Protein–RNA interactions for Protein: P02549

SPTA1, Spectrin alpha chain, erythrocytic 1, humanhuman

Predictions only

Length 2,419 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SPTA1P02549 TADA2B-201ENST00000310074 4350 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
SPTA1P02549 AC009097.2-201ENST00000562763 465 ntTSL 2 BASIC22.08■■□□□ 1.13
SPTA1P02549 HES5-201ENST00000378453 1306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
SPTA1P02549 KAZN-207ENST00000503743 1475 ntTSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.12
SPTA1P02549 EDA-209ENST00000525810 843 ntTSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.12
SPTA1P02549 PPP1CC-208ENST00000551676 1581 ntTSL 2 BASIC22.08■■□□□ 1.12
SPTA1P02549 AL356740.2-201ENST00000601559 647 ntBASIC22.08■■□□□ 1.12
SPTA1P02549 ZNF263-204ENST00000573578 1636 ntTSL 5 BASIC22.07■■□□□ 1.12
SPTA1P02549 HNRNPAB-208ENST00000515193 1595 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.07■■□□□ 1.12
SPTA1P02549 EPHB2-207ENST00000544305 1709 ntTSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
SPTA1P02549 GUK1-205ENST00000366722 850 ntTSL 3 BASIC22.07■■□□□ 1.12
SPTA1P02549 NAA30-203ENST00000555166 1294 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.07■■□□□ 1.12
SPTA1P02549 SP8-202ENST00000418710 1618 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
SPTA1P02549 SAE1-209ENST00000598840 1831 ntTSL 5 BASIC22.07■■□□□ 1.12
SPTA1P02549 SETBP1-202ENST00000426838 1785 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
SPTA1P02549 CAMK1D-203ENST00000615792 1725 ntTSL 5 BASIC22.06■■□□□ 1.12
SPTA1P02549 TNFRSF25-201ENST00000348333 1119 ntTSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
SPTA1P02549 TNFRSF25-202ENST00000351748 705 ntTSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
SPTA1P02549 SUDS3P1-201ENST00000505831 966 ntBASIC22.06■■□□□ 1.12
SPTA1P02549 MIR4281-201ENST00000580852 62 ntBASIC22.06■■□□□ 1.12
SPTA1P02549 NEUROG3-201ENST00000242462 1376 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
SPTA1P02549 H1FX-AS1-204ENST00000511998 917 ntTSL 5 BASIC22.05■■□□□ 1.12
SPTA1P02549 SENCR-201ENST00000526269 1298 ntTSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
SPTA1P02549 AC120024.1-201ENST00000562672 995 ntBASIC22.05■■□□□ 1.12
SPTA1P02549 AL117332.1-201ENST00000622628 974 ntBASIC22.05■■□□□ 1.12
SPTA1P02549 AGAP1-202ENST00000336665 5427 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
SPTA1P02549 DERA-201ENST00000428559 1705 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
SPTA1P02549 TSPAN33-201ENST00000486685 1863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
SPTA1P02549 PARD6B-202ENST00000396039 522 ntTSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
SPTA1P02549 NDUFA10-204ENST00000407129 699 ntTSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
SPTA1P02549 AC090587.2-201ENST00000430222 527 ntTSL 2 BASIC22.02■■□□□ 1.12
SPTA1P02549 KRT18P10-201ENST00000388836 1287 ntBASIC22.02■■□□□ 1.12
SPTA1P02549 QDPR-206ENST00000508623 601 ntTSL 3 BASIC22.02■■□□□ 1.12
SPTA1P02549 ACBD4-216ENST00000619916 1276 ntTSL 5 BASIC22.02■■□□□ 1.12
SPTA1P02549 PPAN-202ENST00000393793 1575 ntTSL 5 BASIC22.02■■□□□ 1.12
SPTA1P02549 LSM4-201ENST00000252816 986 ntTSL 2 BASIC22.01■■□□□ 1.11
SPTA1P02549 GBX1-201ENST00000297537 1092 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
SPTA1P02549 SLC16A10-206ENST00000612036 1231 ntTSL 5 BASIC22.01■■□□□ 1.11
SPTA1P02549 GDF6-202ENST00000620978 973 ntTSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
SPTA1P02549 GLT8D1-201ENST00000266014 1849 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
SPTA1P02549 TPM2-203ENST00000378292 2147 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
SPTA1P02549 CFAP77-202ENST00000393215 901 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.01■■□□□ 1.11
SPTA1P02549 SLC35B2-204ENST00000537814 1715 ntTSL 2 BASIC22.01■■□□□ 1.11
SPTA1P02549 WBP1-203ENST00000409737 1110 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22■■□□□ 1.11
SPTA1P02549 ANKRD53-203ENST00000441349 1797 ntTSL 5 BASIC22■■□□□ 1.11
SPTA1P02549 NELFB-202ENST00000634710 1887 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
SPTA1P02549 SCN1B-201ENST00000262631 1670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
SPTA1P02549 MED22-201ENST00000343730 1437 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
SPTA1P02549 ANGPTL6-201ENST00000253109 1900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
