Protein–RNA interactions for Protein: Q3LFD5

USP41, Putative ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 41, humanhuman

Predictions only

Length 358 aa.

Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP41Q3LFD5 TP53I13-201ENST00000301057 1530 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.96■■■□□ 2.39
USP41Q3LFD5 CDKN2D-202ENST00000393599 1422 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.96■■■□□ 2.39
USP41Q3LFD5 CYP26C1-201ENST00000285949 1569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.95■■■□□ 2.39
USP41Q3LFD5 B4GALT7-201ENST00000029410 1747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.95■■■□□ 2.38
USP41Q3LFD5 S100A10-202ENST00000368811 1202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.94■■■□□ 2.38
USP41Q3LFD5 AL109917.1-201ENST00000412228 906 ntTSL 2 BASIC29.93■■■□□ 2.38
USP41Q3LFD5 CGGBP1-206ENST00000482016 1147 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.93■■■□□ 2.38
USP41Q3LFD5 CAHM-201ENST00000604200 896 ntBASIC29.93■■■□□ 2.38
USP41Q3LFD5 PARD6A-202ENST00000458121 1260 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC29.92■■■□□ 2.38
USP41Q3LFD5 SFRP5-201ENST00000266066 1836 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.91■■■□□ 2.38
USP41Q3LFD5 PCBD2-201ENST00000254908 1223 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.9■■■□□ 2.38
USP41Q3LFD5 AL133380.1-201ENST00000506013 324 ntBASIC29.9■■■□□ 2.38
USP41Q3LFD5 MAPK3-201ENST00000263025 1861 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.89■■■□□ 2.38
USP41Q3LFD5 ANKS1B-202ENST00000333732 1675 ntTSL 2 BASIC29.89■■■□□ 2.38
USP41Q3LFD5 GRK2-204ENST00000526285 1458 ntTSL 5 BASIC29.89■■■□□ 2.38
USP41Q3LFD5 KCTD17-209ENST00000610767 1502 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC29.87■■■□□ 2.37
USP41Q3LFD5 ADRA2C-201ENST00000330055 2129 ntAPPRIS P1 BASIC29.87■■■□□ 2.37
USP41Q3LFD5 NFKBIA-209ENST00000557389 1537 ntTSL 2 BASIC29.86■■■□□ 2.37
USP41Q3LFD5 FGF3-201ENST00000334134 892 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.84■■■□□ 2.37
USP41Q3LFD5 INO80B-WBP1-202ENST00000452361 2040 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC29.83■■■□□ 2.37
USP41Q3LFD5 AKR1E2-201ENST00000298375 1566 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.83■■■□□ 2.37
USP41Q3LFD5 AL391121.1-201ENST00000607967 1349 ntBASIC29.83■■■□□ 2.37
USP41Q3LFD5 RPS2P35-201ENST00000443417 897 ntBASIC29.82■■■□□ 2.36
USP41Q3LFD5 CMAS-201ENST00000229329 1787 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.81■■■□□ 2.36
USP41Q3LFD5 LYNX1-208ENST00000615007 1293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.8■■■□□ 2.36
USP41Q3LFD5 PSMG4-205ENST00000419065 629 ntTSL 2 BASIC29.79■■■□□ 2.36
USP41Q3LFD5 DUSP15-202ENST00000339738 1454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.78■■■□□ 2.36
USP41Q3LFD5 FAAP20-204ENST00000400919 1413 ntTSL 3 BASIC29.75■■■□□ 2.35
USP41Q3LFD5 ANXA5-201ENST00000296511 1762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.75■■■□□ 2.35
