RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000491266.5

RABGGTB-212, Transcript of Rab geranylgeranyltransferase subunit beta, human

TSL 3

Gene RABGGTB, Length 961 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Cytosol, Nucleus .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
RABGGTB-212	ENST00000491266	AEBP2	Q6ZN18	517 aa	Predicted RBP	22.07	■■□□□ 1.12
RABGGTB-212	ENST00000491266	CHIC1	Q5VXU3	224 aa		21.84	■■□□□ 1.09
RABGGTB-212	ENST00000491266	PHF23	Q9BUL5	403 aa	Predicted RBP	19.26	■□□□□ 0.67
RABGGTB-212	ENST00000491266	SENP3	Q9H4L4	574 aa	Predicted RBP	18.64	■□□□□ 0.57
RABGGTB-212	ENST00000491266	PLPPR3	Q6T4P5	718 aa		17.83	■□□□□ 0.44
RABGGTB-212	ENST00000491266	FOXD1	Q16676	465 aa		17.28	■□□□□ 0.36
RABGGTB-212	ENST00000491266	PPP6R1	Q9UPN7	881 aa		16.87	■□□□□ 0.29
RABGGTB-212	ENST00000491266	ADRA2B	P18089	450 aa		16.83	■□□□□ 0.28
RABGGTB-212	ENST00000491266	PIAS4	Q8N2W9	510 aa	Predicted RBP	16.31	■□□□□ 0.2
RABGGTB-212	ENST00000491266	MSH5	O43196	834 aa		15.8	■□□□□ 0.12
RABGGTB-212	ENST00000491266	PPP4R3CP	Q6ZMV5	832 aa		15.75	■□□□□ 0.11
RABGGTB-212	ENST00000491266	KCNA4	P22459	653 aa		15.72	■□□□□ 0.11
RABGGTB-212	ENST00000491266	POTED	Q86YR6	584 aa		15.43	■□□□□ 0.06
RABGGTB-212	ENST00000491266	NCBP3	Q53F19	620 aa	Known RBP	15.39	■□□□□ 0.05
RABGGTB-212	ENST00000491266	SCAF1	Q9H7N4	1312 aa	Known RBP	15.37	■□□□□ 0.05
RABGGTB-212	ENST00000491266	CNKSR2	Q8WXI2	1034 aa		15.26	■□□□□ 0.03
RABGGTB-212	ENST00000491266	NPM3	O75607	178 aa	Known RBP	15.21	■□□□□ 0.03
RABGGTB-212	ENST00000491266	MAPK8IP2	Q13387	824 aa	Predicted RBP	15.17	■□□□□ 0.02
RABGGTB-212	ENST00000491266	SLC4A1AP	Q9BWU0	796 aa	Known RBP	14.99	□□□□□ -0.01
RABGGTB-212	ENST00000491266	DMRT2	Q9Y5R5	561 aa		14.95	□□□□□ -0.02
RABGGTB-212	ENST00000491266	RNF216	Q9NWF9	866 aa	Predicted RBP	14.89	□□□□□ -0.03
RABGGTB-212	ENST00000491266	DNAJC5B	Q9UF47	199 aa		14.88	□□□□□ -0.03
RABGGTB-212	ENST00000491266	EHMT2	Q96KQ7	1210 aa		14.84	□□□□□ -0.03
RABGGTB-212	ENST00000491266	HOXD11	P31277	338 aa	Predicted RBP	14.79	□□□□□ -0.04
RABGGTB-212	ENST00000491266	CSRNP3	Q8WYN3	585 aa		14.65	□□□□□ -0.06
RABGGTB-212	ENST00000491266	ZBTB22	O15209	634 aa		14.51	□□□□□ -0.09
RABGGTB-212	ENST00000491266	FOXD4L1	Q9NU39	408 aa		14.39	□□□□□ -0.11
RABGGTB-212	ENST00000491266	NISCH	Q9Y2I1	1504 aa		14.37	□□□□□ -0.11
RABGGTB-212	ENST00000491266	SLC4A2	P04920	1241 aa		14.32	□□□□□ -0.12
RABGGTB-212	ENST00000491266	DCAF8L1	A6NGE4	600 aa		14.12	□□□□□ -0.15
RABGGTB-212	ENST00000491266	MYCN	P04198	464 aa	Predicted RBP	14.04	□□□□□ -0.16
