Protein–RNA interactions for Protein: Q16630

CPSF6, Cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 6, humanhuman

Known RBP eCLIP

Length 551 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CPSF6Q16630 CPED1-204ENST00000428526 2219 ntTSL 27.22□□□□□ -1.252e-6■■■■□ 25.7
CPSF6Q16630 GSE1-205ENST00000412692 6625 ntTSL 515.38■□□□□ 0.052e-12■■■■□ 25.7
CPSF6Q16630 GSE1-202ENST00000393243 7140 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.51□□□□□ -0.252e-12■■■■□ 25.7
CPSF6Q16630 GSE1-201ENST00000253458 7495 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC13.07□□□□□ -0.322e-12■■■■□ 25.7
CPSF6Q16630 GSE1-207ENST00000469381 5885 ntTSL 211.7□□□□□ -0.542e-12■■■■□ 25.7
CPSF6Q16630 PSIP1-207ENST00000481862 306 ntTSL 35.56□□□□□ -1.522e-6■■■■□ 25.6
CPSF6Q16630 PIAS2-204ENST00000585916 11075 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC5.45□□□□□ -1.541e-6■■■■□ 25.5
CPSF6Q16630 SERF2-211ENST00000430901 483 ntTSL 415.02■□□□□ -06e-23■■■■□ 25.4
CPSF6Q16630 SERF2-217ENST00000630046 862 ntTSL 5 BASIC14.85□□□□□ -0.036e-23■■■■□ 25.4
CPSF6Q16630 SERF2-212ENST00000445816 2099 ntTSL 314.61□□□□□ -0.076e-23■■■■□ 25.4
CPSF6Q16630 SERF2-209ENST00000409646 559 ntTSL 4 BASIC14.38□□□□□ -0.116e-23■■■■□ 25.4
CPSF6Q16630 SERF2-208ENST00000409617 700 ntTSL 214□□□□□ -0.176e-23■■■■□ 25.4
CPSF6Q16630 EDEM3-201ENST00000318130 6898 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.76□□□□□ -0.213e-12■■■■□ 25.4
CPSF6Q16630 EDEM3-202ENST00000367512 6678 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.46□□□□□ -0.263e-12■■■■□ 25.4
CPSF6Q16630 SERF2-206ENST00000409291 807 ntTSL 3 BASIC13.15□□□□□ -0.36e-23■■■■□ 25.4
CPSF6Q16630 SERF2-213ENST00000448830 2792 ntTSL 213.09□□□□□ -0.316e-23■■■■□ 25.4
CPSF6Q16630 EDEM3-203ENST00000439962 2872 ntTSL 1 (best)4.48□□□□□ -1.693e-12■■■■□ 25.4
CPSF6Q16630 CYB561D1-208ENST00000528785 1271 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.98■□□□□ 0.154e-7■■■■□ 25.3
CPSF6Q16630 CYB561D1-205ENST00000430195 5077 ntTSL 2 BASIC15.89■□□□□ 0.134e-7■■■■□ 25.3
CPSF6Q16630 CYB561D1-201ENST00000310611 5009 ntTSL 1 (best) BASIC14.8□□□□□ -0.044e-7■■■■□ 25.3
CPSF6Q16630 USP25-203ENST00000351097 2158 ntTSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.261e-6■■■■□ 25
CPSF6Q16630 USP25-202ENST00000285681 5216 ntTSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.841e-6■■■■□ 25
CPSF6Q16630 USP25-204ENST00000400183 5341 ntTSL 1 (best) BASIC18.58■□□□□ 0.571e-6■■■■□ 25
CPSF6Q16630 SCAF11-206ENST00000474828 757 ntTSL 216.02■□□□□ 0.161e-6■■■■□ 25
CPSF6Q16630 DIDO1-207ENST00000395343 8477 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.151e-6■■■■□ 25
CPSF6Q16630 DIDO1-201ENST00000266070 8574 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.69■□□□□ 0.11e-6■■■■□ 25
CPSF6Q16630 USP25-201ENST00000285679 3973 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.011e-6■■■■□ 25
CPSF6Q16630 SCAF11-204ENST00000395454 1931 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.58□□□□□ -0.071e-6■■■■□ 25
CPSF6Q16630 CASC4-201ENST00000299957 3962 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC13.35□□□□□ -0.271e-6■■■■□ 25
CPSF6Q16630 CASC4-202ENST00000345795 3764 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC13.34□□□□□ -0.271e-6■■■■□ 25
CPSF6Q16630 SCAF11-209ENST00000547018 3271 ntTSL 512.59□□□□□ -0.391e-6■■■■□ 25
