Protein–RNA interactions for Protein: Q7Z494

NPHP3, Nephrocystin-3, humanhuman

Predictions only

Length 1,330 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
NPHP3Q7Z494 AL117332.1-201ENST00000622628 974 ntBASIC33.31■■■□□ 2.92
NPHP3Q7Z494 AC005551.1-201ENST00000641816 493 ntAPPRIS P1 BASIC33.31■■■□□ 2.92
NPHP3Q7Z494 PHF23-201ENST00000320316 2037 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.3■■■□□ 2.92
NPHP3Q7Z494 IL15RA-209ENST00000397255 759 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC33.3■■■□□ 2.92
NPHP3Q7Z494 CLIC3-203ENST00000494426 1017 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.3■■■□□ 2.92
NPHP3Q7Z494 IL15RA-216ENST00000530685 660 ntTSL 5 BASIC33.3■■■□□ 2.92
NPHP3Q7Z494 PGM5P2-201ENST00000613141 1980 ntTSL 1 (best) BASIC33.3■■■□□ 2.92
NPHP3Q7Z494 CLEC2L-201ENST00000422142 1359 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC33.3■■■□□ 2.92
NPHP3Q7Z494 PRELID1-201ENST00000303204 1261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.29■■■□□ 2.92
NPHP3Q7Z494 HMG20B-202ENST00000333651 1596 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.29■■■□□ 2.92
NPHP3Q7Z494 PVT1-212ENST00000521951 1535 ntTSL 1 (best) BASIC33.29■■■□□ 2.92
NPHP3Q7Z494 ITGB3-202ENST00000571680 1668 ntTSL 1 (best) BASIC33.29■■■□□ 2.92
NPHP3Q7Z494 CERS2-201ENST00000271688 2544 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC33.29■■■□□ 2.92
NPHP3Q7Z494 TSPAN17-204ENST00000503045 1019 ntTSL 5 BASIC33.28■■■□□ 2.92
NPHP3Q7Z494 CLDN15-201ENST00000308344 1370 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.28■■■□□ 2.92
NPHP3Q7Z494 FOXQ1-201ENST00000296839 2309 ntAPPRIS P1 BASIC33.28■■■□□ 2.92
NPHP3Q7Z494 EFNA3-201ENST00000368408 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.28■■■□□ 2.92
NPHP3Q7Z494 Z98883.1-202ENST00000635107 1289 ntTSL 5 BASIC33.28■■■□□ 2.92
NPHP3Q7Z494 RHOF-203ENST00000537171 1485 ntTSL 1 (best) BASIC33.27■■■□□ 2.92
NPHP3Q7Z494 PPM1J-201ENST00000309276 1863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.27■■■□□ 2.92
NPHP3Q7Z494 SPATA5L1-208ENST00000638607 1863 ntTSL 2 BASIC33.27■■■□□ 2.92
NPHP3Q7Z494 GNAS-207ENST00000354359 1975 ntTSL 1 (best) BASIC33.27■■■□□ 2.92
NPHP3Q7Z494 GNAS-210ENST00000371085 1972 ntTSL 1 (best) BASIC33.27■■■□□ 2.92
NPHP3Q7Z494 NAA30-203ENST00000555166 1294 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC33.27■■■□□ 2.92
NPHP3Q7Z494 MIR3621-201ENST00000580529 85 ntBASIC33.27■■■□□ 2.92
NPHP3Q7Z494 FAM228B-208ENST00000613899 1238 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC33.27■■■□□ 2.92
NPHP3Q7Z494 TAZ-216ENST00000613002 1485 ntTSL 1 (best) BASIC33.26■■■□□ 2.92
NPHP3Q7Z494 FAH-213ENST00000561421 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.26■■■□□ 2.91
NPHP3Q7Z494 TNFRSF25-201ENST00000348333 1119 ntTSL 1 (best) BASIC33.26■■■□□ 2.91
NPHP3Q7Z494 TNFRSF25-202ENST00000351748 705 ntTSL 1 (best) BASIC33.26■■■□□ 2.91
NPHP3Q7Z494 SLC16A10-206ENST00000612036 1231 ntTSL 5 BASIC33.26■■■□□ 2.91
NPHP3Q7Z494 AC005837.3-201ENST00000612163 286 ntBASIC33.26■■■□□ 2.91
