Protein–RNA interactions for Protein: Q6ZN17

LIN28B, Protein lin-28 homolog B, humanhuman

Known RBP eCLIP

Length 250 aa.

Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIN28BQ6ZN17 ATP5J-207ENST00000457143 589 ntTSL 2 BASIC6.12□□□□□ -1.432e-30■■■■■ 42.7
LIN28BQ6ZN17 MRPL38-204ENST00000464758 752 ntTSL 325.13■■□□□ 1.613e-13■■■■■ 42.6
LIN28BQ6ZN17 MRPL38-216ENST00000585475 580 ntTSL 524.07■■□□□ 1.443e-13■■■■■ 42.6
LIN28BQ6ZN17 MRPL38-201ENST00000309352 1888 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.313e-13■■■■■ 42.6
LIN28BQ6ZN17 MRPL38-213ENST00000493104 1116 ntTSL 221.94■■□□□ 1.13e-13■■■■■ 42.6
LIN28BQ6ZN17 MRPL38-203ENST00000461602 880 ntTSL 321.04■□□□□ 0.963e-13■■■■■ 42.6
LIN28BQ6ZN17 MRPL38-214ENST00000493383 727 ntTSL 219.95■□□□□ 0.783e-13■■■■■ 42.6
LIN28BQ6ZN17 MRPL38-209ENST00000477736 843 ntTSL 219.66■□□□□ 0.743e-13■■■■■ 42.6
LIN28BQ6ZN17 MRPL38-215ENST00000494179 870 ntTSL 319.1■□□□□ 0.653e-13■■■■■ 42.6
LIN28BQ6ZN17 MRPL38-206ENST00000474548 529 ntTSL 218.46■□□□□ 0.553e-13■■■■■ 42.6
LIN28BQ6ZN17 AC087289.3-201ENST00000590947 1886 ntAPPRIS ALT2 TSL 217.36■□□□□ 0.373e-13■■■■■ 42.6
LIN28BQ6ZN17 CHD2-205ENST00000625662 5127 ntTSL 511.71□□□□□ -0.533e-13■■■■■ 42.6
LIN28BQ6ZN17 AC087289.3-202ENST00000593156 4270 ntTSL 211.5□□□□□ -0.573e-13■■■■■ 42.6
LIN28BQ6ZN17 CHD2-201ENST00000394196 9363 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC8.15□□□□□ -1.113e-13■■■■■ 42.6
LIN28BQ6ZN17 EIF2S3-201ENST00000253039 2858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC7.1□□□□□ -1.271e-13■■■■■ 42.6
LIN28BQ6ZN17 YWHAE-212ENST00000575977 540 ntTSL 2 BASIC14.66□□□□□ -0.061e-18■■■■■ 42.6
LIN28BQ6ZN17 YWHAE-211ENST00000573196 739 ntTSL 212.06□□□□□ -0.481e-18■■■■■ 42.6
LIN28BQ6ZN17 NNT-202ENST00000344920 4310 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.68□□□□□ -0.541e-9■■■■■ 42.6
LIN28BQ6ZN17 NNT-208ENST00000512996 4288 ntTSL 5 BASIC9.64□□□□□ -0.871e-9■■■■■ 42.6
LIN28BQ6ZN17 NNT-201ENST00000264663 6483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC7.35□□□□□ -1.231e-9■■■■■ 42.6
LIN28BQ6ZN17 NNT-203ENST00000503059 634 ntTSL 33.7□□□□□ -1.821e-9■■■■■ 42.6
LIN28BQ6ZN17 FDFT1-208ENST00000525777 1472 ntTSL 2 BASIC7.29□□□□□ -1.241e-38■■■■■ 42.5
LIN28BQ6ZN17 WNK1-206ENST00000535572 9886 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.023e-8■■■■■ 42.5
LIN28BQ6ZN17 WNK1-201ENST00000315939 10452 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC12.04□□□□□ -0.483e-8■■■■■ 42.5
