VPS13CQ709C8 DUX4L14-201ENST00000621227 1267 ntBASIC22.59■■□□□ 1.21
VPS13CQ709C8 DTNBP1-202ENST00000344537 1403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
VPS13CQ709C8 AURKAIP1-203ENST00000338370 1072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.21
VPS13CQ709C8 INO80B-WBP1-202ENST00000452361 2040 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC22.58■■□□□ 1.21
VPS13CQ709C8 GNPTAB-206ENST00000549940 1678 ntTSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.2
VPS13CQ709C8 RNF130-201ENST00000261947 1766 ntTSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
VPS13CQ709C8 CIB2-204ENST00000557846 934 ntTSL 3 BASIC22.56■■□□□ 1.2
VPS13CQ709C8 DOCK5-202ENST00000410074 786 ntTSL 2 BASIC22.56■■□□□ 1.2
VPS13CQ709C8 UBE2S-203ENST00000589978 496 ntTSL 5 BASIC22.55■■□□□ 1.2
VPS13CQ709C8 AC016595.1-201ENST00000559410 383 ntTSL 3 BASIC22.55■■□□□ 1.2
VPS13CQ709C8 RRAD-202ENST00000420652 1476 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
VPS13CQ709C8 POLR1D-201ENST00000302979 1166 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
VPS13CQ709C8 ADRA1D-201ENST00000379453 2728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
VPS13CQ709C8 CTDNEP1-210ENST00000574322 1708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
VPS13CQ709C8 CPNE1-203ENST00000397442 1695 ntTSL 5 BASIC22.54■■□□□ 1.2
VPS13CQ709C8 RHOC-202ENST00000339083 1418 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
VPS13CQ709C8 MAD2L2-207ENST00000376692 1118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
VPS13CQ709C8 VEGFA-208ENST00000417285 1081 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
VPS13CQ709C8 DUX4L13-201ENST00000554103 1267 ntBASIC22.54■■□□□ 1.2
VPS13CQ709C8 DUX4L15-201ENST00000611059 1267 ntBASIC22.54■■□□□ 1.2
VPS13CQ709C8 DUX4L23-201ENST00000615195 1269 ntBASIC22.54■■□□□ 1.2
VPS13CQ709C8 DUX4L24-201ENST00000617576 1269 ntBASIC22.54■■□□□ 1.2
VPS13CQ709C8 DUX4L22-201ENST00000618238 1269 ntBASIC22.54■■□□□ 1.2
VPS13CQ709C8 DUX4L20-201ENST00000619712 1269 ntBASIC22.54■■□□□ 1.2
VPS13CQ709C8 DUX4L21-201ENST00000622058 1269 ntBASIC22.54■■□□□ 1.2
VPS13CQ709C8 DUX4L10-201ENST00000622460 1267 ntBASIC22.54■■□□□ 1.2
VPS13CQ709C8 DUX4L25-201ENST00000624915 1269 ntBASIC22.54■■□□□ 1.2
VPS13CQ709C8 SSTR4-201ENST00000255008 1427 ntAPPRIS P1 BASIC22.53■■□□□ 1.2
VPS13CQ709C8 SLC9A3R2-202ENST00000432365 1564 ntTSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
VPS13CQ709C8 GADD45A-205ENST00000617962 1142 ntTSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
VPS13CQ709C8 CCM2-201ENST00000258781 1894 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
VPS13CQ709C8 C5orf66-AS1-201ENST00000507035 843 ntTSL 2 BASIC22.51■■□□□ 1.19
VPS13CQ709C8 FAAP20-202ENST00000378546 729 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
VPS13CQ709C8 HOXB3-207ENST00000472863 1909 ntTSL 2 BASIC22.5■■□□□ 1.19
VPS13CQ709C8 KLC2-205ENST00000394078 1557 ntTSL 5 BASIC22.5■■□□□ 1.19
VPS13CQ709C8 RUNX2-211ENST00000625924 1458 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
VPS13CQ709C8 NOXA1-201ENST00000341349 1678 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
VPS13CQ709C8 QDPR-201ENST00000281243 1648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
VPS13CQ709C8 PIGX-201ENST00000296333 953 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.49■■□□□ 1.19
VPS13CQ709C8 AP000547.3-202ENST00000592107 1019 ntTSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
VPS13CQ709C8 C16orf95-206ENST00000618367 974 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.48■■□□□ 1.19
VPS13CQ709C8 UBE2A-207ENST00000628549 934 ntTSL 2 BASIC22.48■■□□□ 1.19
VPS13CQ709C8 SAMD1-202ENST00000533683 2164 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
VPS13CQ709C8 ABHD12-201ENST00000339157 2117 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.47■■□□□ 1.19
VPS13CQ709C8 STARD10-220ENST00000545082 1085 ntTSL 3 BASIC22.46■■□□□ 1.19
VPS13CQ709C8 TRNP1-201ENST00000522111 1958 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
VPS13CQ709C8 FAM78B-202ENST00000354422 1475 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.45■■□□□ 1.19
VPS13CQ709C8 U2AF1-203ENST00000398137 1019 ntTSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
VPS13CQ709C8 FKBP1A-210ENST00000614856 562 ntTSL 2 BASIC22.45■■□□□ 1.18
VPS13CQ709C8 U2AF1L5-212ENST00000639996 1019 ntTSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
VPS13CQ709C8 PRKAR1B-201ENST00000360274 2007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
VPS13CQ709C8 SRP68-213ENST00000629930 165 ntTSL 5 BASIC22.45■■□□□ 1.18
VPS13CQ709C8 AC108673.1-201ENST00000510422 1159 ntBASIC22.44■■□□□ 1.18
VPS13CQ709C8 AC005540.1-201ENST00000413911 919 ntTSL 3 BASIC22.44■■□□□ 1.18
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 48 ms