Protein–RNA interactions for Protein: P38398

BRCA1, Breast cancer type 1 susceptibility protein, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 1,863 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
BRCA1P38398 NRTN-201ENST00000303212 1109 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.18■■■■□ 3.54
BRCA1P38398 NT5M-207ENST00000616989 1635 ntTSL 1 (best) BASIC37.18■■■■□ 3.54
BRCA1P38398 PLPP2-203ENST00000434325 1383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.16■■■■□ 3.54
BRCA1P38398 MACROD1-201ENST00000255681 1205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.16■■■■□ 3.54
BRCA1P38398 PDCD2-215ENST00000614056 1287 ntTSL 2 BASIC37.16■■■■□ 3.54
BRCA1P38398 AL031258.1-201ENST00000623562 325 ntBASIC37.15■■■■□ 3.54
BRCA1P38398 LFNG-203ENST00000359574 1377 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC37.08■■■■□ 3.53
BRCA1P38398 RARRES2P7-201ENST00000567349 469 ntBASIC37.03■■■■□ 3.52
BRCA1P38398 AL360182.2-201ENST00000451656 470 ntTSL 3 BASIC37.02■■■■□ 3.52
BRCA1P38398 PARD6A-202ENST00000458121 1260 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC36.96■■■■□ 3.51
BRCA1P38398 NMB-201ENST00000360476 1007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.92■■■■□ 3.5
BRCA1P38398 AC136428.2-201ENST00000563187 214 ntBASIC36.9■■■■□ 3.5
BRCA1P38398 SEPT3-204ENST00000406029 1866 ntTSL 5 BASIC36.83■■■■□ 3.49
BRCA1P38398 SUZ12P1-203ENST00000578195 985 ntBASIC36.78■■■■□ 3.48
BRCA1P38398 SH3GL1-202ENST00000417295 1404 ntTSL 2 BASIC36.76■■■■□ 3.48
BRCA1P38398 ECHS1-201ENST00000368547 1617 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.74■■■■□ 3.47
BRCA1P38398 C11orf68-201ENST00000438576 1619 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC36.73■■■■□ 3.47
BRCA1P38398 ANKRD65-203ENST00000454272 1506 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC36.7■■■■□ 3.47
BRCA1P38398 AC009133.5-201ENST00000562594 473 ntTSL 4 BASIC36.67■■■■□ 3.46
BRCA1P38398 RPS2P35-201ENST00000443417 897 ntBASIC36.67■■■■□ 3.46
BRCA1P38398 AC097358.2-201ENST00000607541 1159 ntBASIC36.66■■■■□ 3.46
BRCA1P38398 SETD8P1-201ENST00000623146 1180 ntBASIC36.58■■■■□ 3.45
BRCA1P38398 HOPX-206ENST00000503639 1248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.56■■■■□ 3.44
BRCA1P38398 ZFAND2B-204ENST00000409217 886 ntTSL 2 BASIC36.56■■■■□ 3.44
BRCA1P38398 LRRC75B-201ENST00000318753 1238 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.54■■■■□ 3.44
BRCA1P38398 COPS6-201ENST00000303904 1432 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC36.54■■■■□ 3.44
BRCA1P38398 NT5DC2-202ENST00000422318 1795 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC36.53■■■■□ 3.44
BRCA1P38398 ECI1-201ENST00000301729 1541 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC36.53■■■■□ 3.44
BRCA1P38398 NADK2-210ENST00000514504 1233 ntTSL 5 BASIC36.52■■■■□ 3.44
BRCA1P38398 TXN-202ENST00000374517 869 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.46■■■■□ 3.43
BRCA1P38398 RNF126-201ENST00000292363 1694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.46■■■■□ 3.43
