Protein–RNA interactions for Protein: A8TX70

COL6A5, Collagen alpha-5(VI) chain, humanhuman

Predictions only

Length 2,615 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL6A5A8TX70 HOPX-206ENST00000503639 1248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.83■■□□□ 1.41
COL6A5A8TX70 AC097358.2-201ENST00000607541 1159 ntBASIC23.83■■□□□ 1.41
COL6A5A8TX70 AC136428.2-201ENST00000563187 214 ntBASIC23.82■■□□□ 1.4
COL6A5A8TX70 SUZ12P1-203ENST00000578195 985 ntBASIC23.82■■□□□ 1.4
COL6A5A8TX70 AL031258.1-201ENST00000623562 325 ntBASIC23.75■■□□□ 1.39
COL6A5A8TX70 TXN-202ENST00000374517 869 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
COL6A5A8TX70 CGGBP1-206ENST00000482016 1147 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.73■■□□□ 1.39
COL6A5A8TX70 HOXB3-208ENST00000476342 1420 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
COL6A5A8TX70 AC009133.5-201ENST00000562594 473 ntTSL 4 BASIC23.7■■□□□ 1.38
COL6A5A8TX70 AL136373.1-201ENST00000634804 1449 ntAPPRIS P1 BASIC23.69■■□□□ 1.38
COL6A5A8TX70 S100A10-202ENST00000368811 1202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
COL6A5A8TX70 ZFAND2B-204ENST00000409217 886 ntTSL 2 BASIC23.69■■□□□ 1.38
COL6A5A8TX70 NKAIN4-203ENST00000370316 1430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
COL6A5A8TX70 AGTRAP-204ENST00000376637 1067 ntTSL 2 BASIC23.68■■□□□ 1.38
COL6A5A8TX70 BHLHE23-201ENST00000370346 1057 ntAPPRIS P1 BASIC23.67■■□□□ 1.38
COL6A5A8TX70 AC092755.2-201ENST00000560199 402 ntTSL 3 BASIC23.67■■□□□ 1.38
COL6A5A8TX70 PLPP2-203ENST00000434325 1383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
COL6A5A8TX70 LMO1-202ENST00000428101 1038 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
COL6A5A8TX70 CHCHD4-202ENST00000396914 1405 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.36
COL6A5A8TX70 ECI1-201ENST00000301729 1541 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
COL6A5A8TX70 NADK2-210ENST00000514504 1233 ntTSL 5 BASIC23.54■■□□□ 1.36
COL6A5A8TX70 SETD8P1-201ENST00000623146 1180 ntBASIC23.54■■□□□ 1.36
COL6A5A8TX70 NT5DC2-203ENST00000459839 1639 ntTSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
COL6A5A8TX70 NXNL1-201ENST00000301944 946 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
COL6A5A8TX70 LRRC75B-201ENST00000318753 1238 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
COL6A5A8TX70 LIMCH1-211ENST00000509638 1570 ntTSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
COL6A5A8TX70 HLA-V-202ENST00000446817 847 ntBASIC23.51■■□□□ 1.35
COL6A5A8TX70 AL162393.1-201ENST00000437852 946 ntBASIC23.5■■□□□ 1.35
COL6A5A8TX70 NT5M-207ENST00000616989 1635 ntTSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
COL6A5A8TX70 PPP1R35-201ENST00000292330 1031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
COL6A5A8TX70 AC025431.1-201ENST00000559684 874 ntTSL 3 BASIC23.48■■□□□ 1.35
COL6A5A8TX70 ZFAND2B-206ENST00000409336 944 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.47■■□□□ 1.35
COL6A5A8TX70 ZFAND2B-221ENST00000621130 1070 ntTSL 5 BASIC23.47■■□□□ 1.35
COL6A5A8TX70 AC004080.1-201ENST00000523608 757 ntTSL 2 BASIC23.46■■□□□ 1.35
COL6A5A8TX70 NRG1-221ENST00000614767 762 ntTSL 5 BASIC23.46■■□□□ 1.35
COL6A5A8TX70 MIR7108-201ENST00000614319 87 ntBASIC23.42■■□□□ 1.34
COL6A5A8TX70 PVT1-219ENST00000523427 938 ntTSL 3 BASIC23.41■■□□□ 1.34
COL6A5A8TX70 RAN-202ENST00000392369 1530 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
COL6A5A8TX70 C11orf68-201ENST00000438576 1619 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.39■■□□□ 1.34
COL6A5A8TX70 SH3GL1-202ENST00000417295 1404 ntTSL 2 BASIC23.39■■□□□ 1.33
COL6A5A8TX70 AP006261.1-201ENST00000584783 668 ntBASIC23.39■■□□□ 1.33
COL6A5A8TX70 COPS6-201ENST00000303904 1432 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
COL6A5A8TX70 ABHD17AP4-201ENST00000411545 909 ntBASIC23.37■■□□□ 1.33
COL6A5A8TX70 AC068152.1-210ENST00000574741 836 ntTSL 3 BASIC23.36■■□□□ 1.33
COL6A5A8TX70 KLF16-203ENST00000592313 508 ntTSL 3 BASIC23.34■■□□□ 1.33
COL6A5A8TX70 FTCDNL1-201ENST00000416668 944 ntTSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
COL6A5A8TX70 SSBP4-206ENST00000599699 793 ntTSL 2 BASIC23.33■■□□□ 1.33
COL6A5A8TX70 LYNX1-208ENST00000615007 1293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
COL6A5A8TX70 EBPL-203ENST00000378270 579 ntTSL 2 BASIC23.31■■□□□ 1.32
COL6A5A8TX70 MPST-206ENST00000429360 1331 ntTSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
