Protein–RNA interactions for Protein: Q8N4P3

HDDC3, Guanosine-3',5'-bis(diphosphate) 3'-pyrophosphohydrolase MESH1, humanhuman

Predictions only

Length 179 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HDDC3Q8N4P3 AC091305.1-201ENST00000479476 895 ntBASIC22.84■■□□□ 1.25
HDDC3Q8N4P3 PAFAH1B2-205ENST00000529887 1056 ntTSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
HDDC3Q8N4P3 NKX2-2-AS1-201ENST00000549659 638 ntTSL 5 BASIC22.84■■□□□ 1.25
HDDC3Q8N4P3 ZNF264-206ENST00000600531 774 ntTSL 2 BASIC22.84■■□□□ 1.25
HDDC3Q8N4P3 BAG1-212ENST00000641048 1038 ntAPPRIS P3 BASIC22.84■■□□□ 1.25
HDDC3Q8N4P3 KIAA1456-206ENST00000528753 2392 ntTSL 2 BASIC22.84■■□□□ 1.25
HDDC3Q8N4P3 ARSB-206ENST00000565165 1772 ntTSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
HDDC3Q8N4P3 EZH2-206ENST00000478654 2522 ntTSL 5 BASIC22.83■■□□□ 1.25
HDDC3Q8N4P3 CAPN10-204ENST00000354082 1999 ntTSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.25
HDDC3Q8N4P3 HNRNPL-201ENST00000221419 2471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.25
HDDC3Q8N4P3 YJEFN3-201ENST00000436027 878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.25
HDDC3Q8N4P3 PRDM13-202ENST00000369215 2429 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.25
HDDC3Q8N4P3 ST6GALNAC6-204ENST00000373144 2406 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.25
HDDC3Q8N4P3 C14orf80-206ENST00000392527 1476 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.25
HDDC3Q8N4P3 HSPBP1-202ENST00000433386 1572 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.25
HDDC3Q8N4P3 RBFOX1-206ENST00000535565 1599 ntTSL 2 BASIC22.83■■□□□ 1.25
HDDC3Q8N4P3 SYNGR3-201ENST00000248121 2051 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.24
HDDC3Q8N4P3 PPP1R14C-201ENST00000361131 2152 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.24
HDDC3Q8N4P3 C17orf82-201ENST00000623772 1530 ntBASIC22.82■■□□□ 1.24
HDDC3Q8N4P3 INPP5J-206ENST00000404453 1613 ntTSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
HDDC3Q8N4P3 USF2-207ENST00000595068 1612 ntTSL 5 BASIC22.82■■□□□ 1.24
HDDC3Q8N4P3 MYBL1-201ENST00000517885 1714 ntTSL 5 BASIC22.82■■□□□ 1.24
HDDC3Q8N4P3 NPAS3-201ENST00000346562 5847 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
HDDC3Q8N4P3 SLC10A4-201ENST00000273861 1790 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
HDDC3Q8N4P3 ADSSL1-201ENST00000330877 1766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
HDDC3Q8N4P3 NANOS2-201ENST00000341294 1657 ntAPPRIS P1 BASIC22.82■■□□□ 1.24
HDDC3Q8N4P3 PPIL6-203ENST00000440797 1693 ntTSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
HDDC3Q8N4P3 B3GALT4-204ENST00000451237 1694 ntAPPRIS P1 BASIC22.82■■□□□ 1.24
HDDC3Q8N4P3 ALDH1A3-203ENST00000557963 1670 ntBASIC22.82■■□□□ 1.24
HDDC3Q8N4P3 FXYD7-201ENST00000270310 712 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
HDDC3Q8N4P3 ACYP2-202ENST00000394666 993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
HDDC3Q8N4P3 SERBP1P1-201ENST00000396021 1160 ntBASIC22.82■■□□□ 1.24
HDDC3Q8N4P3 AC097381.1-201ENST00000429019 1296 ntBASIC22.82■■□□□ 1.24
HDDC3Q8N4P3 AP001330.3-201ENST00000520123 633 ntBASIC22.82■■□□□ 1.24
HDDC3Q8N4P3 SERGEF-219ENST00000532265 1124 ntTSL 2 BASIC22.82■■□□□ 1.24
HDDC3Q8N4P3 LINC01116-201ENST00000295549 1407 ntTSL 2 BASIC22.82■■□□□ 1.24
HDDC3Q8N4P3 PLBD2-202ENST00000545182 2321 ntTSL 2 BASIC22.81■■□□□ 1.24
HDDC3Q8N4P3 BBC3-203ENST00000439096 1838 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
HDDC3Q8N4P3 WDR86-AS1-204ENST00000489632 751 ntTSL 3 BASIC22.81■■□□□ 1.24
HDDC3Q8N4P3 STOX2-205ENST00000513034 807 ntTSL 3 BASIC22.81■■□□□ 1.24
HDDC3Q8N4P3 AC093249.6-202ENST00000568500 1142 ntTSL 2 BASIC22.81■■□□□ 1.24
HDDC3Q8N4P3 FAHD1-203ENST00000427358 1974 ntAPPRIS P1 BASIC22.81■■□□□ 1.24
HDDC3Q8N4P3 CCDC106-205ENST00000588740 1404 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
HDDC3Q8N4P3 MYCL-201ENST00000372815 1944 ntTSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
HDDC3Q8N4P3 SPEF1-201ENST00000379756 1580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
HDDC3Q8N4P3 ANKRD53-201ENST00000272421 2185 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
HDDC3Q8N4P3 GPR150-201ENST00000380007 2065 ntAPPRIS P1 BASIC22.8■■□□□ 1.24
HDDC3Q8N4P3 BIN1-201ENST00000259238 2338 ntTSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
HDDC3Q8N4P3 AL122058.1-201ENST00000412321 1166 ntTSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
HDDC3Q8N4P3 ECEL1-202ENST00000409941 2322 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
