Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y3E7

CHMP3, Charged multivesicular body protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 222 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHMP3Q9Y3E7 TAZ-205ENST00000475699 1862 ntTSL 1 (best) BASIC28.5■■■□□ 2.15
CHMP3Q9Y3E7 ARSB-206ENST00000565165 1772 ntTSL 1 (best) BASIC28.5■■■□□ 2.15
CHMP3Q9Y3E7 RCE1-202ENST00000524506 1379 ntTSL 5 BASIC28.5■■■□□ 2.15
CHMP3Q9Y3E7 KRTAP5-4-201ENST00000399682 1181 ntAPPRIS P5 BASIC28.49■■■□□ 2.15
CHMP3Q9Y3E7 LINC00092-201ENST00000412122 1726 ntTSL 1 (best) BASIC28.49■■■□□ 2.15
CHMP3Q9Y3E7 SLBP-206ENST00000489418 1977 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.48■■■□□ 2.15
CHMP3Q9Y3E7 HES6-201ENST00000272937 1454 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.48■■■□□ 2.15
CHMP3Q9Y3E7 INPP5J-206ENST00000404453 1613 ntTSL 1 (best) BASIC28.48■■■□□ 2.15
CHMP3Q9Y3E7 RPRD1A-207ENST00000588737 1264 ntTSL 2 BASIC28.48■■■□□ 2.15
CHMP3Q9Y3E7 BDH1-207ENST00000441275 1605 ntTSL 5 BASIC28.47■■■□□ 2.15
CHMP3Q9Y3E7 EEF1D-201ENST00000317198 1458 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.47■■■□□ 2.15
CHMP3Q9Y3E7 POLR2H-208ENST00000456318 1802 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.47■■■□□ 2.15
CHMP3Q9Y3E7 SPIRE2-205ENST00000563972 1823 ntTSL 1 (best) BASIC28.47■■■□□ 2.15
CHMP3Q9Y3E7 AMIGO1-201ENST00000369862 2229 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.47■■■□□ 2.15
CHMP3Q9Y3E7 AMZ2-219ENST00000612294 1498 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.46■■■□□ 2.15
CHMP3Q9Y3E7 MADCAM1-206ENST00000617201 1491 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.46■■■□□ 2.15
CHMP3Q9Y3E7 MADCAM1-207ENST00000619333 1485 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.46■■■□□ 2.15
CHMP3Q9Y3E7 MADCAM1-210ENST00000622462 1461 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.46■■■□□ 2.15
CHMP3Q9Y3E7 TSNARE1-208ENST00000524325 1963 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC28.46■■■□□ 2.15
CHMP3Q9Y3E7 TNFRSF6B-201ENST00000369996 1124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.46■■■□□ 2.15
CHMP3Q9Y3E7 SDHAP1-204ENST00000427415 559 ntTSL 4 BASIC28.46■■■□□ 2.15
CHMP3Q9Y3E7 POLR2F-211ENST00000488684 564 ntTSL 2 BASIC28.46■■■□□ 2.15
CHMP3Q9Y3E7 GRAMD1B-217ENST00000640939 1212 ntTSL 5 BASIC28.46■■■□□ 2.15
CHMP3Q9Y3E7 ZNF174-202ENST00000344823 1557 ntTSL 1 (best) BASIC28.45■■■□□ 2.15
CHMP3Q9Y3E7 CNPY3-202ENST00000394142 954 ntTSL 5 BASIC28.45■■■□□ 2.14
CHMP3Q9Y3E7 TMEM121-202ENST00000431372 1519 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.44■■■□□ 2.14
CHMP3Q9Y3E7 GATM-206ENST00000558336 1522 ntTSL 2 BASIC28.44■■■□□ 2.14
CHMP3Q9Y3E7 USP25-203ENST00000351097 2158 ntTSL 1 (best) BASIC28.44■■■□□ 2.14
CHMP3Q9Y3E7 IL17RE-203ENST00000421412 2158 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.44■■■□□ 2.14
CHMP3Q9Y3E7 AL357033.1-201ENST00000370520 1933 ntTSL 2 BASIC28.44■■■□□ 2.14
CHMP3Q9Y3E7 C20orf27-202ENST00000379772 1886 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.44■■■□□ 2.14
CHMP3Q9Y3E7 ZNF503-AS2-202ENST00000466942 1430 ntTSL 2 BASIC28.43■■■□□ 2.14
