Protein–RNA interactions for Protein: Q8NEL0

CCDC54, Coiled-coil domain-containing protein 54, humanhuman

Predictions only

Length 328 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC54Q8NEL0 LTC4S-205ENST00000486713 496 ntTSL 2 BASIC20.71■□□□□ 0.91
CCDC54Q8NEL0 TST-202ENST00000403892 1797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.71■□□□□ 0.91
CCDC54Q8NEL0 IL17RE-203ENST00000421412 2158 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.7■□□□□ 0.91
CCDC54Q8NEL0 PIP5K1C-203ENST00000539785 2289 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.7■□□□□ 0.9
CCDC54Q8NEL0 SOD3-201ENST00000382120 1526 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.7■□□□□ 0.9
CCDC54Q8NEL0 BARX1-202ENST00000401724 1323 ntTSL 1 (best) BASIC20.7■□□□□ 0.9
CCDC54Q8NEL0 E2F5-202ENST00000416274 1728 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.7■□□□□ 0.9
CCDC54Q8NEL0 PTPRM-211ENST00000580170 5941 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.69■□□□□ 0.9
CCDC54Q8NEL0 AL157400.5-201ENST00000507624 621 ntBASIC20.69■□□□□ 0.9
CCDC54Q8NEL0 AC060814.1-201ENST00000554326 538 ntBASIC20.69■□□□□ 0.9
CCDC54Q8NEL0 AC009041.3-201ENST00000564390 879 ntTSL 5 BASIC20.69■□□□□ 0.9
CCDC54Q8NEL0 MED17-227ENST00000640521 2047 ntTSL 5 BASIC20.69■□□□□ 0.9
CCDC54Q8NEL0 NPAS3-203ENST00000357798 2763 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.69■□□□□ 0.9
CCDC54Q8NEL0 FAM57A-202ENST00000308278 2412 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.69■□□□□ 0.9
CCDC54Q8NEL0 TMEM104-205ENST00000582773 1740 ntTSL 2 BASIC20.69■□□□□ 0.9
CCDC54Q8NEL0 ETS1-201ENST00000319397 2231 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.69■□□□□ 0.9
CCDC54Q8NEL0 RNF40-201ENST00000324685 5634 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.68■□□□□ 0.9
CCDC54Q8NEL0 REST-210ENST00000638187 1334 ntTSL 5 BASIC20.68■□□□□ 0.9
CCDC54Q8NEL0 NSMCE4A-202ENST00000369023 1394 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.68■□□□□ 0.9
CCDC54Q8NEL0 TOMM40-203ENST00000426677 1725 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.67■□□□□ 0.9
CCDC54Q8NEL0 MFSD5-201ENST00000329548 1760 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.67■□□□□ 0.9
CCDC54Q8NEL0 PQLC3-204ENST00000441908 1784 ntTSL 2 BASIC20.67■□□□□ 0.9
CCDC54Q8NEL0 ATPAF1-213ENST00000574428 1760 ntTSL 1 (best) BASIC20.67■□□□□ 0.9
CCDC54Q8NEL0 SCARA5-204ENST00000524352 1945 ntTSL 1 (best) BASIC20.67■□□□□ 0.9
CCDC54Q8NEL0 HUNK-201ENST00000270112 7385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.67■□□□□ 0.9
CCDC54Q8NEL0 RUNX2-211ENST00000625924 1458 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.67■□□□□ 0.9
CCDC54Q8NEL0 NELFB-201ENST00000343053 2698 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.67■□□□□ 0.9
CCDC54Q8NEL0 AP003733.4-201ENST00000623785 1697 ntBASIC20.67■□□□□ 0.9
CCDC54Q8NEL0 LGR4-201ENST00000379214 5206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.66■□□□□ 0.9
CCDC54Q8NEL0 NXNL1-201ENST00000301944 946 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.66■□□□□ 0.9
CCDC54Q8NEL0 HSPB6-202ENST00000587965 711 ntTSL 2 BASIC20.66■□□□□ 0.9
CCDC54Q8NEL0 PVT1-212ENST00000521951 1535 ntTSL 1 (best) BASIC20.66■□□□□ 0.9
