Protein–RNA interactions for Protein: Q15427

SF3B4, Splicing factor 3B subunit 4, humanhuman

Known RBP eCLIP

Length 424 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SF3B4Q15427 NDRG2-212ENST00000403829 1500 ntTSL 2 BASIC8.87□□□□□ -0.992e-9■■■■■ 43.2
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SF3B4Q15427 TCAM1P-203ENST00000469014 478 ntTSL 222.14■■□□□ 1.131e-9■■■■■ 43.2
SF3B4Q15427 ERF-201ENST00000222329 2698 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.99■□□□□ 0.951e-9■■■■■ 43.2
SF3B4Q15427 UBXN2A-202ENST00000404924 1557 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.38■□□□□ 0.851e-9■■■■■ 43.2
SF3B4Q15427 ECHDC1-203ENST00000368291 1354 ntTSL 2 BASIC20.23■□□□□ 0.831e-9■■■■■ 43.2
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SF3B4Q15427 TMEM189-201ENST00000371650 2222 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.55■□□□□ 0.561e-9■■■■■ 43.2
SF3B4Q15427 TXNRD2-217ENST00000496729 910 ntTSL 418■□□□□ 0.471e-9■■■■■ 43.2
SF3B4Q15427 ERF-202ENST00000440177 2032 ntTSL 2 BASIC17.94■□□□□ 0.461e-9■■■■■ 43.2
SF3B4Q15427 ATIC-205ENST00000435675 2275 ntTSL 2 BASIC17.7■□□□□ 0.421e-9■■■■■ 43.2
SF3B4Q15427 TMEM189-205ENST00000453505 2028 ntTSL 1 (best)17.62■□□□□ 0.411e-9■■■■■ 43.2
SF3B4Q15427 ATIC-207ENST00000443953 2187 ntTSL 217.51■□□□□ 0.391e-9■■■■■ 43.2
SF3B4Q15427 UBXN2A-201ENST00000309033 6066 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.341e-9■■■■■ 43.2
SF3B4Q15427 CD81-206ENST00000481386 898 ntTSL 217.11■□□□□ 0.331e-9■■■■■ 43.2
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SF3B4Q15427 ATIC-204ENST00000427397 1046 ntTSL 517.02■□□□□ 0.321e-9■■■■■ 43.2
SF3B4Q15427 UBXN2A-203ENST00000446425 2195 ntTSL 1 (best)16.98■□□□□ 0.311e-9■■■■■ 43.2
SF3B4Q15427 NSMAF-213ENST00000522645 582 ntTSL 316.18■□□□□ 0.181e-9■■■■■ 43.2
SF3B4Q15427 ECHDC1-216ENST00000479525 1368 ntTSL 515.71■□□□□ 0.111e-9■■■■■ 43.2
SF3B4Q15427 TMEM189-203ENST00000371656 1973 ntTSL 2 BASIC14.56□□□□□ -0.081e-9■■■■■ 43.2
SF3B4Q15427 ATIC-208ENST00000444305 569 ntTSL 414.31□□□□□ -0.121e-9■■■■■ 43.2
SF3B4Q15427 TMEM123-204ENST00000526676 467 ntTSL 414.2□□□□□ -0.141e-9■■■■■ 43.2
SF3B4Q15427 TMEM123-201ENST00000361236 3321 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.84□□□□□ -0.191e-9■■■■■ 43.2
SF3B4Q15427 TMEM189-202ENST00000371652 7714 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.34□□□□□ -0.271e-9■■■■■ 43.2
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SF3B4Q15427 ECHDC1-220ENST00000528402 1449 ntTSL 1 (best) BASIC12.83□□□□□ -0.361e-9■■■■■ 43.2
SF3B4Q15427 ERF-207ENST00000598965 264 ntTSL 312.83□□□□□ -0.361e-9■■■■■ 43.2
SF3B4Q15427 TMEM123-202ENST00000398136 3579 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC12.41□□□□□ -0.421e-9■■■■■ 43.2
SF3B4Q15427 TMEM123-208ENST00000532161 743 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC12.28□□□□□ -0.441e-9■■■■■ 43.2
SF3B4Q15427 ATIC-201ENST00000236959 2213 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.25□□□□□ -0.451e-9■■■■■ 43.2
SF3B4Q15427 NCBP1-202ENST00000375147 5178 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.14□□□□□ -0.471e-9■■■■■ 43.2
