Protein–RNA interactions for Protein: P28356

HOXD9, Homeobox protein Hox-D9, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 352 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXD9P28356 GNPTAB-202ENST00000392919 760 ntTSL 1 (best) BASIC28.06■■■□□ 2.08
HOXD9P28356 HNRNPLP2-201ENST00000568980 1570 ntBASIC28.06■■■□□ 2.08
HOXD9P28356 TPGS1-201ENST00000359315 1114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.05■■■□□ 2.08
HOXD9P28356 RPS2P35-201ENST00000443417 897 ntBASIC28.05■■■□□ 2.08
HOXD9P28356 AC234582.1-201ENST00000447623 923 ntTSL 5 BASIC28.05■■■□□ 2.08
HOXD9P28356 SEC61G-204ENST00000450622 512 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.05■■■□□ 2.08
HOXD9P28356 ECI1-203ENST00000562238 948 ntTSL 1 (best) BASIC28.04■■■□□ 2.08
HOXD9P28356 HOXB3-207ENST00000472863 1909 ntTSL 2 BASIC28.03■■■□□ 2.08
HOXD9P28356 NRG1-221ENST00000614767 762 ntTSL 5 BASIC28.03■■■□□ 2.08
HOXD9P28356 RNF130-201ENST00000261947 1766 ntTSL 1 (best) BASIC28.02■■■□□ 2.08
HOXD9P28356 AL162393.1-201ENST00000437852 946 ntBASIC28.02■■■□□ 2.08
HOXD9P28356 CCM2-201ENST00000258781 1894 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.02■■■□□ 2.08
HOXD9P28356 CGREF1-202ENST00000312734 1610 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC28.01■■■□□ 2.07
HOXD9P28356 H2AFV-205ENST00000381124 628 ntTSL 3 BASIC28.01■■■□□ 2.07
HOXD9P28356 AC004080.1-201ENST00000523608 757 ntTSL 2 BASIC28.01■■■□□ 2.07
HOXD9P28356 AP006261.1-201ENST00000584783 668 ntBASIC28.01■■■□□ 2.07
HOXD9P28356 EMID1-201ENST00000334018 2173 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28■■■□□ 2.07
HOXD9P28356 DEXI-201ENST00000331808 1561 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.99■■■□□ 2.07
HOXD9P28356 ZFP90-204ENST00000564323 560 ntTSL 4 BASIC27.98■■■□□ 2.07
HOXD9P28356 ZFP90-219ENST00000611381 695 ntTSL 1 (best) BASIC27.98■■■□□ 2.07
HOXD9P28356 AC105285.1-201ENST00000500914 2036 ntTSL 1 (best) BASIC27.96■■■□□ 2.07
HOXD9P28356 HDAC3-201ENST00000305264 1959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.96■■■□□ 2.07
HOXD9P28356 WSB2-211ENST00000544233 2503 ntTSL 2 BASIC27.95■■■□□ 2.07
HOXD9P28356 MTNR1A-201ENST00000307161 1289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.95■■■□□ 2.06
HOXD9P28356 DENR-202ENST00000455982 1052 ntTSL 5 BASIC27.95■■■□□ 2.06
HOXD9P28356 AC120057.4-201ENST00000624722 1615 ntBASIC27.94■■■□□ 2.06
HOXD9P28356 MIR762-201ENST00000390236 83 ntBASIC27.93■■■□□ 2.06
HOXD9P28356 ACTR3B-202ENST00000377776 1566 ntTSL 1 (best) BASIC27.93■■■□□ 2.06
HOXD9P28356 CHML-205ENST00000638160 705 ntTSL 3 BASIC27.92■■■□□ 2.06
HOXD9P28356 ARL8A-204ENST00000614750 1727 ntTSL 3 BASIC27.92■■■□□ 2.06
HOXD9P28356 MSANTD2-203ENST00000524950 1109 ntTSL 2 BASIC27.9■■■□□ 2.06
HOXD9P28356 SLC2A4RG-201ENST00000266077 1731 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.89■■■□□ 2.06
HOXD9P28356 NIT1-201ENST00000368007 1749 ntTSL 2 BASIC27.89■■■□□ 2.06
HOXD9P28356 TMEM229A-201ENST00000455783 2108 ntAPPRIS P1 BASIC27.89■■■□□ 2.06
HOXD9P28356 RNF150-204ENST00000507500 1530 ntTSL 1 (best) BASIC27.89■■■□□ 2.06