BRCA1P38398 EBPL-203ENST00000378270 579 ntTSL 2 BASIC36.42■■■■□ 3.42
BRCA1P38398 DRD4-201ENST00000176183 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.42■■■■□ 3.42
BRCA1P38398 AC092755.2-201ENST00000560199 402 ntTSL 3 BASIC36.39■■■■□ 3.42
BRCA1P38398 FAM149A-215ENST00000514153 2070 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC36.39■■■■□ 3.42
BRCA1P38398 S100A10-202ENST00000368811 1202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.38■■■■□ 3.41
BRCA1P38398 LMO1-202ENST00000428101 1038 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC36.38■■■■□ 3.41
BRCA1P38398 CMC4-202ENST00000369484 1107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.37■■■■□ 3.41
BRCA1P38398 AC025431.1-201ENST00000559684 874 ntTSL 3 BASIC36.37■■■■□ 3.41
BRCA1P38398 FBXO2-201ENST00000354287 1560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.33■■■■□ 3.41
BRCA1P38398 PWWP2B-202ENST00000631148 2013 ntTSL 5 BASIC36.33■■■■□ 3.41
BRCA1P38398 IL13RA1-201ENST00000371642 1096 ntTSL 1 (best) BASIC36.33■■■■□ 3.41
BRCA1P38398 SSBP4-206ENST00000599699 793 ntTSL 2 BASIC36.29■■■■□ 3.4
BRCA1P38398 AC068152.1-210ENST00000574741 836 ntTSL 3 BASIC36.28■■■■□ 3.4
BRCA1P38398 HAGHL-204ENST00000549114 1820 ntTSL 5 BASIC36.28■■■■□ 3.4
BRCA1P38398 CCM2-219ENST00000544363 1620 ntTSL 3 BASIC36.26■■■■□ 3.4
BRCA1P38398 CGGBP1-206ENST00000482016 1147 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC36.26■■■■□ 3.39
BRCA1P38398 KLF16-203ENST00000592313 508 ntTSL 3 BASIC36.22■■■■□ 3.39
BRCA1P38398 AL162393.1-201ENST00000437852 946 ntBASIC36.22■■■■□ 3.39
BRCA1P38398 MSX2-202ENST00000507785 1188 ntTSL 2 BASIC36.22■■■■□ 3.39
BRCA1P38398 AC079305.1-201ENST00000428541 499 ntTSL 3 BASIC36.21■■■■□ 3.39
BRCA1P38398 AC068152.1-207ENST00000573341 647 ntTSL 2 BASIC36.11■■■■□ 3.37
BRCA1P38398 LY6K-202ENST00000518841 855 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC36.1■■■■□ 3.37
BRCA1P38398 FAM19A5-203ENST00000402357 1508 ntTSL 1 (best) BASIC36.1■■■■□ 3.37
BRCA1P38398 LYNX1-208ENST00000615007 1293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.07■■■■□ 3.37
BRCA1P38398 FAM89A-201ENST00000366654 1495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.06■■■■□ 3.36
BRCA1P38398 MPND-207ENST00000599840 1611 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC35.99■■■■□ 3.35
BRCA1P38398 ATPAF1-201ENST00000329231 1241 ntTSL 2 BASIC35.98■■■■□ 3.35
BRCA1P38398 BHLHE23-201ENST00000370346 1057 ntAPPRIS P1 BASIC35.97■■■■□ 3.35
BRCA1P38398 AC004080.1-201ENST00000523608 757 ntTSL 2 BASIC35.97■■■■□ 3.35
BRCA1P38398 NRG1-221ENST00000614767 762 ntTSL 5 BASIC35.96■■■■□ 3.35
BRCA1P38398 CYHR1-209ENST00000530374 1870 ntTSL 3 BASIC35.94■■■■□ 3.34
BRCA1P38398 CD151-202ENST00000397420 1648 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC35.93■■■■□ 3.34
BRCA1P38398 FTCDNL1-201ENST00000416668 944 ntTSL 1 (best) BASIC35.92■■■■□ 3.34
BRCA1P38398 AC006486.1-201ENST00000594664 634 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC35.87■■■■□ 3.33
BRCA1P38398 NT5M-201ENST00000389022 1617 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.87■■■■□ 3.33