NPHP3Q7Z494 FBXL8-206ENST00000519917 1460 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC33.25■■■□□ 2.91
NPHP3Q7Z494 TAZ-215ENST00000612460 1793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.25■■■□□ 2.91
NPHP3Q7Z494 CDPF1-201ENST00000314567 1875 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC33.25■■■□□ 2.91
NPHP3Q7Z494 FAM173A-201ENST00000219535 806 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC33.25■■■□□ 2.91
NPHP3Q7Z494 AL357078.1-201ENST00000448344 310 ntTSL 4 BASIC33.24■■■□□ 2.91
NPHP3Q7Z494 TOLLIP-208ENST00000527938 549 ntTSL 4 BASIC33.24■■■□□ 2.91
NPHP3Q7Z494 KLHL26-202ENST00000595182 522 ntTSL 4 BASIC33.24■■■□□ 2.91
NPHP3Q7Z494 FTCD-204ENST00000397748 1955 ntTSL 1 (best) BASIC33.23■■■□□ 2.91
NPHP3Q7Z494 CCDC136-206ENST00000464832 1720 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC33.23■■■□□ 2.91
NPHP3Q7Z494 RUNDC3A-206ENST00000590941 1675 ntTSL 1 (best) BASIC33.22■■■□□ 2.91
NPHP3Q7Z494 UBE2J2-202ENST00000349431 1733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.22■■■□□ 2.91
NPHP3Q7Z494 HES4-201ENST00000304952 899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.22■■■□□ 2.91
NPHP3Q7Z494 GDF6-202ENST00000620978 973 ntTSL 1 (best) BASIC33.22■■■□□ 2.91
NPHP3Q7Z494 EMID1-202ENST00000404755 2049 ntTSL 5 BASIC33.21■■■□□ 2.91
NPHP3Q7Z494 JMJD8-201ENST00000412368 2038 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC33.21■■■□□ 2.91
NPHP3Q7Z494 SLC25A1-202ENST00000451283 1514 ntTSL 2 BASIC33.21■■■□□ 2.91
NPHP3Q7Z494 RBM33-201ENST00000287912 1404 ntTSL 2 BASIC33.21■■■□□ 2.91
NPHP3Q7Z494 CHTF8-208ENST00000522091 863 ntTSL 2 BASIC33.21■■■□□ 2.91
NPHP3Q7Z494 PRSS21-201ENST00000005995 1101 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.21■■■□□ 2.91
NPHP3Q7Z494 SRRM2-231ENST00000630499 1207 ntTSL 1 (best) BASIC33.21■■■□□ 2.91
NPHP3Q7Z494 LRRC61-205ENST00000493307 1456 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC33.21■■■□□ 2.91
NPHP3Q7Z494 AC096631.2-201ENST00000436136 790 ntBASIC33.2■■■□□ 2.91
NPHP3Q7Z494 MIR4281-201ENST00000580852 62 ntBASIC33.2■■■□□ 2.91
NPHP3Q7Z494 HNRNPAB-208ENST00000515193 1595 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC33.19■■■□□ 2.9
NPHP3Q7Z494 NAXE-201ENST00000368233 1012 ntTSL 2 BASIC33.19■■■□□ 2.9
NPHP3Q7Z494 CFAP77-202ENST00000393215 901 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC33.19■■■□□ 2.9
NPHP3Q7Z494 POLR2F-211ENST00000488684 564 ntTSL 2 BASIC33.19■■■□□ 2.9
NPHP3Q7Z494 TMC6-218ENST00000591436 1155 ntTSL 1 (best) BASIC33.19■■■□□ 2.9
NPHP3Q7Z494 AC010997.5-201ENST00000609182 354 ntBASIC33.19■■■□□ 2.9
NPHP3Q7Z494 MIR6724-1-201ENST00000616420 92 ntBASIC33.19■■■□□ 2.9
NPHP3Q7Z494 MIR6724-2-201ENST00000616483 92 ntBASIC33.19■■■□□ 2.9
NPHP3Q7Z494 MIR6724-4-201ENST00000617390 92 ntBASIC33.19■■■□□ 2.9
NPHP3Q7Z494 MIR6724-3-201ENST00000622482 92 ntBASIC33.19■■■□□ 2.9
NPHP3Q7Z494 SV2B-203ENST00000545111 2099 ntTSL 2 BASIC33.18■■■□□ 2.9
NPHP3Q7Z494 RNF225-201ENST00000601382 990 ntAPPRIS P1 BASIC33.18■■■□□ 2.9
NPHP3Q7Z494 HIST1H2AL-201ENST00000613174 393 ntAPPRIS P1 BASIC33.18■■■□□ 2.9