CHMP3Q9Y3E7 MED25-211ENST00000617849 1548 ntTSL 1 (best) BASIC28.43■■■□□ 2.14
CHMP3Q9Y3E7 ADSSL1-202ENST00000332972 1969 ntTSL 1 (best) BASIC28.43■■■□□ 2.14
CHMP3Q9Y3E7 PRICKLE4-201ENST00000394259 939 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.43■■■□□ 2.14
CHMP3Q9Y3E7 UBFD1-208ENST00000567264 642 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.43■■■□□ 2.14
CHMP3Q9Y3E7 NFKBIB-204ENST00000572515 1929 ntTSL 1 (best) BASIC28.43■■■□□ 2.14
CHMP3Q9Y3E7 AL161729.1-201ENST00000604104 1402 ntBASIC28.43■■■□□ 2.14
CHMP3Q9Y3E7 LINC01632-201ENST00000615763 496 ntTSL 3 BASIC28.42■■■□□ 2.14
CHMP3Q9Y3E7 ZNF205-202ENST00000382192 2062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.42■■■□□ 2.14
CHMP3Q9Y3E7 RASEF-201ENST00000340717 1765 ntTSL 2 BASIC28.42■■■□□ 2.14
CHMP3Q9Y3E7 QKI-207ENST00000453779 5685 ntTSL 1 (best) BASIC28.42■■■□□ 2.14
CHMP3Q9Y3E7 ZFYVE19-201ENST00000299173 1555 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.41■■■□□ 2.14
CHMP3Q9Y3E7 RBFOX1-206ENST00000535565 1599 ntTSL 2 BASIC28.41■■■□□ 2.14
CHMP3Q9Y3E7 FOXA3-201ENST00000302177 1989 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.41■■■□□ 2.14
CHMP3Q9Y3E7 UNC93B3-201ENST00000308076 687 ntBASIC28.41■■■□□ 2.14
CHMP3Q9Y3E7 PYCARD-202ENST00000350605 696 ntTSL 1 (best) BASIC28.41■■■□□ 2.14
CHMP3Q9Y3E7 YTHDF1-201ENST00000370334 747 ntTSL 3 BASIC28.41■■■□□ 2.14
CHMP3Q9Y3E7 SMIM29-205ENST00000468145 903 ntTSL 2 BASIC28.41■■■□□ 2.14
CHMP3Q9Y3E7 SMIM29-207ENST00000481533 1053 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.41■■■□□ 2.14
CHMP3Q9Y3E7 HSF1-204ENST00000528838 2142 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.41■■■□□ 2.14
CHMP3Q9Y3E7 NRL-202ENST00000396997 1517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.41■■■□□ 2.14
CHMP3Q9Y3E7 CDH23-206ENST00000398842 1759 ntTSL 5 BASIC28.41■■■□□ 2.14
CHMP3Q9Y3E7 RIMKLB-205ENST00000535829 2236 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.41■■■□□ 2.14
CHMP3Q9Y3E7 DOK3-205ENST00000501403 1872 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.4■■■□□ 2.14
CHMP3Q9Y3E7 DAZAP1-205ENST00000587079 2086 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC28.4■■■□□ 2.14
CHMP3Q9Y3E7 PBX2P1-201ENST00000493219 1291 ntBASIC28.4■■■□□ 2.14
CHMP3Q9Y3E7 TMEM218-209ENST00000529583 848 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC28.4■■■□□ 2.14
CHMP3Q9Y3E7 PICALM-224ENST00000630913 2261 ntTSL 5 BASIC28.4■■■□□ 2.14
CHMP3Q9Y3E7 BOP1-205ENST00000569669 2303 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.4■■■□□ 2.14
CHMP3Q9Y3E7 USF2-207ENST00000595068 1612 ntTSL 5 BASIC28.4■■■□□ 2.14
CHMP3Q9Y3E7 AC009102.2-201ENST00000606772 1639 ntBASIC28.4■■■□□ 2.14
CHMP3Q9Y3E7 ADSSL1-201ENST00000330877 1766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.39■■■□□ 2.14
CHMP3Q9Y3E7 ESR2-202ENST00000341099 2060 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.39■■■□□ 2.14
CHMP3Q9Y3E7 PLPP2-202ENST00000327790 1397 ntTSL 5 BASIC28.39■■■□□ 2.14
CHMP3Q9Y3E7 MORF4L1-202ENST00000379535 2274 ntTSL 2 BASIC28.39■■■□□ 2.14
CHMP3Q9Y3E7 CBR3-201ENST00000290354 1169 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.39■■■□□ 2.14