RABGGTB-212	ENST00000491266	GRWD1	Q9BQ67	446 aa	Known RBP eCLIP	13.97	□□□□□ -0.17	3e-7	■■□□□ 13.1
RABGGTB-212	ENST00000491266	ATXN8OS	P0DMR3	200 aa		13.9	□□□□□ -0.18
RABGGTB-212	ENST00000491266		U3KPZ7	1027 aa	Predicted RBP	13.87	□□□□□ -0.19
RABGGTB-212	ENST00000491266	HNRNPUL2-BSCL2	H3BQZ7	746 aa	Predicted RBP	13.74	□□□□□ -0.21
RABGGTB-212	ENST00000491266	HNRNPUL2	Q1KMD3	747 aa	Known RBP	13.74	□□□□□ -0.21
RABGGTB-212	ENST00000491266	SAMD1	Q6SPF0	538 aa	Predicted RBP	13.72	□□□□□ -0.21
RABGGTB-212	ENST00000491266	ATF5	Q9Y2D1	282 aa	Predicted RBP	13.65	□□□□□ -0.22
RABGGTB-212	ENST00000491266	CACNB1	Q02641	598 aa	Predicted RBP	13.6	□□□□□ -0.23
RABGGTB-212	ENST00000491266	RNF39	Q9H2S5	420 aa		13.59	□□□□□ -0.23
RABGGTB-212	ENST00000491266	APLP2	Q06481	763 aa		13.52	□□□□□ -0.25
RABGGTB-212	ENST00000491266	C1QBP	Q07021	282 aa	Known RBP	13.43	□□□□□ -0.26
RABGGTB-212	ENST00000491266	ZNF219	Q9P2Y4	722 aa	Predicted RBP	13.38	□□□□□ -0.27
RABGGTB-212	ENST00000491266	SPINK5	Q9NQ38	1064 aa	Predicted RBP	13.36	□□□□□ -0.27
RABGGTB-212	ENST00000491266	CAPN15	O75808	1086 aa		13.23	□□□□□ -0.29
RABGGTB-212	ENST00000491266	TRH	P20396	242 aa	Predicted RBP	13.23	□□□□□ -0.29
RABGGTB-212	ENST00000491266	FKBP8	Q14318	412 aa		13.16	□□□□□ -0.3
RABGGTB-212	ENST00000491266	POLA2	Q14181	598 aa		13.12	□□□□□ -0.31
RABGGTB-212	ENST00000491266	MKRN4P	Q13434	485 aa	Predicted RBP	13.1	□□□□□ -0.31
RABGGTB-212	ENST00000491266	DSG3	P32926	999 aa		13.03	□□□□□ -0.32
RABGGTB-212	ENST00000491266	ABCB7	O75027	752 aa		13.01	□□□□□ -0.33
RABGGTB-212	ENST00000491266	FBLN2	P98095	1184 aa		12.99	□□□□□ -0.33
RABGGTB-212	ENST00000491266	ZBTB12	Q9Y330	459 aa	Predicted RBP	12.95	□□□□□ -0.34
RABGGTB-212	ENST00000491266	SPDYE4	A6NLX3	237 aa		12.88	□□□□□ -0.35
RABGGTB-212	ENST00000491266	PROM2	Q8N271	834 aa		12.85	□□□□□ -0.35
RABGGTB-212	ENST00000491266	OSCAR	Q8IYS5	282 aa		12.67	□□□□□ -0.38
RABGGTB-212	ENST00000491266	SPDYE2B	A6NHP3	402 aa		12.65	□□□□□ -0.38
RABGGTB-212	ENST00000491266	SPDYE6	P0CI01	402 aa		12.65	□□□□□ -0.38
RABGGTB-212	ENST00000491266	SPDYE2	Q495Y8	402 aa		12.65	□□□□□ -0.38
RABGGTB-212	ENST00000491266	SSUH2	Q9Y2M2	353 aa		12.63	□□□□□ -0.39
RABGGTB-212	ENST00000491266	FBXO3	Q9UK99	471 aa		12.62	□□□□□ -0.39
RABGGTB-212	ENST00000491266	ZNF692	Q9BU19	519 aa	Predicted RBP	12.59	□□□□□ -0.39
RABGGTB-212	ENST00000491266	AMER1	Q5JTC6	1135 aa	Predicted RBP	12.55	□□□□□ -0.4
RABGGTB-212	ENST00000491266	RTN4	Q9NQC3	1192 aa	Known RBP	12.51	□□□□□ -0.41
RABGGTB-212	ENST00000491266	CCDC180	Q9P1Z9	1646 aa		12.49	□□□□□ -0.41
