Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y2B5

VPS9D1, VPS9 domain-containing protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 631 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS9D1Q9Y2B5 SYNGR3-201ENST00000248121 2051 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
VPS9D1Q9Y2B5 CYS1-201ENST00000381813 2738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
VPS9D1Q9Y2B5 GALR2-201ENST00000329003 1364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
VPS9D1Q9Y2B5 DYRK1B-201ENST00000323039 2535 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
VPS9D1Q9Y2B5 MYO10-205ENST00000507288 1677 ntTSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
VPS9D1Q9Y2B5 MDK-206ENST00000407067 1026 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
VPS9D1Q9Y2B5 HOMER3-207ENST00000594794 903 ntTSL 5 BASIC23.17■■□□□ 1.3
VPS9D1Q9Y2B5 SLBP-206ENST00000489418 1977 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
VPS9D1Q9Y2B5 KLF15-201ENST00000296233 2574 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
VPS9D1Q9Y2B5 ZFYVE28-202ENST00000503000 1874 ntTSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
VPS9D1Q9Y2B5 POLE2-201ENST00000216367 1776 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
VPS9D1Q9Y2B5 KCNC3-201ENST00000376959 5447 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.16■■□□□ 1.3
VPS9D1Q9Y2B5 PPP1CC-206ENST00000550991 1882 ntTSL 2 BASIC23.16■■□□□ 1.3
VPS9D1Q9Y2B5 DUX4L18-201ENST00000553347 1267 ntBASIC23.16■■□□□ 1.3
VPS9D1Q9Y2B5 SNX5-219ENST00000606602 885 ntTSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
VPS9D1Q9Y2B5 AC074183.2-201ENST00000623112 922 ntBASIC23.16■■□□□ 1.3
VPS9D1Q9Y2B5 DOK3-205ENST00000501403 1872 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.15■■□□□ 1.3
VPS9D1Q9Y2B5 GOLGA7-201ENST00000357743 2027 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
VPS9D1Q9Y2B5 CPLX1-203ENST00000505203 2011 ntTSL 2 BASIC23.15■■□□□ 1.3
VPS9D1Q9Y2B5 ATP5G2P3-201ENST00000429083 425 ntBASIC23.15■■□□□ 1.3
VPS9D1Q9Y2B5 C11orf96-203ENST00000617612 1294 ntAPPRIS P1 BASIC23.15■■□□□ 1.3
VPS9D1Q9Y2B5 ESR2-202ENST00000341099 2060 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
VPS9D1Q9Y2B5 TSKU-201ENST00000333090 2712 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
VPS9D1Q9Y2B5 SMOX-202ENST00000305958 2233 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.3
VPS9D1Q9Y2B5 PTRH1-205ENST00000423807 1570 ntTSL 2 BASIC23.14■■□□□ 1.3
VPS9D1Q9Y2B5 HLA-L-211ENST00000482052 1765 ntBASIC23.14■■□□□ 1.3
VPS9D1Q9Y2B5 SHD-201ENST00000543264 2577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.3
VPS9D1Q9Y2B5 SLC25A1-202ENST00000451283 1514 ntTSL 2 BASIC23.14■■□□□ 1.3
VPS9D1Q9Y2B5 TMEM171-202ENST00000454765 1535 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.3
VPS9D1Q9Y2B5 KRT10-201ENST00000269576 2124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.3
VPS9D1Q9Y2B5 AC116025.2-201ENST00000576632 443 ntTSL 3 BASIC23.14■■□□□ 1.29
VPS9D1Q9Y2B5 SSX2IP-209ENST00000603677 1149 ntTSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.29
VPS9D1Q9Y2B5 KLF16-204ENST00000617223 1133 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.29
VPS9D1Q9Y2B5 GADD45A-205ENST00000617962 1142 ntTSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.29
VPS9D1Q9Y2B5 ZNF503-AS2-201ENST00000425916 2026 ntTSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.29
VPS9D1Q9Y2B5 GRIN2D-201ENST00000263269 5093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
VPS9D1Q9Y2B5 PTPRM-201ENST00000332175 6095 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
VPS9D1Q9Y2B5 CCM2L-201ENST00000262659 2523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
VPS9D1Q9Y2B5 GADD45A-202ENST00000370986 1496 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
VPS9D1Q9Y2B5 TSPY13P-201ENST00000338964 914 ntBASIC23.13■■□□□ 1.29
VPS9D1Q9Y2B5 CARNMT1-201ENST00000376830 1012 ntTSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
VPS9D1Q9Y2B5 CFAP77-202ENST00000393215 901 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.13■■□□□ 1.29
VPS9D1Q9Y2B5 AC011551.1-201ENST00000614101 683 ntBASIC23.13■■□□□ 1.29
VPS9D1Q9Y2B5 CDH23-206ENST00000398842 1759 ntTSL 5 BASIC23.13■■□□□ 1.29
VPS9D1Q9Y2B5 MOB4-204ENST00000409360 1447 ntTSL 5 BASIC23.13■■□□□ 1.29
VPS9D1Q9Y2B5 DSG2-201ENST00000261590 5831 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
VPS9D1Q9Y2B5 TXNRD2-201ENST00000334363 1893 ntTSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
VPS9D1Q9Y2B5 CRIM1-201ENST00000280527 5912 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
VPS9D1Q9Y2B5 HSPBP1-201ENST00000255631 1768 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