LIN28BQ6ZN17 WNK1-209ENST00000537687 11232 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC11.51□□□□□ -0.573e-8■■■■■ 42.5
LIN28BQ6ZN17 WNK1-202ENST00000340908 11208 ntTSL 5 BASIC10.97□□□□□ -0.653e-8■■■■■ 42.5
LIN28BQ6ZN17 WNK1-204ENST00000530271 11804 ntTSL 1 (best) BASIC9.71□□□□□ -0.853e-8■■■■■ 42.5
LIN28BQ6ZN17 COG5-203ENST00000393603 5418 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.096e-14■■■■■ 42.5
LIN28BQ6ZN17 COG5-202ENST00000347053 4532 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.58□□□□□ -0.076e-14■■■■■ 42.5
LIN28BQ6ZN17 COG5-201ENST00000297135 4060 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC13.18□□□□□ -0.36e-14■■■■■ 42.5
LIN28BQ6ZN17 COG5-208ENST00000475638 592 ntTSL 34.28□□□□□ -1.726e-14■■■■■ 42.5
LIN28BQ6ZN17 PCTP-205ENST00000572536 647 ntTSL 38.85□□□□□ -0.991e-8■■■■■ 42.5
LIN28BQ6ZN17 PCTP-208ENST00000576221 609 ntTSL 58.69□□□□□ -1.021e-8■■■■■ 42.5
LIN28BQ6ZN17 PCTP-204ENST00000571489 3932 ntTSL 1 (best)7.24□□□□□ -1.251e-8■■■■■ 42.5
LIN28BQ6ZN17 PUM2-211ENST00000446940 525 ntTSL 416.51■□□□□ 0.236e-10■■■■■ 42.5
LIN28BQ6ZN17 PUM2-206ENST00000424110 546 ntTSL 415.95■□□□□ 0.146e-10■■■■■ 42.5
LIN28BQ6ZN17 PUM2-208ENST00000432105 584 ntTSL 54.61□□□□□ -1.676e-10■■■■■ 42.5
LIN28BQ6ZN17 PARN-202ENST00000420015 2360 ntTSL 2 BASIC15.45■□□□□ 0.062e-23■■■■■ 42.4
LIN28BQ6ZN17 PARN-203ENST00000437198 3078 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.31□□□□□ -0.442e-23■■■■■ 42.4
LIN28BQ6ZN17 CNPY3-202ENST00000394142 954 ntTSL 5 BASIC24.95■■□□□ 1.589e-13■■■■■ 42.3
LIN28BQ6ZN17 CNPY3-201ENST00000372836 1704 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.39e-13■■■■■ 42.3
LIN28BQ6ZN17 RPS5-206ENST00000598807 970 ntTSL 218.95■□□□□ 0.622e-31■■■■■ 42.3
LIN28BQ6ZN17 RPS5-202ENST00000596046 1520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.492e-31■■■■■ 42.3
LIN28BQ6ZN17 RPS5-201ENST00000196551 740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.442e-31■■■■■ 42.3
LIN28BQ6ZN17 RPS5-209ENST00000601521 1203 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.9■□□□□ 0.32e-31■■■■■ 42.3
LIN28BQ6ZN17 RPS5-203ENST00000596314 718 ntTSL 516.89■□□□□ 0.292e-31■■■■■ 42.3
LIN28BQ6ZN17 RPS5-204ENST00000598098 536 ntTSL 2 BASIC15.32■□□□□ 0.042e-31■■■■■ 42.3
LIN28BQ6ZN17 RPS5-205ENST00000598495 800 ntTSL 3 BASIC14.57□□□□□ -0.082e-31■■■■■ 42.3
LIN28BQ6ZN17 INTS11-222ENST00000497304 932 ntTSL 1 (best)21.08■□□□□ 0.976e-12■■■■■ 42.2
LIN28BQ6ZN17 INTS11-216ENST00000478641 3079 ntTSL 214.16□□□□□ -0.146e-12■■■■■ 42.2
