Protein–RNA interactions for Protein: Q96MW1

CCDC43, Coiled-coil domain-containing protein 43, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 224 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC43Q96MW1 NIT1-201ENST00000368007 1749 ntTSL 2 BASIC30.39■■■□□ 2.46
CCDC43Q96MW1 TFEB-204ENST00000373033 2331 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.38■■■□□ 2.45
CCDC43Q96MW1 SLC15A4-201ENST00000266771 2779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.37■■■□□ 2.45
CCDC43Q96MW1 AC120057.4-201ENST00000624722 1615 ntBASIC30.37■■■□□ 2.45
CCDC43Q96MW1 FGF3-201ENST00000334134 892 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.37■■■□□ 2.45
CCDC43Q96MW1 CAHM-201ENST00000604200 896 ntBASIC30.37■■■□□ 2.45
CCDC43Q96MW1 COMMD3-201ENST00000376836 1342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.37■■■□□ 2.45
CCDC43Q96MW1 SEPT3-203ENST00000396426 2586 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC30.36■■■□□ 2.45
CCDC43Q96MW1 DUSP15-202ENST00000339738 1454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.35■■■□□ 2.45
CCDC43Q96MW1 MSRB2-201ENST00000376510 1803 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.35■■■□□ 2.45
CCDC43Q96MW1 FEZF2-202ENST00000475839 1918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.34■■■□□ 2.45
CCDC43Q96MW1 TPRG1L-202ENST00000378344 2414 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC30.33■■■□□ 2.45
CCDC43Q96MW1 EBPL-202ENST00000378268 680 ntTSL 3 BASIC30.33■■■□□ 2.45
CCDC43Q96MW1 ST7-205ENST00000393446 2114 ntTSL 5 BASIC30.33■■■□□ 2.45
CCDC43Q96MW1 SUZ12P1-203ENST00000578195 985 ntBASIC30.33■■■□□ 2.45
CCDC43Q96MW1 EMID1-201ENST00000334018 2173 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.32■■■□□ 2.44
CCDC43Q96MW1 WASH5P-204ENST00000632292 975 ntBASIC30.32■■■□□ 2.44
CCDC43Q96MW1 TMEM229A-201ENST00000455783 2108 ntAPPRIS P1 BASIC30.32■■■□□ 2.44
CCDC43Q96MW1 CACNG6-202ENST00000346968 645 ntTSL 5 BASIC30.31■■■□□ 2.44
CCDC43Q96MW1 ARL8A-204ENST00000614750 1727 ntTSL 3 BASIC30.3■■■□□ 2.44
CCDC43Q96MW1 WSB2-211ENST00000544233 2503 ntTSL 2 BASIC30.29■■■□□ 2.44
CCDC43Q96MW1 ACTR3B-202ENST00000377776 1566 ntTSL 1 (best) BASIC30.28■■■□□ 2.44
CCDC43Q96MW1 HOXD-AS2-202ENST00000440016 999 ntTSL 5 BASIC30.28■■■□□ 2.44
CCDC43Q96MW1 AC234582.1-201ENST00000447623 923 ntTSL 5 BASIC30.28■■■□□ 2.44
CCDC43Q96MW1 ARHGEF7-206ENST00000375741 5525 ntTSL 1 (best) BASIC30.27■■■□□ 2.44
CCDC43Q96MW1 LMO1-202ENST00000428101 1038 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC30.27■■■□□ 2.44
CCDC43Q96MW1 RHOC-208ENST00000369642 1355 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.27■■■□□ 2.44
CCDC43Q96MW1 SLC12A2-202ENST00000343225 5509 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.26■■■□□ 2.44
CCDC43Q96MW1 CISD3-204ENST00000613478 2074 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC30.26■■■□□ 2.43
CCDC43Q96MW1 HDAC3-201ENST00000305264 1959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.25■■■□□ 2.43
CCDC43Q96MW1 BCL7B-201ENST00000223368 1975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.24■■■□□ 2.43
CCDC43Q96MW1 ST7-202ENST00000323984 2142 ntTSL 5 BASIC30.24■■■□□ 2.43
CCDC43Q96MW1 ST7-207ENST00000393449 2127 ntTSL 5 BASIC30.24■■■□□ 2.43
