Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y6R9

CCDC61, Coiled-coil domain-containing protein 61, humanhuman

Predictions only

Length 512 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC61Q9Y6R9 RABL6-204ENST00000371671 1580 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC33.2■■■□□ 2.91
CCDC61Q9Y6R9 APLP1-201ENST00000221891 2495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.19■■■□□ 2.9
CCDC61Q9Y6R9 P2RX2-205ENST00000352418 1200 ntTSL 1 (best) BASIC33.19■■■□□ 2.9
CCDC61Q9Y6R9 CLIC3-203ENST00000494426 1017 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.19■■■□□ 2.9
CCDC61Q9Y6R9 MIR663AHG-227ENST00000608084 765 ntTSL 5 BASIC33.19■■■□□ 2.9
CCDC61Q9Y6R9 CACNG6-203ENST00000352529 1635 ntTSL 5 BASIC33.19■■■□□ 2.9
CCDC61Q9Y6R9 CTF1-202ENST00000395019 1617 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC33.19■■■□□ 2.9
CCDC61Q9Y6R9 CTDSP2-203ENST00000547701 988 ntTSL 1 (best) BASIC33.18■■■□□ 2.9
CCDC61Q9Y6R9 FBXL6-201ENST00000331890 1785 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC33.18■■■□□ 2.9
CCDC61Q9Y6R9 HMX2-201ENST00000339992 1628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.17■■■□□ 2.9
CCDC61Q9Y6R9 TMEM268-201ENST00000288502 2314 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC33.17■■■□□ 2.9
CCDC61Q9Y6R9 TST-201ENST00000249042 1211 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.17■■■□□ 2.9
CCDC61Q9Y6R9 AC021242.3-201ENST00000607598 1377 ntBASIC33.17■■■□□ 2.9
CCDC61Q9Y6R9 RBM33-201ENST00000287912 1404 ntTSL 2 BASIC33.17■■■□□ 2.9
CCDC61Q9Y6R9 AC103702.2-201ENST00000433510 1270 ntTSL 2 BASIC33.16■■■□□ 2.9
CCDC61Q9Y6R9 HTRA2-202ENST00000352222 1450 ntTSL 1 (best) BASIC33.16■■■□□ 2.9
CCDC61Q9Y6R9 CTF1-201ENST00000279804 1664 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC33.16■■■□□ 2.9
CCDC61Q9Y6R9 CRACR2B-201ENST00000450448 1663 ntTSL 1 (best) BASIC33.16■■■□□ 2.9
CCDC61Q9Y6R9 SLC39A3-201ENST00000269740 1502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.15■■■□□ 2.9
CCDC61Q9Y6R9 VAX1-202ENST00000369206 1723 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC33.15■■■□□ 2.9
CCDC61Q9Y6R9 SYCE1-204ENST00000432597 1254 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC33.15■■■□□ 2.9
CCDC61Q9Y6R9 ZNF419-210ENST00000520540 568 ntTSL 4 BASIC33.15■■■□□ 2.9
CCDC61Q9Y6R9 TESK1-206ENST00000620767 2438 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC33.14■■■□□ 2.9
CCDC61Q9Y6R9 MAPKAPK2-201ENST00000294981 2171 ntTSL 1 (best) BASIC33.14■■■□□ 2.9
CCDC61Q9Y6R9 PRELID1-201ENST00000303204 1261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.14■■■□□ 2.9
CCDC61Q9Y6R9 SH2B1-205ENST00000538342 1532 ntTSL 2 BASIC33.13■■■□□ 2.89
CCDC61Q9Y6R9 FAM72B-203ENST00000452190 748 ntTSL 3 BASIC33.13■■■□□ 2.89
CCDC61Q9Y6R9 PNCK-204ENST00000370150 1612 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC33.13■■■□□ 2.89
CCDC61Q9Y6R9 CHKA-202ENST00000356135 1755 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC33.12■■■□□ 2.89
CCDC61Q9Y6R9 DNAJC4-202ENST00000321685 1288 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC33.12■■■□□ 2.89
CCDC61Q9Y6R9 AP001267.3-203ENST00000554407 579 ntTSL 2 BASIC33.12■■■□□ 2.89
