Protein–RNA interactions for Protein: O95639

CPSF4, Cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 4, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 269 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CPSF4O95639 SCN1B-201ENST00000262631 1670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
CPSF4O95639 ARRB2-210ENST00000572457 1660 ntTSL 5 BASIC22.77■■□□□ 1.24
CPSF4O95639 E2F5-203ENST00000418930 1890 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
CPSF4O95639 SOD3-201ENST00000382120 1526 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
CPSF4O95639 OTUD5-203ENST00000396743 2682 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
CPSF4O95639 MAPKAP1-207ENST00000394060 1586 ntTSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
CPSF4O95639 PAIP1-208ENST00000514514 1603 ntTSL 5 BASIC22.76■■□□□ 1.23
CPSF4O95639 FKBP8-213ENST00000608443 1849 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
CPSF4O95639 KRT72-201ENST00000293745 2015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
CPSF4O95639 CDC16-204ENST00000360383 2211 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.76■■□□□ 1.23
CPSF4O95639 ITGB3-202ENST00000571680 1668 ntTSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
CPSF4O95639 SRPK3-205ENST00000393786 1900 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
CPSF4O95639 RDH14-201ENST00000381249 1587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
CPSF4O95639 SSTR5-201ENST00000293897 1362 ntAPPRIS P1 BASIC22.76■■□□□ 1.23
CPSF4O95639 NAT8L-202ENST00000423729 5870 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
CPSF4O95639 YWHAH-202ENST00000397492 1879 ntTSL 3 BASIC22.75■■□□□ 1.23
CPSF4O95639 AC022211.4-201ENST00000625094 2161 ntBASIC22.74■■□□□ 1.23
CPSF4O95639 ANKS3-204ENST00000585773 1946 ntTSL 2 BASIC22.74■■□□□ 1.23
CPSF4O95639 AC142381.3-201ENST00000568208 1670 ntBASIC22.74■■□□□ 1.23
CPSF4O95639 MED17-227ENST00000640521 2047 ntTSL 5 BASIC22.74■■□□□ 1.23
CPSF4O95639 RNF19B-202ENST00000356990 2598 ntTSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
CPSF4O95639 PARD6A-201ENST00000219255 1248 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
CPSF4O95639 TAF10-201ENST00000299424 1215 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
CPSF4O95639 AC009041.3-201ENST00000564390 879 ntTSL 5 BASIC22.74■■□□□ 1.23
CPSF4O95639 AC018413.1-201ENST00000581996 1200 ntTSL 2 BASIC22.74■■□□□ 1.23
CPSF4O95639 USP25-203ENST00000351097 2158 ntTSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
CPSF4O95639 ZNF365-206ENST00000395255 1674 ntTSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
CPSF4O95639 USP2-204ENST00000525735 1704 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
CPSF4O95639 REEP6-201ENST00000233596 1794 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
CPSF4O95639 PQLC3-204ENST00000441908 1784 ntTSL 2 BASIC22.73■■□□□ 1.23
CPSF4O95639 FOXF2-201ENST00000259806 2187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
CPSF4O95639 FAM168B-201ENST00000389915 944 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.73■■□□□ 1.23
CPSF4O95639 TBX2-AS1-202ENST00000589814 539 ntTSL 3 BASIC22.73■■□□□ 1.23
CPSF4O95639 EPHB2-207ENST00000544305 1709 ntTSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
CPSF4O95639 GAL3ST2-201ENST00000192314 1370 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
CPSF4O95639 CHST13-201ENST00000319340 1789 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
CPSF4O95639 RUNX2-211ENST00000625924 1458 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
CPSF4O95639 MAZ-203ENST00000545521 2333 ntTSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
CPSF4O95639 SH2B1-205ENST00000538342 1532 ntTSL 2 BASIC22.72■■□□□ 1.23
CPSF4O95639 NR2F1-AS1-214ENST00000607831 1963 ntTSL 2 BASIC22.72■■□□□ 1.23
CPSF4O95639 HOXD-AS2-201ENST00000426965 927 ntTSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
CPSF4O95639 AL118558.1-203ENST00000553701 447 ntTSL 3 BASIC22.72■■□□□ 1.23
CPSF4O95639 UBA52-204ENST00000595158 743 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.72■■□□□ 1.23
CPSF4O95639 CTDSPL-206ENST00000443503 4640 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
CPSF4O95639 FCRLB-205ENST00000367948 1977 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
CPSF4O95639 GATS-205ENST00000436886 2726 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
CPSF4O95639 HOXC9-201ENST00000303450 1516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
CPSF4O95639 EHBP1L1-201ENST00000309295 5185 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
CPSF4O95639 MBOAT7-205ENST00000431666 2471 ntTSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
