Protein–RNA interactions for Protein: P35499

SCN4A, Sodium channel protein type 4 subunit alpha, humanhuman

Predictions only

Length 1,836 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SCN4AP35499 CACNG6-202ENST00000346968 645 ntTSL 5 BASIC36.16■■■■□ 3.38
SCN4AP35499 PDCD2-215ENST00000614056 1287 ntTSL 2 BASIC36.13■■■■□ 3.37
SCN4AP35499 LIMCH1-211ENST00000509638 1570 ntTSL 1 (best) BASIC36.12■■■■□ 3.37
SCN4AP35499 AL031258.1-201ENST00000623562 325 ntBASIC36.11■■■■□ 3.37
SCN4AP35499 PLPP2-203ENST00000434325 1383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.1■■■■□ 3.37
SCN4AP35499 LFNG-203ENST00000359574 1377 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC36.06■■■■□ 3.36
SCN4AP35499 RAN-202ENST00000392369 1530 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.06■■■■□ 3.36
SCN4AP35499 RARRES2P7-201ENST00000567349 469 ntBASIC36.04■■■■□ 3.36
SCN4AP35499 PARD6A-202ENST00000458121 1260 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC35.99■■■■□ 3.35
SCN4AP35499 AL360182.2-201ENST00000451656 470 ntTSL 3 BASIC35.99■■■■□ 3.35
SCN4AP35499 NMB-201ENST00000360476 1007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.79■■■■□ 3.32
SCN4AP35499 AC136428.2-201ENST00000563187 214 ntBASIC35.78■■■■□ 3.32
SCN4AP35499 SH3GL1-202ENST00000417295 1404 ntTSL 2 BASIC35.71■■■■□ 3.31
SCN4AP35499 AC097358.2-201ENST00000607541 1159 ntBASIC35.7■■■■□ 3.31
SCN4AP35499 RPS2P35-201ENST00000443417 897 ntBASIC35.69■■■■□ 3.3
SCN4AP35499 SUZ12P1-203ENST00000578195 985 ntBASIC35.68■■■■□ 3.3
SCN4AP35499 AC009133.5-201ENST00000562594 473 ntTSL 4 BASIC35.67■■■■□ 3.3
SCN4AP35499 C11orf68-201ENST00000438576 1619 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC35.64■■■■□ 3.3
SCN4AP35499 ANKRD65-203ENST00000454272 1506 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC35.63■■■■□ 3.29
SCN4AP35499 ECHS1-201ENST00000368547 1617 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.62■■■■□ 3.29
SCN4AP35499 COPS6-201ENST00000303904 1432 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC35.61■■■■□ 3.29
SCN4AP35499 SETD8P1-201ENST00000623146 1180 ntBASIC35.57■■■■□ 3.29
SCN4AP35499 SEPT3-204ENST00000406029 1866 ntTSL 5 BASIC35.55■■■■□ 3.28
SCN4AP35499 HOPX-206ENST00000503639 1248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.55■■■■□ 3.28
SCN4AP35499 ECI1-201ENST00000301729 1541 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC35.53■■■■□ 3.28
SCN4AP35499 ZFAND2B-204ENST00000409217 886 ntTSL 2 BASIC35.49■■■■□ 3.27
SCN4AP35499 AC025431.1-201ENST00000559684 874 ntTSL 3 BASIC35.48■■■■□ 3.27
SCN4AP35499 TXN-202ENST00000374517 869 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.46■■■■□ 3.27
SCN4AP35499 NADK2-210ENST00000514504 1233 ntTSL 5 BASIC35.43■■■■□ 3.26
SCN4AP35499 LRRC75B-201ENST00000318753 1238 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.43■■■■□ 3.26
SCN4AP35499 EBPL-203ENST00000378270 579 ntTSL 2 BASIC35.42■■■■□ 3.26
SCN4AP35499 DRD4-201ENST00000176183 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.4■■■■□ 3.26