CCDC54Q8NEL0 TMUB1-202ENST00000392818 1563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.66■□□□□ 0.9
CCDC54Q8NEL0 MEIS3-204ENST00000558555 1715 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.66■□□□□ 0.9
CCDC54Q8NEL0 WHAMM-201ENST00000286760 5101 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.65■□□□□ 0.9
CCDC54Q8NEL0 PKM-204ENST00000449901 2526 ntTSL 2 BASIC20.65■□□□□ 0.9
CCDC54Q8NEL0 SMPD5-203ENST00000639008 1464 ntBASIC20.65■□□□□ 0.9
CCDC54Q8NEL0 FBXL6-202ENST00000455319 1727 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.64■□□□□ 0.9
CCDC54Q8NEL0 OTUD5-201ENST00000156084 2740 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.64■□□□□ 0.9
CCDC54Q8NEL0 MLST8-219ENST00000565250 1588 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC20.64■□□□□ 0.9
CCDC54Q8NEL0 DCAF15-201ENST00000254337 2278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.64■□□□□ 0.89
CCDC54Q8NEL0 MIR639-201ENST00000384974 98 ntBASIC20.64■□□□□ 0.89
CCDC54Q8NEL0 CRNDE-206ENST00000559432 587 ntTSL 3 BASIC20.64■□□□□ 0.89
CCDC54Q8NEL0 MIR7108-201ENST00000614319 87 ntBASIC20.64■□□□□ 0.89
CCDC54Q8NEL0 MOB2-207ENST00000614710 705 ntTSL 5 BASIC20.64■□□□□ 0.89
CCDC54Q8NEL0 WDR38-203ENST00000618744 1270 ntTSL 1 (best) BASIC20.64■□□□□ 0.89
CCDC54Q8NEL0 KRT72-201ENST00000293745 2015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.64■□□□□ 0.89
CCDC54Q8NEL0 NR2F1-AS1-214ENST00000607831 1963 ntTSL 2 BASIC20.64■□□□□ 0.89
CCDC54Q8NEL0 C4orf19-202ENST00000381980 1943 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.64■□□□□ 0.89
CCDC54Q8NEL0 ITM2C-203ENST00000335005 1889 ntTSL 1 (best) BASIC20.64■□□□□ 0.89
CCDC54Q8NEL0 HADH-203ENST00000505878 1719 ntTSL 1 (best) BASIC20.64■□□□□ 0.89
CCDC54Q8NEL0 BIN1-206ENST00000352848 2209 ntTSL 1 (best) BASIC20.63■□□□□ 0.89
CCDC54Q8NEL0 RRAS2-201ENST00000256196 1516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.63■□□□□ 0.89
CCDC54Q8NEL0 EXOSC6-201ENST00000435634 5153 ntAPPRIS P1 BASIC20.63■□□□□ 0.89
CCDC54Q8NEL0 GNG10-201ENST00000374293 1491 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.63■□□□□ 0.89
CCDC54Q8NEL0 PRDM13-202ENST00000369215 2429 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.63■□□□□ 0.89
CCDC54Q8NEL0 FNTA-201ENST00000302279 1840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.63■□□□□ 0.89
CCDC54Q8NEL0 TMIE-201ENST00000326431 1824 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.63■□□□□ 0.89
CCDC54Q8NEL0 TPT1-202ENST00000379055 948 ntTSL 2 BASIC20.63■□□□□ 0.89
CCDC54Q8NEL0 ECEL1P2-201ENST00000461596 1295 ntBASIC20.63■□□□□ 0.89
CCDC54Q8NEL0 AC092296.2-201ENST00000589470 999 ntBASIC20.63■□□□□ 0.89
CCDC54Q8NEL0 FOXK2-201ENST00000335255 5265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.63■□□□□ 0.89
CCDC54Q8NEL0 POTEF-201ENST00000361163 1586 ntTSL 5 BASIC20.63■□□□□ 0.89
CCDC54Q8NEL0 ZNF837-201ENST00000427624 2038 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.63■□□□□ 0.89
CCDC54Q8NEL0 LHX3-201ENST00000371746 2403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.63■□□□□ 0.89
CCDC54Q8NEL0 DDX42-201ENST00000359353 2783 ntTSL 5 BASIC20.63■□□□□ 0.89
CCDC54Q8NEL0 PTGER1-201ENST00000292513 1421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.62■□□□□ 0.89
