Protein–RNA interactions for Protein: P18858

LIG1, DNA ligase 1, humanhuman

Predictions only

Length 919 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIG1P18858 AP002365.1-201ENST00000603448 772 ntBASIC31.97■■■□□ 2.71
LIG1P18858 LINC01578-201ENST00000553829 732 ntTSL 2 BASIC31.96■■■□□ 2.71
LIG1P18858 VPS37D-201ENST00000324941 1624 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.96■■■□□ 2.71
LIG1P18858 AC005524.1-203ENST00000586528 451 ntTSL 3 BASIC31.95■■■□□ 2.71
LIG1P18858 NRGN-201ENST00000284292 1306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.94■■■□□ 2.7
LIG1P18858 KCNK3-202ENST00000620977 1956 ntTSL 1 (best) BASIC31.93■■■□□ 2.7
LIG1P18858 RNF215-203ENST00000382363 1992 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC31.9■■■□□ 2.7
LIG1P18858 ADRA2C-202ENST00000509482 1600 ntTSL 3 BASIC31.9■■■□□ 2.7
LIG1P18858 ANGPTL6-204ENST00000592641 1781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.9■■■□□ 2.7
LIG1P18858 LTB4R2-204ENST00000533293 1515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.9■■■□□ 2.7
LIG1P18858 PQLC1-211ENST00000590381 1247 ntTSL 2 BASIC31.89■■■□□ 2.7
LIG1P18858 ATRNL1-209ENST00000609571 1818 ntTSL 1 (best) BASIC31.89■■■□□ 2.69
LIG1P18858 CLEC3B-201ENST00000296130 936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.86■■■□□ 2.69
LIG1P18858 FAM58A-202ENST00000440428 1164 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC31.86■■■□□ 2.69
LIG1P18858 BRF1-221ENST00000619151 1530 ntTSL 5 BASIC31.85■■■□□ 2.69
LIG1P18858 MAF-201ENST00000326043 2646 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC31.85■■■□□ 2.69
LIG1P18858 H2AFV-202ENST00000308153 752 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC31.83■■■□□ 2.69
LIG1P18858 NKX1-1-201ENST00000422806 1236 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC31.83■■■□□ 2.69
LIG1P18858 LRRC10B-201ENST00000378075 2219 ntAPPRIS P1 BASIC31.83■■■□□ 2.69
LIG1P18858 PCSK6-201ENST00000331826 2309 ntTSL 5 BASIC31.82■■■□□ 2.68
LIG1P18858 NRXN1-228ENST00000628364 2444 ntTSL 5 BASIC31.8■■■□□ 2.68
LIG1P18858 DYNLL1-207ENST00000549989 719 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.77■■■□□ 2.68
LIG1P18858 DYNLL1-208ENST00000550178 581 ntBASIC31.77■■■□□ 2.68
LIG1P18858 BCL7B-201ENST00000223368 1975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.76■■■□□ 2.68
LIG1P18858 GATA6-202ENST00000581694 2057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.76■■■□□ 2.67
LIG1P18858 GSTZ1-201ENST00000216465 1338 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC31.75■■■□□ 2.67
LIG1P18858 KHDRBS3-201ENST00000355849 1977 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.74■■■□□ 2.67
LIG1P18858 MBD2-202ENST00000398398 1237 ntTSL 2 BASIC31.74■■■□□ 2.67
LIG1P18858 MBD2-205ENST00000583046 1182 ntTSL 1 (best) BASIC31.74■■■□□ 2.67
LIG1P18858 PHF23-201ENST00000320316 2037 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.74■■■□□ 2.67
LIG1P18858 ACTG1-210ENST00000575842 2256 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.74■■■□□ 2.67
LIG1P18858 AP001107.7-201ENST00000533287 272 ntTSL 2 BASIC31.73■■■□□ 2.67
LIG1P18858 FTCD-203ENST00000397746 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.73■■■□□ 2.67
