Protein–RNA interactions for Protein: Q494X3

ZNF404, Zinc finger protein 404, humanhuman

Predictions only

Length 552 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
ZNF404Q494X3 ANKRD65-203ENST00000454272 1506 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.4■■□□□ 1.5
ZNF404Q494X3 FAAH-201ENST00000243167 2094 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.5
ZNF404Q494X3 AGTRAP-204ENST00000376637 1067 ntTSL 2 BASIC24.39■■□□□ 1.49
ZNF404Q494X3 CUL4A-202ENST00000375440 2364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
ZNF404Q494X3 RAB40C-201ENST00000248139 2699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
ZNF404Q494X3 HOXD8-201ENST00000313173 1917 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC24.37■■□□□ 1.49
ZNF404Q494X3 TCFL5-201ENST00000217162 2453 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
ZNF404Q494X3 CYP26C1-201ENST00000285949 1569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
ZNF404Q494X3 TCFL5-202ENST00000335351 2456 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
ZNF404Q494X3 WDSUB1-205ENST00000409990 1920 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.35■■□□□ 1.49
ZNF404Q494X3 TMEM266-201ENST00000388942 2520 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.34■■□□□ 1.49
ZNF404Q494X3 COL13A1-210ENST00000517713 2007 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.34■■□□□ 1.49
ZNF404Q494X3 SMARCD3-201ENST00000262188 1993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
ZNF404Q494X3 FEV-201ENST00000295727 1879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
ZNF404Q494X3 SLC12A2-202ENST00000343225 5509 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
ZNF404Q494X3 PLSCR3-202ENST00000535512 2067 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
ZNF404Q494X3 ABHD12-201ENST00000339157 2117 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.32■■□□□ 1.48
ZNF404Q494X3 SIRT3-201ENST00000382743 2543 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
ZNF404Q494X3 AC120057.4-201ENST00000624722 1615 ntBASIC24.31■■□□□ 1.48
ZNF404Q494X3 LINC01578-201ENST00000553829 732 ntTSL 2 BASIC24.3■■□□□ 1.48
ZNF404Q494X3 CCM2-218ENST00000541586 1719 ntTSL 3 BASIC24.3■■□□□ 1.48
ZNF404Q494X3 AC005524.1-203ENST00000586528 451 ntTSL 3 BASIC24.29■■□□□ 1.48
ZNF404Q494X3 AC105285.1-201ENST00000500914 2036 ntTSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
ZNF404Q494X3 NRGN-201ENST00000284292 1306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
ZNF404Q494X3 C9orf40-201ENST00000376854 2327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
ZNF404Q494X3 RTN4R-201ENST00000043402 2157 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
ZNF404Q494X3 AP002365.1-201ENST00000603448 772 ntBASIC24.27■■□□□ 1.48
ZNF404Q494X3 PAPD7-201ENST00000230859 5459 ntTSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
ZNF404Q494X3 RRNAD1-201ENST00000368216 2254 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
ZNF404Q494X3 ZNF787-203ENST00000610935 1925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
ZNF404Q494X3 PICK1-201ENST00000356976 2055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
ZNF404Q494X3 CERS2-205ENST00000368954 2505 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
ZNF404Q494X3 EMC10-202ENST00000376918 2014 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
ZNF404Q494X3 TSPOAP1-AS1-203ENST00000579527 2042 ntTSL 2 BASIC24.25■■□□□ 1.47
ZNF404Q494X3 AGFG1-205ENST00000409979 2089 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.25■■□□□ 1.47
ZNF404Q494X3 GABRA5-203ENST00000400081 2761 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.25■■□□□ 1.47
ZNF404Q494X3 FAM220A-201ENST00000313324 2214 ntTSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
ZNF404Q494X3 HOOK2-201ENST00000264827 2603 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
ZNF404Q494X3 CLEC3B-201ENST00000296130 936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
ZNF404Q494X3 TRAPPC10-202ENST00000380221 1763 ntTSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
ZNF404Q494X3 AMN-201ENST00000299155 1907 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
ZNF404Q494X3 ST6GALNAC6-205ENST00000373146 2460 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
ZNF404Q494X3 HOXB3-201ENST00000311626 2642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
ZNF404Q494X3 SLC2A4RG-201ENST00000266077 1731 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
ZNF404Q494X3 PKDCC-201ENST00000294964 2502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
ZNF404Q494X3 TMEM158-201ENST00000503771 1813 ntAPPRIS P1 BASIC24.21■■□□□ 1.47
ZNF404Q494X3 GNB5-202ENST00000358784 1735 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