HDDC3Q8N4P3 HAS1-205ENST00000601714 2086 ntTSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
HDDC3Q8N4P3 PLPP1-202ENST00000307259 1597 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
HDDC3Q8N4P3 OTUD5-201ENST00000156084 2740 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
HDDC3Q8N4P3 SPTSSA-201ENST00000298130 2777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
HDDC3Q8N4P3 SNRNP70-201ENST00000221448 1603 ntTSL 2 BASIC22.79■■□□□ 1.24
HDDC3Q8N4P3 HNRNPAB-201ENST00000355836 1602 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
HDDC3Q8N4P3 MBD3-202ENST00000434436 2439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
HDDC3Q8N4P3 TMEM202-AS1-202ENST00000565181 2325 ntBASIC22.79■■□□□ 1.24
HDDC3Q8N4P3 SHF-207ENST00000560540 2062 ntTSL 5 BASIC22.79■■□□□ 1.24
HDDC3Q8N4P3 CBWD2-203ENST00000416503 1665 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
HDDC3Q8N4P3 AC142381.3-201ENST00000568208 1670 ntBASIC22.79■■□□□ 1.24
HDDC3Q8N4P3 PRADC1-201ENST00000258083 1083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
HDDC3Q8N4P3 PTCHD3P2-201ENST00000424937 1205 ntBASIC22.79■■□□□ 1.24
HDDC3Q8N4P3 DNAH9-209ENST00000579828 1986 ntTSL 2 BASIC22.79■■□□□ 1.24
HDDC3Q8N4P3 STARD3NL-201ENST00000009041 1728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
HDDC3Q8N4P3 AC138932.3-201ENST00000567634 1902 ntBASIC22.78■■□□□ 1.24
HDDC3Q8N4P3 THAP4-204ENST00000407315 2367 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
HDDC3Q8N4P3 PKDCC-201ENST00000294964 2502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
HDDC3Q8N4P3 NIPA2-202ENST00000359727 1531 ntTSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
HDDC3Q8N4P3 UBAP1L-203ENST00000559089 1694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
HDDC3Q8N4P3 PTMA-205ENST00000410064 814 ntTSL 2 BASIC22.78■■□□□ 1.24
HDDC3Q8N4P3 PRSS22-203ENST00000571228 1037 ntTSL 2 BASIC22.78■■□□□ 1.24
HDDC3Q8N4P3 MIR4767-201ENST00000582827 78 ntBASIC22.78■■□□□ 1.24
HDDC3Q8N4P3 AC241377.3-202ENST00000626088 1088 ntBASIC22.78■■□□□ 1.24
HDDC3Q8N4P3 AC241585.3-202ENST00000628937 1088 ntBASIC22.78■■□□□ 1.24
HDDC3Q8N4P3 AC245100.8-202ENST00000629247 1058 ntBASIC22.78■■□□□ 1.24
HDDC3Q8N4P3 CDC16-204ENST00000360383 2211 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.78■■□□□ 1.24
HDDC3Q8N4P3 CBWD1-203ENST00000377400 1792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
HDDC3Q8N4P3 MYCBPAP-202ENST00000419930 1640 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
HDDC3Q8N4P3 PYGO2-201ENST00000368456 1306 ntTSL 2 BASIC22.78■■□□□ 1.24
HDDC3Q8N4P3 CENPH-201ENST00000283006 1389 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
HDDC3Q8N4P3 NFKBIB-204ENST00000572515 1929 ntTSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
HDDC3Q8N4P3 CCDC160-201ENST00000370809 1299 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.77■■□□□ 1.24
HDDC3Q8N4P3 MOSPD3-203ENST00000393950 1191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
HDDC3Q8N4P3 AL162430.1-201ENST00000480705 870 ntBASIC22.77■■□□□ 1.24
HDDC3Q8N4P3 NKILA-201ENST00000613231 537 ntTSL 4 BASIC22.77■■□□□ 1.24
HDDC3Q8N4P3 SNUPN-207ENST00000567134 1641 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.77■■□□□ 1.24
HDDC3Q8N4P3 MED17-227ENST00000640521 2047 ntTSL 5 BASIC22.77■■□□□ 1.24
HDDC3Q8N4P3 PFKP-201ENST00000381072 1698 ntTSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
HDDC3Q8N4P3 CCNG2-201ENST00000316355 5526 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.23
HDDC3Q8N4P3 SNX5-201ENST00000377759 2270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.23
HDDC3Q8N4P3 LLGL2-202ENST00000375227 1374 ntTSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
HDDC3Q8N4P3 CPNE1-202ENST00000352393 2147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
HDDC3Q8N4P3 ADSSL1-202ENST00000332972 1969 ntTSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
HDDC3Q8N4P3 LEFTY1-201ENST00000272134 1626 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
HDDC3Q8N4P3 EI24-204ENST00000527235 1625 ntTSL 5 BASIC22.76■■□□□ 1.23
HDDC3Q8N4P3 PLD4-205ENST00000553861 667 ntTSL 2 BASIC22.76■■□□□ 1.23
HDDC3Q8N4P3 AIPL1-206ENST00000571740 1202 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
HDDC3Q8N4P3 AL117348.2-201ENST00000432920 1625 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.75■■□□□ 1.23
HDDC3Q8N4P3 DEDD-212ENST00000545495 2329 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.75■■□□□ 1.23
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 102.4 ms