LIG1P18858 NFKBIA-209ENST00000557389 1537 ntTSL 2 BASIC31.73■■■□□ 2.67
LIG1P18858 ARTN-211ENST00000498139 1303 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC31.73■■■□□ 2.67
LIG1P18858 AGAP3-211ENST00000473312 2039 ntTSL 1 (best) BASIC31.71■■■□□ 2.67
LIG1P18858 CD151-202ENST00000397420 1648 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC31.71■■■□□ 2.67
LIG1P18858 LINC01578-203ENST00000554669 578 ntTSL 5 BASIC31.71■■■□□ 2.67
LIG1P18858 PLPP2-203ENST00000434325 1383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.7■■■□□ 2.67
LIG1P18858 MBOAT7-202ENST00000338624 2076 ntTSL 2 BASIC31.68■■■□□ 2.66
LIG1P18858 CCM2-218ENST00000541586 1719 ntTSL 3 BASIC31.68■■■□□ 2.66
LIG1P18858 LY6K-202ENST00000518841 855 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC31.67■■■□□ 2.66
LIG1P18858 NIT1-201ENST00000368007 1749 ntTSL 2 BASIC31.66■■■□□ 2.66
LIG1P18858 GGA1-204ENST00000381756 2107 ntTSL 1 (best) BASIC31.66■■■□□ 2.66
LIG1P18858 BMP7-202ENST00000395864 1746 ntTSL 5 BASIC31.64■■■□□ 2.66
LIG1P18858 PI4KAP2-202ENST00000450651 2294 ntTSL 5 BASIC31.63■■■□□ 2.65
LIG1P18858 AL355297.4-201ENST00000603191 1249 ntTSL 3 BASIC31.63■■■□□ 2.65
LIG1P18858 ARL8A-204ENST00000614750 1727 ntTSL 3 BASIC31.63■■■□□ 2.65
LIG1P18858 JUND-201ENST00000252818 1863 ntAPPRIS P1 BASIC31.63■■■□□ 2.65
LIG1P18858 ELK4-201ENST00000289703 2118 ntTSL 1 (best) BASIC31.62■■■□□ 2.65
LIG1P18858 SAP30-201ENST00000296504 1108 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.62■■■□□ 2.65
LIG1P18858 HAGHL-204ENST00000549114 1820 ntTSL 5 BASIC31.62■■■□□ 2.65
LIG1P18858 MPST-201ENST00000341116 1504 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC31.59■■■□□ 2.65
LIG1P18858 GIPC1-202ENST00000393028 1483 ntTSL 3 BASIC31.59■■■□□ 2.65
LIG1P18858 MAFA-201ENST00000333480 2347 ntAPPRIS P1 BASIC31.59■■■□□ 2.65
LIG1P18858 MSRB2-201ENST00000376510 1803 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.59■■■□□ 2.65
LIG1P18858 MAP6D1-202ENST00000431348 890 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC31.58■■■□□ 2.65
LIG1P18858 GLTP-201ENST00000318348 2356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.58■■■□□ 2.65
LIG1P18858 SH3GL1-202ENST00000417295 1404 ntTSL 2 BASIC31.58■■■□□ 2.65
LIG1P18858 COPS6-201ENST00000303904 1432 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC31.55■■■□□ 2.64
LIG1P18858 HRH3-201ENST00000317393 1419 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC31.54■■■□□ 2.64
LIG1P18858 AC105285.1-201ENST00000500914 2036 ntTSL 1 (best) BASIC31.54■■■□□ 2.64
LIG1P18858 KLHL35-204ENST00000539798 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.53■■■□□ 2.64
LIG1P18858 CMAS-201ENST00000229329 1787 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.53■■■□□ 2.64
LIG1P18858 SNX24-201ENST00000261369 2158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.53■■■□□ 2.64
LIG1P18858 AC120057.4-201ENST00000624722 1615 ntBASIC31.53■■■□□ 2.64
LIG1P18858 AL031258.1-201ENST00000623562 325 ntBASIC31.5■■■□□ 2.63
LIG1P18858 GNPTAB-206ENST00000549940 1678 ntTSL 1 (best) BASIC31.48■■■□□ 2.63
LIG1P18858 BCL3-201ENST00000164227 2038 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.48■■■□□ 2.63
