Protein–RNA interactions for Protein: Q8NE71

ABCF1, ATP-binding cassette sub-family F member 1, humanhuman

Known RBP eCLIP

Length 845 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
ABCF1Q8NE71 CCNY-204ENST00000374706 3940 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC13.61□□□□□ -0.237e-8■■■□□ 16.5
ABCF1Q8NE71 FAM193A-211ENST00000637812 4885 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.34■■□□□ 1.971e-6■■■□□ 16
ABCF1Q8NE71 RNF4-210ENST00000508235 603 ntTSL 322.07■■□□□ 1.121e-6■■■□□ 16
ABCF1Q8NE71 FAM83H-201ENST00000388913 5654 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.15■■□□□ 1.37e-7■■■□□ 15.6
ABCF1Q8NE71 FAM83H-202ENST00000395103 3611 ntTSL 220.31■□□□□ 0.847e-7■■■□□ 15.6
ABCF1Q8NE71 RPL23A-206ENST00000496182 636 ntTSL 3 BASIC21.96■■□□□ 1.118e-9■■■□□ 15.2
ABCF1Q8NE71 RPL23A-204ENST00000422514 1562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.75■□□□□ 0.278e-9■■■□□ 15.2
ABCF1Q8NE71 RPL23A-205ENST00000472628 639 ntTSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.28e-9■■■□□ 15.2
ABCF1Q8NE71 RPL23A-202ENST00000394935 580 ntTSL 314.67□□□□□ -0.068e-9■■■□□ 15.2
ABCF1Q8NE71 RPL23A-203ENST00000394938 688 ntTSL 2 BASIC11.7□□□□□ -0.548e-9■■■□□ 15.2
ABCF1Q8NE71 RPL23A-201ENST00000355731 587 ntTSL 59.13□□□□□ -0.958e-9■■■□□ 15.2
ABCF1Q8NE71 PLEC-202ENST00000345136 14803 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.69□□□□□ -0.063e-6■■■□□ 15.1
ABCF1Q8NE71 PLEC-208ENST00000436759 14787 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.58□□□□□ -0.083e-6■■■□□ 15.1
ABCF1Q8NE71 PLEC-210ENST00000527096 13713 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.99□□□□□ -0.173e-6■■■□□ 15.1
ABCF1Q8NE71 PLEC-201ENST00000322810 15249 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC13.47□□□□□ -0.253e-6■■■□□ 15.1
ABCF1Q8NE71 PLEC-204ENST00000354958 14751 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.25□□□□□ -0.293e-6■■■□□ 15.1
ABCF1Q8NE71 PLEC-205ENST00000356346 14683 ntTSL 1 (best) BASIC13.08□□□□□ -0.323e-6■■■□□ 15.1
ABCF1Q8NE71 PLEC-206ENST00000357649 14689 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.08□□□□□ -0.323e-6■■■□□ 15.1
ABCF1Q8NE71 PLEC-203ENST00000354589 14736 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.05□□□□□ -0.323e-6■■■□□ 15.1
ABCF1Q8NE71 PLEC-207ENST00000398774 14646 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC12.26□□□□□ -0.453e-6■■■□□ 15.1
ABCF1Q8NE71 MTCL1-201ENST00000306329 5718 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.78■■□□□ 1.562e-9■■■□□ 15.1