CHMP3Q9Y3E7 CCDC107-203ENST00000378407 899 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.39■■■□□ 2.14
CHMP3Q9Y3E7 DPP10-AS1-201ENST00000432658 730 ntTSL 1 (best) BASIC28.39■■■□□ 2.14
CHMP3Q9Y3E7 SMARCA5-AS1-201ENST00000500800 945 ntTSL 1 (best) BASIC28.39■■■□□ 2.14
CHMP3Q9Y3E7 MYL5-208ENST00000511290 781 ntTSL 1 (best) BASIC28.39■■■□□ 2.14
CHMP3Q9Y3E7 CCDC189-211ENST00000545825 1046 ntTSL 1 (best) BASIC28.39■■■□□ 2.14
CHMP3Q9Y3E7 NAA30-202ENST00000554703 795 ntTSL 1 (best) BASIC28.39■■■□□ 2.14
CHMP3Q9Y3E7 SUGCT-209ENST00000628514 1591 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC28.39■■■□□ 2.14
CHMP3Q9Y3E7 FAM83F-202ENST00000473717 1917 ntTSL 1 (best) BASIC28.39■■■□□ 2.13
CHMP3Q9Y3E7 PFKFB4-202ENST00000383734 1491 ntTSL 1 (best) BASIC28.39■■■□□ 2.13
CHMP3Q9Y3E7 ALDH1A3-203ENST00000557963 1670 ntBASIC28.38■■■□□ 2.13
CHMP3Q9Y3E7 LHPP-201ENST00000368839 1522 ntTSL 1 (best) BASIC28.38■■■□□ 2.13
CHMP3Q9Y3E7 SLC10A4-201ENST00000273861 1790 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.38■■■□□ 2.13
CHMP3Q9Y3E7 BAD-203ENST00000394532 1157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.38■■■□□ 2.13
CHMP3Q9Y3E7 MEIS1-AS3-201ENST00000454167 707 ntTSL 4 BASIC28.38■■■□□ 2.13
CHMP3Q9Y3E7 CBARP-202ENST00000382477 2453 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.38■■■□□ 2.13
CHMP3Q9Y3E7 GLRX3-201ENST00000331244 1302 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.38■■■□□ 2.13
CHMP3Q9Y3E7 RITA1-203ENST00000552495 1898 ntTSL 2 BASIC28.38■■■□□ 2.13
CHMP3Q9Y3E7 C1QTNF1-207ENST00000580454 1396 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.37■■■□□ 2.13
CHMP3Q9Y3E7 GOLGA7-201ENST00000357743 2027 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.37■■■□□ 2.13
CHMP3Q9Y3E7 KRTAP5-4-202ENST00000616115 660 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.37■■■□□ 2.13
CHMP3Q9Y3E7 MAP2K2-201ENST00000262948 1734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.37■■■□□ 2.13
CHMP3Q9Y3E7 CCDC166-201ENST00000542437 1320 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.37■■■□□ 2.13
CHMP3Q9Y3E7 DNAJC25-GNG10-201ENST00000374294 1448 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.36■■■□□ 2.13
CHMP3Q9Y3E7 PFKP-201ENST00000381072 1698 ntTSL 1 (best) BASIC28.36■■■□□ 2.13
CHMP3Q9Y3E7 SHD-201ENST00000543264 2577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.36■■■□□ 2.13
CHMP3Q9Y3E7 MT2A-201ENST00000245185 786 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.36■■■□□ 2.13
CHMP3Q9Y3E7 GATA2-AS1-201ENST00000464242 1163 ntTSL 2 BASIC28.36■■■□□ 2.13
CHMP3Q9Y3E7 FEZ1-205ENST00000524435 750 ntTSL 2 BASIC28.36■■■□□ 2.13
CHMP3Q9Y3E7 TYROBP-203ENST00000544690 522 ntTSL 1 (best) BASIC28.36■■■□□ 2.13
CHMP3Q9Y3E7 AL136162.1-201ENST00000607711 1078 ntBASIC28.36■■■□□ 2.13
CHMP3Q9Y3E7 CCM2L-201ENST00000262659 2523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.36■■■□□ 2.13
CHMP3Q9Y3E7 NRL-205ENST00000560550 788 ntTSL 1 (best) BASIC28.35■■■□□ 2.13
CHMP3Q9Y3E7 HSD11B1L-203ENST00000342970 1620 ntTSL 1 (best) BASIC28.35■■■□□ 2.13
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 88.6 ms