Protein–RNA interactions for Protein: Q7Z6J8

UBE3D, E3 ubiquitin-protein ligase E3D, humanhuman

Predictions only

Length 389 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
UBE3DQ7Z6J8 SLC12A2-202ENST00000343225 5509 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
UBE3DQ7Z6J8 TSPY13P-201ENST00000338964 914 ntBASIC22.47■■□□□ 1.19
UBE3DQ7Z6J8 FAM136A-202ENST00000430566 885 ntTSL 3 BASIC22.47■■□□□ 1.19
UBE3DQ7Z6J8 LONRF2P2-201ENST00000439212 571 ntBASIC22.47■■□□□ 1.19
UBE3DQ7Z6J8 KLF16-204ENST00000617223 1133 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
UBE3DQ7Z6J8 AC012354.3-201ENST00000623734 483 ntBASIC22.47■■□□□ 1.19
UBE3DQ7Z6J8 UBTD1-201ENST00000370664 1706 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
UBE3DQ7Z6J8 PRDM13-202ENST00000369215 2429 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
UBE3DQ7Z6J8 TNFRSF12A-201ENST00000326577 1033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
UBE3DQ7Z6J8 OXLD1-203ENST00000571503 803 ntTSL 2 BASIC22.46■■□□□ 1.19
UBE3DQ7Z6J8 TBX2-AS1-203ENST00000590421 861 ntTSL 2 BASIC22.46■■□□□ 1.19
UBE3DQ7Z6J8 C4orf19-202ENST00000381980 1943 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
UBE3DQ7Z6J8 TANGO2-204ENST00000401833 1920 ntTSL 5 BASIC22.46■■□□□ 1.19
UBE3DQ7Z6J8 SKOR2-203ENST00000620245 3048 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.45■■□□□ 1.18
UBE3DQ7Z6J8 IGFBP3-201ENST00000275521 2262 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
UBE3DQ7Z6J8 BIN1-201ENST00000259238 2338 ntTSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
UBE3DQ7Z6J8 AL354928.1-201ENST00000438380 617 ntTSL 2 BASIC22.45■■□□□ 1.18
UBE3DQ7Z6J8 PYY2-202ENST00000441253 1076 ntTSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
UBE3DQ7Z6J8 ZFAND2B-201ENST00000289528 1314 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
UBE3DQ7Z6J8 RAB20-201ENST00000267328 1518 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
UBE3DQ7Z6J8 PTOV1-201ENST00000391842 1875 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.45■■□□□ 1.18
UBE3DQ7Z6J8 MYDGF-201ENST00000262947 1018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
UBE3DQ7Z6J8 MTERF3-201ENST00000287025 1409 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
UBE3DQ7Z6J8 PFDN2-201ENST00000368010 677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
UBE3DQ7Z6J8 MORF4L1-202ENST00000379535 2274 ntTSL 2 BASIC22.44■■□□□ 1.18
UBE3DQ7Z6J8 CCDC37-AS1-202ENST00000506660 986 ntTSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
UBE3DQ7Z6J8 ERFE-207ENST00000546354 1065 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
UBE3DQ7Z6J8 AL033527.3-201ENST00000566366 1196 ntBASIC22.44■■□□□ 1.18
UBE3DQ7Z6J8 C11orf96-203ENST00000617612 1294 ntAPPRIS P1 BASIC22.44■■□□□ 1.18
UBE3DQ7Z6J8 TNIP2-206ENST00000510267 2006 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.43■■□□□ 1.18
UBE3DQ7Z6J8 CTF1-201ENST00000279804 1664 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
UBE3DQ7Z6J8 LTB4R2-205ENST00000543919 1560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
UBE3DQ7Z6J8 BCKDHB-202ENST00000356489 1514 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
UBE3DQ7Z6J8 ZSCAN1-202ENST00000391700 952 ntTSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
UBE3DQ7Z6J8 AC116025.2-201ENST00000576632 443 ntTSL 3 BASIC22.43■■□□□ 1.18
UBE3DQ7Z6J8 AC064853.2-201ENST00000641246 144 ntAPPRIS P1 BASIC22.43■■□□□ 1.18
UBE3DQ7Z6J8 ECEL1-202ENST00000409941 2322 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
UBE3DQ7Z6J8 GPR160-201ENST00000355897 2039 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
UBE3DQ7Z6J8 FKBP1A-211ENST00000618612 1518 ntTSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
UBE3DQ7Z6J8 TSPAN4-203ENST00000397397 1423 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
UBE3DQ7Z6J8 CIC-201ENST00000160740 6111 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.42■■□□□ 1.18
UBE3DQ7Z6J8 GUK1-208ENST00000366728 842 ntTSL 2 BASIC22.42■■□□□ 1.18
UBE3DQ7Z6J8 GPRC5B-202ENST00000535671 1215 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
UBE3DQ7Z6J8 PPM1J-201ENST00000309276 1863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
UBE3DQ7Z6J8 AL357033.1-201ENST00000370520 1933 ntTSL 2 BASIC22.41■■□□□ 1.18
UBE3DQ7Z6J8 MED22-201ENST00000343730 1437 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
UBE3DQ7Z6J8 RBMXL2-201ENST00000306904 1874 ntAPPRIS P1 BASIC22.41■■□□□ 1.18
UBE3DQ7Z6J8 LURAP1L-201ENST00000319264 1753 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