USP41Q3LFD5 GIPC1-201ENST00000345425 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.72■■■□□ 2.35
USP41Q3LFD5 KIAA2013-203ENST00000616327 2170 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.72■■■□□ 2.35
USP41Q3LFD5 C1orf122-204ENST00000468084 1234 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC29.71■■■□□ 2.35
USP41Q3LFD5 GSC2-201ENST00000086933 1033 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.71■■■□□ 2.35
USP41Q3LFD5 CHCHD4-201ENST00000295767 1603 ntTSL 2 BASIC29.69■■■□□ 2.34
USP41Q3LFD5 CSNK1E-205ENST00000405675 2127 ntTSL 5 BASIC29.68■■■□□ 2.34
USP41Q3LFD5 SIGMAR1-205ENST00000477726 840 ntTSL 1 (best) BASIC29.68■■■□□ 2.34
USP41Q3LFD5 CCNYL1-205ENST00000420822 952 ntTSL 1 (best) BASIC29.65■■■□□ 2.34
USP41Q3LFD5 EBPL-202ENST00000378268 680 ntTSL 3 BASIC29.64■■■□□ 2.34
USP41Q3LFD5 AP006261.1-201ENST00000584783 668 ntBASIC29.64■■■□□ 2.34
USP41Q3LFD5 MPST-201ENST00000341116 1504 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.64■■■□□ 2.34
USP41Q3LFD5 GRASP-206ENST00000552049 1688 ntTSL 1 (best) BASIC29.63■■■□□ 2.33
USP41Q3LFD5 MAPK4-202ENST00000540640 1576 ntTSL 2 BASIC29.62■■■□□ 2.33
USP41Q3LFD5 AL162393.1-201ENST00000437852 946 ntBASIC29.61■■■□□ 2.33
USP41Q3LFD5 SEC61G-204ENST00000450622 512 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.6■■■□□ 2.33
USP41Q3LFD5 SLC22A23-201ENST00000380298 1574 ntTSL 1 (best) BASIC29.59■■■□□ 2.33
USP41Q3LFD5 HNRNPLP2-201ENST00000568980 1570 ntBASIC29.58■■■□□ 2.33
USP41Q3LFD5 AC243773.2-204ENST00000621428 1462 ntTSL 1 (best) BASIC29.58■■■□□ 2.33
USP41Q3LFD5 AC004080.1-201ENST00000523608 757 ntTSL 2 BASIC29.57■■■□□ 2.32
USP41Q3LFD5 NRG1-221ENST00000614767 762 ntTSL 5 BASIC29.57■■■□□ 2.32
USP41Q3LFD5 SLC25A10-203ENST00000545862 1911 ntTSL 1 (best) BASIC29.53■■■□□ 2.32
USP41Q3LFD5 GNPTAB-202ENST00000392919 760 ntTSL 1 (best) BASIC29.52■■■□□ 2.32
USP41Q3LFD5 ZFP90-204ENST00000564323 560 ntTSL 4 BASIC29.52■■■□□ 2.32
USP41Q3LFD5 ZFP90-219ENST00000611381 695 ntTSL 1 (best) BASIC29.52■■■□□ 2.32
USP41Q3LFD5 MTNR1A-201ENST00000307161 1289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.51■■■□□ 2.31
USP41Q3LFD5 H2AFV-205ENST00000381124 628 ntTSL 3 BASIC29.51■■■□□ 2.31
USP41Q3LFD5 COMMD3-201ENST00000376836 1342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.5■■■□□ 2.31
USP41Q3LFD5 ECI1-203ENST00000562238 948 ntTSL 1 (best) BASIC29.5■■■□□ 2.31
USP41Q3LFD5 CMC4-202ENST00000369484 1107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.49■■■□□ 2.31
USP41Q3LFD5 HOXD-AS2-202ENST00000440016 999 ntTSL 5 BASIC29.48■■■□□ 2.31
USP41Q3LFD5 RHOC-208ENST00000369642 1355 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.48■■■□□ 2.31
USP41Q3LFD5 PPP1R35-201ENST00000292330 1031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.47■■■□□ 2.31
USP41Q3LFD5 BHLHE23-201ENST00000370346 1057 ntAPPRIS P1 BASIC29.44■■■□□ 2.3
USP41Q3LFD5 FAM185A-202ENST00000413034 1179 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC29.44■■■□□ 2.3
USP41Q3LFD5 MIR3665-201ENST00000578708 105 ntBASIC29.44■■■□□ 2.3
USP41Q3LFD5 CCM2-218ENST00000541586 1719 ntTSL 3 BASIC29.44■■■□□ 2.3