VPS9D1Q9Y2B5 ID2-201ENST00000234091 2041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
VPS9D1Q9Y2B5 CDCA5-202ENST00000404147 1012 ntTSL 2 BASIC23.12■■□□□ 1.29
VPS9D1Q9Y2B5 AC004987.1-201ENST00000428627 508 ntBASIC23.12■■□□□ 1.29
VPS9D1Q9Y2B5 EME2-205ENST00000568449 1234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
VPS9D1Q9Y2B5 RAB4B-203ENST00000594800 1173 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.12■■□□□ 1.29
VPS9D1Q9Y2B5 BHLHE23-202ENST00000612929 1109 ntBASIC23.12■■□□□ 1.29
VPS9D1Q9Y2B5 C16orf95-206ENST00000618367 974 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.12■■□□□ 1.29
VPS9D1Q9Y2B5 MATK-204ENST00000585778 1994 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
VPS9D1Q9Y2B5 UXS1-201ENST00000283148 2099 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC23.12■■□□□ 1.29
VPS9D1Q9Y2B5 CARMIL1-202ENST00000461945 1290 ntTSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
VPS9D1Q9Y2B5 FP236240.1-201ENST00000619537 1116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
VPS9D1Q9Y2B5 SSX2IP-203ENST00000437941 5843 ntTSL 2 BASIC23.11■■□□□ 1.29
VPS9D1Q9Y2B5 ABHD8-201ENST00000247706 2090 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
VPS9D1Q9Y2B5 LTBP3-212ENST00000529189 1997 ntTSL 2 BASIC23.1■■□□□ 1.29
VPS9D1Q9Y2B5 NR6A1-201ENST00000344523 1846 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.1■■□□□ 1.29
VPS9D1Q9Y2B5 MTERF3-201ENST00000287025 1409 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
VPS9D1Q9Y2B5 TMUB1-203ENST00000462940 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
VPS9D1Q9Y2B5 COPRS-201ENST00000302362 968 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
VPS9D1Q9Y2B5 TNFRSF12A-201ENST00000326577 1033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
VPS9D1Q9Y2B5 CDKN3-202ENST00000335183 893 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
VPS9D1Q9Y2B5 CDKN3-211ENST00000611205 874 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.1■■□□□ 1.29
VPS9D1Q9Y2B5 AC064853.2-201ENST00000641246 144 ntAPPRIS P1 BASIC23.1■■□□□ 1.29
VPS9D1Q9Y2B5 PCSK6-216ENST00000615296 2921 ntTSL 5 BASIC23.1■■□□□ 1.29
VPS9D1Q9Y2B5 RCC2-201ENST00000375433 2030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
VPS9D1Q9Y2B5 ZFAND2B-201ENST00000289528 1314 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
VPS9D1Q9Y2B5 MROH6-202ENST00000524906 1794 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC23.09■■□□□ 1.29
VPS9D1Q9Y2B5 NOCT-201ENST00000280614 1952 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
VPS9D1Q9Y2B5 ALDH16A1-203ENST00000540132 2174 ntTSL 2 BASIC23.09■■□□□ 1.29
VPS9D1Q9Y2B5 AC148477.1-201ENST00000537720 476 ntTSL 3 BASIC23.09■■□□□ 1.29
VPS9D1Q9Y2B5 AC012354.3-201ENST00000623734 483 ntBASIC23.09■■□□□ 1.29
VPS9D1Q9Y2B5 KRT72-203ENST00000537672 1813 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.09■■□□□ 1.29
VPS9D1Q9Y2B5 ZNF767P-202ENST00000472212 2100 ntTSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
VPS9D1Q9Y2B5 VDAC2-203ENST00000332211 1557 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
VPS9D1Q9Y2B5 PYY2-202ENST00000441253 1076 ntTSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
VPS9D1Q9Y2B5 TOP2B-204ENST00000435706 5389 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
VPS9D1Q9Y2B5 SDF4-202ENST00000360001 1956 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
VPS9D1Q9Y2B5 GUCD1-207ENST00000447813 895 ntTSL 3 BASIC23.07■■□□□ 1.28
VPS9D1Q9Y2B5 GNPTG-201ENST00000204679 1983 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
VPS9D1Q9Y2B5 MADCAM1-202ENST00000346144 1309 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
VPS9D1Q9Y2B5 TMEM64-203ENST00000458549 4997 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
VPS9D1Q9Y2B5 PGF-203ENST00000553716 1699 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
VPS9D1Q9Y2B5 CSNK1G3-207ENST00000512718 1569 ntTSL 2 BASIC23.06■■□□□ 1.28
VPS9D1Q9Y2B5 ATP13A2-215ENST00000617114 1723 ntTSL 5 BASIC23.06■■□□□ 1.28
VPS9D1Q9Y2B5 ZSCAN1-202ENST00000391700 952 ntTSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
VPS9D1Q9Y2B5 PLA2G10-201ENST00000438167 1000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
VPS9D1Q9Y2B5 TMED2-201ENST00000262225 2560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
VPS9D1Q9Y2B5 CDC14B-202ENST00000375241 5589 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
VPS9D1Q9Y2B5 RBM33-201ENST00000287912 1404 ntTSL 2 BASIC23.06■■□□□ 1.28
VPS9D1Q9Y2B5 MAP2K2-201ENST00000262948 1734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
VPS9D1Q9Y2B5 NECTIN2-202ENST00000252485 2112 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
VPS9D1Q9Y2B5 CYP4V2-201ENST00000378802 2042 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 240.1 ms