NPHP3Q7Z494 AC133561.4-201ENST00000566112 224 ntBASIC33.17■■■□□ 2.9
NPHP3Q7Z494 DUSP22-201ENST00000344450 1485 ntTSL 1 (best) BASIC33.16■■■□□ 2.9
NPHP3Q7Z494 RFFL-206ENST00000447669 2030 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC33.15■■■□□ 2.9
NPHP3Q7Z494 POU3F1-201ENST00000373012 2184 ntAPPRIS P1 BASIC33.15■■■□□ 2.9
NPHP3Q7Z494 GNAS-211ENST00000371095 1931 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC33.14■■■□□ 2.9
NPHP3Q7Z494 FOXB2-201ENST00000376708 1299 ntAPPRIS P1 BASIC33.14■■■□□ 2.9
NPHP3Q7Z494 IGFBP7-203ENST00000514062 1251 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC33.14■■■□□ 2.9
NPHP3Q7Z494 CAPNS1-205ENST00000588780 1035 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC33.14■■■□□ 2.9
NPHP3Q7Z494 PPP1R14A-204ENST00000591291 433 ntTSL 5 BASIC33.14■■■□□ 2.9
NPHP3Q7Z494 MIR4466-201ENST00000606121 54 ntBASIC33.14■■■□□ 2.9
NPHP3Q7Z494 CAPNS1-215ENST00000628018 1509 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC33.14■■■□□ 2.9
NPHP3Q7Z494 MXRA7-203ENST00000449428 1881 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC33.14■■■□□ 2.9
NPHP3Q7Z494 EMC9-201ENST00000216799 835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.13■■■□□ 2.89
NPHP3Q7Z494 SENCR-201ENST00000526269 1298 ntTSL 1 (best) BASIC33.13■■■□□ 2.89
NPHP3Q7Z494 AL117336.3-202ENST00000605499 489 ntTSL 3 BASIC33.13■■■□□ 2.89
NPHP3Q7Z494 HNRNPUL1-222ENST00000617774 451 ntTSL 5 BASIC33.13■■■□□ 2.89
NPHP3Q7Z494 SLC35B2-204ENST00000537814 1715 ntTSL 2 BASIC33.13■■■□□ 2.89
NPHP3Q7Z494 REEP6-201ENST00000233596 1794 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC33.12■■■□□ 2.89
NPHP3Q7Z494 LTB4R-202ENST00000396782 1627 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.11■■■□□ 2.89
NPHP3Q7Z494 ZNF428-201ENST00000300811 1412 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.11■■■□□ 2.89
NPHP3Q7Z494 FOSL1-202ENST00000448083 1427 ntTSL 2 BASIC33.11■■■□□ 2.89
NPHP3Q7Z494 LSM4-201ENST00000252816 986 ntTSL 2 BASIC33.11■■■□□ 2.89
NPHP3Q7Z494 WBP1-203ENST00000409737 1110 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC33.11■■■□□ 2.89
NPHP3Q7Z494 MTDHP2-201ENST00000601468 714 ntBASIC33.11■■■□□ 2.89
NPHP3Q7Z494 AL356740.2-201ENST00000601559 647 ntBASIC33.11■■■□□ 2.89
NPHP3Q7Z494 NGB-201ENST00000298352 1884 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.1■■■□□ 2.89
NPHP3Q7Z494 LIN7B-202ENST00000391864 582 ntTSL 3 BASIC33.1■■■□□ 2.89
NPHP3Q7Z494 LY6H-205ENST00000615409 980 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC33.1■■■□□ 2.89
NPHP3Q7Z494 NFU1-203ENST00000410022 1467 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC33.1■■■□□ 2.89
NPHP3Q7Z494 TYMP-203ENST00000395680 1608 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC33.08■■■□□ 2.89
NPHP3Q7Z494 TYMP-204ENST00000395681 1604 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC33.08■■■□□ 2.89
NPHP3Q7Z494 CENPVL1-201ENST00000602548 1620 ntAPPRIS P1 BASIC33.08■■■□□ 2.89
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 39.2 ms