Protein–RNA interactions for Protein: Q8N205

SYNE4, Nesprin-4, humanhuman

Predictions only

Length 404 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SYNE4Q8N205 GRAMD4P7-201ENST00000578182 1232 ntBASIC30.12■■■□□ 2.41
SYNE4Q8N205 CLEC2L-201ENST00000422142 1359 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC30.12■■■□□ 2.41
SYNE4Q8N205 R3HCC1-202ENST00000411463 1467 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC30.12■■■□□ 2.41
SYNE4Q8N205 PPM1J-201ENST00000309276 1863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.11■■■□□ 2.41
SYNE4Q8N205 SMUG1-203ENST00000401977 1082 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC30.11■■■□□ 2.41
SYNE4Q8N205 FAM66E-202ENST00000533615 2087 ntTSL 2 BASIC30.1■■■□□ 2.41
SYNE4Q8N205 AP002893.1-201ENST00000528885 684 ntTSL 2 BASIC30.1■■■□□ 2.41
SYNE4Q8N205 SNAI3-AS1-203ENST00000565633 829 ntTSL 5 BASIC30.1■■■□□ 2.41
SYNE4Q8N205 MYL12B-203ENST00000581193 1249 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC30.1■■■□□ 2.41
SYNE4Q8N205 AL022341.2-201ENST00000573609 1417 ntTSL 3 BASIC30.1■■■□□ 2.41
SYNE4Q8N205 SH2B1-205ENST00000538342 1532 ntTSL 2 BASIC30.1■■■□□ 2.41
SYNE4Q8N205 PNCK-204ENST00000370150 1612 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC30.1■■■□□ 2.41
SYNE4Q8N205 ZNF775-201ENST00000329630 2257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.09■■■□□ 2.41
SYNE4Q8N205 PSMG1-201ENST00000331573 2154 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.09■■■□□ 2.41
SYNE4Q8N205 HMG20B-202ENST00000333651 1596 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.09■■■□□ 2.41
SYNE4Q8N205 TANGO2-214ENST00000447208 2086 ntTSL 3 BASIC30.09■■■□□ 2.41
SYNE4Q8N205 ST20-MTHFS-201ENST00000479961 859 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC30.09■■■□□ 2.41
SYNE4Q8N205 CCDC194-202ENST00000636079 705 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC30.09■■■□□ 2.41
SYNE4Q8N205 TMEM55B-201ENST00000250489 1961 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC30.08■■■□□ 2.41
SYNE4Q8N205 CTF1-201ENST00000279804 1664 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC30.08■■■□□ 2.41
SYNE4Q8N205 EPM2A-208ENST00000618445 1694 ntTSL 1 (best) BASIC30.08■■■□□ 2.41
SYNE4Q8N205 MRPL4-207ENST00000590669 1423 ntTSL 1 (best) BASIC30.08■■■□□ 2.41
SYNE4Q8N205 PKIB-205ENST00000368452 1398 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.08■■■□□ 2.41
SYNE4Q8N205 PIK3R2-207ENST00000617130 2187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.08■■■□□ 2.41
SYNE4Q8N205 SLC25A1-202ENST00000451283 1514 ntTSL 2 BASIC30.07■■■□□ 2.4
SYNE4Q8N205 DUSP22-201ENST00000344450 1485 ntTSL 1 (best) BASIC30.07■■■□□ 2.4
SYNE4Q8N205 AC078883.1-201ENST00000442417 950 ntTSL 3 BASIC30.07■■■□□ 2.4
SYNE4Q8N205 ZNF419-210ENST00000520540 568 ntTSL 4 BASIC30.07■■■□□ 2.4
SYNE4Q8N205 REEP6-201ENST00000233596 1794 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC30.07■■■□□ 2.4
SYNE4Q8N205 HMX2-201ENST00000339992 1628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.07■■■□□ 2.4
SYNE4Q8N205 PCMTD2-202ENST00000299468 1049 ntTSL 5 BASIC30.06■■■□□ 2.4