BRCA1P38398 FGF3-201ENST00000334134 892 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.84■■■■□ 3.33
BRCA1P38398 HNRNPLP2-201ENST00000568980 1570 ntBASIC35.81■■■■□ 3.32
BRCA1P38398 CAHM-201ENST00000604200 896 ntBASIC35.8■■■■□ 3.32
BRCA1P38398 MTNR1A-201ENST00000307161 1289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.79■■■■□ 3.32
BRCA1P38398 PPP1R35-201ENST00000292330 1031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.78■■■■□ 3.32
BRCA1P38398 AUTS2-202ENST00000403018 957 ntTSL 1 (best) BASIC35.78■■■■□ 3.32
BRCA1P38398 ZFAND2B-206ENST00000409336 944 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC35.77■■■■□ 3.32
BRCA1P38398 ZFAND2B-221ENST00000621130 1070 ntTSL 5 BASIC35.77■■■■□ 3.32
BRCA1P38398 GSC2-201ENST00000086933 1033 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC35.77■■■■□ 3.32
BRCA1P38398 NXNL1-201ENST00000301944 946 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.74■■■■□ 3.31
BRCA1P38398 AP006261.1-201ENST00000584783 668 ntBASIC35.74■■■■□ 3.31
BRCA1P38398 DUSP15-202ENST00000339738 1454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.73■■■■□ 3.31
BRCA1P38398 AL391121.1-201ENST00000607967 1349 ntBASIC35.71■■■■□ 3.31
BRCA1P38398 GNPTAB-202ENST00000392919 760 ntTSL 1 (best) BASIC35.7■■■■□ 3.31
BRCA1P38398 C11orf84-201ENST00000294244 2024 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.69■■■■□ 3.3
BRCA1P38398 ECI1-203ENST00000562238 948 ntTSL 1 (best) BASIC35.69■■■■□ 3.3
BRCA1P38398 FAM149A-205ENST00000502970 1990 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC35.65■■■■□ 3.3
BRCA1P38398 PCBD2-201ENST00000254908 1223 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.61■■■■□ 3.29
BRCA1P38398 LGALS3-201ENST00000254301 1146 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.6■■■■□ 3.29
BRCA1P38398 HNRNPAB-207ENST00000514633 1571 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC35.58■■■■□ 3.29
BRCA1P38398 AL109917.1-201ENST00000412228 906 ntTSL 2 BASIC35.56■■■■□ 3.28
BRCA1P38398 MIR7108-201ENST00000614319 87 ntBASIC35.56■■■■□ 3.28
BRCA1P38398 FAM89B-201ENST00000316409 1409 ntTSL 1 (best) BASIC35.55■■■■□ 3.28
BRCA1P38398 PPP1CC-202ENST00000340766 1472 ntTSL 2 BASIC35.54■■■■□ 3.28
BRCA1P38398 AL133380.1-201ENST00000506013 324 ntBASIC35.52■■■■□ 3.28
BRCA1P38398 AC009097.4-201ENST00000566738 777 ntTSL 2 BASIC35.52■■■■□ 3.28
BRCA1P38398 CATIP-201ENST00000289388 1323 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.5■■■■□ 3.27
BRCA1P38398 PSMG4-205ENST00000419065 629 ntTSL 2 BASIC35.5■■■■□ 3.27
BRCA1P38398 COX4I1-203ENST00000562336 873 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC35.49■■■■□ 3.27
BRCA1P38398 ZFP90-204ENST00000564323 560 ntTSL 4 BASIC35.49■■■■□ 3.27
BRCA1P38398 ZFP90-219ENST00000611381 695 ntTSL 1 (best) BASIC35.49■■■■□ 3.27
BRCA1P38398 Z97634.1-201ENST00000412293 1715 ntTSL 1 (best) BASIC35.48■■■■□ 3.27
BRCA1P38398 MPST-206ENST00000429360 1331 ntTSL 1 (best) BASIC35.47■■■■□ 3.27
BRCA1P38398 AC145285.7-201ENST00000614819 1539 ntBASIC35.46■■■■□ 3.27
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 37.3 ms