LIN28BQ6ZN17 GALNT2-201ENST00000366672 4454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.493e-16■■■■■ 42.2
LIN28BQ6ZN17 GALNT2-202ENST00000485438 4030 ntTSL 510.16□□□□□ -0.783e-16■■■■■ 42.2
LIN28BQ6ZN17 EWSR1-203ENST00000332050 2552 ntTSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.322e-10■■■■■ 42.1
LIN28BQ6ZN17 EWSR1-201ENST00000331029 2267 ntTSL 5 BASIC16.44■□□□□ 0.222e-10■■■■■ 42.1
LIN28BQ6ZN17 EWSR1-222ENST00000629659 2446 ntTSL 5 BASIC16.17■□□□□ 0.182e-10■■■■■ 42.1
LIN28BQ6ZN17 EWSR1-206ENST00000397938 2654 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.172e-10■■■■■ 42.1
LIN28BQ6ZN17 ETNK1-203ENST00000538218 1659 ntTSL 1 (best)18.4■□□□□ 0.543e-8■■■■■ 42.1
LIN28BQ6ZN17 GSPT1-205ENST00000562794 501 ntTSL 33.73□□□□□ -1.811e-8■■■■■ 42.1
LIN28BQ6ZN17 GSPT1-207ENST00000564790 491 ntTSL 33.34□□□□□ -1.871e-8■■■■■ 42.1
LIN28BQ6ZN17 HIPK2-202ENST00000406875 15049 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC5.92□□□□□ -1.464e-10■■■■■ 42.1
LIN28BQ6ZN17 MPHOSPH10-203ENST00000476969 472 ntTSL 27.24□□□□□ -1.257e-13■■■■■ 42.1
LIN28BQ6ZN17 EIF4A1-206ENST00000577929 696 ntTSL 221.75■■□□□ 1.078e-24■■■■■ 41.9
LIN28BQ6ZN17 EIF4A1-219ENST00000581770 447 ntTSL 216.08■□□□□ 0.168e-24■■■■■ 41.9
LIN28BQ6ZN17 EIF4A1-205ENST00000577738 531 ntTSL 214.21□□□□□ -0.138e-24■■■■■ 41.9
LIN28BQ6ZN17 PRKCA-201ENST00000284384 2718 ntTSL 57.71□□□□□ -1.184e-13■■■■■ 41.9
LIN28BQ6ZN17 PRKCA-202ENST00000413366 8751 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC7.27□□□□□ -1.254e-13■■■■■ 41.9
LIN28BQ6ZN17 EPRS-204ENST00000477030 1526 ntTSL 1 (best)23.31■■□□□ 1.322e-9■■■■■ 41.9
LIN28BQ6ZN17 GFPT1-201ENST00000357308 8703 ntTSL 5 BASIC7.07□□□□□ -1.284e-8■■■■■ 41.9
LIN28BQ6ZN17 GFPT1-202ENST00000361060 8632 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC6.36□□□□□ -1.394e-8■■■■■ 41.9
LIN28BQ6ZN17 CHMP7-203ENST00000517325 2639 ntTSL 216.66■□□□□ 0.267e-11■■■■■ 41.8
LIN28BQ6ZN17 CHMP7-210ENST00000523091 2672 ntTSL 1 (best)14.77□□□□□ -0.057e-11■■■■■ 41.8
LIN28BQ6ZN17 CHMP7-201ENST00000313219 3367 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.62□□□□□ -0.237e-11■■■■■ 41.8
LIN28BQ6ZN17 CHMP7-202ENST00000397677 3403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.42□□□□□ -0.427e-11■■■■■ 41.8
LIN28BQ6ZN17 CHST11-204ENST00000549016 573 ntTSL 412.41□□□□□ -0.422e-12■■■■■ 41.7
LIN28BQ6ZN17 NRAS-201ENST00000369535 4449 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.98□□□□□ -0.172e-8■■■■■ 41.7