SCN4AP35499 NT5DC2-202ENST00000422318 1795 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC35.4■■■■□ 3.26
SCN4AP35499 AC092755.2-201ENST00000560199 402 ntTSL 3 BASIC35.36■■■■□ 3.25
SCN4AP35499 RNF126-201ENST00000292363 1694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.36■■■■□ 3.25
SCN4AP35499 S100A10-202ENST00000368811 1202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.36■■■■□ 3.25
SCN4AP35499 LMO1-202ENST00000428101 1038 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC35.35■■■■□ 3.25
SCN4AP35499 CMC4-202ENST00000369484 1107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.34■■■■□ 3.25
SCN4AP35499 SSBP4-206ENST00000599699 793 ntTSL 2 BASIC35.33■■■■□ 3.25
SCN4AP35499 CGGBP1-206ENST00000482016 1147 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC35.32■■■■□ 3.25
SCN4AP35499 IL13RA1-201ENST00000371642 1096 ntTSL 1 (best) BASIC35.27■■■■□ 3.24
SCN4AP35499 KLF16-203ENST00000592313 508 ntTSL 3 BASIC35.26■■■■□ 3.24
SCN4AP35499 AC068152.1-210ENST00000574741 836 ntTSL 3 BASIC35.25■■■■□ 3.23
SCN4AP35499 AC079305.1-201ENST00000428541 499 ntTSL 3 BASIC35.21■■■■□ 3.23
SCN4AP35499 FBXO2-201ENST00000354287 1560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.19■■■■□ 3.22
SCN4AP35499 FAM149A-215ENST00000514153 2070 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC35.19■■■■□ 3.22
SCN4AP35499 HAGHL-204ENST00000549114 1820 ntTSL 5 BASIC35.17■■■■□ 3.22
SCN4AP35499 AC068152.1-207ENST00000573341 647 ntTSL 2 BASIC35.16■■■■□ 3.22
SCN4AP35499 PWWP2B-202ENST00000631148 2013 ntTSL 5 BASIC35.15■■■■□ 3.22
SCN4AP35499 AL162393.1-201ENST00000437852 946 ntBASIC35.15■■■■□ 3.22
SCN4AP35499 MSX2-202ENST00000507785 1188 ntTSL 2 BASIC35.13■■■■□ 3.21
SCN4AP35499 CCM2-219ENST00000544363 1620 ntTSL 3 BASIC35.13■■■■□ 3.21
SCN4AP35499 LYNX1-208ENST00000615007 1293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.12■■■■□ 3.21
SCN4AP35499 FTCDNL1-201ENST00000416668 944 ntTSL 1 (best) BASIC35.11■■■■□ 3.21
SCN4AP35499 LY6K-202ENST00000518841 855 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC35.09■■■■□ 3.21
SCN4AP35499 BHLHE23-201ENST00000370346 1057 ntAPPRIS P1 BASIC35.09■■■■□ 3.21
SCN4AP35499 FAM19A5-203ENST00000402357 1508 ntTSL 1 (best) BASIC35.03■■■■□ 3.2
SCN4AP35499 ATPAF1-201ENST00000329231 1241 ntTSL 2 BASIC35.03■■■■□ 3.2
SCN4AP35499 FAM89A-201ENST00000366654 1495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.03■■■■□ 3.2
SCN4AP35499 AC006486.1-201ENST00000594664 634 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC34.95■■■■□ 3.18
SCN4AP35499 CD151-202ENST00000397420 1648 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC34.94■■■■□ 3.18
SCN4AP35499 AC004080.1-201ENST00000523608 757 ntTSL 2 BASIC34.91■■■■□ 3.18
SCN4AP35499 NRG1-221ENST00000614767 762 ntTSL 5 BASIC34.9■■■■□ 3.18
SCN4AP35499 ZFAND2B-206ENST00000409336 944 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC34.86■■■■□ 3.17
SCN4AP35499 ZFAND2B-221ENST00000621130 1070 ntTSL 5 BASIC34.86■■■■□ 3.17
SCN4AP35499 AP006261.1-201ENST00000584783 668 ntBASIC34.85■■■■□ 3.17