ZNF404Q494X3 C11orf80-204ENST00000525908 2135 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC24.2■■□□□ 1.46
ZNF404Q494X3 PDPK1-203ENST00000389224 2416 ntTSL 2 BASIC24.19■■□□□ 1.46
ZNF404Q494X3 MBD2-201ENST00000256429 5188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
ZNF404Q494X3 ARHGEF7-206ENST00000375741 5525 ntTSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
ZNF404Q494X3 GSTZ1-201ENST00000216465 1338 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
ZNF404Q494X3 NPB-202ENST00000573081 2154 ntAPPRIS ALT2 BASIC24.15■■□□□ 1.46
ZNF404Q494X3 H2AFV-202ENST00000308153 752 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
ZNF404Q494X3 FAM58A-202ENST00000440428 1164 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC24.15■■□□□ 1.46
ZNF404Q494X3 AP003068.2-202ENST00000526623 1662 ntTSL 2 BASIC24.15■■□□□ 1.46
ZNF404Q494X3 GXYLT1-201ENST00000280876 1937 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.46
ZNF404Q494X3 PLSCR3-214ENST00000619711 2066 ntTSL 5 BASIC24.14■■□□□ 1.46
ZNF404Q494X3 SOX1-201ENST00000330949 2842 ntAPPRIS P1 BASIC24.14■■□□□ 1.46
ZNF404Q494X3 IL17D-201ENST00000304920 1861 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.45
ZNF404Q494X3 ZNF276-202ENST00000443381 2267 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.45
ZNF404Q494X3 LINC01578-203ENST00000554669 578 ntTSL 5 BASIC24.13■■□□□ 1.45
ZNF404Q494X3 ARHGAP22-202ENST00000374170 2107 ntTSL 5 BASIC24.13■■□□□ 1.45
ZNF404Q494X3 MNX1-201ENST00000252971 2174 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
ZNF404Q494X3 NKX1-1-201ENST00000422806 1236 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.12■■□□□ 1.45
ZNF404Q494X3 PQLC1-211ENST00000590381 1247 ntTSL 2 BASIC24.12■■□□□ 1.45
ZNF404Q494X3 PLPP2-203ENST00000434325 1383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
ZNF404Q494X3 ARMC10-205ENST00000428183 2445 ntTSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
ZNF404Q494X3 ZNF775-201ENST00000329630 2257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
ZNF404Q494X3 ZNF513-201ENST00000323703 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
ZNF404Q494X3 BMP7-202ENST00000395864 1746 ntTSL 5 BASIC24.11■■□□□ 1.45
ZNF404Q494X3 ARHGEF7-205ENST00000375739 5375 ntTSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
ZNF404Q494X3 DHRS13-202ENST00000394901 2037 ntTSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
ZNF404Q494X3 CIC-201ENST00000160740 6111 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.09■■□□□ 1.45
ZNF404Q494X3 BMP7-204ENST00000450594 1857 ntTSL 2 BASIC24.09■■□□□ 1.45
ZNF404Q494X3 COL13A1-213ENST00000520267 2276 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.08■■□□□ 1.45
ZNF404Q494X3 DYNLL1-207ENST00000549989 719 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.45
ZNF404Q494X3 DYNLL1-208ENST00000550178 581 ntBASIC24.08■■□□□ 1.45
ZNF404Q494X3 TSPAN33-201ENST00000486685 1863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.45
ZNF404Q494X3 GNPTAB-206ENST00000549940 1678 ntTSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.44
ZNF404Q494X3 SP8-201ENST00000361443 1714 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
ZNF404Q494X3 LY6K-202ENST00000518841 855 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.07■■□□□ 1.44
ZNF404Q494X3 PLSCR3-209ENST00000574401 2032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
ZNF404Q494X3 SIGMAR1-203ENST00000378892 1743 ntTSL 2 BASIC24.05■■□□□ 1.44
ZNF404Q494X3 HOXB3-207ENST00000472863 1909 ntTSL 2 BASIC24.05■■□□□ 1.44
ZNF404Q494X3 CD151-202ENST00000397420 1648 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
ZNF404Q494X3 AP001107.7-201ENST00000533287 272 ntTSL 2 BASIC24.04■■□□□ 1.44
ZNF404Q494X3 JAG2-201ENST00000331782 5835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
ZNF404Q494X3 LTB4R2-204ENST00000533293 1515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
ZNF404Q494X3 KIAA1456-206ENST00000528753 2392 ntTSL 2 BASIC24.03■■□□□ 1.44
ZNF404Q494X3 WHRN-203ENST00000374057 1718 ntTSL 2 BASIC24.03■■□□□ 1.44
ZNF404Q494X3 ARTN-211ENST00000498139 1303 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
ZNF404Q494X3 FOXG1-201ENST00000313071 4890 ntAPPRIS P1 BASIC24.03■■□□□ 1.44
ZNF404Q494X3 COPS6-201ENST00000303904 1432 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
ZNF404Q494X3 JUND-201ENST00000252818 1863 ntAPPRIS P1 BASIC24.02■■□□□ 1.44
ZNF404Q494X3 AC142086.6-201ENST00000621154 1765 ntBASIC24.01■■□□□ 1.43
ZNF404Q494X3 MFSD12-201ENST00000355415 2124 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
ZNF404Q494X3 HAND2-201ENST00000359562 2780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
ZNF404Q494X3 MBD2-202ENST00000398398 1237 ntTSL 2 BASIC24.01■■□□□ 1.43
ZNF404Q494X3 MBD2-205ENST00000583046 1182 ntTSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 68.2 ms