RABGGTB-212	ENST00000491266	VASP	P50552	380 aa	Predicted RBP	12.47	□□□□□ -0.41
RABGGTB-212	ENST00000491266	PABPN1	Q86U42	306 aa	Known RBP eCLIP	12.44	□□□□□ -0.42
RABGGTB-212	ENST00000491266	RBM42	Q9BTD8	480 aa	Known RBP	12.37	□□□□□ -0.43
RABGGTB-212	ENST00000491266	STAG3	Q9UJ98	1225 aa		12.36	□□□□□ -0.43
RABGGTB-212	ENST00000491266	IFNLR1	Q8IU57	520 aa	Predicted RBP	12.33	□□□□□ -0.44
RABGGTB-212	ENST00000491266	AKT1S1	Q96B36	256 aa		12.31	□□□□□ -0.44
RABGGTB-212	ENST00000491266	SPDYE1	Q8NFV5	336 aa	Predicted RBP	12.18	□□□□□ -0.46
RABGGTB-212	ENST00000491266	REM2	Q8IYK8	340 aa	Predicted RBP	12.17	□□□□□ -0.46
RABGGTB-212	ENST00000491266	PLCD3	Q8N3E9	789 aa		12.14	□□□□□ -0.47
RABGGTB-212	ENST00000491266	MIER1	Q8N108	512 aa		12.13	□□□□□ -0.47
RABGGTB-212	ENST00000491266	ABCC9	O60706	1549 aa		12.11	□□□□□ -0.47
RABGGTB-212	ENST00000491266	POTEH	Q6S545	545 aa		12.1	□□□□□ -0.47
RABGGTB-212	ENST00000491266	SPOCK2	Q92563	424 aa		12.1	□□□□□ -0.47
RABGGTB-212	ENST00000491266	KLHL34	Q8N239	644 aa		12.08	□□□□□ -0.48
RABGGTB-212	ENST00000491266	PKD2	Q13563	968 aa		12.05	□□□□□ -0.48
RABGGTB-212	ENST00000491266	ZCCHC6	Q5VYS8	1495 aa	Known RBP	12.04	□□□□□ -0.48
RABGGTB-212	ENST00000491266	PITPNM1	O00562	1244 aa		12.04	□□□□□ -0.48
RABGGTB-212	ENST00000491266	ZBTB47	Q9UFB7	747 aa	Predicted RBP	12.03	□□□□□ -0.48
RABGGTB-212	ENST00000491266	CLEC11A	Q9Y240	323 aa		12.03	□□□□□ -0.48
RABGGTB-212	ENST00000491266	PLEKHG5	O94827	1062 aa		12.02	□□□□□ -0.49
RABGGTB-212	ENST00000491266	PRR29	P0C7W0	189 aa		12	□□□□□ -0.49
RABGGTB-212	ENST00000491266	CREBZF	Q9NS37	354 aa		12	□□□□□ -0.49
RABGGTB-212	ENST00000491266	MNX1	P50219	401 aa	Predicted RBP	11.96	□□□□□ -0.49
RABGGTB-212	ENST00000491266	NUBP1	P53384	320 aa		11.9	□□□□□ -0.5
RABGGTB-212	ENST00000491266	DCAF8L2	P0C7V8	631 aa		11.89	□□□□□ -0.51
RABGGTB-212	ENST00000491266	ECM2	O94769	699 aa	Predicted RBP	11.85	□□□□□ -0.51
RABGGTB-212	ENST00000491266	DCAF1	Q9Y4B6	1507 aa		11.85	□□□□□ -0.51
RABGGTB-212	ENST00000491266	TRIM41	Q8WV44	630 aa		11.8	□□□□□ -0.52
RABGGTB-212	ENST00000491266	CIZ1	Q9ULV3	898 aa	Predicted RBP	11.8	□□□□□ -0.52
RABGGTB-212	ENST00000491266	FXR2	P51116	673 aa	Known RBP eCLIP	11.79	□□□□□ -0.52
RABGGTB-212	ENST00000491266	GSE1	Q14687	1217 aa		11.79	□□□□□ -0.52
RABGGTB-212	ENST00000491266	CHRDL2	Q6WN34	429 aa		11.79	□□□□□ -0.52
RABGGTB-212	ENST00000491266	MYO15B	Q96JP2	1530 aa		11.77	□□□□□ -0.52
RABGGTB-212	ENST00000491266	SLC24A1	O60721	1099 aa		11.77	□□□□□ -0.53
RABGGTB-212	ENST00000491266	RGL2	O15211	777 aa		11.76	□□□□□ -0.53

Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 52 ms