SCN4AP35499 PPP1R35-201ENST00000292330 1031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.85■■■■□ 3.17
SCN4AP35499 NT5M-201ENST00000389022 1617 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.83■■■■□ 3.17
SCN4AP35499 FGF3-201ENST00000334134 892 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.83■■■■□ 3.17
SCN4AP35499 AUTS2-202ENST00000403018 957 ntTSL 1 (best) BASIC34.83■■■■□ 3.17
SCN4AP35499 MPND-207ENST00000599840 1611 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC34.81■■■■□ 3.16
SCN4AP35499 NXNL1-201ENST00000301944 946 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.8■■■■□ 3.16
SCN4AP35499 HNRNPLP2-201ENST00000568980 1570 ntBASIC34.79■■■■□ 3.16
SCN4AP35499 CAHM-201ENST00000604200 896 ntBASIC34.78■■■■□ 3.16
SCN4AP35499 MTNR1A-201ENST00000307161 1289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.77■■■■□ 3.16
SCN4AP35499 CYHR1-209ENST00000530374 1870 ntTSL 3 BASIC34.73■■■■□ 3.15
SCN4AP35499 GSC2-201ENST00000086933 1033 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC34.71■■■■□ 3.15
SCN4AP35499 DUSP15-202ENST00000339738 1454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.7■■■■□ 3.15
SCN4AP35499 AL391121.1-201ENST00000607967 1349 ntBASIC34.69■■■■□ 3.14
SCN4AP35499 GNPTAB-202ENST00000392919 760 ntTSL 1 (best) BASIC34.67■■■■□ 3.14
SCN4AP35499 LGALS3-201ENST00000254301 1146 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.66■■■■□ 3.14
SCN4AP35499 MIR7108-201ENST00000614319 87 ntBASIC34.65■■■■□ 3.14
SCN4AP35499 PCBD2-201ENST00000254908 1223 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.64■■■■□ 3.14
SCN4AP35499 PSMG4-205ENST00000419065 629 ntTSL 2 BASIC34.62■■■■□ 3.13
SCN4AP35499 ECI1-203ENST00000562238 948 ntTSL 1 (best) BASIC34.6■■■■□ 3.13
SCN4AP35499 AC009097.4-201ENST00000566738 777 ntTSL 2 BASIC34.6■■■■□ 3.13
SCN4AP35499 AL109917.1-201ENST00000412228 906 ntTSL 2 BASIC34.6■■■■□ 3.13
SCN4AP35499 FAM89B-201ENST00000316409 1409 ntTSL 1 (best) BASIC34.59■■■■□ 3.13
SCN4AP35499 C11orf84-201ENST00000294244 2024 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.57■■■■□ 3.12
SCN4AP35499 NPHP3-202ENST00000383282 782 ntTSL 1 (best) BASIC34.54■■■■□ 3.12
SCN4AP35499 ZFP90-204ENST00000564323 560 ntTSL 4 BASIC34.53■■■■□ 3.12
SCN4AP35499 ZFP90-219ENST00000611381 695 ntTSL 1 (best) BASIC34.53■■■■□ 3.12
SCN4AP35499 HNRNPAB-207ENST00000514633 1571 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC34.53■■■■□ 3.12
SCN4AP35499 MLEC-202ENST00000412616 841 ntTSL 3 BASIC34.53■■■■□ 3.12
SCN4AP35499 HLA-V-202ENST00000446817 847 ntBASIC34.52■■■■□ 3.12
SCN4AP35499 CATIP-201ENST00000289388 1323 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.51■■■■□ 3.12
SCN4AP35499 ABHD17AP4-201ENST00000411545 909 ntBASIC34.51■■■■□ 3.11
SCN4AP35499 COX4I1-203ENST00000562336 873 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC34.51■■■■□ 3.11
SCN4AP35499 HSPB11-201ENST00000194214 915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.49■■■■□ 3.11
SCN4AP35499 AL133380.1-201ENST00000506013 324 ntBASIC34.46■■■■□ 3.11
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 32.2 ms