LIG1P18858 MAPK1-202ENST00000398822 1487 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.47■■■□□ 2.63
LIG1P18858 HOXB3-207ENST00000472863 1909 ntTSL 2 BASIC31.47■■■□□ 2.63
LIG1P18858 MSANTD3-203ENST00000395067 1362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.46■■■□□ 2.63
LIG1P18858 FSD1L-204ENST00000469022 1836 ntTSL 1 (best) BASIC31.45■■■□□ 2.63
LIG1P18858 ZBTB12-201ENST00000375527 1875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.45■■■□□ 2.63
LIG1P18858 FTCD-204ENST00000397748 1955 ntTSL 1 (best) BASIC31.44■■■□□ 2.62
LIG1P18858 PANK2-207ENST00000610179 1807 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC31.44■■■□□ 2.62
LIG1P18858 ESRRA-201ENST00000000442 2215 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC31.42■■■□□ 2.62
LIG1P18858 TMEM268-201ENST00000288502 2314 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC31.42■■■□□ 2.62
LIG1P18858 MEX3D-201ENST00000402693 2850 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC31.42■■■□□ 2.62
LIG1P18858 TRAPPC10-202ENST00000380221 1763 ntTSL 1 (best) BASIC31.41■■■□□ 2.62
LIG1P18858 ABCB10P1-201ENST00000614297 2181 ntBASIC31.41■■■□□ 2.62
LIG1P18858 FBXO2-201ENST00000354287 1560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.39■■■□□ 2.62
LIG1P18858 TNK2-201ENST00000333602 5270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.39■■■□□ 2.62
LIG1P18858 KCTD17-209ENST00000610767 1502 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC31.39■■■□□ 2.61
LIG1P18858 ANAPC11-203ENST00000392376 687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.38■■■□□ 2.61
LIG1P18858 RASSF7-201ENST00000397582 1731 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC31.38■■■□□ 2.61
LIG1P18858 FOXA2-202ENST00000419308 2422 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC31.37■■■□□ 2.61
LIG1P18858 MAPK12-201ENST00000215659 1918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.36■■■□□ 2.61
LIG1P18858 TPRA1-201ENST00000296210 1725 ntTSL 1 (best) BASIC31.35■■■□□ 2.61
LIG1P18858 HMGB1-205ENST00000399494 1282 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC31.34■■■□□ 2.61
LIG1P18858 RRAGC-201ENST00000373001 2732 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.32■■■□□ 2.6
LIG1P18858 HNRNPAB-207ENST00000514633 1571 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC31.31■■■□□ 2.6
LIG1P18858 ANGPTL6-201ENST00000253109 1900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.31■■■□□ 2.6
LIG1P18858 FADS3-201ENST00000278829 1779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.3■■■□□ 2.6
LIG1P18858 TMEM80-202ENST00000397512 1572 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC31.29■■■□□ 2.6
LIG1P18858 CBX4-202ENST00000448310 718 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC31.28■■■□□ 2.6
LIG1P18858 MATK-201ENST00000310132 2133 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC31.28■■■□□ 2.6
LIG1P18858 CPNE1-203ENST00000397442 1695 ntTSL 5 BASIC31.28■■■□□ 2.6
LIG1P18858 PQLC1-202ENST00000357575 2475 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC31.26■■■□□ 2.59
LIG1P18858 LINC01578-204ENST00000554894 556 ntTSL 3 BASIC31.24■■■□□ 2.59
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 41.9 ms