CCDC61Q9Y6R9 DNAJC4-212ENST00000628077 938 ntTSL 5 BASIC33.12■■■□□ 2.89
CCDC61Q9Y6R9 HYAL2-202ENST00000395139 2136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.11■■■□□ 2.89
CCDC61Q9Y6R9 PLSCR3-209ENST00000574401 2032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.11■■■□□ 2.89
CCDC61Q9Y6R9 AL117209.1-201ENST00000560931 828 ntTSL 3 BASIC33.11■■■□□ 2.89
CCDC61Q9Y6R9 TUBBP5-204ENST00000635438 565 ntTSL 4 BASIC33.11■■■□□ 2.89
CCDC61Q9Y6R9 SHF-208ENST00000560734 1731 ntTSL 3 BASIC33.11■■■□□ 2.89
CCDC61Q9Y6R9 TCF24-201ENST00000563496 2450 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC33.1■■■□□ 2.89
CCDC61Q9Y6R9 LSM7-203ENST00000585409 512 ntTSL 2 BASIC33.1■■■□□ 2.89
CCDC61Q9Y6R9 UCK1-204ENST00000372215 2167 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.1■■■□□ 2.89
CCDC61Q9Y6R9 AC008406.3-201ENST00000620001 1374 ntBASIC33.09■■■□□ 2.89
CCDC61Q9Y6R9 C11orf91-201ENST00000379011 811 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.09■■■□□ 2.89
CCDC61Q9Y6R9 NFU1-203ENST00000410022 1467 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC33.09■■■□□ 2.89
CCDC61Q9Y6R9 MRPL4-207ENST00000590669 1423 ntTSL 1 (best) BASIC33.09■■■□□ 2.89
CCDC61Q9Y6R9 MTCH1-201ENST00000373616 2006 ntTSL 1 (best) BASIC33.09■■■□□ 2.89
CCDC61Q9Y6R9 HOMER3-201ENST00000221222 1384 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC33.09■■■□□ 2.89
CCDC61Q9Y6R9 RRAGC-201ENST00000373001 2732 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.08■■■□□ 2.89
CCDC61Q9Y6R9 FBXO7-206ENST00000452138 1535 ntTSL 2 BASIC33.08■■■□□ 2.89
CCDC61Q9Y6R9 GUCD1-202ENST00000402766 865 ntTSL 2 BASIC33.08■■■□□ 2.89
CCDC61Q9Y6R9 YPEL1-202ENST00000403503 466 ntTSL 3 BASIC33.08■■■□□ 2.89
CCDC61Q9Y6R9 KRT16P3-201ENST00000439127 1283 ntBASIC33.08■■■□□ 2.89
CCDC61Q9Y6R9 RTN2-202ENST00000344680 2063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.08■■■□□ 2.89
CCDC61Q9Y6R9 TTC3-225ENST00000540756 2025 ntTSL 2 BASIC33.07■■■□□ 2.89
CCDC61Q9Y6R9 CTU1-201ENST00000421832 2087 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC33.07■■■□□ 2.88
CCDC61Q9Y6R9 SUMF1-205ENST00000458465 1102 ntTSL 2 BASIC33.07■■■□□ 2.88
CCDC61Q9Y6R9 MTNR1B-201ENST00000257068 1565 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.07■■■□□ 2.88
CCDC61Q9Y6R9 CTSA-203ENST00000372459 1972 ntTSL 1 (best) BASIC33.07■■■□□ 2.88
CCDC61Q9Y6R9 MAPK13-201ENST00000211287 2052 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.06■■■□□ 2.88
CCDC61Q9Y6R9 DRAP1-201ENST00000312515 989 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.06■■■□□ 2.88
CCDC61Q9Y6R9 FGD5-AS1-204ENST00000430166 1184 ntTSL 2 BASIC33.06■■■□□ 2.88
CCDC61Q9Y6R9 AC092849.1-201ENST00000475250 303 ntTSL 4 BASIC33.06■■■□□ 2.88
CCDC61Q9Y6R9 AC073111.5-204ENST00000498682 1167 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC33.06■■■□□ 2.88
CCDC61Q9Y6R9 PPP1R3F-205ENST00000495799 1537 ntTSL 1 (best) BASIC33.06■■■□□ 2.88
CCDC61Q9Y6R9 ACAA1-220ENST00000627515 1862 ntTSL 5 BASIC33.05■■■□□ 2.88
CCDC61Q9Y6R9 NEUROG3-201ENST00000242462 1376 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.05■■■□□ 2.88
