Protein–RNA interactions for Protein: A8TX70

COL6A5, Collagen alpha-5(VI) chain, humanhuman

Predictions only

Length 2,615 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL6A5A8TX70 VEGFA-208ENST00000417285 1081 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
COL6A5A8TX70 AC016575.1-201ENST00000607026 382 ntBASIC22.12■■□□□ 1.13
COL6A5A8TX70 U2AF1-201ENST00000291552 962 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
COL6A5A8TX70 HDAC11-206ENST00000405025 576 ntTSL 4 BASIC22.12■■□□□ 1.13
COL6A5A8TX70 ABHD17AP3-201ENST00000503096 1137 ntBASIC22.12■■□□□ 1.13
COL6A5A8TX70 U2AF1L5-202ENST00000619610 813 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
COL6A5A8TX70 DUX4L29-201ENST00000425409 679 ntBASIC22.11■■□□□ 1.13
COL6A5A8TX70 DDN-AS1-203ENST00000552284 934 ntTSL 3 BASIC22.11■■□□□ 1.13
COL6A5A8TX70 ARRDC1-201ENST00000371421 1586 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
COL6A5A8TX70 AC116407.1-201ENST00000398832 1599 ntTSL 2 BASIC22.11■■□□□ 1.13
COL6A5A8TX70 TPGS1-201ENST00000359315 1114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
COL6A5A8TX70 NAA50-207ENST00000493900 962 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC22.1■■□□□ 1.13
COL6A5A8TX70 C16orf95-205ENST00000567970 1031 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.1■■□□□ 1.13
COL6A5A8TX70 LTB4R2-204ENST00000533293 1515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
COL6A5A8TX70 ELOC-207ENST00000522337 816 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.1■■□□□ 1.13
COL6A5A8TX70 EIF5A-208ENST00000573542 1089 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.1■■□□□ 1.13
COL6A5A8TX70 NEURL1B-203ENST00000522853 1263 ntTSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
COL6A5A8TX70 CYHR1-209ENST00000530374 1870 ntTSL 3 BASIC22.09■■□□□ 1.13
COL6A5A8TX70 VAX2-201ENST00000234392 1147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
COL6A5A8TX70 VEGFA-207ENST00000413642 1197 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
COL6A5A8TX70 FEZF2-203ENST00000486811 2001 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.08■■□□□ 1.13
COL6A5A8TX70 PPP4R4-202ENST00000328839 876 ntTSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
COL6A5A8TX70 CCDC149-203ENST00000502801 1079 ntTSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
COL6A5A8TX70 UBALD1-203ENST00000587649 707 ntTSL 3 BASIC22.07■■□□□ 1.12
COL6A5A8TX70 PPP1R14B-201ENST00000309318 982 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
COL6A5A8TX70 NME2-205ENST00000512737 826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
COL6A5A8TX70 CR559946.2-201ENST00000623684 991 ntBASIC22.06■■□□□ 1.12
COL6A5A8TX70 MPND-207ENST00000599840 1611 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.05■■□□□ 1.12
COL6A5A8TX70 AGPS-202ENST00000409888 815 ntTSL 4 BASIC22.04■■□□□ 1.12
COL6A5A8TX70 AL139393.1-201ENST00000417479 573 ntTSL 5 BASIC22.04■■□□□ 1.12
COL6A5A8TX70 AP000911.3-201ENST00000526377 1130 ntTSL 3 BASIC22.03■■□□□ 1.12
COL6A5A8TX70 TRIM52-AS1-203ENST00000509252 529 ntTSL 3 BASIC22.03■■□□□ 1.12
COL6A5A8TX70 DCUN1D5-201ENST00000260247 1337 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
COL6A5A8TX70 TSEN34-203ENST00000396388 1349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
COL6A5A8TX70 CLEC3B-202ENST00000428034 752 ntTSL 2 BASIC22.01■■□□□ 1.11
COL6A5A8TX70 RNF166-209ENST00000567844 633 ntTSL 5 BASIC22.01■■□□□ 1.11
COL6A5A8TX70 COMMD3-201ENST00000376836 1342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
COL6A5A8TX70 BCL7B-202ENST00000411832 1458 ntTSL 2 BASIC22■■□□□ 1.11
COL6A5A8TX70 GADD45A-205ENST00000617962 1142 ntTSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
COL6A5A8TX70 RP9P-201ENST00000381639 1303 ntTSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
COL6A5A8TX70 RARRES2P2-201ENST00000394842 485 ntBASIC21.98■■□□□ 1.11
COL6A5A8TX70 AC021231.2-201ENST00000594613 730 ntBASIC21.98■■□□□ 1.11
COL6A5A8TX70 GDI1-215ENST00000630693 786 ntTSL 4 BASIC21.98■■□□□ 1.11
COL6A5A8TX70 HINT2-201ENST00000259667 628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
COL6A5A8TX70 HSD17B1-201ENST00000225929 1265 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.94■■□□□ 1.1
COL6A5A8TX70 P2RX2-203ENST00000350048 1344 ntTSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
COL6A5A8TX70 BRF1-213ENST00000548421 1452 ntTSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
COL6A5A8TX70 DNLZ-201ENST00000371738 724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.93■■□□□ 1.1
