Protein–RNA interactions for Protein: O95639

CPSF4, Cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 4, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 269 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CPSF4O95639 PAPOLA-225ENST00000557471 1421 ntTSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
CPSF4O95639 TTC9-201ENST00000256367 5217 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
CPSF4O95639 EED-207ENST00000528180 1745 ntTSL 5 BASIC22.37■■□□□ 1.17
CPSF4O95639 GJC1-209ENST00000592524 1837 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.36■■□□□ 1.17
CPSF4O95639 TSEN34-201ENST00000302937 2294 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
CPSF4O95639 C1orf122-201ENST00000373042 973 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
CPSF4O95639 P4HA3-201ENST00000331597 2274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
CPSF4O95639 LTB4R-202ENST00000396782 1627 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
CPSF4O95639 C16orf87-201ENST00000285697 1585 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
CPSF4O95639 ANGPTL6-203ENST00000589181 1579 ntTSL 5 BASIC22.35■■□□□ 1.17
CPSF4O95639 PGR-AS1-202ENST00000632820 1545 ntTSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
CPSF4O95639 PLEKHA8-202ENST00000396257 1907 ntTSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
CPSF4O95639 MSRB1-206ENST00000622125 1363 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.35■■□□□ 1.17
CPSF4O95639 FZD9-201ENST00000344575 2338 ntAPPRIS P1 BASIC22.35■■□□□ 1.17
CPSF4O95639 SLC22A31-206ENST00000614943 1860 ntTSL 5 BASIC22.34■■□□□ 1.17
CPSF4O95639 NPAS3-206ENST00000548645 2926 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
CPSF4O95639 WBP1-202ENST00000393972 1325 ntTSL 2 BASIC22.34■■□□□ 1.17
CPSF4O95639 ELOC-206ENST00000520242 1573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
CPSF4O95639 MSX2-201ENST00000239243 2241 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
CPSF4O95639 C7orf25-206ENST00000447342 1823 ntTSL 2 BASIC22.34■■□□□ 1.17
CPSF4O95639 TMEM202-AS1-202ENST00000565181 2325 ntBASIC22.34■■□□□ 1.17
CPSF4O95639 WNT11-201ENST00000322563 1930 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
CPSF4O95639 TMEM268-202ENST00000374049 4578 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.34■■□□□ 1.17
CPSF4O95639 AGTR1-203ENST00000404754 2252 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
CPSF4O95639 ARHGEF9-210ENST00000623517 2143 ntTSL 2 BASIC22.34■■□□□ 1.17
CPSF4O95639 PTPN2-202ENST00000327283 1706 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
CPSF4O95639 SYNGR3-201ENST00000248121 2051 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
CPSF4O95639 NPHS2-202ENST00000367616 1670 ntTSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
CPSF4O95639 CCR10-201ENST00000332438 1773 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
CPSF4O95639 NOCT-201ENST00000280614 1952 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
CPSF4O95639 PNCK-204ENST00000370150 1612 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.33■■□□□ 1.17
CPSF4O95639 FLVCR1-AS1-203ENST00000426161 892 ntTSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
CPSF4O95639 RNASET2-210ENST00000508775 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
CPSF4O95639 RABGGTA-202ENST00000399409 2265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.16
CPSF4O95639 KCNQ3-202ENST00000519445 2801 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.33■■□□□ 1.16
CPSF4O95639 RCC2-201ENST00000375433 2030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.16
CPSF4O95639 RAX2-202ENST00000555978 2145 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.16
CPSF4O95639 ATAD3B-201ENST00000308647 2448 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
CPSF4O95639 ABHD8-201ENST00000247706 2090 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
CPSF4O95639 GNB2-203ENST00000393926 1641 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.32■■□□□ 1.16
CPSF4O95639 TANGO2-204ENST00000401833 1920 ntTSL 5 BASIC22.32■■□□□ 1.16
CPSF4O95639 MEIS3-201ENST00000331559 2104 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.32■■□□□ 1.16
CPSF4O95639 LOR-201ENST00000368742 1230 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
CPSF4O95639 PLEKHJ1-204ENST00000586608 935 ntTSL 3 BASIC22.32■■□□□ 1.16
CPSF4O95639 NR2F6-201ENST00000291442 2404 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
CPSF4O95639 DNAJB11-201ENST00000265028 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
CPSF4O95639 UXS1-201ENST00000283148 2099 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC22.32■■□□□ 1.16
CPSF4O95639 FEZ2-203ENST00000379245 2097 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