SF3B4Q15427 NOL6-203ENST00000379470 2190 ntTSL 211.62□□□□□ -0.551e-9■■■■■ 43.2
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SF3B4Q15427 UBR4-203ENST00000375225 1533 ntTSL 2 BASIC11.14□□□□□ -0.631e-9■■■■■ 43.2
SF3B4Q15427 ERF-204ENST00000595448 557 ntTSL 1 (best)11.14□□□□□ -0.631e-9■■■■■ 43.2
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SF3B4Q15427 ATIC-202ENST00000413174 695 ntTSL 57.78□□□□□ -1.161e-9■■■■■ 43.2
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SF3B4Q15427 ECHDC1-207ENST00000430841 1009 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC7.3□□□□□ -1.241e-9■■■■■ 43.2
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SF3B4Q15427 ECHDC1-210ENST00000454859 2341 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC6.11□□□□□ -1.431e-9■■■■■ 43.2
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SF3B4Q15427 THUMPD3-AS1-206ENST00000489616 583 ntTSL 214.65□□□□□ -0.061e-31■■■■■ 43.2
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SF3B4Q15427 THUMPD3-AS1-202ENST00000468186 3253 ntTSL 1 (best) BASIC14.28□□□□□ -0.121e-31■■■■■ 43.2
SF3B4Q15427 THUMPD3-AS1-212ENST00000520447 1809 ntTSL 5 BASIC12.99□□□□□ -0.331e-31■■■■■ 43.2
SF3B4Q15427 THUMPD3-AS1-205ENST00000481221 683 ntTSL 3 BASIC7.75□□□□□ -1.171e-31■■■■■ 43.2
SF3B4Q15427 C5-201ENST00000223642 5465 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC5.3□□□□□ -1.569e-11■■■■■ 43.2
SF3B4Q15427 THUMPD3-AS1-217ENST00000522221 979 ntTSL 25.21□□□□□ -1.581e-31■■■■■ 43.2
SF3B4Q15427 THUMPD3-AS1-215ENST00000521609 793 ntTSL 5 BASIC5.12□□□□□ -1.591e-31■■■■■ 43.2
SF3B4Q15427 THUMPD3-AS1-218ENST00000522525 1867 ntTSL 1 (best)5.05□□□□□ -1.61e-31■■■■■ 43.2
SF3B4Q15427 THUMPD3-AS1-210ENST00000519043 1115 ntTSL 3 BASIC4.98□□□□□ -1.611e-31■■■■■ 43.2
SF3B4Q15427 THUMPD3-AS1-214ENST00000521267 851 ntTSL 34.66□□□□□ -1.661e-31■■■■■ 43.2
SF3B4Q15427 THUMPD3-AS1-219ENST00000523354 459 ntTSL 24.59□□□□□ -1.671e-31■■■■■ 43.2
SF3B4Q15427 THUMPD3-AS1-201ENST00000467069 667 ntTSL 54.52□□□□□ -1.691e-31■■■■■ 43.2
SF3B4Q15427 THUMPD3-AS1-207ENST00000494680 544 ntTSL 53.52□□□□□ -1.851e-31■■■■■ 43.2
SF3B4Q15427 THUMPD3-AS1-211ENST00000520396 550 ntTSL 33.49□□□□□ -1.851e-31■■■■■ 43.2
SF3B4Q15427 ZYG11B-202ENST00000545132 2294 ntTSL 2 BASIC19.44■□□□□ 0.71e-12■■■■■ 43.1
SF3B4Q15427 ZYG11B-201ENST00000294353 8093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC7.2□□□□□ -1.261e-12■■■■■ 43.1
SF3B4Q15427 RNU2-30P-201ENST00000516209 141 ntBASIC4.24□□□□□ -1.731e-12■■■■■ 43.1
SF3B4Q15427 MLEC-202ENST00000412616 841 ntTSL 3 BASIC24.13■■□□□ 1.458e-9■■■■■ 43.1
SF3B4Q15427 MLEC-201ENST00000228506 6626 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.83□□□□□ -0.048e-9■■■■■ 43.1
SF3B4Q15427 MLEC-205ENST00000545525 549 ntTSL 27□□□□□ -1.298e-9■■■■■ 43.1
SF3B4Q15427 AMD1-208ENST00000619590 4329 ntTSL 25.73□□□□□ -1.492e-8■■■■■ 43.1
SF3B4Q15427 TACC3-202ENST00000404054 2771 nt14.7□□□□□ -0.068e-10■■■■■ 43.1
SF3B4Q15427 TACC3-207ENST00000470808 947 ntTSL 213.97□□□□□ -0.178e-10■■■■■ 43.1
SF3B4Q15427 GRTP1-203ENST00000375431 1384 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.77■□□□□ 0.64e-7■■■■■ 43.1
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