HOXD9P28356 CISD3-204ENST00000613478 2074 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.89■■■□□ 2.06
HOXD9P28356 FAM185A-202ENST00000413034 1179 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC27.89■■■□□ 2.06
HOXD9P28356 BCL7B-201ENST00000223368 1975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.88■■■□□ 2.05
HOXD9P28356 SSU72-201ENST00000291386 1290 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.86■■■□□ 2.05
HOXD9P28356 MIR3665-201ENST00000578708 105 ntBASIC27.86■■■□□ 2.05
HOXD9P28356 AC012629.2-201ENST00000606513 377 ntTSL 5 BASIC27.86■■■□□ 2.05
HOXD9P28356 PGAM5-201ENST00000317555 1182 ntTSL 1 (best) BASIC27.85■■■□□ 2.05
HOXD9P28356 DUX4L28-201ENST00000623687 678 ntBASIC27.85■■■□□ 2.05
HOXD9P28356 GATA6-202ENST00000581694 2057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.83■■■□□ 2.05
HOXD9P28356 AC005559.1-201ENST00000589661 871 ntBASIC27.81■■■□□ 2.04
HOXD9P28356 MISP3-201ENST00000269720 1424 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.81■■■□□ 2.04
HOXD9P28356 MSRB2-201ENST00000376510 1803 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.81■■■□□ 2.04
HOXD9P28356 GFRA4-202ENST00000319242 900 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC27.8■■■□□ 2.04
HOXD9P28356 RCC1L-205ENST00000618035 1409 ntTSL 1 (best) BASIC27.8■■■□□ 2.04
HOXD9P28356 SSBP4-202ENST00000348495 1721 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC27.79■■■□□ 2.04
HOXD9P28356 PPP1R35-201ENST00000292330 1031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.79■■■□□ 2.04
HOXD9P28356 CMC4-202ENST00000369484 1107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.79■■■□□ 2.04
HOXD9P28356 ATRNL1-209ENST00000609571 1818 ntTSL 1 (best) BASIC27.78■■■□□ 2.04
HOXD9P28356 AC008105.3-203ENST00000591365 2238 ntTSL 2 BASIC27.78■■■□□ 2.04
HOXD9P28356 COX4I1-203ENST00000562336 873 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.78■■■□□ 2.04
HOXD9P28356 UBP1-201ENST00000283628 2074 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC27.77■■■□□ 2.04
HOXD9P28356 LMNTD2-201ENST00000329451 2084 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.77■■■□□ 2.04
HOXD9P28356 EMX1-201ENST00000258106 2188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.76■■■□□ 2.03
HOXD9P28356 AC087741.3-201ENST00000624270 1347 ntBASIC27.76■■■□□ 2.03
HOXD9P28356 GSTP1-202ENST00000398606 965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.76■■■□□ 2.03
HOXD9P28356 ABHD17A-201ENST00000250974 1630 ntTSL 1 (best) BASIC27.76■■■□□ 2.03
HOXD9P28356 TRNP1-201ENST00000522111 1958 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.75■■■□□ 2.03
HOXD9P28356 CERS1-201ENST00000429504 2094 ntTSL 1 (best) BASIC27.74■■■□□ 2.03
HOXD9P28356 FAM89B-201ENST00000316409 1409 ntTSL 1 (best) BASIC27.74■■■□□ 2.03
HOXD9P28356 E2F4-201ENST00000379378 2096 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.74■■■□□ 2.03
HOXD9P28356 KHDRBS3-201ENST00000355849 1977 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.73■■■□□ 2.03
HOXD9P28356 ATRAID-201ENST00000380171 1240 ntTSL 1 (best) BASIC27.73■■■□□ 2.03
HOXD9P28356 LANCL3-203ENST00000614025 1469 ntTSL 2 BASIC27.72■■■□□ 2.03