CCDC43Q96MW1 TRNP1-201ENST00000522111 1958 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC30.24■■■□□ 2.43
CCDC43Q96MW1 PSMG4-205ENST00000419065 629 ntTSL 2 BASIC30.23■■■□□ 2.43
CCDC43Q96MW1 SEC61G-204ENST00000450622 512 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC30.23■■■□□ 2.43
CCDC43Q96MW1 INPP5A-202ENST00000368593 1432 ntTSL 1 (best) BASIC30.22■■■□□ 2.43
CCDC43Q96MW1 GATA6-202ENST00000581694 2057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.22■■■□□ 2.43
CCDC43Q96MW1 S100A10-202ENST00000368811 1202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.21■■■□□ 2.43
CCDC43Q96MW1 HOPX-206ENST00000503639 1248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.19■■■□□ 2.42
CCDC43Q96MW1 KHDRBS3-201ENST00000355849 1977 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.19■■■□□ 2.42
CCDC43Q96MW1 RNF150-204ENST00000507500 1530 ntTSL 1 (best) BASIC30.18■■■□□ 2.42
CCDC43Q96MW1 ATRNL1-209ENST00000609571 1818 ntTSL 1 (best) BASIC30.18■■■□□ 2.42
CCDC43Q96MW1 NMB-201ENST00000360476 1007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.18■■■□□ 2.42
CCDC43Q96MW1 GNPTAB-202ENST00000392919 760 ntTSL 1 (best) BASIC30.18■■■□□ 2.42
CCDC43Q96MW1 CGGBP1-206ENST00000482016 1147 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC30.18■■■□□ 2.42
CCDC43Q96MW1 LYNX1-208ENST00000615007 1293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.18■■■□□ 2.42
CCDC43Q96MW1 AC008105.3-203ENST00000591365 2238 ntTSL 2 BASIC30.16■■■□□ 2.42
CCDC43Q96MW1 LMNTD2-201ENST00000329451 2084 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.14■■■□□ 2.42
CCDC43Q96MW1 NRG3-203ENST00000404547 2163 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.13■■■□□ 2.41
CCDC43Q96MW1 GSC2-201ENST00000086933 1033 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC30.12■■■□□ 2.41
CCDC43Q96MW1 ZBTB12-201ENST00000375527 1875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.11■■■□□ 2.41
CCDC43Q96MW1 ABHD17A-201ENST00000250974 1630 ntTSL 1 (best) BASIC30.11■■■□□ 2.41
CCDC43Q96MW1 EMX1-201ENST00000258106 2188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.1■■■□□ 2.41
CCDC43Q96MW1 ARHGEF7-205ENST00000375739 5375 ntTSL 1 (best) BASIC30.1■■■□□ 2.41
CCDC43Q96MW1 SSBP4-202ENST00000348495 1721 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC30.09■■■□□ 2.41
CCDC43Q96MW1 FTCD-202ENST00000397743 1834 ntTSL 1 (best) BASIC30.08■■■□□ 2.41
CCDC43Q96MW1 CERS1-201ENST00000429504 2094 ntTSL 1 (best) BASIC30.07■■■□□ 2.4
CCDC43Q96MW1 HNRNPLP2-201ENST00000568980 1570 ntBASIC30.07■■■□□ 2.4
CCDC43Q96MW1 TPGS1-201ENST00000359315 1114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.06■■■□□ 2.4
CCDC43Q96MW1 H2AFV-205ENST00000381124 628 ntTSL 3 BASIC30.06■■■□□ 2.4
CCDC43Q96MW1 TUSC1-201ENST00000358022 2052 ntAPPRIS P1 BASIC30.06■■■□□ 2.4
CCDC43Q96MW1 CIC-201ENST00000160740 6111 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC30.06■■■□□ 2.4
CCDC43Q96MW1 E2F4-201ENST00000379378 2096 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.05■■■□□ 2.4
CCDC43Q96MW1 DENR-202ENST00000455982 1052 ntTSL 5 BASIC30.04■■■□□ 2.4
CCDC43Q96MW1 ADGRB2-204ENST00000398542 5176 ntTSL 5 BASIC30.03■■■□□ 2.4