CCDC61Q9Y6R9 SYT7-202ENST00000535826 1621 ntTSL 5 BASIC33.05■■■□□ 2.88
CCDC61Q9Y6R9 ZNF653-201ENST00000293771 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.05■■■□□ 2.88
CCDC61Q9Y6R9 CCDC71L-201ENST00000315965 1575 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC33.04■■■□□ 2.88
CCDC61Q9Y6R9 U2AF1-204ENST00000459639 1675 ntTSL 1 (best) BASIC33.04■■■□□ 2.88
CCDC61Q9Y6R9 U2AF1L5-204ENST00000623375 1675 ntTSL 1 (best) BASIC33.04■■■□□ 2.88
CCDC61Q9Y6R9 PEMT-201ENST00000255389 1013 ntTSL 1 (best) BASIC33.04■■■□□ 2.88
CCDC61Q9Y6R9 AMH-201ENST00000221496 1821 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.04■■■□□ 2.88
CCDC61Q9Y6R9 NRM-201ENST00000259953 1755 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC33.04■■■□□ 2.88
CCDC61Q9Y6R9 TOMM40-203ENST00000426677 1725 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC33.03■■■□□ 2.88
CCDC61Q9Y6R9 AC090587.2-201ENST00000430222 527 ntTSL 2 BASIC33.03■■■□□ 2.88
CCDC61Q9Y6R9 MIR4281-201ENST00000580852 62 ntBASIC33.03■■■□□ 2.88
CCDC61Q9Y6R9 AC092028.1-203ENST00000608262 953 ntBASIC33.03■■■□□ 2.88
CCDC61Q9Y6R9 R3HCC1-201ENST00000265806 1773 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC33.03■■■□□ 2.88
CCDC61Q9Y6R9 ATPAF1-213ENST00000574428 1760 ntTSL 1 (best) BASIC33.03■■■□□ 2.88
CCDC61Q9Y6R9 SLC35B2-204ENST00000537814 1715 ntTSL 2 BASIC33.02■■■□□ 2.88
CCDC61Q9Y6R9 HMGA2-202ENST00000393577 611 ntTSL 3 BASIC33.02■■■□□ 2.88
CCDC61Q9Y6R9 PEMT-206ENST00000435340 960 ntTSL 5 BASIC33.02■■■□□ 2.88
CCDC61Q9Y6R9 TMEM203-201ENST00000343666 1557 ntAPPRIS P1 BASIC33.01■■■□□ 2.88
CCDC61Q9Y6R9 TSPY9P-201ENST00000440215 945 ntBASIC33.01■■■□□ 2.87
CCDC61Q9Y6R9 TSPY11P-201ENST00000442607 1045 ntBASIC33.01■■■□□ 2.87
CCDC61Q9Y6R9 C17orf74-202ENST00000574034 1287 ntTSL 1 (best) BASIC33.01■■■□□ 2.87
CCDC61Q9Y6R9 ZNF180-205ENST00000587047 525 ntTSL 4 BASIC33.01■■■□□ 2.87
CCDC61Q9Y6R9 TMUB1-203ENST00000462940 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.01■■■□□ 2.87
CCDC61Q9Y6R9 IL15RA-214ENST00000525219 1850 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC33.01■■■□□ 2.87
CCDC61Q9Y6R9 AC142086.6-201ENST00000621154 1765 ntBASIC33.01■■■□□ 2.87
CCDC61Q9Y6R9 RMI2-201ENST00000312499 1457 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33■■■□□ 2.87
CCDC61Q9Y6R9 FEZ1-202ENST00000366139 1053 ntTSL 2 BASIC33■■■□□ 2.87
CCDC61Q9Y6R9 BCKDHB-202ENST00000356489 1514 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33■■■□□ 2.87
CCDC61Q9Y6R9 MDK-202ENST00000395565 951 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC32.99■■■□□ 2.87
CCDC61Q9Y6R9 EVA1C-203ENST00000401402 1558 ntTSL 5 BASIC32.99■■■□□ 2.87
CCDC61Q9Y6R9 MEX3D-201ENST00000402693 2850 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC32.99■■■□□ 2.87
CCDC61Q9Y6R9 NKIRAS2-209ENST00000479407 992 ntTSL 3 BASIC32.98■■■□□ 2.87
CCDC61Q9Y6R9 TSPOAP1-AS1-203ENST00000579527 2042 ntTSL 2 BASIC32.97■■■□□ 2.87
CCDC61Q9Y6R9 LRRC14B-201ENST00000328278 1573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.97■■■□□ 2.87
CCDC61Q9Y6R9 AC009531.1-201ENST00000442323 580 ntTSL 4 BASIC32.97■■■□□ 2.87
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 59.9 ms