ABCF1Q8NE71 ARID1A-215ENST00000636958 1388 ntTSL 521.64■■□□□ 1.062e-9■■■□□ 15.1
ABCF1Q8NE71 ARID1A-212ENST00000636219 7058 ntAPPRIS ALT2 TSL 513.4□□□□□ -0.262e-9■■■□□ 15.1
ABCF1Q8NE71 ARID1A-202ENST00000374152 6460 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC11.72□□□□□ -0.532e-9■■■□□ 15.1
ABCF1Q8NE71 ARID1A-209ENST00000615191 3804 ntTSL 5 BASIC11.18□□□□□ -0.622e-9■■■□□ 15.1
ABCF1Q8NE71 HIC2-201ENST00000407464 6798 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.23■□□□□ 0.838e-8■■■□□ 14.7
ABCF1Q8NE71 HIC2-202ENST00000407598 4734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.58■□□□□ 0.578e-8■■■□□ 14.7
ABCF1Q8NE71 HIC2-203ENST00000443632 6940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.228e-8■■■□□ 14.7
ABCF1Q8NE71 ANKRD11-217ENST00000613312 1584 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC31.77■■■□□ 2.684e-6■■■□□ 14.7
ABCF1Q8NE71 ANKRD11-204ENST00000378332 1982 ntTSL 228.99■■■□□ 2.234e-6■■■□□ 14.7
ABCF1Q8NE71 ANKRD11-210ENST00000566858 580 ntTSL 424.45■■□□□ 1.54e-6■■■□□ 14.7
ABCF1Q8NE71 EWSR1-208ENST00000414183 2189 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC24.15■■□□□ 1.464e-6■■■□□ 14.7
ABCF1Q8NE71 EWSR1-202ENST00000332035 1989 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.07■■□□□ 1.444e-6■■■□□ 14.7
ABCF1Q8NE71 EWSR1-207ENST00000406548 2207 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.284e-6■■■□□ 14.7
ABCF1Q8NE71 ANKRD11-212ENST00000567699 412 ntTSL 522.92■■□□□ 1.264e-6■■■□□ 14.7
ABCF1Q8NE71 EWSR1-203ENST00000332050 2552 ntTSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.144e-6■■■□□ 14.7
ABCF1Q8NE71 ANKRD11-208ENST00000563291 593 ntTSL 5 BASIC21.56■■□□□ 1.044e-6■■■□□ 14.7
ABCF1Q8NE71 EWSR1-201ENST00000331029 2267 ntTSL 5 BASIC21.38■■□□□ 1.014e-6■■■□□ 14.7
ABCF1Q8NE71 EWSR1-204ENST00000333395 1265 ntTSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 14e-6■■■□□ 14.7
ABCF1Q8NE71 EWSR1-206ENST00000397938 2654 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.04■□□□□ 0.964e-6■■■□□ 14.7
ABCF1Q8NE71 EWSR1-222ENST00000629659 2446 ntTSL 5 BASIC20.85■□□□□ 0.934e-6■■■□□ 14.7
ABCF1Q8NE71 ANKRD11-209ENST00000564553 471 ntTSL 320.31■□□□□ 0.844e-6■■■□□ 14.7
ABCF1Q8NE71 ANKRD11-216ENST00000568924 587 ntTSL 420.22■□□□□ 0.834e-6■■■□□ 14.7
ABCF1Q8NE71 ANKRD11-213ENST00000567736 2750 ntTSL 219.22■□□□□ 0.674e-6■■■□□ 14.7
ABCF1Q8NE71 TONSL-202ENST00000497613 6607 ntTSL 218.74■□□□□ 0.594e-6■■■□□ 14.7
ABCF1Q8NE71 ANKRD11-207ENST00000562816 573 ntTSL 417.67■□□□□ 0.424e-6■■■□□ 14.7
ABCF1Q8NE71 ANKRD11-206ENST00000562275 2762 ntTSL 517.44■□□□□ 0.384e-6■■■□□ 14.7