UBE3DQ7Z6J8 PRRX2-201ENST00000372469 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
UBE3DQ7Z6J8 GUCD1-207ENST00000447813 895 ntTSL 3 BASIC22.41■■□□□ 1.18
UBE3DQ7Z6J8 MRPS7-203ENST00000579002 1638 ntTSL 2 BASIC22.41■■□□□ 1.18
UBE3DQ7Z6J8 ST3GAL5-214ENST00000638178 2034 ntTSL 5 BASIC22.4■■□□□ 1.18
UBE3DQ7Z6J8 HDGFL2-210ENST00000621835 2255 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
UBE3DQ7Z6J8 FKBP1B-202ENST00000380991 1010 ntTSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
UBE3DQ7Z6J8 PLA2G10-201ENST00000438167 1000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
UBE3DQ7Z6J8 HYI-210ENST00000486909 905 ntTSL 5 BASIC22.4■■□□□ 1.18
UBE3DQ7Z6J8 FXYD7-204ENST00000588265 636 ntTSL 2 BASIC22.4■■□□□ 1.18
UBE3DQ7Z6J8 C7orf25-206ENST00000447342 1823 ntTSL 2 BASIC22.4■■□□□ 1.18
UBE3DQ7Z6J8 FAM181A-204ENST00000557000 1652 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.18
UBE3DQ7Z6J8 PDSS1-201ENST00000376215 1626 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.18
UBE3DQ7Z6J8 TSPAN4-202ENST00000397396 1332 ntTSL 5 BASIC22.39■■□□□ 1.18
UBE3DQ7Z6J8 HMG20B-202ENST00000333651 1596 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.18
UBE3DQ7Z6J8 AC139795.1-202ENST00000500444 432 ntBASIC22.39■■□□□ 1.17
UBE3DQ7Z6J8 QDPR-208ENST00000513615 1188 ntTSL 2 BASIC22.39■■□□□ 1.17
UBE3DQ7Z6J8 PVT1_1.1-201ENST00000615125 194 ntBASIC22.39■■□□□ 1.17
UBE3DQ7Z6J8 HNRNPUL1-221ENST00000617305 1018 ntTSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
UBE3DQ7Z6J8 NRG1-210ENST00000520407 1955 ntTSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
UBE3DQ7Z6J8 AC105219.1-201ENST00000531565 1963 ntTSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
UBE3DQ7Z6J8 HOMER3-201ENST00000221222 1384 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.38■■□□□ 1.17
UBE3DQ7Z6J8 RRAD-201ENST00000299759 1569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
UBE3DQ7Z6J8 HNRNPD-203ENST00000353341 1585 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
UBE3DQ7Z6J8 SDHAF1-201ENST00000378887 1117 ntAPPRIS P1 BASIC22.38■■□□□ 1.17
UBE3DQ7Z6J8 MDK-206ENST00000407067 1026 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
UBE3DQ7Z6J8 MIR6089-201ENST00000616698 64 ntBASIC22.38■■□□□ 1.17
UBE3DQ7Z6J8 ZNF74-204ENST00000405993 1839 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.38■■□□□ 1.17
UBE3DQ7Z6J8 ARHGEF7-205ENST00000375739 5375 ntTSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
UBE3DQ7Z6J8 GALR2-201ENST00000329003 1364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
UBE3DQ7Z6J8 PYCR1-202ENST00000337943 1890 ntTSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
UBE3DQ7Z6J8 FAM220A-201ENST00000313324 2214 ntTSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
UBE3DQ7Z6J8 YPEL1-202ENST00000403503 466 ntTSL 3 BASIC22.37■■□□□ 1.17
UBE3DQ7Z6J8 AC019171.1-201ENST00000601251 1056 ntBASIC22.37■■□□□ 1.17
UBE3DQ7Z6J8 FP236240.1-201ENST00000619537 1116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
UBE3DQ7Z6J8 MBD2-201ENST00000256429 5188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
UBE3DQ7Z6J8 LDHB-203ENST00000396076 1538 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.36■■□□□ 1.17
UBE3DQ7Z6J8 SLC25A1-202ENST00000451283 1514 ntTSL 2 BASIC22.36■■□□□ 1.17
UBE3DQ7Z6J8 LSR-205ENST00000427250 1606 ntTSL 2 BASIC22.36■■□□□ 1.17
UBE3DQ7Z6J8 WNT11-201ENST00000322563 1930 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
UBE3DQ7Z6J8 MYCL-201ENST00000372815 1944 ntTSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
UBE3DQ7Z6J8 BHLHE23-202ENST00000612929 1109 ntBASIC22.36■■□□□ 1.17
UBE3DQ7Z6J8 TMUB1-203ENST00000462940 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
UBE3DQ7Z6J8 PINK1-201ENST00000321556 2660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
UBE3DQ7Z6J8 DEAF1-201ENST00000382409 2500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
UBE3DQ7Z6J8 RIMKLB-205ENST00000535829 2236 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.35■■□□□ 1.17
UBE3DQ7Z6J8 APBA3-201ENST00000316757 2075 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
UBE3DQ7Z6J8 EGFL8-219ENST00000333845 1310 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
UBE3DQ7Z6J8 TBL2-222ENST00000610724 2165 ntTSL 5 BASIC22.35■■□□□ 1.17
UBE3DQ7Z6J8 MTX2-204ENST00000443241 799 ntTSL 3 BASIC22.35■■□□□ 1.17
UBE3DQ7Z6J8 RBPMS-209ENST00000520161 842 ntTSL 2 BASIC22.35■■□□□ 1.17
UBE3DQ7Z6J8 ILDR2-208ENST00000529387 1238 ntTSL 5 BASIC22.35■■□□□ 1.17
UBE3DQ7Z6J8 ADAD2-202ENST00000315906 1995 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 76.7 ms