CPSF6Q16630 SCAF11-203ENST00000395453 1336 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC12.51□□□□□ -0.411e-6■■■■□ 25
CPSF6Q16630 SCAF11-201ENST00000266589 2084 ntAPPRIS ALT2 TSL 511.25□□□□□ -0.611e-6■■■■□ 25
CPSF6Q16630 SCAF11-202ENST00000369367 7543 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC9.81□□□□□ -0.841e-6■■■■□ 25
CPSF6Q16630 DIDO1-206ENST00000395340 7551 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC9.63□□□□□ -0.871e-6■■■■□ 25
CPSF6Q16630 KIAA1524-201ENST00000295746 4075 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC8.47□□□□□ -1.051e-6■■■■□ 25
CPSF6Q16630 CASC4-211ENST00000561305 353 ntTSL 57.21□□□□□ -1.261e-6■■■■□ 25
CPSF6Q16630 CASC4-206ENST00000558847 622 ntTSL 36.86□□□□□ -1.311e-6■■■■□ 25
CPSF6Q16630 KIAA1524-207ENST00000619684 2839 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC6.72□□□□□ -1.331e-6■■■■□ 25
CPSF6Q16630 MIR3681HG-201ENST00000412294 2183 ntTSL 2 BASIC6.35□□□□□ -1.391e-6■■■■□ 25
CPSF6Q16630 ESF1-202ENST00000617257 1470 ntTSL 5 BASIC6.27□□□□□ -1.412e-12■■■■□ 25
CPSF6Q16630 SON-212ENST00000470533 798 ntTSL 55.98□□□□□ -1.451e-6■■■■□ 25
CPSF6Q16630 ESF1-201ENST00000202816 3216 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC5.68□□□□□ -1.52e-12■■■■□ 25
CPSF6Q16630 MIR3681HG-202ENST00000412606 578 ntTSL 5 BASIC5.45□□□□□ -1.541e-6■■■■□ 25
CPSF6Q16630 KIAA1524-206ENST00000491772 3877 ntTSL 1 (best) BASIC2.98□□□□□ -1.931e-6■■■■□ 25
CPSF6Q16630 SRSF2-202ENST00000359995 1927 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.548e-13■■■■□ 24.4
CPSF6Q16630 SRSF2-206ENST00000582449 1518 ntTSL 216.76■□□□□ 0.278e-13■■■■□ 24.4
CPSF6Q16630 SRSF2-208ENST00000585202 1359 ntTSL 314.42□□□□□ -0.18e-13■■■■□ 24.4
CPSF6Q16630 SRSF2-203ENST00000392485 2885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.96□□□□□ -0.178e-13■■■■□ 24.4
CPSF6Q16630 SRSF2-209ENST00000586778 1001 ntTSL 28.18□□□□□ -1.18e-13■■■■□ 24.4
CPSF6Q16630 GPATCH4-203ENST00000438976 1159 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC10.16□□□□□ -0.783e-8■■■■□ 24.4
CPSF6Q16630 ARID4B-203ENST00000366603 5946 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.71■□□□□ 0.757e-9■■■■□ 24.4
CPSF6Q16630 ARID4B-202ENST00000349213 5811 ntTSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.117e-9■■■■□ 24.4
CPSF6Q16630 MRM1-203ENST00000612760 1284 ntTSL 1 (best) BASIC20.31■□□□□ 0.845e-11■■■■□ 24.1
CPSF6Q16630 MRM1-204ENST00000614766 1857 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.26■□□□□ 0.675e-11■■■■□ 24.1
CPSF6Q16630 LSM8-203ENST00000422760 1920 ntTSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.163e-12■■■■□ 24
CPSF6Q16630 LSM8-201ENST00000249299 1305 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.44□□□□□ -0.423e-12■■■■□ 24
CPSF6Q16630 LSM8-204ENST00000424702 4030 ntTSL 1 (best) BASIC7.05□□□□□ -1.283e-12■■■■□ 24
CPSF6Q16630 MTCH1-202ENST00000373627 2057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.632e-6■■■■□ 23.7
CPSF6Q16630 MTCH1-201ENST00000373616 2006 ntTSL 1 (best) BASIC24.97■■□□□ 1.592e-6■■■■□ 23.7
CPSF6Q16630 MTCH1-204ENST00000460219 1572 ntTSL 221.42■■□□□ 1.022e-6■■■■□ 23.7
CPSF6Q16630 CDK11B-202ENST00000341028 881 ntTSL 221.32■■□□□ 12e-6■■■■□ 23.7
CPSF6Q16630 ZNRF2P2-202ENST00000442865 590 ntTSL 4 BASIC19.52■□□□□ 0.721e-11■■■■□ 23.7
CPSF6Q16630 C1orf52-203ENST00000471115 1219 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.56■□□□□ 0.562e-6■■■■□ 23.7