ABCF1Q8NE71 TONSL-201ENST00000409379 4502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.43■□□□□ 0.384e-6■■■□□ 14.7
ABCF1Q8NE71 ANKRD11-203ENST00000378330 9132 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.64■□□□□ 0.254e-6■■■□□ 14.7
ABCF1Q8NE71 ANKRD11-202ENST00000330736 8342 ntTSL 516.59■□□□□ 0.254e-6■■■□□ 14.7
ABCF1Q8NE71 ANKRD11-201ENST00000301030 9301 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.39■□□□□ 0.214e-6■■■□□ 14.7
ABCF1Q8NE71 EWSR1-217ENST00000483415 3231 ntTSL 1 (best)15.12■□□□□ 0.014e-6■■■□□ 14.7
ABCF1Q8NE71 EWSR1-216ENST00000479135 7285 ntTSL 1 (best)13.8□□□□□ -0.24e-6■■■□□ 14.7
ABCF1Q8NE71 RPL7A-205ENST00000468019 941 ntTSL 219.92■□□□□ 0.781e-62■■■□□ 14.6
ABCF1Q8NE71 RPL7A-207ENST00000489392 966 ntTSL 515.48■□□□□ 0.071e-62■■■□□ 14.6
ABCF1Q8NE71 RPL7A-201ENST00000315731 680 ntTSL 2 BASIC12□□□□□ -0.491e-62■■■□□ 14.6
ABCF1Q8NE71 RPL7A-202ENST00000323345 891 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.25□□□□□ -0.771e-62■■■□□ 14.6
ABCF1Q8NE71 RPL7A-204ENST00000463740 1164 ntTSL 59.95□□□□□ -0.821e-62■■■□□ 14.6
ABCF1Q8NE71 RPL7A-208ENST00000492798 374 ntTSL 1 (best)9.94□□□□□ -0.821e-62■■■□□ 14.6
ABCF1Q8NE71 SNORD36C-201ENST00000516733 66 ntBASIC1.85□□□□□ -2.111e-62■■■□□ 14.6
ABCF1Q8NE71 AGRN-205ENST00000469403 899 ntTSL 338.33■■■■□ 3.732e-10■■■□□ 14.6
ABCF1Q8NE71 CNOT3-203ENST00000440571 1125 ntTSL 533.21■■■□□ 2.913e-6■■□□□ 14.2
ABCF1Q8NE71 SPPL2B-211ENST00000614794 1559 ntTSL 1 (best) BASIC32.29■■■□□ 2.763e-6■■□□□ 14.2
ABCF1Q8NE71 PIEZO1-209ENST00000490756 446 ntTSL 331.19■■■□□ 2.583e-6■■□□□ 14.2
ABCF1Q8NE71 GOLGA2-208ENST00000486411 591 ntTSL 328.95■■■□□ 2.223e-6■■□□□ 14.2
ABCF1Q8NE71 SPPL2B-212ENST00000618220 2459 ntTSL 1 (best) BASIC26.98■■□□□ 1.913e-6■■□□□ 14.2
ABCF1Q8NE71 SPPL2B-210ENST00000614784 1411 ntTSL 1 (best)26.6■■□□□ 1.853e-6■■□□□ 14.2
ABCF1Q8NE71 SPPL2B-214ENST00000622308 749 ntTSL 1 (best)26.54■■□□□ 1.843e-6■■□□□ 14.2
ABCF1Q8NE71 SPPL2B-213ENST00000621568 1017 ntTSL 526.36■■□□□ 1.813e-6■■□□□ 14.2
ABCF1Q8NE71 SPPL2B-208ENST00000612623 495 ntTSL 525.38■■□□□ 1.653e-6■■□□□ 14.2
ABCF1Q8NE71 GOLGA2-213ENST00000610329 2212 ntTSL 2 BASIC22.35■■□□□ 1.173e-6■■□□□ 14.2
ABCF1Q8NE71 DAZAP1-209ENST00000590419 508 ntTSL 322.05■■□□□ 1.123e-6■■□□□ 14.2
ABCF1Q8NE71 CNOT3-208ENST00000613073 2778 ntTSL 221.42■■□□□ 1.023e-6■■□□□ 14.2
ABCF1Q8NE71 SPPL2B-207ENST00000610743 2583 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.6■□□□□ 0.893e-6■■□□□ 14.2
ABCF1Q8NE71 GOLGA2-204ENST00000461031 475 ntTSL 320.23■□□□□ 0.833e-6■■□□□ 14.2