HOXD9P28356 VEGFA-231ENST00000640499 1188 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.72■■■□□ 2.03
HOXD9P28356 ZBTB7A-202ENST00000601588 2083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.69■■■□□ 2.02
HOXD9P28356 DUSP14-206ENST00000617516 1537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.69■■■□□ 2.02
HOXD9P28356 AC092647.5-201ENST00000426595 1732 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.69■■■□□ 2.02
HOXD9P28356 NKIRAS2-202ENST00000316082 833 ntTSL 5 BASIC27.68■■■□□ 2.02
HOXD9P28356 HSD11B1L-209ENST00000577917 1553 ntTSL 1 (best) BASIC27.68■■■□□ 2.02
HOXD9P28356 IFNGR2-201ENST00000290219 2221 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.67■■■□□ 2.02
HOXD9P28356 BHLHE23-201ENST00000370346 1057 ntAPPRIS P1 BASIC27.67■■■□□ 2.02
HOXD9P28356 NMB-202ENST00000394588 1017 ntTSL 1 (best) BASIC27.67■■■□□ 2.02
HOXD9P28356 ZBTB12-201ENST00000375527 1875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.67■■■□□ 2.02
HOXD9P28356 FTCD-202ENST00000397743 1834 ntTSL 1 (best) BASIC27.67■■■□□ 2.02
HOXD9P28356 CRIP1-201ENST00000330233 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.67■■■□□ 2.02
HOXD9P28356 AC009097.4-201ENST00000566738 777 ntTSL 2 BASIC27.66■■■□□ 2.02
HOXD9P28356 TUSC1-201ENST00000358022 2052 ntAPPRIS P1 BASIC27.65■■■□□ 2.02
HOXD9P28356 TFEB-204ENST00000373033 2331 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.65■■■□□ 2.02
HOXD9P28356 KCNQ5-204ENST00000370392 1469 ntTSL 1 (best) BASIC27.64■■■□□ 2.02
HOXD9P28356 AP000911.1-206ENST00000531938 711 ntTSL 3 BASIC27.64■■■□□ 2.02
HOXD9P28356 SLC9A3R2-202ENST00000432365 1564 ntTSL 1 (best) BASIC27.64■■■□□ 2.01
HOXD9P28356 TSEN34-203ENST00000396388 1349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.64■■■□□ 2.01
HOXD9P28356 FAM78B-202ENST00000354422 1475 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.64■■■□□ 2.01
HOXD9P28356 FTCD-203ENST00000397746 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.63■■■□□ 2.01
HOXD9P28356 NRG3-203ENST00000404547 2163 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.61■■■□□ 2.01
HOXD9P28356 AC104109.3-201ENST00000519718 483 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.61■■■□□ 2.01
HOXD9P28356 AC044849.2-201ENST00000606596 710 ntBASIC27.61■■■□□ 2.01
HOXD9P28356 SMIM12-205ENST00000456842 918 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.6■■■□□ 2.01
HOXD9P28356 POU3F1-201ENST00000373012 2184 ntAPPRIS P1 BASIC27.59■■■□□ 2.01
HOXD9P28356 NAA50-207ENST00000493900 962 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC27.59■■■□□ 2.01
HOXD9P28356 RPS2-209ENST00000529806 993 ntTSL 3 BASIC27.59■■■□□ 2.01
HOXD9P28356 CGREF1-204ENST00000402550 1575 ntTSL 2 BASIC27.59■■■□□ 2.01
HOXD9P28356 UBE2L6-201ENST00000287156 1354 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.58■■■□□ 2.01
HOXD9P28356 GLT8D1-201ENST00000266014 1849 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.57■■■□□ 2
HOXD9P28356 MNX1-207ENST00000543409 1620 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.57■■■□□ 2
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 18.6 ms