CPSF6Q16630 CDK11B-206ENST00000615951 2227 ntTSL 1 (best)18.17■□□□□ 0.52e-6■■■■□ 23.7
CPSF6Q16630 CDK11B-207ENST00000626918 2457 ntTSL 5 BASIC16■□□□□ 0.152e-6■■■■□ 23.7
CPSF6Q16630 CDK11B-208ENST00000629289 2490 ntTSL 5 BASIC15.82■□□□□ 0.122e-6■■■■□ 23.7
CPSF6Q16630 CDK11B-204ENST00000407249 2677 ntTSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.112e-6■■■■□ 23.7
CPSF6Q16630 CDK11B-205ENST00000611150 2350 ntTSL 1 (best)15.51■□□□□ 0.072e-6■■■■□ 23.7
CPSF6Q16630 CDK11B-209ENST00000629312 2496 ntTSL 5 BASIC15.27■□□□□ 0.032e-6■■■■□ 23.7
CPSF6Q16630 CDK11B-201ENST00000340677 2534 ntTSL 1 (best) BASIC14.88□□□□□ -0.032e-6■■■■□ 23.7
CPSF6Q16630 HNRNPA2B1-203ENST00000360787 1724 ntTSL 514.63□□□□□ -0.072e-6■■■■□ 23.7
CPSF6Q16630 BROX-206ENST00000496267 782 ntTSL 1 (best)13.24□□□□□ -0.292e-6■■■■□ 23.7
CPSF6Q16630 SRSF3-203ENST00000477442 1095 ntTSL 512.06□□□□□ -0.481e-11■■■■□ 23.7
CPSF6Q16630 CDK11B-203ENST00000341832 2998 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.95□□□□□ -0.52e-6■■■■□ 23.7
CPSF6Q16630 AC009120.2-205ENST00000561921 490 ntTSL 3 BASIC11.81□□□□□ -0.522e-6■■■■□ 23.7
CPSF6Q16630 HNRNPA2B1-208ENST00000618183 3539 ntTSL 5 BASIC10.86□□□□□ -0.672e-6■■■■□ 23.7
CPSF6Q16630 BROX-207ENST00000537020 3670 ntTSL 2 BASIC10.59□□□□□ -0.712e-6■■■■□ 23.7
CPSF6Q16630 BROX-208ENST00000539697 3734 ntTSL 2 BASIC10.05□□□□□ -0.82e-6■■■■□ 23.7
CPSF6Q16630 C1orf52-201ENST00000294661 3391 ntTSL 1 (best)9.99□□□□□ -0.812e-6■■■■□ 23.7
CPSF6Q16630 HNRNPA2B1-205ENST00000476233 1220 ntTSL 1 (best)8.97□□□□□ -0.972e-6■■■■□ 23.7
CPSF6Q16630 AC009120.2-203ENST00000565313 539 ntTSL 3 BASIC8.51□□□□□ -1.052e-6■■■■□ 23.7
CPSF6Q16630 BROX-205ENST00000489191 566 ntTSL 58.48□□□□□ -1.052e-6■■■■□ 23.7
CPSF6Q16630 HNRNPA2B1-201ENST00000354667 3664 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC8.03□□□□□ -1.122e-6■■■■□ 23.7
CPSF6Q16630 ZNF234-201ENST00000426739 4551 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC7.78□□□□□ -1.162e-6■■■■□ 23.7
CPSF6Q16630 BROX-202ENST00000426638 709 ntTSL 57.68□□□□□ -1.182e-6■■■■□ 23.7
CPSF6Q16630 BROX-203ENST00000469236 673 ntTSL 37.68□□□□□ -1.182e-6■■■■□ 23.7
CPSF6Q16630 BROX-209ENST00000612948 4028 ntTSL 1 (best) BASIC7.08□□□□□ -1.282e-6■■■■□ 23.7
CPSF6Q16630 BROX-201ENST00000340934 4124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC6.79□□□□□ -1.322e-6■■■■□ 23.7
CPSF6Q16630 BROX-204ENST00000473962 515 ntTSL 35.65□□□□□ -1.52e-6■■■■□ 23.7
CPSF6Q16630 XKR3-201ENST00000331428 1690 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC5.16□□□□□ -1.583e-6■■■■□ 23.7
CPSF6Q16630 ZNF721-205ENST00000511833 2966 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC13.36□□□□□ -0.274e-7■■■■□ 23.4
CPSF6Q16630 ABCA11P-203ENST00000507854 1503 ntTSL 1 (best)10.35□□□□□ -0.754e-7■■■■□ 23.4
CPSF6Q16630 ABCA11P-201ENST00000451020 1815 ntTSL 2 BASIC8.72□□□□□ -1.014e-7■■■■□ 23.4
CPSF6Q16630 ZNF721-206ENST00000515578 1679 ntTSL 1 (best)8.49□□□□□ -1.054e-7■■■■□ 23.4
CPSF6Q16630 ZNF721-203ENST00000506646 935 ntTSL 2 BASIC7.28□□□□□ -1.244e-7■■■■□ 23.4
CPSF6Q16630 ZNF721-202ENST00000505900 664 ntTSL 1 (best)6.73□□□□□ -1.334e-7■■■■□ 23.4
CPSF6Q16630 ABCA11P-204ENST00000514396 1423 ntTSL 1 (best)6.26□□□□□ -1.414e-7■■■■□ 23.4
CPSF6Q16630 ZNF721-201ENST00000338977 4492 ntTSL 2 BASIC5.64□□□□□ -1.514e-7■■■■□ 23.4
CPSF6Q16630 ZNF721-204ENST00000507078 355 ntTSL 53.49□□□□□ -1.854e-7■■■■□ 23.4
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