CPSF4O95639 ZSCAN18-202ENST00000421612 1488 ntTSL 4 BASIC22.71■■□□□ 1.23
CPSF4O95639 PCYT2-204ENST00000570388 1474 ntTSL 2 BASIC22.71■■□□□ 1.23
CPSF4O95639 AC093323.1-202ENST00000635031 2045 ntBASIC22.7■■□□□ 1.23
CPSF4O95639 SSX2IP-203ENST00000437941 5843 ntTSL 2 BASIC22.7■■□□□ 1.22
CPSF4O95639 AEBP2-204ENST00000398864 5099 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
CPSF4O95639 BAX-202ENST00000345358 793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
CPSF4O95639 HSD17B12-202ENST00000395700 994 ntTSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
CPSF4O95639 ARL6IP4-211ENST00000454885 1318 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
CPSF4O95639 MROH6-210ENST00000533679 1921 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
CPSF4O95639 AC138932.3-201ENST00000567634 1902 ntBASIC22.7■■□□□ 1.22
CPSF4O95639 FUT11-202ENST00000394790 2175 ntTSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
CPSF4O95639 DCAF15-201ENST00000254337 2278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
CPSF4O95639 MIR7108-201ENST00000614319 87 ntBASIC22.69■■□□□ 1.22
CPSF4O95639 PICALM-202ENST00000393346 2340 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
CPSF4O95639 GRIN2D-201ENST00000263269 5093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
CPSF4O95639 FPGS-221ENST00000630236 2160 ntTSL 5 BASIC22.68■■□□□ 1.22
CPSF4O95639 LINC01918-201ENST00000436841 797 ntTSL 2 BASIC22.68■■□□□ 1.22
CPSF4O95639 RPL27A-206ENST00000530022 878 ntTSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
CPSF4O95639 PTPMT1-205ENST00000534775 1611 ntTSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
CPSF4O95639 SCTR-201ENST00000019103 1865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
CPSF4O95639 KLHL21-203ENST00000463043 667 ntTSL 5 BASIC22.67■■□□□ 1.22
CPSF4O95639 ZNF837-201ENST00000427624 2038 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
CPSF4O95639 CDC14B-202ENST00000375241 5589 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
CPSF4O95639 CAPN10-208ENST00000404753 2570 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.66■■□□□ 1.22
CPSF4O95639 NXNL1-201ENST00000301944 946 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
CPSF4O95639 MDFIC-203ENST00000423503 474 ntTSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
CPSF4O95639 MIR1-1HG-202ENST00000624914 1220 ntTSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
CPSF4O95639 NDEL1-201ENST00000334527 2372 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
CPSF4O95639 CASP9-201ENST00000333868 2019 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
CPSF4O95639 SCARA5-204ENST00000524352 1945 ntTSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
CPSF4O95639 IFNL4-201ENST00000606380 1637 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
CPSF4O95639 MDFIC-206ENST00000448022 484 ntTSL 2 BASIC22.65■■□□□ 1.22
CPSF4O95639 C4orf19-202ENST00000381980 1943 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
CPSF4O95639 PRDM13-202ENST00000369215 2429 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
CPSF4O95639 AGBL5-201ENST00000323064 2382 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.22
CPSF4O95639 RRP9-201ENST00000232888 1578 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.22
CPSF4O95639 C15orf59-201ENST00000379822 1342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.22
CPSF4O95639 TTC36-201ENST00000302783 874 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
CPSF4O95639 ANKRD20A11P-201ENST00000344693 1088 ntTSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
CPSF4O95639 ARHGEF7-AS2-201ENST00000425094 1239 ntTSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
CPSF4O95639 PVT1-219ENST00000523427 938 ntTSL 3 BASIC22.64■■□□□ 1.21
CPSF4O95639 EPCAM-201ENST00000263735 1724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
CPSF4O95639 GNG10-201ENST00000374293 1491 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
CPSF4O95639 AL357033.1-201ENST00000370520 1933 ntTSL 2 BASIC22.64■■□□□ 1.21
CPSF4O95639 FAM124A-204ENST00000615498 2383 ntTSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
CPSF4O95639 ARMC10-208ENST00000441711 2524 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
CPSF4O95639 TNIP2-206ENST00000510267 2006 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.64■■□□□ 1.21
CPSF4O95639 ATPAF1-213ENST00000574428 1760 ntTSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
CPSF4O95639 PYCR1-202ENST00000337943 1890 ntTSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
CPSF4O95639 GPR137-202ENST00000377702 1478 ntTSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
CPSF4O95639 TTC39C-209ENST00000584250 1048 ntTSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 43.3 ms