SYNE4Q8N205 EBPL-205ENST00000378284 967 ntTSL 1 (best) BASIC30.06■■■□□ 2.4
SYNE4Q8N205 LSM7-204ENST00000587502 575 ntTSL 1 (best) BASIC30.06■■■□□ 2.4
SYNE4Q8N205 CFD-202ENST00000592860 809 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.06■■■□□ 2.4
SYNE4Q8N205 HAND2-201ENST00000359562 2780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.06■■■□□ 2.4
SYNE4Q8N205 NRM-201ENST00000259953 1755 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC30.05■■■□□ 2.4
SYNE4Q8N205 R3HCC1-201ENST00000265806 1773 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.05■■■□□ 2.4
SYNE4Q8N205 SLC25A6-201ENST00000381401 2062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.05■■■□□ 2.4
SYNE4Q8N205 KRT18P24-201ENST00000344739 1156 ntBASIC30.05■■■□□ 2.4
SYNE4Q8N205 KRT18P10-201ENST00000388836 1287 ntBASIC30.05■■■□□ 2.4
SYNE4Q8N205 ST3GAL6-AS1-203ENST00000488132 769 ntTSL 3 BASIC30.05■■■□□ 2.4
SYNE4Q8N205 ATPAF1-213ENST00000574428 1760 ntTSL 1 (best) BASIC30.05■■■□□ 2.4
SYNE4Q8N205 CDK2AP1-201ENST00000261692 1625 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.04■■■□□ 2.4
SYNE4Q8N205 AC022616.5-201ENST00000518796 181 ntBASIC30.04■■■□□ 2.4
SYNE4Q8N205 SLC52A2-208ENST00000527078 1790 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC30.04■■■□□ 2.4
SYNE4Q8N205 U2AF1-204ENST00000459639 1675 ntTSL 1 (best) BASIC30.04■■■□□ 2.4
SYNE4Q8N205 U2AF1L5-204ENST00000623375 1675 ntTSL 1 (best) BASIC30.04■■■□□ 2.4
SYNE4Q8N205 CENPVL1-201ENST00000602548 1620 ntAPPRIS P1 BASIC30.04■■■□□ 2.4
SYNE4Q8N205 CENPVL2-201ENST00000634648 1620 ntAPPRIS P1 BASIC30.04■■■□□ 2.4
SYNE4Q8N205 C15orf59-201ENST00000379822 1342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.03■■■□□ 2.4
SYNE4Q8N205 IRAK1-205ENST00000429936 2127 ntTSL 5 BASIC30.03■■■□□ 2.4
SYNE4Q8N205 PEMT-206ENST00000435340 960 ntTSL 5 BASIC30.03■■■□□ 2.4
SYNE4Q8N205 DTWD2-204ENST00000515439 1275 ntTSL 5 BASIC30.03■■■□□ 2.4
SYNE4Q8N205 AC120024.1-201ENST00000562672 995 ntBASIC30.03■■■□□ 2.4
SYNE4Q8N205 SYT7-202ENST00000535826 1621 ntTSL 5 BASIC30.03■■■□□ 2.4
SYNE4Q8N205 CLK2-203ENST00000368361 2166 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC30.03■■■□□ 2.4
SYNE4Q8N205 TMEM9-201ENST00000367330 1959 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC30.03■■■□□ 2.4
SYNE4Q8N205 FAM162B-201ENST00000368557 1036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.02■■■□□ 2.4
SYNE4Q8N205 CLIC3-203ENST00000494426 1017 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.02■■■□□ 2.4
SYNE4Q8N205 AC026785.2-201ENST00000511821 867 ntTSL 2 BASIC30.02■■■□□ 2.4
SYNE4Q8N205 MIR4787-201ENST00000607364 84 ntBASIC30.02■■■□□ 2.4
SYNE4Q8N205 NDEL1-202ENST00000380025 2181 ntTSL 5 BASIC30.01■■■□□ 2.4
SYNE4Q8N205 P2RX2-205ENST00000352418 1200 ntTSL 1 (best) BASIC30.01■■■□□ 2.39
SYNE4Q8N205 HMX3-201ENST00000357878 1173 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC30.01■■■□□ 2.39
SYNE4Q8N205 VSTM2L-201ENST00000373459 831 ntTSL 3 BASIC30.01■■■□□ 2.39
SYNE4Q8N205 CFAP77-202ENST00000393215 901 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC30.01■■■□□ 2.39
SYNE4Q8N205 HDGFL1-201ENST00000510882 2174 ntAPPRIS P1 BASIC30■■■□□ 2.39