CCDC43Q96MW1 AC092647.5-201ENST00000426595 1732 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC30.03■■■□□ 2.4
CCDC43Q96MW1 ZBTB10-204ENST00000455036 5458 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC30.02■■■□□ 2.4
CCDC43Q96MW1 TXNRD2-204ENST00000400521 2115 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC30.01■■■□□ 2.39
CCDC43Q96MW1 KCNQ5-204ENST00000370392 1469 ntTSL 1 (best) BASIC29.99■■■□□ 2.39
CCDC43Q96MW1 SSU72-201ENST00000291386 1290 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.98■■■□□ 2.39
CCDC43Q96MW1 MIR762-201ENST00000390236 83 ntBASIC29.98■■■□□ 2.39
CCDC43Q96MW1 GSTP1-202ENST00000398606 965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.98■■■□□ 2.39
CCDC43Q96MW1 ATRAID-201ENST00000380171 1240 ntTSL 1 (best) BASIC29.97■■■□□ 2.39
CCDC43Q96MW1 ZBTB7A-202ENST00000601588 2083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.96■■■□□ 2.39
CCDC43Q96MW1 CHML-205ENST00000638160 705 ntTSL 3 BASIC29.96■■■□□ 2.39
CCDC43Q96MW1 ECI1-203ENST00000562238 948 ntTSL 1 (best) BASIC29.95■■■□□ 2.39
CCDC43Q96MW1 AP006261.1-201ENST00000584783 668 ntBASIC29.95■■■□□ 2.39
CCDC43Q96MW1 FTCD-203ENST00000397746 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.95■■■□□ 2.38
CCDC43Q96MW1 CGREF1-204ENST00000402550 1575 ntTSL 2 BASIC29.94■■■□□ 2.38
CCDC43Q96MW1 CNIH2-203ENST00000528852 1524 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC29.94■■■□□ 2.38
CCDC43Q96MW1 KIAA2013-202ENST00000376576 2539 ntTSL 2 BASIC29.94■■■□□ 2.38
CCDC43Q96MW1 CERS2-201ENST00000271688 2544 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.93■■■□□ 2.38
CCDC43Q96MW1 AC012629.2-201ENST00000606513 377 ntTSL 5 BASIC29.93■■■□□ 2.38
CCDC43Q96MW1 KCNF1-201ENST00000295082 2289 ntAPPRIS P1 BASIC29.93■■■□□ 2.38
CCDC43Q96MW1 DUSP14-206ENST00000617516 1537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.92■■■□□ 2.38
CCDC43Q96MW1 FAM149A-201ENST00000227065 2708 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.91■■■□□ 2.38
CCDC43Q96MW1 HNRNPAB-206ENST00000506339 1747 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.91■■■□□ 2.38
CCDC43Q96MW1 SLC9A3R2-202ENST00000432365 1564 ntTSL 1 (best) BASIC29.9■■■□□ 2.38
CCDC43Q96MW1 TSPAN11-203ENST00000545802 1649 ntTSL 1 (best) BASIC29.9■■■□□ 2.38
CCDC43Q96MW1 AC005559.1-201ENST00000589661 871 ntBASIC29.9■■■□□ 2.38
CCDC43Q96MW1 FAM78B-202ENST00000354422 1475 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.9■■■□□ 2.38
CCDC43Q96MW1 CRIP1-201ENST00000330233 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.89■■■□□ 2.38
CCDC43Q96MW1 HSD11B1L-209ENST00000577917 1553 ntTSL 1 (best) BASIC29.89■■■□□ 2.38
CCDC43Q96MW1 GLT8D1-201ENST00000266014 1849 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.89■■■□□ 2.38
CCDC43Q96MW1 FOXD3-201ENST00000371116 2086 ntAPPRIS P1 BASIC29.89■■■□□ 2.37
CCDC43Q96MW1 LFNG-201ENST00000222725 2377 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC29.88■■■□□ 2.37
CCDC43Q96MW1 FAM89B-201ENST00000316409 1409 ntTSL 1 (best) BASIC29.88■■■□□ 2.37
CCDC43Q96MW1 MIR3665-201ENST00000578708 105 ntBASIC29.87■■■□□ 2.37
CCDC43Q96MW1 ELK4-201ENST00000289703 2118 ntTSL 1 (best) BASIC29.87■■■□□ 2.37
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 31.2 ms