ABCF1Q8NE71 CNOT3-204ENST00000447684 2765 ntTSL 2 BASIC19.23■□□□□ 0.673e-6■■□□□ 14.2
ABCF1Q8NE71 HCFC1-201ENST00000310441 8869 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.93■□□□□ 0.623e-6■■□□□ 14.2
ABCF1Q8NE71 CNOT3-201ENST00000221232 2852 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.543e-6■■□□□ 14.2
ABCF1Q8NE71 GOLGA2-212ENST00000609374 2973 ntTSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.523e-6■■□□□ 14.2
ABCF1Q8NE71 ANK1-201ENST00000265709 6379 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.483e-6■■□□□ 14.2
ABCF1Q8NE71 ANK1-202ENST00000289734 8297 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.38■□□□□ 0.373e-6■■□□□ 14.2
ABCF1Q8NE71 CNOT3-210ENST00000618939 4516 ntTSL 517.27■□□□□ 0.353e-6■■□□□ 14.2
ABCF1Q8NE71 ANK1-205ENST00000347528 8237 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.06■□□□□ 0.323e-6■■□□□ 14.2
ABCF1Q8NE71 SPPL2B-209ENST00000613503 3456 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.75■□□□□ 0.273e-6■■□□□ 14.2
ABCF1Q8NE71 HCFC1-202ENST00000369984 8375 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.2■□□□□ 0.023e-6■■□□□ 14.2
ABCF1Q8NE71 GOLGA2-214ENST00000611957 4259 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.18□□□□□ -0.143e-6■■□□□ 14.2
ABCF1Q8NE71 RABGGTB-201ENST00000319942 1496 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.91□□□□□ -0.183e-6■■□□□ 14.2
ABCF1Q8NE71 CNOT3-202ENST00000358389 4118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.66□□□□□ -0.223e-6■■□□□ 14.2
ABCF1Q8NE71 GOLGA2-201ENST00000421699 4260 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.66□□□□□ -0.223e-6■■□□□ 14.2
ABCF1Q8NE71 ANK1-213ENST00000524069 729 ntTSL 312.81□□□□□ -0.363e-6■■□□□ 14.2
ABCF1Q8NE71 ANK1-209ENST00000520299 3587 ntTSL 211.85□□□□□ -0.513e-6■■□□□ 14.2
ABCF1Q8NE71 ANK1-214ENST00000524227 3825 ntTSL 1 (best)11.7□□□□□ -0.543e-6■■□□□ 14.2
ABCF1Q8NE71 RABGGTB-214ENST00000497648 1319 ntTSL 211.22□□□□□ -0.613e-6■■□□□ 14.2
ABCF1Q8NE71 RABGGTB-212ENST00000491266 961 ntTSL 38.65□□□□□ -1.023e-6■■□□□ 14.2
ABCF1Q8NE71 RABGGTB-208ENST00000471759 2137 ntTSL 28.07□□□□□ -1.123e-6■■□□□ 14.2
ABCF1Q8NE71 RABGGTB-209ENST00000473406 721 ntTSL 57.39□□□□□ -1.233e-6■■□□□ 14.2
ABCF1Q8NE71 RABGGTB-205ENST00000462042 569 ntTSL 37.36□□□□□ -1.233e-6■■□□□ 14.2
ABCF1Q8NE71 RABGGTB-213ENST00000496055 3863 ntTSL 26.31□□□□□ -1.43e-6■■□□□ 14.2
ABCF1Q8NE71 RABGGTB-207ENST00000470201 848 ntTSL 35.94□□□□□ -1.463e-6■■□□□ 14.2
ABCF1Q8NE71 RABGGTB-204ENST00000461653 1702 ntTSL 55.71□□□□□ -1.493e-6■■□□□ 14.2
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