CPSF4O95639 TMEM256-PLSCR3-204ENST00000573331 2557 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC22.32■■□□□ 1.16
CPSF4O95639 CLEC11A-201ENST00000250340 1419 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
CPSF4O95639 WTAP-207ENST00000631126 1430 ntTSL 3 BASIC22.31■■□□□ 1.16
CPSF4O95639 SLC22A18-201ENST00000312221 1628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
CPSF4O95639 ZNF641-205ENST00000547026 1823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
CPSF4O95639 TMED2-201ENST00000262225 2560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
CPSF4O95639 BCL7B-202ENST00000411832 1458 ntTSL 2 BASIC22.31■■□□□ 1.16
CPSF4O95639 SLC39A2-201ENST00000298681 1379 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
CPSF4O95639 AGO3-204ENST00000397828 1035 ntTSL 2 BASIC22.31■■□□□ 1.16
CPSF4O95639 UPF3A-209ENST00000492270 494 ntTSL 2 BASIC22.31■■□□□ 1.16
CPSF4O95639 AC007029.1-201ENST00000604183 313 ntBASIC22.31■■□□□ 1.16
CPSF4O95639 P3H3-201ENST00000290510 2632 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
CPSF4O95639 GBX2-201ENST00000306318 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
CPSF4O95639 PTH1R-206ENST00000430002 1947 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
CPSF4O95639 PLEKHO1-202ENST00000369126 1809 ntTSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
CPSF4O95639 CBARP-202ENST00000382477 2453 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.31■■□□□ 1.16
CPSF4O95639 GPX1-201ENST00000419349 1106 ntBASIC22.3■■□□□ 1.16
CPSF4O95639 MXD3-208ENST00000513063 861 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.3■■□□□ 1.16
CPSF4O95639 MBP-237ENST00000579129 1052 ntTSL 5 BASIC22.3■■□□□ 1.16
CPSF4O95639 AC008105.2-203ENST00000591361 550 ntTSL 4 BASIC22.3■■□□□ 1.16
CPSF4O95639 RNPEP-202ENST00000367286 2282 ntTSL 5 BASIC22.3■■□□□ 1.16
CPSF4O95639 CPSF4-207ENST00000451876 1644 ntTSL 5 BASIC22.3■■□□□ 1.16
CPSF4O95639 FOXA2-201ENST00000377115 2401 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
CPSF4O95639 PLEK2-201ENST00000216446 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
CPSF4O95639 GP1BB-201ENST00000366425 1553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
CPSF4O95639 RCCD1-206ENST00000556618 1556 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.29■■□□□ 1.16
CPSF4O95639 ERGIC1-202ENST00000393784 2881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
CPSF4O95639 AP2M1-202ENST00000382456 2091 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
CPSF4O95639 TMEM44-202ENST00000347147 2245 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
CPSF4O95639 PAOX-203ENST00000357296 1633 ntTSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
CPSF4O95639 PTPMT1-203ENST00000426530 1014 ntTSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
CPSF4O95639 DGCR6-208ENST00000608842 1837 ntTSL 2 BASIC22.29■■□□□ 1.16
CPSF4O95639 MMD-201ENST00000262065 2735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
CPSF4O95639 GGH-201ENST00000260118 1607 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
CPSF4O95639 MCUB-201ENST00000394650 2278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
CPSF4O95639 ID2-201ENST00000234091 2041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
CPSF4O95639 MRPL51-201ENST00000229238 1234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
CPSF4O95639 LYL1-201ENST00000264824 1490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
CPSF4O95639 FJX1-201ENST00000317811 2450 ntAPPRIS P1 BASIC22.28■■□□□ 1.16
CPSF4O95639 DEXI-202ENST00000469379 1393 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.27■■□□□ 1.16
CPSF4O95639 CENPV-201ENST00000299736 1165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
CPSF4O95639 HES4-202ENST00000428771 1040 ntTSL 2 BASIC22.27■■□□□ 1.16
CPSF4O95639 GRPEL2-204ENST00000513661 546 ntTSL 2 BASIC22.27■■□□□ 1.16
CPSF4O95639 ALDH16A1-203ENST00000540132 2174 ntTSL 2 BASIC22.27■■□□□ 1.16
CPSF4O95639 TAZ-216ENST00000613002 1485 ntTSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
CPSF4O95639 RAB40B-201ENST00000269347 2189 ntTSL 2 BASIC22.26■■□□□ 1.15
CPSF4O95639 ARSB-206ENST00000565165 1772 ntTSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
CPSF4O95639 MIR4449-201ENST00000578365 66 ntBASIC22.26■■□□□ 1.15
CPSF4O95639 AP000802.1-201ENST00000500537 1934 ntTSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
CPSF4O95639 SLC4A3-203ENST00000358055 4454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
CPSF4O95639 ARMC10-202ENST00000323716 2635 ntTSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
CPSF4O95639 GFER-205ENST00000569451 517 ntTSL 5 BASIC22.25■■□□□ 1.15
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 39.6 ms