COL6A5A8TX70 MISP3-201ENST00000269720 1424 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.93■■□□□ 1.1
COL6A5A8TX70 GIPC1-202ENST00000393028 1483 ntTSL 3 BASIC21.93■■□□□ 1.1
COL6A5A8TX70 PARD6A-201ENST00000219255 1248 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
COL6A5A8TX70 GRK2-204ENST00000526285 1458 ntTSL 5 BASIC21.92■■□□□ 1.1
COL6A5A8TX70 INPP5A-202ENST00000368593 1432 ntTSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
COL6A5A8TX70 MFAP2-202ENST00000375535 1260 ntTSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
COL6A5A8TX70 MRPL51-201ENST00000229238 1234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
COL6A5A8TX70 PIGX-201ENST00000296333 953 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.89■■□□□ 1.09
COL6A5A8TX70 VEGFA-231ENST00000640499 1188 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.09
COL6A5A8TX70 ING2-201ENST00000302327 1189 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.09
COL6A5A8TX70 MAPK1-202ENST00000398822 1487 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
COL6A5A8TX70 PSMG4-202ENST00000380305 489 ntTSL 5 BASIC21.88■■□□□ 1.09
COL6A5A8TX70 ABHD17AP5-201ENST00000580133 923 ntBASIC21.87■■□□□ 1.09
COL6A5A8TX70 AURKAIP1-203ENST00000338370 1072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
COL6A5A8TX70 MAD2L2-205ENST00000376669 864 ntTSL 3 BASIC21.85■■□□□ 1.09
COL6A5A8TX70 DTNBP1-212ENST00000622898 1305 ntTSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
COL6A5A8TX70 RPS2-209ENST00000529806 993 ntTSL 3 BASIC21.83■■□□□ 1.08
COL6A5A8TX70 STARD10-220ENST00000545082 1085 ntTSL 3 BASIC21.83■■□□□ 1.08
COL6A5A8TX70 FAAP20-202ENST00000378546 729 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
COL6A5A8TX70 MAPK3-205ENST00000395202 1008 ntTSL 1 (best) BASIC21.81■■□□□ 1.08
COL6A5A8TX70 SSTR4-201ENST00000255008 1427 ntAPPRIS P1 BASIC21.8■■□□□ 1.08
COL6A5A8TX70 C16orf95-206ENST00000618367 974 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.8■■□□□ 1.08
COL6A5A8TX70 ACOT7-209ENST00000545482 1804 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
COL6A5A8TX70 LINC01971-201ENST00000617888 1048 ntBASIC21.77■■□□□ 1.08
COL6A5A8TX70 DUX4L11-201ENST00000611504 1267 ntBASIC21.77■■□□□ 1.08
COL6A5A8TX70 DUX4L12-201ENST00000614593 1267 ntBASIC21.77■■□□□ 1.08
COL6A5A8TX70 DUX4L14-201ENST00000621227 1267 ntBASIC21.77■■□□□ 1.08
COL6A5A8TX70 H2AFV-204ENST00000350771 687 ntTSL 2 BASIC21.76■■□□□ 1.07
COL6A5A8TX70 GADD45G-201ENST00000252506 1065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
COL6A5A8TX70 MRPL9-201ENST00000368829 882 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.76■■□□□ 1.07
COL6A5A8TX70 AL589765.4-201ENST00000512280 382 ntTSL 3 BASIC21.76■■□□□ 1.07
COL6A5A8TX70 CIB2-204ENST00000557846 934 ntTSL 3 BASIC21.75■■□□□ 1.07
COL6A5A8TX70 AC016595.1-201ENST00000559410 383 ntTSL 3 BASIC21.75■■□□□ 1.07
COL6A5A8TX70 AC005540.1-201ENST00000413911 919 ntTSL 3 BASIC21.75■■□□□ 1.07
COL6A5A8TX70 SRP68-213ENST00000629930 165 ntTSL 5 BASIC21.74■■□□□ 1.07
COL6A5A8TX70 RNF126P1-201ENST00000567452 1320 ntBASIC21.73■■□□□ 1.07
COL6A5A8TX70 GTF3C4-202ENST00000483873 1417 ntTSL 3 BASIC21.72■■□□□ 1.07
COL6A5A8TX70 C1orf232-201ENST00000634842 643 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC21.72■■□□□ 1.07
COL6A5A8TX70 ECI1-207ENST00000570258 1512 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.71■■□□□ 1.07
COL6A5A8TX70 SLC35D2-203ENST00000375259 1361 ntTSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
COL6A5A8TX70 ILK-212ENST00000532063 1617 ntTSL 2 BASIC21.71■■□□□ 1.07
COL6A5A8TX70 MNX1-207ENST00000543409 1620 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
COL6A5A8TX70 SLC22A23-201ENST00000380298 1574 ntTSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.07
COL6A5A8TX70 KMT2E-AS1-201ENST00000453677 736 ntTSL 3 BASIC21.7■■□□□ 1.06
COL6A5A8TX70 SSU72-201ENST00000291386 1290 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.06
COL6A5A8TX70 AC068134.2-201ENST00000437095 576 ntTSL 3 BASIC21.7■■□□□ 1.06
COL6A5A8TX70 TERF2-207ENST00000567296 1129 ntTSL 1 (best) BASIC21.69■■□□□ 1.06
COL6A5A8TX70 HNRNPUL1-221ENST00000617305 1018 ntTSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
COL6A5A8TX70 UBE2A-207ENST00000628549 934 ntTSL 2 BASIC21.68■■□□□ 1.06
COL6A5A8TX70 KCTD17-209ENST00000610767 1502 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC21.68■■□□□ 1.06
COL6A5A8TX70 MXD3-208ENST00000513063 861 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.68■■□□□ 1.06
COL6A5A8TX70 VEGFA-226ENST00000611736 1239 ntTSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 11.6 ms