LIN28BQ6ZN17 PRDX1-201ENST00000262746 1234 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.11■■□□□ 1.292e-13■■■■■ 41.7
LIN28BQ6ZN17 PRDX1-202ENST00000319248 1021 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.22□□□□□ -0.132e-13■■■■■ 41.7
LIN28BQ6ZN17 PRDX1-203ENST00000372079 609 ntTSL 3 BASIC13.51□□□□□ -0.252e-13■■■■■ 41.7
LIN28BQ6ZN17 TMEM164-207ENST00000471255 418 ntTSL 320.29■□□□□ 0.842e-11■■■■■ 41.7
LIN28BQ6ZN17 MIR652-201ENST00000385278 98 ntBASIC0.31□□□□□ -2.362e-11■■■■■ 41.7
LIN28BQ6ZN17 ZNF788-207ENST00000601686 546 ntTSL 47.47□□□□□ -1.219e-8■■■■■ 41.7
LIN28BQ6ZN17 ZNF788-203ENST00000430298 3941 ntTSL 2 BASIC5.69□□□□□ -1.59e-8■■■■■ 41.7
LIN28BQ6ZN17 ZNF788-202ENST00000397759 777 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC3.85□□□□□ -1.799e-8■■■■■ 41.7
LIN28BQ6ZN17 APLP2-207ENST00000525604 1590 ntTSL 216.79■□□□□ 0.282e-9■■■■■ 41.6
LIN28BQ6ZN17 APLP2-222ENST00000533860 1424 ntTSL 1 (best)16.76■□□□□ 0.272e-9■■■■■ 41.6
LIN28BQ6ZN17 USP15-213ENST00000549268 1087 ntTSL 55.04□□□□□ -1.63e-10■■■■■ 41.6
LIN28BQ6ZN17 PSMA4-208ENST00000558639 733 ntTSL 38.57□□□□□ -1.041e-6■■■■■ 41.6
LIN28BQ6ZN17 ANP32A-207ENST00000486054 2015 ntTSL 214.71□□□□□ -0.051e-9■■■■■ 41.5
LIN28BQ6ZN17 UTP6-202ENST00000477128 2344 ntTSL 27.06□□□□□ -1.284e-13■■■■■ 41.5
LIN28BQ6ZN17 UTP6-201ENST00000261708 4392 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC6.99□□□□□ -1.294e-13■■■■■ 41.5
LIN28BQ6ZN17 NQO2-207ENST00000397717 833 ntTSL 518.83■□□□□ 0.63e-23■■■■■ 41.5
LIN28BQ6ZN17 NQO2-203ENST00000380441 1021 ntTSL 5 BASIC18.56■□□□□ 0.563e-23■■■■■ 41.5
LIN28BQ6ZN17 NQO2-201ENST00000338130 1515 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.06■□□□□ 0.483e-23■■■■■ 41.5
LIN28BQ6ZN17 NQO2-202ENST00000380430 1098 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.17■□□□□ 0.183e-23■■■■■ 41.5
LIN28BQ6ZN17 NQO2-204ENST00000380454 851 ntTSL 2 BASIC14.89□□□□□ -0.033e-23■■■■■ 41.5
LIN28BQ6ZN17 NQO2-206ENST00000380472 689 ntTSL 512.96□□□□□ -0.333e-23■■■■■ 41.5
LIN28BQ6ZN17 NQO2-205ENST00000380455 10084 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.67□□□□□ -0.73e-23■■■■■ 41.5
LIN28BQ6ZN17 BEND7-205ENST00000466271 990 ntTSL 531.01■■■□□ 2.551e-13■■■■■ 41.5
LIN28BQ6ZN17 EPB41-210ENST00000482464 675 ntTSL 219.68■□□□□ 0.741e-13■■■■■ 41.5
LIN28BQ6ZN17 EPB41-205ENST00000373797 2402 ntTSL 1 (best) BASIC16.74■□□□□ 0.271e-13■■■■■ 41.5
Retrieved 100 of 21,972 protein–RNA pairs in 1790.7 ms