COL6A5A8TX70 AC068152.1-207ENST00000573341 647 ntTSL 2 BASIC23.3■■□□□ 1.32
COL6A5A8TX70 MTNR1A-201ENST00000307161 1289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
COL6A5A8TX70 HSPB11-201ENST00000194214 915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
COL6A5A8TX70 AC006486.1-201ENST00000594664 634 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.26■■□□□ 1.31
COL6A5A8TX70 FAM89B-201ENST00000316409 1409 ntTSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
COL6A5A8TX70 ZFP90-204ENST00000564323 560 ntTSL 4 BASIC23.21■■□□□ 1.31
COL6A5A8TX70 ZFP90-219ENST00000611381 695 ntTSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
COL6A5A8TX70 ANKRD65-203ENST00000454272 1506 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.18■■□□□ 1.3
COL6A5A8TX70 MBP-237ENST00000579129 1052 ntTSL 5 BASIC23.16■■□□□ 1.3
COL6A5A8TX70 MSX2-202ENST00000507785 1188 ntTSL 2 BASIC23.15■■□□□ 1.3
COL6A5A8TX70 RNF126-201ENST00000292363 1694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
COL6A5A8TX70 NPHP3-202ENST00000383282 782 ntTSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
COL6A5A8TX70 AC079305.1-201ENST00000428541 499 ntTSL 3 BASIC23.12■■□□□ 1.29
COL6A5A8TX70 ATPAF1-201ENST00000329231 1241 ntTSL 2 BASIC23.11■■□□□ 1.29
COL6A5A8TX70 AC009097.4-201ENST00000566738 777 ntTSL 2 BASIC23.11■■□□□ 1.29
COL6A5A8TX70 GSC2-201ENST00000086933 1033 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.11■■□□□ 1.29
COL6A5A8TX70 MLEC-202ENST00000412616 841 ntTSL 3 BASIC23.11■■□□□ 1.29
COL6A5A8TX70 HNRNPLP2-201ENST00000568980 1570 ntBASIC23.1■■□□□ 1.29
COL6A5A8TX70 FGF3-201ENST00000334134 892 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
COL6A5A8TX70 IL13RA1-201ENST00000371642 1096 ntTSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
COL6A5A8TX70 COX4I1-203ENST00000562336 873 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.09■■□□□ 1.29
COL6A5A8TX70 FAM89A-201ENST00000366654 1495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
COL6A5A8TX70 FAM19A5-203ENST00000402357 1508 ntTSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
COL6A5A8TX70 NECTIN3-201ENST00000319792 1549 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
COL6A5A8TX70 GNPTAB-202ENST00000392919 760 ntTSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
COL6A5A8TX70 CAHM-201ENST00000604200 896 ntBASIC23.06■■□□□ 1.28
COL6A5A8TX70 ECI1-203ENST00000562238 948 ntTSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
COL6A5A8TX70 PSMG4-205ENST00000419065 629 ntTSL 2 BASIC23.03■■□□□ 1.28
COL6A5A8TX70 SEPT3-204ENST00000406029 1866 ntTSL 5 BASIC23.03■■□□□ 1.28
COL6A5A8TX70 HAGHL-204ENST00000549114 1820 ntTSL 5 BASIC23.03■■□□□ 1.28
COL6A5A8TX70 AL391121.1-201ENST00000607967 1349 ntBASIC23.02■■□□□ 1.28
COL6A5A8TX70 CAPNS1-206ENST00000588815 1471 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
COL6A5A8TX70 UBALD1-202ENST00000587615 799 ntTSL 2 BASIC23■■□□□ 1.27
COL6A5A8TX70 NT5M-201ENST00000389022 1617 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
COL6A5A8TX70 DRD4-201ENST00000176183 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
COL6A5A8TX70 WNT5A-AS1-201ENST00000469484 500 ntTSL 3 BASIC22.98■■□□□ 1.27
COL6A5A8TX70 MIR3665-201ENST00000578708 105 ntBASIC22.97■■□□□ 1.27
COL6A5A8TX70 ECHS1-201ENST00000368547 1617 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
COL6A5A8TX70 FBXO2-201ENST00000354287 1560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
COL6A5A8TX70 AP000911.1-206ENST00000531938 711 ntTSL 3 BASIC22.95■■□□□ 1.26
COL6A5A8TX70 AC243773.2-204ENST00000621428 1462 ntTSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
COL6A5A8TX70 AUTS2-202ENST00000403018 957 ntTSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
COL6A5A8TX70 MSANTD2-203ENST00000524950 1109 ntTSL 2 BASIC22.9■■□□□ 1.26
COL6A5A8TX70 TRAM2-AS1-201ENST00000453216 664 ntTSL 3 BASIC22.89■■□□□ 1.25
COL6A5A8TX70 PGAM5-201ENST00000317555 1182 ntTSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
COL6A5A8TX70 RPS2-201ENST00000343262 985 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
COL6A5A8TX70 AL109917.1-201ENST00000412228 906 ntTSL 2 BASIC22.87■■□□□ 1.25
COL6A5A8TX70 NREP-216ENST00000508870 540 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC22.85■■□□□ 1.25
COL6A5A8TX70 AC087741.3-201ENST00000624270 1347 ntBASIC22.85■■□□□ 1.25
COL6A5A8TX70 PCBD2-201ENST00000254908 1223 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.25
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 13.3 ms