SPTA1P02549 AC008105.3-203ENST00000591365 2238 ntTSL 2 BASIC21.99■■□□□ 1.11
SPTA1P02549 DCTPP1-201ENST00000319285 1222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
SPTA1P02549 LIN7B-202ENST00000391864 582 ntTSL 3 BASIC21.99■■□□□ 1.11
SPTA1P02549 HNRNPUL1-222ENST00000617774 451 ntTSL 5 BASIC21.99■■□□□ 1.11
SPTA1P02549 AC005551.1-201ENST00000641816 493 ntAPPRIS P1 BASIC21.99■■□□□ 1.11
SPTA1P02549 PAPD7-201ENST00000230859 5459 ntTSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
SPTA1P02549 CDPF1-201ENST00000314567 1875 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
SPTA1P02549 HMG20B-202ENST00000333651 1596 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
SPTA1P02549 LRRC61-205ENST00000493307 1456 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.98■■□□□ 1.11
SPTA1P02549 NFYB-205ENST00000551727 1727 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.98■■□□□ 1.11
SPTA1P02549 TBCC-201ENST00000372876 1616 ntAPPRIS P1 BASIC21.98■■□□□ 1.11
SPTA1P02549 TFEB-204ENST00000373033 2331 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
SPTA1P02549 REEP6-201ENST00000233596 1794 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
SPTA1P02549 YTHDF1-201ENST00000370334 747 ntTSL 3 BASIC21.97■■□□□ 1.11
SPTA1P02549 CARD19-201ENST00000375464 855 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
SPTA1P02549 HSBP1L1-201ENST00000451882 771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
SPTA1P02549 MMP25-AS1-209ENST00000576250 779 ntTSL 5 BASIC21.97■■□□□ 1.11
SPTA1P02549 MRPL41-201ENST00000371443 1262 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
SPTA1P02549 TK2-202ENST00000417693 1046 ntTSL 2 BASIC21.97■■□□□ 1.11
SPTA1P02549 AL512631.2-201ENST00000604634 923 ntBASIC21.97■■□□□ 1.11
SPTA1P02549 AC106739.1-201ENST00000617035 715 ntBASIC21.96■■□□□ 1.11
SPTA1P02549 FGF18-201ENST00000274625 1986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
SPTA1P02549 RBM33-201ENST00000287912 1404 ntTSL 2 BASIC21.95■■□□□ 1.11
SPTA1P02549 TMEM121-202ENST00000431372 1519 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.95■■□□□ 1.1
SPTA1P02549 AC010997.5-201ENST00000609182 354 ntBASIC21.95■■□□□ 1.1
SPTA1P02549 UBE2J2-202ENST00000349431 1733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
SPTA1P02549 AL117336.3-202ENST00000605499 489 ntTSL 3 BASIC21.95■■□□□ 1.1
SPTA1P02549 MIR6724-1-201ENST00000616420 92 ntBASIC21.95■■□□□ 1.1
SPTA1P02549 MIR6724-2-201ENST00000616483 92 ntBASIC21.95■■□□□ 1.1
SPTA1P02549 MIR6724-4-201ENST00000617390 92 ntBASIC21.95■■□□□ 1.1
SPTA1P02549 MIR6724-3-201ENST00000622482 92 ntBASIC21.95■■□□□ 1.1
SPTA1P02549 DPF1-204ENST00000416611 2341 ntTSL 5 BASIC21.94■■□□□ 1.1
SPTA1P02549 KANSL1L-207ENST00000452086 2334 ntTSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
SPTA1P02549 RFFL-206ENST00000447669 2030 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.94■■□□□ 1.1
SPTA1P02549 SUMF1-202ENST00000383843 1447 ntTSL 2 BASIC21.94■■□□□ 1.1
SPTA1P02549 FAM136A-202ENST00000430566 885 ntTSL 3 BASIC21.94■■□□□ 1.1
SPTA1P02549 PSKH1-202ENST00000570631 1509 ntTSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
SPTA1P02549 ADRM1-205ENST00000620230 1361 ntTSL 5 BASIC21.94■■□□□ 1.1
SPTA1P02549 FAM162B-201ENST00000368557 1036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
SPTA1P02549 PFN2-210ENST00000481767 1620 ntTSL 2 BASIC21.93■■□□□ 1.1
SPTA1P02549 CHSY1-201ENST00000254190 4550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.93■■□□□ 1.1
SPTA1P02549 HMGA2-201ENST00000354636 1529 ntTSL 1 (best) BASIC21.93■■□□□ 1.1
SPTA1P02549 EIF6-201ENST00000374436 1252 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.93■■□□□ 1.1
SPTA1P02549 NRL-205ENST00000560550 788 ntTSL 1 (best) BASIC21.93■■□□□ 1.1
SPTA1P02549 AC142381.2-201ENST00000566120 298 ntBASIC21.93■■□□□ 1.1
SPTA1P02549 F8A1-201ENST00000610495 1713 ntAPPRIS P1 BASIC21.93■■□□□ 1.1
SPTA1P02549 HOMER3-201ENST00000221222 1384 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.93■■□□□ 1.1
SPTA1P02549 SLC15A4-201ENST00000266771 2779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.93■■□□□ 1.1
SPTA1P02549 PPM1J-201ENST00000309276 1863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.93■■□□□ 1.1
SPTA1P02549 FKBP8-213ENST00000608443 1849 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.93■■□□□ 1.1
SPTA1P02549 JMJD8-201ENST00000412368 2038 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 54.4 ms