CCDC54Q8NEL0 PKIG-205ENST00000372891 1443 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.62■□□□□ 0.89
CCDC54Q8NEL0 EZH2-206ENST00000478654 2522 ntTSL 5 BASIC20.62■□□□□ 0.89
CCDC54Q8NEL0 FAM181A-204ENST00000557000 1652 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.62■□□□□ 0.89
CCDC54Q8NEL0 ALKAL1-201ENST00000358543 1217 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.62■□□□□ 0.89
CCDC54Q8NEL0 CDK2AP1-201ENST00000261692 1625 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.62■□□□□ 0.89
CCDC54Q8NEL0 WIPI2-202ENST00000382384 1948 ntTSL 1 (best) BASIC20.62■□□□□ 0.89
CCDC54Q8NEL0 AC138932.3-201ENST00000567634 1902 ntBASIC20.62■□□□□ 0.89
CCDC54Q8NEL0 ARHGDIA-203ENST00000541078 1517 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.62■□□□□ 0.89
CCDC54Q8NEL0 KCNT1-201ENST00000263604 5245 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.61■□□□□ 0.89
CCDC54Q8NEL0 SHISA5-201ENST00000296444 2369 ntTSL 1 (best) BASIC20.61■□□□□ 0.89
CCDC54Q8NEL0 CASP9-201ENST00000333868 2019 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.61■□□□□ 0.89
CCDC54Q8NEL0 NRXN2-204ENST00000377559 6413 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.61■□□□□ 0.89
CCDC54Q8NEL0 ELOA-201ENST00000418390 5154 ntTSL 1 (best) BASIC20.61■□□□□ 0.89
CCDC54Q8NEL0 R3HDM4-203ENST00000587975 1765 ntTSL 3 BASIC20.61■□□□□ 0.89
CCDC54Q8NEL0 SHD-201ENST00000543264 2577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.61■□□□□ 0.89
CCDC54Q8NEL0 CEND1-201ENST00000330106 1649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.6■□□□□ 0.89
CCDC54Q8NEL0 APBA3-201ENST00000316757 2075 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.6■□□□□ 0.89
CCDC54Q8NEL0 ASAP2-201ENST00000281419 5712 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.6■□□□□ 0.89
CCDC54Q8NEL0 ZDHHC3-203ENST00000342790 1336 ntTSL 5 BASIC20.6■□□□□ 0.89
CCDC54Q8NEL0 SLC35B2-202ENST00000393812 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.6■□□□□ 0.89
CCDC54Q8NEL0 NKIRAS2-208ENST00000462043 585 ntTSL 4 BASIC20.6■□□□□ 0.89
CCDC54Q8NEL0 BANF1-208ENST00000533166 1135 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.6■□□□□ 0.89
CCDC54Q8NEL0 AC016595.1-201ENST00000559410 383 ntTSL 3 BASIC20.6■□□□□ 0.89
CCDC54Q8NEL0 CTSZ-201ENST00000217131 1495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.6■□□□□ 0.89
CCDC54Q8NEL0 FANCE-201ENST00000229769 2554 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.6■□□□□ 0.89
CCDC54Q8NEL0 AC093323.1-202ENST00000635031 2045 ntBASIC20.6■□□□□ 0.89
CCDC54Q8NEL0 DYRK2-203ENST00000393555 2209 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
CCDC54Q8NEL0 CADPS-202ENST00000357948 5190 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
CCDC54Q8NEL0 AQP10-201ENST00000324978 1791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
CCDC54Q8NEL0 USP25-203ENST00000351097 2158 ntTSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
CCDC54Q8NEL0 FUT11-202ENST00000394790 2175 ntTSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
CCDC54Q8NEL0 KHSRP-201ENST00000398148 2993 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
CCDC54Q8NEL0 EED-207ENST00000528180 1745 ntTSL 5 BASIC20.59■□□□□ 0.89
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 16.1 ms