SYNE4Q8N205 TST-201ENST00000249042 1211 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30■■■□□ 2.39
SYNE4Q8N205 MRPS34-202ENST00000397375 1024 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30■■■□□ 2.39
SYNE4Q8N205 GABRA5-203ENST00000400081 2761 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.99■■■□□ 2.39
SYNE4Q8N205 KCNJ4-201ENST00000303592 2065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.99■■■□□ 2.39
SYNE4Q8N205 RPL31-208ENST00000409733 825 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.99■■■□□ 2.39
SYNE4Q8N205 UNC93B8-201ENST00000511903 705 ntBASIC29.99■■■□□ 2.39
SYNE4Q8N205 KRT125P-201ENST00000546827 989 ntBASIC29.99■■■□□ 2.39
SYNE4Q8N205 HTRA2-202ENST00000352222 1450 ntTSL 1 (best) BASIC29.99■■■□□ 2.39
SYNE4Q8N205 C19orf47-202ENST00000392035 2126 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.98■■■□□ 2.39
SYNE4Q8N205 MAGI2-AS3-201ENST00000414797 1072 ntTSL 2 BASIC29.98■■■□□ 2.39
SYNE4Q8N205 RBM33-201ENST00000287912 1404 ntTSL 2 BASIC29.97■■■□□ 2.39
SYNE4Q8N205 FAM107A-203ENST00000447756 1432 ntTSL 1 (best) BASIC29.97■■■□□ 2.39
SYNE4Q8N205 TMUB1-203ENST00000462940 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.97■■■□□ 2.39
SYNE4Q8N205 GBX1-201ENST00000297537 1092 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.97■■■□□ 2.39
SYNE4Q8N205 AC103702.2-201ENST00000433510 1270 ntTSL 2 BASIC29.97■■■□□ 2.39
SYNE4Q8N205 CHTF8-205ENST00000519520 856 ntTSL 2 BASIC29.97■■■□□ 2.39
SYNE4Q8N205 IL15RA-214ENST00000525219 1850 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.97■■■□□ 2.39
SYNE4Q8N205 PPP1R3F-205ENST00000495799 1537 ntTSL 1 (best) BASIC29.96■■■□□ 2.39
SYNE4Q8N205 ANKS3-203ENST00000450067 2272 ntTSL 5 BASIC29.96■■■□□ 2.39
SYNE4Q8N205 EVA1C-203ENST00000401402 1558 ntTSL 5 BASIC29.96■■■□□ 2.39
SYNE4Q8N205 LRMDA-215ENST00000611255 1040 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.96■■■□□ 2.39
SYNE4Q8N205 ZDHHC16-207ENST00000393760 2014 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC29.96■■■□□ 2.39
SYNE4Q8N205 CASP9-202ENST00000348549 1621 ntTSL 1 (best) BASIC29.96■■■□□ 2.39
SYNE4Q8N205 RAB3IL1-202ENST00000394836 2284 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.95■■■□□ 2.39
SYNE4Q8N205 CCDC71L-201ENST00000315965 1575 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.94■■■□□ 2.38
SYNE4Q8N205 SLC35B2-204ENST00000537814 1715 ntTSL 2 BASIC29.94■■■□□ 2.38
SYNE4Q8N205 BX664725.1-201ENST00000438252 379 ntBASIC29.94■■■□□ 2.38
SYNE4Q8N205 CDKN3-207ENST00000543789 610 ntTSL 5 BASIC29.94■■■□□ 2.38
SYNE4Q8N205 SLC39A3-201ENST00000269740 1502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.94■■■□□ 2.38
SYNE4Q8N205 SNX24-201ENST00000261369 2158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.93■■■□□ 2.38
SYNE4Q8N205 PEMT-201ENST00000255389 1013 ntTSL 1 (best) BASIC29.93■■■□□ 2.38
SYNE4Q8N205 TUBBP5-204ENST00000635438 565 ntTSL 4 BASIC29.93■■■□□ 2.38
SYNE4Q8N205 TMUB1-201ENST00000297533 1353 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.92■■■□□ 2.38
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 39 ms