USP41Q3LFD5 AC234582.1-201ENST00000447623 923 ntTSL 5 BASIC29.43■■■□□ 2.3
USP41Q3LFD5 MSANTD2-203ENST00000524950 1109 ntTSL 2 BASIC29.41■■■□□ 2.3
USP41Q3LFD5 CHML-205ENST00000638160 705 ntTSL 3 BASIC29.38■■■□□ 2.29
USP41Q3LFD5 GPI-201ENST00000356487 2210 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.37■■■□□ 2.29
USP41Q3LFD5 TRAPPC10-202ENST00000380221 1763 ntTSL 1 (best) BASIC29.37■■■□□ 2.29
USP41Q3LFD5 TWIST1-201ENST00000242261 1666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.37■■■□□ 2.29
USP41Q3LFD5 DBP-205ENST00000601104 1489 ntTSL 1 (best) BASIC29.36■■■□□ 2.29
USP41Q3LFD5 TPGS1-201ENST00000359315 1114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.36■■■□□ 2.29
USP41Q3LFD5 PGAM5-201ENST00000317555 1182 ntTSL 1 (best) BASIC29.35■■■□□ 2.29
USP41Q3LFD5 MIR762-201ENST00000390236 83 ntBASIC29.35■■■□□ 2.29
USP41Q3LFD5 FAM89B-201ENST00000316409 1409 ntTSL 1 (best) BASIC29.34■■■□□ 2.29
USP41Q3LFD5 CTDNEP1-210ENST00000574322 1708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.34■■■□□ 2.29
USP41Q3LFD5 JUND-201ENST00000252818 1863 ntAPPRIS P1 BASIC29.34■■■□□ 2.29
USP41Q3LFD5 COX4I1-203ENST00000562336 873 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.33■■■□□ 2.29
USP41Q3LFD5 INPP5A-202ENST00000368593 1432 ntTSL 1 (best) BASIC29.32■■■□□ 2.28
USP41Q3LFD5 DUX4L28-201ENST00000623687 678 ntBASIC29.31■■■□□ 2.28
USP41Q3LFD5 KCNK1-202ENST00000366621 2161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.29■■■□□ 2.28
USP41Q3LFD5 KCTD17-201ENST00000402077 1691 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.29■■■□□ 2.28
USP41Q3LFD5 AC009097.4-201ENST00000566738 777 ntTSL 2 BASIC29.29■■■□□ 2.28
USP41Q3LFD5 WASH5P-204ENST00000632292 975 ntBASIC29.28■■■□□ 2.28
USP41Q3LFD5 IL1R1-201ENST00000409288 1735 ntTSL 5 BASIC29.28■■■□□ 2.28
USP41Q3LFD5 AC087741.3-201ENST00000624270 1347 ntBASIC29.27■■■□□ 2.28
USP41Q3LFD5 IFNGR2-201ENST00000290219 2221 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.27■■■□□ 2.28
USP41Q3LFD5 AC005559.1-201ENST00000589661 871 ntBASIC29.27■■■□□ 2.28
USP41Q3LFD5 ZFAND2B-206ENST00000409336 944 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.26■■■□□ 2.27
USP41Q3LFD5 DENR-202ENST00000455982 1052 ntTSL 5 BASIC29.26■■■□□ 2.27
USP41Q3LFD5 ZFAND2B-221ENST00000621130 1070 ntTSL 5 BASIC29.26■■■□□ 2.27
USP41Q3LFD5 AC012629.2-201ENST00000606513 377 ntTSL 5 BASIC29.24■■■□□ 2.27
USP41Q3LFD5 NPHP3-202ENST00000383282 782 ntTSL 1 (best) BASIC29.23■■■□□ 2.27
USP41Q3LFD5 DPP6-204ENST00000406326 2012 ntTSL 1 (best) BASIC29.23■■■□□ 2.27
USP41Q3LFD5 CACNG6-201ENST00000252729 1853 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.22■■■□□ 2.27
USP41Q3LFD5 AP000911.1-206ENST00000531938 711 ntTSL 3 BASIC29.21■■■□□ 2.27
USP41Q3LFD5 GFRA4-202ENST00000319242 900 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC29.2■■■□□ 2.26
USP41Q3LFD5 GNPTAB-206ENST00000549940 1678 ntTSL 1 (best) BASIC29.18■■■□□ 2.26
USP41Q3LFD5 NKIRAS2-202ENST00000316082 833 ntTSL 5 BASIC29.18■■■□□ 2.26
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 9.3 ms